View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18598_low_35 (Length: 281)

Name: NF18598_low_35
Description: NF18598
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18598_low_35
NF18598_low_35
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (11-275)||(22062904-22063168)
chr6 (11-267)||(19586975-19587222)
chr6 (121-275)||(18188962-18189116)
chr6 (105-275)||(23519144-23519314)
chr6 (132-275)||(17818194-17818337)
chr6 (176-275)||(18852742-18852838)
chr6 (214-259)||(29685293-29685338)
chr6 (217-258)||(24390285-24390326)
chr6 (11-39)||(29685084-29685112)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (11-275)||(6813419-6813683)
chr3 (8-275)||(12777897-12778170)
chr3 (11-267)||(15024254-15024516)
chr3 (132-273)||(20562027-20562168)
chr3 (132-273)||(20564335-20564476)
chr3 (132-275)||(13090200-13090340)
chr3 (132-273)||(20559719-20559860)
chr3 (132-275)||(9362350-9362490)
chr3 (176-275)||(13096435-13096531)
chr3 (213-275)||(3246906-3246968)
chr3 (167-275)||(20153493-20153598)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (11-275)||(27045424-27045688)
chr1 (132-225)||(22626469-22626562)
chr1 (167-275)||(21785836-21785941)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (11-275)||(15349237-15349501)
chr4 (11-275)||(14687165-14687435)
chr4 (15-275)||(42711168-42711434)
chr4 (132-275)||(45240250-45240394)
chr4 (122-275)||(11498006-11498159)
chr4 (135-275)||(18290701-18290841)
chr4 (132-275)||(10629428-10629568)
chr4 (132-241)||(11918125-11918233)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (11-275)||(540152-540416)
chr7 (11-275)||(16327160-16327430)
chr7 (11-275)||(9581453-9581723)
chr7 (11-275)||(9729305-9729575)
chr7 (11-275)||(4311279-4311548)
chr7 (11-275)||(8783482-8783752)
chr7 (11-174)||(14223144-14223313)
chr7 (132-275)||(23513747-23513890)
chr7 (131-273)||(4462102-4462244)
chr7 (132-275)||(13741099-13741242)
chr7 (135-273)||(5395821-5395959)
chr7 (135-275)||(12565684-12565824)
chr7 (132-275)||(10439731-10439874)
chr7 (237-275)||(14223108-14223146)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (11-275)||(29312-29582)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (11-275)||(20000852-20001119)
chr8 (132-275)||(20040462-20040605)
chr8 (132-275)||(17619422-17619562)
chr8 (132-275)||(21855169-21855309)
[»] scaffold0035 (1 HSPs)
scaffold0035 (11-275)||(51946-52216)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (11-275)||(23712100-23712370)
chr5 (132-275)||(20446238-20446381)
chr5 (132-275)||(21282303-21282447)
chr5 (135-275)||(18487456-18487596)
chr5 (132-275)||(23602033-23602173)
chr5 (132-275)||(24939211-24939351)
chr5 (138-275)||(24218516-24218650)
[»] scaffold0485 (1 HSPs)
scaffold0485 (11-275)||(11297-11568)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (132-273)||(24501008-24501148)
chr2 (131-275)||(25339499-25339643)
[»] scaffold0566 (1 HSPs)
scaffold0566 (122-275)||(1275-1428)
[»] scaffold0222 (1 HSPs)
scaffold0222 (135-263)||(18509-18637)
[»] scaffold0220 (2 HSPs)
scaffold0220 (121-240)||(11741-11860)
scaffold0220 (242-275)||(9718-9751)
[»] scaffold0113 (1 HSPs)
scaffold0113 (132-275)||(38026-38166)
[»] scaffold0026 (1 HSPs)
scaffold0026 (121-225)||(17034-17138)
[»] scaffold0012 (3 HSPs)
scaffold0012 (179-275)||(12837-12930)
scaffold0012 (179-275)||(8728-8821)
scaffold0012 (231-275)||(8665-8709)
[»] scaffold1184 (1 HSPs)
scaffold1184 (217-251)||(537-571)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 22063168 - 22062904
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcat 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22063168 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcat 22063069  T
Q  111 tccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatcc 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22063068 tccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaacatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatcc 22062969  T
Q  211 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22062968 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 22062904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 11 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 19587222 - 19586975
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttat------actactt 104  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||| |||      |||||||    
T  19587222 atcatcacctttattgctaggaagtttggggtgagtctgaatcaagggatcaagaggatagagaggaactattatctacacttatatactctcactactt 19587123  T
Q  105 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 204  Q
    |||| ||||||| || |||||   ||||| ||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||               |    
T  19587122 tgtccttccttagaacccatggacctacttacaattaccaatataaacggagaattattagagctaattgtttgattattctac---------------c 19587038  T
Q  205 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatgg 267  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  19587037 taatctggaggtggtggaaaatttgatttatgttggtattaacccacaggtacaagatgatgg 19586975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 121 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 18189116 - 18188962
Alignment:
Q  121 ccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtg 220  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||     
T  18189116 ccatgacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggataatactaatccggaggtggta 18189017  T
Q  221 gaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18189016 gaaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 18188962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 105 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 23519314 - 23519144
Alignment:
Q  105 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 204  Q
    |||| ||||||| || ||||||| || ||||||| ||||||||||   ||| | | | ||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  23519314 tgtctttccttataacccatgacccttctcacaactaccaatatgtgcggaaagtaaatagggctaattgtttgattattctaccttatttggacataac 23519215  T
Q  205 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  23519214 taatccggagatggtggaaaatttgctttatgttggaactaacccacgggtacatgatgatggtgatgatg 23519144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 132 - 275
Target Start/End: Original strand, 17818194 - 17818337
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| ||| |    
T  17818194 ctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgtaggtggtagaaaacttggt 17818293  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17818294 ttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 17818337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 176 - 275
Target Start/End: Original strand, 18852742 - 18852838
Alignment:
Q  176 ttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18852742 ttgattattctacctaattcagatattactaatccggagatggtagaaaatt---tttatgttggcactaacccacaggtacaaaatgatggtaatgatg 18852838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 214 - 259
Target Start/End: Original strand, 29685293 - 29685338
Alignment:
Q  214 ggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaa 259  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29685293 ggtggtggaaaatttgctttatgttagtactaacccacaggtacaa 29685338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 217 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 24390326 - 24390285
Alignment:
Q  217 ggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtaca 258  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  24390326 ggtggaaaatttgctttatgctggtactaacaaacaggtaca 24390285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 11 - 39
Target Start/End: Original strand, 29685084 - 29685112
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttgg 39  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29685084 atcatcacttttattgctaagaagtttgg 29685112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Original strand, 6813419 - 6813683
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6813419 atcatcacttttattgctaagaagtttgaggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcat 6813518  T
Q  111 tccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatcc 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6813519 tccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatcc 6813618  T
Q  211 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6813619 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtaatgatg 6813683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 8 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 12778170 - 12777897
Alignment:
Q  8 gacatcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------a 101  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||| | ||||      |    
T  12778170 gacatcatcccttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaattattatccaaacttatttactctcacta 12778071  T
Q  102 ctttgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacat 201  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12778070 ctttgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattatcaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacat 12777971  T
Q  202 tactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12777970 tactaattcggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagatgatggtgatgatg 12777897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 11 - 267
Target Start/End: Original strand, 15024254 - 15024516
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 104  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| |||| ||||||      ||||    
T  15024254 atcatcacttttattgctagaaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggggtactattatctatacttatatactctcactactt 15024353  T
Q  105 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 204  Q
    |||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||    
T  15024354 tgtccttccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattaatagagctaattgttttattattctacctaatccagacataac 15024453  T
Q  205 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatgg 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  15024454 taatccggaggtggtggaaaatttgcattatgttggtactaatccacatgtacaagatgatgg 15024516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 132 - 273
Target Start/End: Original strand, 20562027 - 20562168
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||||| | | |    
T  20562027 ctcacaattaccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcggaggtggtagaaaactaggt 20562126  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatga 273  Q
    || |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20562127 ttgtgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatga 20562168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 132 - 273
Target Start/End: Original strand, 20564335 - 20564476
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||||| | | |    
T  20564335 ctcacaattaccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcggaggtggtagaaaactaggt 20564434  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatga 273  Q
    || |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20564435 ttgtgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatga 20564476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 132 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 13090340 - 13090200
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    ||||||||| ||||||||  ||| || ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| |   |    
T  13090340 ctcacaattcccaatatgagtggtgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtagaaaact---t 13090244  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13090243 ttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 13090200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 132 - 273
Target Start/End: Original strand, 20559719 - 20559860
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||||| | | |    
T  20559719 ctcacaattaccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcggaggtggtagaaaactaggt 20559818  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatga 273  Q
    || |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  20559819 ttgtgttggcactaacccacagatacacaatgatggtgatga 20559860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 132 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 9362490 - 9362350
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    ||||||||  ||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  ||||||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||| ||||| ||       
T  9362490 ctcacaatccccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcaaatattactaatccgaaggtggtagaaaactt--- 9362394  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9362393 ttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 9362350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 176 - 275
Target Start/End: Original strand, 13096435 - 13096531
Alignment:
Q  176 ttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| |   |||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13096435 ttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtagaaaact---tttatgttgacactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 13096531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 213 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 3246968 - 3246906
Alignment:
Q  213 aggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3246968 aggtggtggaaaatttgttttatttttgtactaacccacaggtacaagatgatggtgatgatg 3246906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 167 - 275
Target Start/End: Original strand, 20153493 - 20153598
Alignment:
Q  167 gctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatg 266  Q
    |||||||  |||||||||||||||   || || ||| |||||| ||||||||| ||||| ||  |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||    
T  20153493 gctaatttcttgattattctacct---tcagatattcctaatctggaggtggtagaaaactttgtttatgttggcactaacctacaggtacacaatgatg 20153589  T
Q  267 gtgatgatg 275  Q
    |||||||||    
T  20153590 gtgatgatg 20153598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Original strand, 27045424 - 27045688
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcat 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045424 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcat 27045523  T
Q  111 tccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatcc 210  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045524 tccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatcc 27045623  T
Q  211 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045624 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 27045688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 132 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 22626562 - 22626469
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaa 225  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||    
T  22626562 ctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggatattactaatccggtggtggtagaaaa 22626469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 167 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 21785941 - 21785836
Alignment:
Q  167 gctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatg 266  Q
    |||||||  |||||| ||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| ||   ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||    
T  21785941 gctaatttcttgatttttctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtagaaaactt---ttatgttggcactaacccacaggtacacaataatg 21785845  T
Q  267 gtgatgatg 275  Q
    |||||||||    
T  21785844 gtgatgatg 21785836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 15349501 - 15349237
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcat 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15349501 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcat 15349402  T
Q  111 tccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatcc 210  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15349401 tccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatcc 15349302  T
Q  211 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15349301 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagatgatggtgatgatg 15349237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 14687435 - 14687165
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||      ||||    
T  14687435 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggagaactattatctaaacttatatactctcactactt 14687336  T
Q  105 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 204  Q
    |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14687335 tgtcattccttagaacccatgaccctactcacaattaccaatataaatggagaattattagagctaattgtttgattatgctacctaattcggacattac 14687236  T
Q  205 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||    
T  14687235 taatccggaggcggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagataatgatgatgatg 14687165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 42711434 - 42711168
Alignment:
Q  15 tcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actttgtc 108  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||      ||||||||    
T  42711434 tcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaaaggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactactttgtc 42711335  T
Q  109 attccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaat 208  Q
     ||||||| || |||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42711334 tttccttagaacccatgaccatactcataattaccaatatgaatggagaattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattactaat 42711235  T
Q  209 ccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42711234 ccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagatgatggtgatgatg 42711168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 132 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 45240394 - 45240250
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaa-ttgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgc 230  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  ||||| ||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||     
T  45240394 ctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataacgctaaattgcttgattattctaccaaattcgaatattactaatccggaggtggtagaaaacttgg 45240295  T
Q  231 tttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45240294 tttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 45240250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 122 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 11498159 - 11498006
Alignment:
Q  122 catgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtgg 221  Q
    |||||| || || |||||||||||||||  |||||| ||| |   | |||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |    
T  11498159 catgacccttctaacaattaccaatatgagtggagagtcaattatgttaattgcttgattattctacctaattcaaatattactaatccggaggtggtag 11498060  T
Q  222 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11498059 aaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 11498006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 135 - 275
Target Start/End: Original strand, 18290701 - 18290841
Alignment:
Q  135 acaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgcttta 234  Q
    |||||||||||||||  |||| | ||| ||  || ||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||    
T  18290701 acaattaccaatatgagtggaaattcaataatgcaaatttattgattattctacctaattcagatattactaatccggaggtgatagaaaacttggttta 18290800  T
Q  235 tgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18290801 tgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 18290841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 132 - 275
Target Start/End: Original strand, 10629428 - 10629568
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    ||||||||| ||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| ||||| |   |    
T  10629428 ctcacaattcccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggcggtagaaaact---t 10629524  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10629525 ttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 10629568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 132 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 11918233 - 11918125
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    ||||||||||||||||||  |||| | ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||| |    
T  11918233 ctcacaattaccaatatgagtggaaagtcaatagggctaatt-tttgattattctacctaatccggacataactaacccgaaggtggtggaaaaattgtt 11918135  T
Q  232 ttatgttggt 241  Q
    ||||||||||    
T  11918134 ttatgttggt 11918125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 540416 - 540152
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  540416 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactactttgtcat 540317  T
Q  111 tccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatcc 210  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  540316 tccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaaaggagaatcattaaagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatcc 540217  T
Q  211 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  540216 ggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 540152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 16327430 - 16327160
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 104  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||      ||||    
T  16327430 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactcttactactt 16327331  T
Q  105 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 204  Q
    |||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16327330 tgtccttccttataacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgactattctacctaattcggacattac 16327231  T
Q  205 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  16327230 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagatgatggtggtgatg 16327160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Original strand, 9581453 - 9581723
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 104  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||      ||||    
T  9581453 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 9581552  T
Q  105 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 204  Q
    |||| ||||||| || |||||||  |||||||||||| ||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9581553 tgtctttccttagaacccatgaccatactcacaattatcaatatgaatggaggattattagaactaattgtttgattattctacctaattcggacattac 9581652  T
Q  205 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9581653 taatctggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagatgatggtgatgatg 9581723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Original strand, 9729305 - 9729575
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 104  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||      ||||    
T  9729305 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 9729404  T
Q  105 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 204  Q
    |||| ||||||| || |||||||  |||||||||||| ||||||| |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9729405 tgtctttccttagaacccatgaccatactcacaattatcaatatgaatggaggattattagaactaattgtttgattattctacctaattcagacattac 9729504  T
Q  205 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  9729505 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaatccacaggtacaagatgatggtgatgatg 9729575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Original strand, 4311279 - 4311548
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 104  Q
    |||||||| |||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||      ||||    
T  4311279 atcatcacctttatttctaggaagtttgggg-gagtgtgaatcaagagatcaagaggatagaggggaactattatctagacttatatactctcactactt 4311377  T
Q  105 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 204  Q
    |||| || |||| || ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4311378 tgtcctttcttagaacccatggccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 4311477  T
Q  205 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  4311478 taatccggaggtggtggaaaatttgctttacgttggtactaacccacatgtacaagatgatggtgatgatg 4311548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 8783752 - 8783482
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 104  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||      ||||    
T  8783752 atcatcacctttattgctaggaagtttggggtgagtgtgaatcaatggatcaaggggatagaggggaactattatctagacttatatactctcactactt 8783653  T
Q  105 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 204  Q
    || | ||||||| || ||||| | |||||||||||||| |||||| | ||||||| |||| || ||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  8783652 tgcccttccttacaacccatggccctactcacaattacaaatatgaaaggagaattattacagataattttttgattattctccctaattcggacataac 8783553  T
Q  205 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| |||||    
T  8783552 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacatgtacaagatcatggtggtgatg 8783482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 11 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 14223313 - 14223144
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttat------actactt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||      |||||||    
T  14223313 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggaaagaggagaactattatctaaacttatatactctcactactt 14223214  T
Q  105 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattg 174  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14223213 tgtcattccttaaagcccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattg 14223144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 132 - 275
Target Start/End: Original strand, 23513747 - 23513890
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    |||||||||||| |||||  |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |    
T  23513747 ctcacaattacctatatgagtggagagtcaataatgctaattacttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtagaaaactttgt 23513846  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  23513847 ttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 23513890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 131 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 4462244 - 4462102
Alignment:
Q  131 actcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgc 230  Q
    ||||||||| |||||||||  | || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  4462244 actcacaatgaccaatatgattagaaaatcattagagctcattgtttgattattctacctaatccgttcataactaacccgaaggtggtggaaaatttgc 4462145  T
Q  231 tttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatga 273  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||    
T  4462144 tttatattggtactaacccactggtacatgatgatggtgatga 4462102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 132 - 275
Target Start/End: Original strand, 13741099 - 13741242
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |   |    
T  13741099 ctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgataattgcttgattattctacctaattcggacattactaattcggaggtggtagaaaactatgt 13741198  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13741199 ttatgttggcactaatccacaggtacacaatgatggtgatgatg 13741242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 135 - 273
Target Start/End: Original strand, 5395821 - 5395959
Alignment:
Q  135 acaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgcttta 234  Q
    ||||||||||| |||  |||||  ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  5395821 acaattaccaaaatgagtggagcgtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccggaggtggtagaaaacttggttta 5395920  T
Q  235 tgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatga 273  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5395921 tgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatga 5395959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 135 - 275
Target Start/End: Original strand, 12565684 - 12565824
Alignment:
Q  135 acaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgcttta 234  Q
    |||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||  ||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||    
T  12565684 acaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattatttaacctaattcagatattactaattcggaggtggtagaaaacttggttta 12565783  T
Q  235 tgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  12565784 tgttggtactaacccaccggtacacaatgatggtgatgatg 12565824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 132 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 10439874 - 10439731
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  | |||||  |||||||||||||||||||| || |||||||| | | ||||||| ||||| ||| |    
T  10439874 ctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgataatttcttgattattctacctaattcagatattactaagctgaaggtggtagaaaacttggt 10439775  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10439774 ttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 10439731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 237 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 14223146 - 14223108
Alignment:
Q  237 ttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14223146 ttggtactaacccacaggtacaagatgatggtgatgatg 14223108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Original strand, 29312 - 29582
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||    
T  29312 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactctcactactt 29411  T
Q  105 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 204  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29412 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtatgattattctacctaattcggacattac 29511  T
Q  205 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  29512 taatccggaggtggtagaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagatgatggtaatgatg 29582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Original strand, 20000852 - 20001119
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 104  Q
    |||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||    
T  20000852 atcatcacttttattgctaag---tttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatactctcactactt 20000948  T
Q  105 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 204  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20000949 tgtcattccttaaaacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 20001048  T
Q  205 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20001049 taatctggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagatgatggtgatgatg 20001119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 132 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 20040605 - 20040462
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||   ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | | |    
T  20040605 ctcacaattaccaatatgagtggagagtcaatactactaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccagaggtggtagaaaactaggt 20040506  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20040505 ttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 20040462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 132 - 275
Target Start/End: Original strand, 17619422 - 17619562
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    ||||||||| ||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| |   |    
T  17619422 ctcacaatttccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtagaaaact---t 17619518  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17619519 ttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 17619562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 132 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 21855309 - 21855169
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| |   |    
T  21855309 ctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtagaaaact---t 21855213  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  21855212 ttatgttggcactaacctacaggtacacaatgatggtgatgatg 21855169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 52216 - 51946
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 104  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||      ||||    
T  52216 atcatcacttttattgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggaaaactattatctaaacttatatactcttactactt 52117  T
Q  105 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 204  Q
    |||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52116 tgtccttccttataacccatgaccctactcacaattaccaatatgaatggagaattattagagctaattgtttgactattctacctaattcggacattac 52017  T
Q  205 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  52016 tattccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaagatgatggtgatgatg 51946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 168; Significance: 4e-90; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 23712370 - 23712100
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttatact------actt 104  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||      ||||    
T  23712370 atcatcacttttgttgctaagaggtttagggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagatgaaaattattatccaaacttatatactctcactactt 23712271  T
Q  105 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 204  Q
    |||| ||||||| || |||||||  |||||||||||||||||||| |||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23712270 tgtctttccttagaacccatgaccatactcacaattaccaatatgaatggaggattattagaactaattttttgattattctacctaattcggacattac 23712171  T
Q  205 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  23712170 taatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtcctaacccacaggtacaagatgatggtgatgatg 23712100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 132 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 20446381 - 20446238
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| ||| |    
T  20446381 ctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtagaaaacttggt 20446282  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20446281 ttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 20446238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 132 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 21282447 - 21282303
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaa-ttgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgc 230  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  ||||| ||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||     
T  21282447 ctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataacgctaaattgcttgattattctaccaaattcgaatattactaatccggaggtggtagaaaacttgg 21282348  T
Q  231 tttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21282347 tttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 21282303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 135 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 18487596 - 18487456
Alignment:
Q  135 acaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgcttta 234  Q
    |||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||| |||||| |||||||| ||||| ||| ||||    
T  18487596 acaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattattaatcctgaggtggtagaaaacttggttta 18487497  T
Q  235 tgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18487496 tgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 18487456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 132 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 23602173 - 23602033
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    ||||||||| ||||||||  ||| || ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| |   |    
T  23602173 ctcacaattcccaatatgagtggcgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccgaaggtggtagaaaact---t 23602077  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  23602076 ttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 23602033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 132 - 275
Target Start/End: Original strand, 24939211 - 24939351
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    ||||||||| ||||||||  ||| || ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| || ||||||| ||||| ||       
T  24939211 ctcacaattcccaatatgagtggcgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattcgaaggtggtagaaaactt--- 24939307  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24939308 ttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 24939351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 138 - 275
Target Start/End: Original strand, 24218516 - 24218650
Alignment:
Q  138 attaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgt 237  Q
    ||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||| |    ||||||    
T  24218516 attaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccggagatggtagaaaact---attatgt 24218612  T
Q  238 tggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||    
T  24218613 tggcactaacccacatgtacacaatgatggtaatgatg 24218650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0485 (Bit Score: 153; Significance: 4e-81; HSPs: 1)
Name: scaffold0485
Description:

Target: scaffold0485; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 11568 - 11297
Alignment:
Q  11 atcatcacttttattgctaagaagtttggggtgagtatgaatcaagggatcaagaggatagatgagaactattatctaaacttttata------ctactt 104  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||      ||||||    
T  11568 atcatcacctttattgctagaaagtttggggtgagtgtgaatcaagggatcaagaggatagaggggaactattatctagacttatataatctcactactt 11469  T
Q  105 tgtcattccttaaaaaccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattac 204  Q
    |||| ||||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  11468 tgtccttccttagaacccatgaccatactcacaattaccaatatgagtggagaattattagagctaattgtttgattattctacctaatccggacataac 11369  T
Q  205 taatccggaggtggtgg-aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||    
T  11368 taatctggaggtggtggaaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaggtgatggtggtgatg 11297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 82; Significance: 9e-39; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 132 - 273
Target Start/End: Original strand, 24501008 - 24501148
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    |||||||||||||||||   |||||| ||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |    
T  24501008 ctcacaattaccaatattagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtagaaaacttgat 24501107  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatga 273  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  24501108 ttatgttggcactaacccacaggtacacaat-atggtgatga 24501148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 131 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 25339643 - 25339499
Alignment:
Q  131 actcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgc 230  Q
    |||||||||||||||||||  ||||   ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |    
T  25339643 actcacaattaccaatatgagtggaaggtcaatagggctaattgtttgattattctacctaatccggacataactaatctggaggtggtggaaaattttc 25339544  T
Q  231 tttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||||||| |||||| |||| |||||  ||||||||| |||||    
T  25339543 tttatgttggcactaactcacatgtacatgatgatggtggtgatg 25339499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0566 (Bit Score: 74; Significance: 5e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0566
Description:

Target: scaffold0566; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 122 - 275
Target Start/End: Original strand, 1275 - 1428
Alignment:
Q  122 catgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtgg 221  Q
    |||||| || || |||||||||||||||  |||||| ||| |   |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |    
T  1275 catgacccttctaacaattaccaatatgagtggagagtcaattatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatctggaggtggtag 1374  T
Q  222 aaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1375 aaaacttggtttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 1428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0222 (Bit Score: 69; Significance: 5e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0222
Description:

Target: scaffold0222; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 135 - 263
Target Start/End: Original strand, 18509 - 18637
Alignment:
Q  135 acaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgcttta 234  Q
    |||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  18509 acaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaatccggaggtggtagaaaacttggttta 18608  T
Q  235 tgttggtactaacccacaggtacaaaatg 263  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  18609 tgttggcactaacccacaggtacacaatg 18637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 64; Significance: 5e-28; HSPs: 2)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 121 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 11860 - 11741
Alignment:
Q  121 ccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtg 220  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||     
T  11860 ccatgacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggatattactaatctggaggtggta 11761  T
Q  221 gaaaatttgctttatgttgg 240  Q
    ||||| ||| ||||||||||    
T  11760 gaaaacttggtttatgttgg 11741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 242 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 9751 - 9718
Alignment:
Q  242 actaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9751 actaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 9718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 54; Significance: 5e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 132 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 38166 - 38026
Alignment:
Q  132 ctcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgct 231  Q
    ||||||||| ||||||||  ||| || ||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||| |  ||||||| ||||| ||       
T  38166 ctcacaatttccaatatgagtggcgagtcaataatgctaatttcttgattattctacctaattcagatattactaattctaaggtggtagaaaactt--- 38070  T
Q  232 ttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38069 ttatgttggcactaacccacaggtacacaatgatggtgatgatg 38026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0026
Description:

Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 121 - 225
Target Start/End: Original strand, 17034 - 17138
Alignment:
Q  121 ccatgactctactcacaattaccaatatgcatggagaatcattagagctaattgtttgattattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtg 220  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||     
T  17034 ccatgacccttctcacaattaccaatatgagtggagagtcaataatgctaattgcttgattattctacctaattcggatattactaatacagaggtggta 17133  T
Q  221 gaaaa 225  Q
    |||||    
T  17134 gaaaa 17138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 47; Significance: 7e-18; HSPs: 3)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 179 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 12930 - 12837
Alignment:
Q  179 attattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||||||||||| |  || |||||||||| ||||||||| ||||| ||   ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12930 attattctacctaaattagatattactaatctggaggtggtagaaaactt---ttatgttggcactaacccacaggtacataatgatggtgatgatg 12837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 179 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 8821 - 8728
Alignment:
Q  179 attattctacctaattcggacattactaatccggaggtggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||||||||||| |  || |||||||||| ||||||||| ||||| ||   ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  8821 attattctacctaaattagatattactaatctggaggtggtagaaaactt---ttatgttggcactaacccacatgtacacaatgatggtgatgatg 8728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 231 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 8709 - 8665
Alignment:
Q  231 tttatgttggtactaacccacaggtacaaaatgatggtgatgatg 275  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  8709 tttatgttggcactaacccacagatacacaatgatggtgatgatg 8665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1184 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold1184
Description:

Target: scaffold1184; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 217 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 571 - 537
Alignment:
Q  217 ggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccac 251  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  571 ggtggaaaatttgctttatgttggtactaacccac 537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University