View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18599_low_10 (Length: 490)
Name: NF18599_low_10
Description: NF18599
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18599_low_10 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 473
Target Start/End: Original strand, 13851626 - 13852086
Alignment:
| Q |
12 |
atcatcatattatattaagaggaattaatagcaaataaacacaccattatggaatatgaagcaatttggcaattcaaaccatcttatgagcttatcatct |
111 |
Q |
| |
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||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
13851626 |
atcatcatattatat-aagaggaactaaaagcaaataaacacaccattatggaatatgaagcaatttggcaattcaaaccatcttatgagcttatcatct |
13851724 |
T |
|
| Q |
112 |
ttagcatatcgaggtaggacaccaaaacgagctttcttggttgaatcaaaagagaatatgagtttattattcttcaccatttcctgaaaaatggaattca |
211 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13851725 |
ttagcatatcgaggtaggacaccaaaacgagctttcttggtagaatcaaaagagaatatgagtttattattcttcaccatttcctgaaaaatggaattca |
13851824 |
T |
|
| Q |
212 |
attcaagattcatttgatttccatcaagtgatataattaacaaattagtctttagtcagattacatcaacagaaaaacttgacatacctttggcctaaag |
311 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
13851825 |
attcaagattcatttgatttccatcaagtgatataattaacaaattagtctttagtcagattacatcaacagaaaaacttgacatacctttggcctaaag |
13851924 |
T |
|
| Q |
312 |
tacacaggaagatccataaaaattgcgtaattttcggttatggcaaagtcatgcaccatgatgggatctgaaattgttattggaacaggatcatacatat |
411 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13851925 |
tacacaggaagatccataaaaattgcgtaattttcggttatggcaaagtcatgcaccatgatgggatctgatattgttattggaacaggatcatacatat |
13852024 |
T |
|
| Q |
412 |
aaccatcttttgaaatgactctgtatgtgatatatggcggtgtttgtgaatatccaaatgta |
473 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13852025 |
aaccatcttttgaaattactctgtatgtgatatatggtggtgtttgtgaatatccaaatgta |
13852086 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 473
Target Start/End: Original strand, 13870471 - 13870940
Alignment:
| Q |
12 |
atcatcatattatattaagaggaattaatagcaaataaacacaccattatggaatatgaagcaatttggcaattcaaaccatcttatgagcttatcatct |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
13870471 |
atcatcatattatattaagaggaactaaaagcaaataaacacaccattatggaatatgaagcaatttggcaattcaaaccatcttataagcttatcatct |
13870570 |
T |
|
| Q |
112 |
ttagcatatcgaggtaggacaccaaaacgagctttcttggttgaatcaaaagagaatatgagtttattattcttcaccatttcctgaaaaatggaattca |
211 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
13870571 |
ttagcatatcgaggtaggacaccaaaacgagctttcttggtcgaatcaaaagagaatatgagtttattattcttcaccatttcctgaaaaatggaattca |
13870670 |
T |
|
| Q |
212 |
attcaa--------gattcatttgatttccatcaagtgatataattaacaaattagtctttagtcagattacatcaacagaaaaacttgacatacctttg |
303 |
Q |
| |
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| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |
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|
| T |
13870671 |
aatcaacaattcatgattcatttgatttccatcaagtgatataactaacaaattaatctttagtcagattacattaacagaaaaacttgtcatacctttg |
13870770 |
T |
|
| Q |
304 |
gcctaaagtacacaggaagatccataaaaattgcgtaattttcggttatggcaaagtcatgcaccatgatgggatctgaaattgttattggaacaggatc |
403 |
Q |
| |
|
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
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| T |
13870771 |
gtctaaagtacacgggaagatccataaaaattgcgtaattttcagttatggcaaagtcatgtaccatgatgggatctgaaatcgttattggaacaggatc |
13870870 |
T |
|
| Q |
404 |
atacatataaccatcttttgaaatgactctgtatgtgatatatggcggtgtttgtgaatatccaaatgta |
473 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
13870871 |
atacatataaccatcttttgaaatgactctgtatgtgatatatggcggtgtttgtgcatatccaaatgta |
13870940 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 260 - 472
Target Start/End: Original strand, 13893146 - 13893358
Alignment:
| Q |
260 |
tctttagtcagattacatcaacagaaaaacttgacatacctttggcctaaagtacacaggaagatccataaaaattgcgtaattttcggttatggcaaag |
359 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
13893146 |
tctttagtcagattacatgaataggaaaaacggcaatacctttggcctaaagtacacaggaagatccataaaaattgcataattttcggttatggcaaag |
13893245 |
T |
|
| Q |
360 |
tcatgcaccatgatgggatctgaaattgttattggaacaggatcatacatataaccatcttttgaaatgactctgtatgtgatatatggcggtgtttgtg |
459 |
Q |
| |
|
|| |||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
13893246 |
tcgtgcaccataatgggatttgatattgtaattggaacaggatcatgcatataaccatcttttgaaattactctgtatgtgatatatggtggtgtttgtg |
13893345 |
T |
|
| Q |
460 |
aatatccaaatgt |
472 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
13893346 |
aatatccaaatgt |
13893358 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 41 - 212
Target Start/End: Original strand, 13892942 - 13893113
Alignment:
| Q |
41 |
agcaaataaacacaccattatggaatatgaagcaatttggcaattcaaaccatcttatgagcttatcatctttagcatatcgaggtaggacaccaaaacg |
140 |
Q |
| |
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|||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
13892942 |
agcaaacaaacacaccattatggaatatgaagcagtttggtaattcaaaccatcttatgtgtttatcatccttagcataccgaggtaggacgccaaaacg |
13893041 |
T |
|
| Q |
141 |
agctttcttggttgaatcaaaagagaatatgagtttattattcttcaccatttcctgaaaaatggaattcaa |
212 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
13893042 |
agctttcttggttgaatcaaaagagaatactagtctcttattcttcaccatttcctgaaaaatgaaattcaa |
13893113 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 295 - 473
Target Start/End: Original strand, 13899886 - 13900064
Alignment:
| Q |
295 |
atacctttggcctaaagtacacaggaagatccataaaaattgcgtaattttcggttatggcaaagtcatgcaccatgatgggatctgaaattgttattgg |
394 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || || || || |||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||| || |
|
|
| T |
13899886 |
atacctttggcctaaagtacagaggaagatccataaatattgaatagttctctgtgatggcaaagtcatgcatcatgattggctctgatattgttatggg |
13899985 |
T |
|
| Q |
395 |
aacaggatcatacatataaccatcttttgaaatgactctgtatgtgatatatggcggtgtttgtgaatatccaaatgta |
473 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13899986 |
aacaggatcatgcataaaaccgtcctttgaaattactctgtatgtgatatatgggggtgtatgtgaatatccaaatgta |
13900064 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 12 - 199
Target Start/End: Original strand, 13899535 - 13899722
Alignment:
| Q |
12 |
atcatcatattatattaagaggaattaatagcaaataaacacaccattatggaatatgaagcaatttggcaattcaaaccatcttatgagcttatcatct |
111 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||| ||| || || ||| ||||| |||||| |||||||||||||| ||||| | ||| |||||||| || | || ||||| |
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|
| T |
13899535 |
atcaacatattatattaaggagaagaaaaagtaaacaaacataccattgtggaatatgaagcagtttggtagttcgaaccatctaatatgtttttcatcc |
13899634 |
T |
|
| Q |
112 |
ttagcatatcgaggtaggacaccaaaacgagctttcttggttgaatcaaaagagaatatgagtttattattcttcaccatttcctgaa |
199 |
Q |
| |
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|||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
13899635 |
ttagcatagcggggtagaacaccgaaacgagctttcttggtcgaatcaaaagagaatatcagtgtcttattcttcaccatttcctgaa |
13899722 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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