View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18599_low_42 (Length: 244)

Name: NF18599_low_42
Description: NF18599
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18599_low_42
NF18599_low_42
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (24-226)||(10373503-10373705)
chr3 (18-226)||(10262907-10263115)
chr3 (18-221)||(10519696-10519899)
chr3 (16-221)||(9841069-9841274)
chr3 (18-216)||(10034219-10034417)
chr3 (19-200)||(10665698-10665879)
chr3 (18-221)||(10431696-10431899)
chr3 (21-216)||(10129141-10129336)
chr3 (18-211)||(10582832-10583025)
chr3 (17-221)||(9851950-9852154)
chr3 (23-205)||(10361461-10361643)
chr3 (18-200)||(11779637-11779819)
chr3 (22-221)||(10091005-10091204)
chr3 (22-221)||(10197887-10198086)
chr3 (18-200)||(11771466-11771648)
chr3 (18-200)||(13853116-13853298)
chr3 (18-221)||(10502794-10502996)
chr3 (24-179)||(10967364-10967519)
chr3 (28-148)||(11244188-11244308)
chr3 (23-180)||(13397732-13397889)
chr3 (31-76)||(11230092-11230137)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (18-216)||(55257-55455)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (23-200)||(26909120-26909297)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-193)||(17850581-17850756)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (35-76)||(11487385-11487426)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 163; Significance: 4e-87; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 24 - 226
Target Start/End: Original strand, 10373503 - 10373705
Alignment:
Q  24 cacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccactt 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||  | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10373503 cacaagtgatgtgtaattgctccacatttcaagaggaaggaaggataaattctcacagtatctaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccactt 10373602  T
Q  124 gagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacatt 223  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10373603 gagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacacatt 10373702  T
Q  224 cac 226  Q
    |||    
T  10373703 cac 10373705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 18 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 10263115 - 10262907
Alignment:
Q  18 aagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtaga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||      ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10263115 aagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattctcacaatttacaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtaga 10263016  T
Q  118 ccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaa 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10263015 ccacttgagggaaatgtagtgagagaaggaagagaactgagtttcaagtgtgttagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaa 10262916  T
Q  218 cacattcac 226  Q
    |||||||||    
T  10262915 cacattcac 10262907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 10519899 - 10519696
Alignment:
Q  18 aagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtaga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |   ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10519899 aagactcacaagtgatgtgtaattgatccacgtttcaggaggaaggaaggataaattctcacaacattgaatattaagtgattgcaatgaagtgggtaga 10519800  T
Q  118 ccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  10519799 ccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagtcccaagtgtgtaagacaagtgcttttcagaatcaattttggcacagctaatagcttaa 10519700  T
Q  218 caca 221  Q
    ||||    
T  10519699 caca 10519696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 9841274 - 9841069
Alignment:
Q  16 tgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggta 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9841274 tgaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaactacgaatatgaagtgattgcaatgaagtgggta 9841175  T
Q  116 gaccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataactt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||    
T  9841174 gaccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacaactaatagttt 9841075  T
Q  216 aacaca 221  Q
    ||||||    
T  9841074 aacaca 9841069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 10034417 - 10034219
Alignment:
Q  18 aagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtaga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||      ||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  10034417 aagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacattttacaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagt 10034318  T
Q  118 ccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataactta 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||    
T  10034317 ccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttggcacagctaatagctta 10034219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 10665879 - 10665698
Alignment:
Q  19 agactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagac 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10665879 agacgcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaccacaaaatattaagtgattgcaatgaagtgggtagac 10665780  T
Q  119 cacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10665779 cacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagtgaatagagtgccaagtgtgtaagacaagtgcttctcataatcaattttgg 10665698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Original strand, 10431696 - 10431899
Alignment:
Q  18 aagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtaga 117  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||      ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10431696 aagactgacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacatttttcaatttcaagtgattgcaatgaagtgggtaga 10431795  T
Q  118 ccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaa 217  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  10431796 ccacttgatggaaatgcagtgagagaagaaagagaatcgagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggcacaactaatagcttaa 10431895  T
Q  218 caca 221  Q
    ||||    
T  10431896 caca 10431899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 21 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 10129336 - 10129141
Alignment:
Q  21 actcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagacca 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||      ||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  10129336 actcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacatttttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagtcca 10129237  T
Q  121 cttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataactta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  10129236 cttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatagagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttttcagaatcaattttggcacagctaatagctta 10129141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 10583025 - 10582832
Alignment:
Q  18 aagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtaga 117  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||       |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10583025 aagactcacaagtgatgtgtagttgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaattttcgatatgaagtgattgcaatgaagtgggtaga 10582926  T
Q  118 ccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaata 211  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10582925 ccacttgagggaaatgtagtgagagaagaaagagaatagagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggcacagctaata 10582832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 17 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 9852154 - 9851950
Alignment:
Q  17 gaagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtag 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||      ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9852154 gaagactcacaagtgatgtgtagttgctccatgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaattttcaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtag 9852055  T
Q  117 accacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataactta 216  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||    
T  9852054 accacttgatggaaatgcattgagagaagaaagtgaatcgagtctcaagtgtgtaagacaagtgcttctcataatcaattttggcacagctaatagctta 9851955  T
Q  217 acaca 221  Q
    |||||    
T  9851954 acaca 9851950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 205
Target Start/End: Original strand, 10361461 - 10361643
Alignment:
Q  23 tcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccact 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10361461 tcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacaattttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagaccact 10361560  T
Q  123 tgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacag 205  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  |  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10361561 tgagggaaatgcagtgagagaagaaagattaccgagtcccaagagtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggcacag 10361643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 200
Target Start/End: Original strand, 11779637 - 11779819
Alignment:
Q  18 aagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtaga 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| |||| |||      ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11779637 aagactcacaagtgaagtgtaattgctccacgtttcagaaggtagaaaggataagttctcacaatctttaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtaga 11779736  T
Q  118 ccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttgg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  11779737 ccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagagaatggagtctcaagtatgtaagacaaatgcttctcaaaatcaattttgg 11779819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 22 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 10091204 - 10091005
Alignment:
Q  22 ctcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccac 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||  |   ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10091204 ctcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattcaaacaaaattcaatttcaattgattgcaatgaagtgggtagaccac 10091105  T
Q  122 ttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacaca 221  Q
    ||||||| ||||| | || ||| | |||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||  |||||| |||||| | |||||||| |||| ||||    
T  10091104 ttgagggtaatgcggcgatagatgaaagagaatagagtttcaagtgttgaagacaagtgcttcttggaatcatttttggcatagctaatagcttagcaca 10091005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 22 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 10198086 - 10197887
Alignment:
Q  22 ctcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccac 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||  |   ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10198086 ctcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattcaaacaaaattcaatttcaattgattgcaatgaagtgggtagaccac 10197987  T
Q  122 ttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaacaca 221  Q
    ||||||| ||||| | || ||| | |||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||  |||||| |||||| | |||||||| |||| ||||    
T  10197986 ttgagggtaatgcggcgatagatgaaagagaatagagtttcaagtgttgaagacaagtgcttcttggaatcatttttggcatagctaatagcttagcaca 10197887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 11771648 - 11771466
Alignment:
Q  18 aagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtaga 117  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| || |||||||| |||| |||      ||||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  11771648 aagactcacaagtgaagtgtaatagctccacgtttcagaaggtagaaaggataagttctcacaatctttaatatgaagtatttgcaatgaagtgggtaga 11771549  T
Q  118 ccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttgg 200  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11771548 ccacttgggggaaatgcagtgagagaagaaagagaatggagtctcaagtatgtaagacaagtgcttctcaaaatcaattttgg 11771466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 200
Target Start/End: Original strand, 13853116 - 13853298
Alignment:
Q  18 aagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtaga 117  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||       || |||||||||||||||| ||| || |||    
T  13853116 aagactcgcaagcgatgtgtaattgctccatgtttcaggaggaaggaatgataaattctcacatttttctatttcaagtgattgcaatggagttggcaga 13853215  T
Q  118 ccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttgg 200  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| |||| |  || ||||| |||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  13853216 ccacttgacggaaatacagtgagagatggaatatcatagagtttcaagtgttgaagaaaagtgcttctcaaaatcaattttgg 13853298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 10502996 - 10502794
Alignment:
Q  18 aagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtaga 117  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||     ||||  |||||| ||||| ||||||||||||    
T  10502996 aagactcacaagcaatgtgtaattgctccacgtttcagcaggaagaaaggataaattctcacaccttttaatactaagtgactgcaaagaagtgggtaga 10502897  T
Q  118 ccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataacttaa 217  Q
    |||  |  ||||||  |||||||||| |||| |  || |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| | |||    
T  10502896 ccatctttgggaaacacagtgagagatggaatatcatagagttccaagtgttgaagacaagtgcttctca-aatcatttttggaatagataatagcgtaa 10502798  T
Q  218 caca 221  Q
    ||||    
T  10502797 caca 10502794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 24 - 179
Target Start/End: Original strand, 10967364 - 10967519
Alignment:
Q  24 cacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccactt 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||| | ||||||||||||     ||||||||||||| | |||||||||||| || ||| |     
T  10967364 cacaagtgatgtgtaattgctccacatttccggaggcaagaatgctaaattcttacagtcggaaatatcaagtgacttcaatgaagtgggaagtccatta 10967463  T
Q  124 gagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagt 179  Q
    || | ||||||||||||||| | || | || |||||| |||||||  |||||||||    
T  10967464 gatgaaaatgcagtgagagaggaaatataaatgagttgcaagtgttgaagacaagt 10967519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 28 - 148
Target Start/End: Original strand, 11244188 - 11244308
Alignment:
Q  28 agtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccacttgagg 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||  | | |||    | ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||  |    
T  11244188 agtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaatgttaagctgtcacaattgcgaatatgaagtgtttgcaaagaagtgggtagaccatttgtag 11244287  T
Q  128 gaaatgcagtgagagaaggaa 148  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  11244288 gaaatgcagtgagagatggaa 11244308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 23 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 13397889 - 13397732
Alignment:
Q  23 tcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccact 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||| | |||||||| ||||      |||  |||||| ||||| |||||||| |||||| |    
T  13397889 tcacaagtgatgtgtaattgctccatgtttcaggacgcaagaatgctaaattctgacactcatctatacgaagtgactgcaacgaagtgggaagaccatt 13397790  T
Q  123 tgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtg 180  Q
    ||  ||||||||||||||||| | || | || |||| |||||||||  ||||||||||    
T  13397789 tgctggaaatgcagtgagagaggaaatataaatgagatccaagtgttgaagacaagtg 13397732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 31 - 76
Target Start/End: Original strand, 11230092 - 11230137
Alignment:
Q  31 gatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattct 76  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||    
T  11230092 gatgtgtaattgctccacgtatcaagaggaagaaacgataaattct 11230137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 216
Target Start/End: Original strand, 55257 - 55455
Alignment:
Q  18 aagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtaga 117  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||      ||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  55257 aagactgacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggtaggaaggataaattctcacatttttcaatatgaagtgattgcaatgaagtgggtagt 55356  T
Q  118 ccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttggaacagctaataactta 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  55357 ccacttgagggaaatgcagtgagagaagaaagtgaatggagtttcaagtgtgtaagacaagtgcttttcagaatcaattttggcacagctaatagctta 55455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 86; Significance: 3e-41; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 23 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 26909297 - 26909120
Alignment:
Q  23 tcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtagaccact 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||  |||  |   ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26909297 tcacaagtgatgtgtaattgctccaggtttcaagaggtaggaaggataaattcaaacaaaattcaatttcaattgattgcaatgaagtgggtagaccact 26909198  T
Q  123 tgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatcaattttgg 200  Q
    |||||| ||||| | || ||| | |||||||| ||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26909197 tgagggtaatgcggcgatagatgaaagagaatagagtttcaagtgttgaagacatgtgcttctcagaatcaattttgg 26909120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 193
Target Start/End: Original strand, 17850581 - 17850756
Alignment:
Q  18 aagactcacaagtgatgtgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattcttacacgaccaaatatcaagtgattgcaatgaagtgggtaga 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||   | ||||| |||||| |||||||||||| || ||    
T  17850581 aagactcgcaagtgatgtgtaattgttccacgtttcaggaggcatgaaggataaattcttacacatactaatatgaagtgactgcaatgaagtgagttga 17850680  T
Q  118 ccacttgagggaaatgcagtgagagaaggaagagaattgagttccaagtgtgtaagacaagtgcttctcagaatca 193  Q
     ||   |  ||||||||||||||||| |||| |  |||||||  |||||||  |||||||||||| |||| |||||    
T  17850681 acatccgtcggaaatgcagtgagagacggaatatcattgagtgtcaagtgttgaagacaagtgctcctcataatca 17850756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 11487426 - 11487385
Alignment:
Q  35 tgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaaggataaattct 76  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11487426 tgtaattgctccacgtttcaggaggaaggaatgataaattct 11487385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University