View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1859R-Insertion-4 (Length: 751)

Name: NF1859R-Insertion-4
Description: NF1859R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1859R-Insertion-4
NF1859R-Insertion-4
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (192-661)||(14399422-14399895)
chr5 (182-661)||(14402597-14403080)
chr5 (194-661)||(14406915-14407386)
chr5 (182-661)||(14403214-14403697)
chr5 (182-661)||(14405996-14406479)
chr5 (194-658)||(14399895-14400354)
chr5 (182-618)||(14388038-14388478)
chr5 (182-431)||(14405613-14405862)
chr5 (185-429)||(14401918-14402158)
chr5 (444-661)||(14404133-14404352)
chr5 (228-431)||(14381992-14382195)
chr5 (228-431)||(14382852-14383055)
chr5 (228-431)||(14383703-14383906)
chr5 (228-431)||(14384563-14384766)
chr5 (228-431)||(14385414-14385617)
chr5 (228-431)||(14386265-14386468)
chr5 (228-431)||(14381132-14381335)
chr5 (53-99)||(14368863-14368909)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 192 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 14399895 - 14399422
Alignment:
Q  192 tgtcaccaagaaacgttttatattatgctactctatttttgtcattatattccaatggcgaggttatatgaagttgaaatacttgacctccaaaagatca 291  Q
    ||||||||||||| ||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14399895 tgtcaccaagaaatgtttccttttatgctactttatttttgtcattatattccaatggcgaggttctgtgaagtggaaatacttgacctccaaaagatca 14399796  T
Q  292 tgatcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaacacttcttcttggagtcgtaaccatcctgtttttgttgaacttggctcgactcccggtgaaattga 391  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  14399795 tgatcaatcaagtagttgatgtgtgccatcttaacacttcttcatggagtcgtaaccatcctgcttttgttgaacttggctcgactcccggtgaaatcga 14399696  T
Q  392 agtgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatggac--ccgatgccaactggtcatataagaaattttaccattaaacaatacatatatg--tgtgt 487  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||    
T  14399695 agtgtgccactggatatataagaatgacctgtcatggaccgccgatgccaactggtcatataagaaattttaccattaaaccatacatatatgtatatgt 14399596  T
Q  488 gtgcgcgagcatgcttgcgtgcgtgtgtgtattacttaatattttatatagagattagtttggagaacattggaaaacaaagttcatacgaacacaagtt 587  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14399595 gcgcgcgagcatgcttgcgtgcgtgcgtgtattacttaatattttatgtagagattagtttggagaacattggaaaacaaagttcatacgaacacaagtt 14399496  T
Q  588 tgttaatnnnnnnngttcatacgaacacaagaacgcaagtttgttaatacaaataaaagttcagtacaagtttg 661  Q
    |||||||       |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14399495 tgttaataaaaaaagttcatacgaacacaagaacacaagtttgttaatacaaataaaagttcagtacaagtttg 14399422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 182 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 14403080 - 14402597
Alignment:
Q  182 atcagtcacatgtcaccaagaaacgttttatattatgctactctatttttgtcattatattccaatggcgaggttatatgaagttgaaatacttgacctc 281  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  14403080 atcagtcacatgtcaccaagaaatgtttccttttatgctactctatttttgtcattatattccaatggcgaggttctatgaagtggaagtacttgacctc 14402981  T
Q  282 caaaagatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaacacttcttcttggagtcgtaaccatcctgtttttgttgaacttggctcgactcccg 381  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  14402980 caaaagatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaacacttcttcatggagtcgtaaccatcctacttttcttgaacttggctcgactcccg 14402881  T
Q  382 gtgaaattgaagtgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatggac--ccgatgccaactggtcatataagaaattttaccattaaacaatacatat 479  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  14402880 gtgaaatcgaagtgcgccactggatatacaagaatgacatgtcatggaccgccgatgccaactagtcatataagaaattttaccgttaaaccatacatat 14402781  T
Q  480 atg--tgtgtgtgcgcgagcatgcttgcgtgcgtgtgtgtattacttaatattttatatagagattagtttggagaacattggaaaacaaagttcatacg 577  Q
    |||  | |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14402780 atgtatatgtgcgcgcgagcatgcttgcgtgcgtgcgtgtattacttaatattttatatagagattagtttggagaacattggaaaacaaagttcatacg 14402681  T
Q  578 aacacaagtttgttaatnnnnnnngttcatacgaacacaagaacgcaagtttgttaatacaaataaaagttcagtacaagtttg 661  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14402680 aacacaagtttgttaataaaaaaagttcatacgaacacaagaacacaattttgtcaatacaaataaatgttcagtacaagtttg 14402597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 194 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 14407386 - 14406915
Alignment:
Q  194 tcaccaagaaacgttttatattatgctactctatttttgtcattatattccaatggcgaggttatatgaagttgaaatacttgacctccaaaagatcatg 293  Q
    ||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14407386 tcaccaagaaatgtttccttttatgctactctatttttgtcattatattccaatggcgaggttctatgaagtggaaatacttgacctccaaaagatcatg 14407287  T
Q  294 atcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaacacttcttcttggagtcgtaaccatcctgtttttgttgaacttggctcgactcccggtgaaattgaag 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||    
T  14407286 atcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaccacttcttcatggagtcgtaaccatcctgcttttgttgaacttggctcgactcctcgtgaaatcgaag 14407187  T
Q  394 tgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatggac--ccgatgccaactggtcatataagaaattttaccattaaacaatacatatatgtgtgtgtg- 490  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||     
T  14407186 tgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatggactgccaatgccaactagtcatataagaaattttaccattaaaccatacatatatgtatatgtgc 14407087  T
Q  491 -cgcgagcatgcttgcgtgcgtgtgtgtattacttaatattttatatagagattagtttggagaacattggaaaacaaagttcatacgaacacaagtttg 589  Q
     |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14407086 ccgcgagcatgtttgcgtgcgtgcatgtattacttaatattttatatagagattagtttggagaacattggaaaacaaagttcatacgaacacaagtttg 14406987  T
Q  590 ttaatnnnnnnngttcatacgaacacaagaacgcaagtttgttaatacaaataaaagttcagtacaagtttg 661  Q
    |||||       |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14406986 ttaataaaaaaagttcatacgaacacaagaacacaattttgttaatacaaataaatgttcagtacaagtttg 14406915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 182 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 14403697 - 14403214
Alignment:
Q  182 atcagtcacatgtcaccaagaaacgttttatattatgctactctatttttgtcattatattccaatggcgaggttatatgaagttgaaatacttgacctc 281  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  14403697 atcagtcatatgtcaccaagaaatgtttccttttatgctactctatttttgtcattatattccaatggtaaggttctatgaagtggaaatacttgacctc 14403598  T
Q  282 caaaagatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaacacttcttcttggagtcgtaaccatcctgtttttgttgaacttggctcgactcccg 381  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  14403597 caaaagatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaacatttcttcatggagtcgtaaccatcctgcttttcttgaacttggctcgactcccg 14403498  T
Q  382 gtgaaattgaagtgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatggac--ccgatgccaactggtcatataagaaattttaccattaaacaatacatat 479  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |  ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  14403497 gtgaaatcgaagtgtgccactggatatacaagaatgatatgtcatggaccgctaatgccaactggtcgtataagaaattttaccgttaaaccatacatat 14403398  T
Q  480 atgtgtgtgtgcgc--gagcatgcttgcgtgcgtgtgtgtattacttaatattttatatagagattagtttggagaacattggaaaacaaagttcatacg 577  Q
    ||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14403397 atgcgtgtgcgcgcgtgagcatgcttgcgtgcgtgcgtgtattacttaatattttatacacagattagtttggagaacattggaaaacaaagttcatacg 14403298  T
Q  578 aacacaagtttgttaatnnnnnnngttcatacgaacacaagaacgcaagtttgttaatacaaataaaagttcagtacaagtttg 661  Q
    |||||||||||| ||||       |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14403297 aacacaagtttgctaataaaaaaagttcatacgaacacaagaacacaattttgttaatacaaataaatgttcagtacaagtttg 14403214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 182 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 14406479 - 14405996
Alignment:
Q  182 atcagtcacatgtcaccaagaaacgttttatattatgctactctatttttgtcattatattccaatggcgaggttatatgaagttgaaatacttgacctc 281  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  14406479 atcagtcatatgtcaccaagaaatgtttccttttatgctactctatttttgtcattatattccaatggtgaggttctatgaagtggaaatacttgacctc 14406380  T
Q  282 caaaagatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaacacttcttcttggagtcgtaaccatcctgtttttgttgaacttggctcgactcccg 381  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||    
T  14406379 caaaatatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaacatttcttcatggagtcgtaaccatcctgcttttcttgaatttggctcgactcccg 14406280  T
Q  382 gtgaaattgaagtgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatgga--cccgatgccaactggtcatataagaaattttaccattaaacaatacatat 479  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   || ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  14406279 gtgaaatcgaggtgtgccactggatatacaagaatgacatgtcatggatcgccaatgccaactggtcgtataagaaattttaccgttaaaccatacatat 14406180  T
Q  480 at--gtgtgtgtgcgcgagcatgcttgcgtgcgtgtgtgtattacttaatattttatatagagattagtttggagaacattggaaaacaaagttcatacg 577  Q
    ||  ||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14406179 atgcgtgtgcgcgcgcgagcatgcttgcgtgcgtgcgtgtattacttaatattttatacacagattagtttggagaacattggaaaacaaagttcatacg 14406080  T
Q  578 aacacaagtttgttaatnnnnnnngttcatacgaacacaagaacgcaagtttgttaatacaaataaaagttcagtacaagtttg 661  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14406079 aacacaagtttgttaataaaaaaagttcatacgaacacaagaacacaattttgttaatacaaataaatgttcagtacaagtttg 14405996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 194 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 14400354 - 14399895
Alignment:
Q  194 tcaccaagaaacgttttatattatgctactctatttttgtcattatattccaatggcgaggttatatgaagttgaaatacttgacctccaaaagatcatg 293  Q
    ||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14400354 tcaccaagaaatgtttccttttatgctactctatttttgtcattatattccaatggggaggttctatgaagtggaaatacttgacctccaaaagatcatg 14400255  T
Q  294 atcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaacacttcttcttggagtcgtaaccatcctgtttttgttgaacttggctcgactcccggtgaaattgaag 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14400254 atcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaacacttcttcatggtgtcataaccatcccg-ctttgttgaacttggctcgactcccggtgaaatcgaag 14400156  T
Q  394 tgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatggac--ccgatgccaactggtcatataagaaattttaccattaaacaatacatatatg--tgtgtgt 489  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  | ||||     
T  14400155 tgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatggaccgccaatgccaactggtcatataagaaattttgccattaaaccatacatatatgtatatgtgc 14400056  T
Q  490 gcgcgagcatgcttgcgtgcgtgtgtgtattacttaatattttatatagagattagtttggagaacattggaaaacaaagttcatacgaacacaagtttg 589  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14400055 gcgcgagcatgcttgcgtgcgtgcgtgtattacttaatattttatatagagattagtttggagaacataggaaagcaaagttcatacgaacacaagtttg 14399956  T
Q  590 ttaatnnnnnnngttcatacgaacacaagaacgcaagtttgttaatacaaataaaagttcagtacaagt 658  Q
    |||||       |||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14399955 ttaataaaaaaagttcatacgaaca--------caagtttgttaatacaaataaaagttcagtacaagt 14399895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 182 - 618
Target Start/End: Original strand, 14388038 - 14388478
Alignment:
Q  182 atcagtcacatgtcaccaagaaacgttttatattatgctactctatttttgtcattatattccaatggcgaggttatatgaagttgaaatacttgacctc 281  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| || ||||||||||||    
T  14388038 atcagtcacatgtcaccaagaaatgtttccttttatgctactctatttttgtcattatatttcaatggcgaggttctattaagtggagatacttgacctc 14388137  T
Q  282 caaaagatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaacacttcttcttggagtcgtaaccatcctgtttttgttgaacttggctcgactcccg 381  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||    
T  14388138 caaaagatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtctcatcttaacacttctttatggagtcgtaaccatcttgcttttgttgaactcggctcgactcccg 14388237  T
Q  382 gtgaaattgaagtgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatgga--cccgatgccaactggtcatataagaaattttaccattaaacaatacatat 479  Q
     |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14388238 ctgaaatcgaagtgtgccactagatatacgagaatgacatgtcatggagcgccgatgtcaactggtcatataagaaattttaccattaaaccatacatat 14388337  T
Q  480 atgtgtgtgtgcg--cgagcatgcttgcgtgcgtgtgtgtattacttaatattttatatagagattagtttggagaacattggaaaacaaagttcatacg 577  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14388338 atgtgtgtgtgcgttcgagcatgcttgtgtgcgtgcgtgtattacttaatattttatatagagattagtttggagaacattggaaaacaaagttcatacg 14388437  T
Q  578 aacacaagtttgttaatnnnnnnngttcatacgaacacaag 618  Q
    |||| || |||||||||       |||||||||||||||||    
T  14388438 aacaaaaatttgttaataaaaaaagttcatacgaacacaag 14388478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 182 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 14405862 - 14405613
Alignment:
Q  182 atcagtcacatgtcaccaagaaacgttttatattatgctactctatttttgtcattatattccaatggcgaggttatatgaagttgaaatacttgacctc 281  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  14405862 atcagtcacatgtcaccaagaaatgtttccttttatgctactctatttttgtcattatattccaatggcgaggttctatgaagtggaagtacttgacctc 14405763  T
Q  282 caaaagatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaacacttcttcttggagtcgtaaccatcctgtttttgttgaacttggctcgactcccg 381  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  14405762 caaaagatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtaccatcttaacacttcttcatggagtcgtaaccatcctacttttcttgaacttggctcgactcccg 14405663  T
Q  382 gtgaaattgaagtgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatggacc 431  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14405662 gtgaaatcgaagtgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatggacc 14405613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 185 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 14402158 - 14401918
Alignment:
Q  185 agtcacatgtcaccaagaaacgttttatattatgctactctatttttgtcattatattccaatggcgaggttatatgaagttgaaatacttgacctccaa 284  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  14402158 agtcacatgtcaccaagaaatgtttccttttatgctactctatttttgtcaatatattccaatggcgaggttctatgaagtggaaatacttgacctccaa 14402059  T
Q  285 aagatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaacacttcttcttggagtcgtaaccatcctgtttttgttgaacttggctcgactcccggtg 384  Q
    ||||||||||||||    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14402058 aagatcatgatcaa----gcagttgatgtgtgtcatcttaacacttcttcatggagtcgtaaccatcctgcttttcttgaacttggctcgactcccggtg 14401963  T
Q  385 aaattgaagtgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatgga 429  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14401962 aaatcgaagtgtgccactggatatacaagaatgacatgtcatgga 14401918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 444 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 14404352 - 14404133
Alignment:
Q  444 gtcatataagaaattttaccattaaacaatacatatatgtgtgtgtgc--gcgagcatgcttgcgtgcgtgtgtgtattacttaatattttatatagaga 541  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | |||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  14404352 gtcatataagaaatttttccattaaaccatacatatatgtatatgtgcccgcgagcatgcttgcgtgcgtgcatgtattacttaatattttatatagaga 14404253  T
Q  542 ttagtttggagaacattggaaaacaaagttcatacgaacacaagtttgttaatnnnnnnngttcatacgaacacaagaacgcaagtttgttaatacaaat 641  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  14404252 ttagtttggagaacattggaaaacaaagttcatacgaacacaagtttgttaataaaaaaagttcatacgaacacaagaacacaattttgttaatacaaat 14404153  T
Q  642 aaaagttcagtacaagtttg 661  Q
    ||| ||||||||||||||||    
T  14404152 aaatgttcagtacaagtttg 14404133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 228 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 14382195 - 14381992
Alignment:
Q  228 ttttgtcattatattccaatggcgaggttatatgaagttgaaatacttgacctccaaaagatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaaca 327  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||| | ||| | ||||||||||||  ||||||||| |||| ||| |||||||| |||| |||||| ||  || |||    
T  14382195 ttttgtcattacattcccatggtgagggtctataatgttgaaatacttaccctccaaaaaatcaagataaatcaagctgttggtgtgtgtcacattgaca 14382096  T
Q  328 cttcttcttggagtcgtaaccatcctgtttttgttgaacttggctcgactcccggtgaaattgaagtgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatg 427  Q
    ||||||| ||||| |||| |||||| | |||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||| | ||||||||||||| ||    
T  14382095 cttcttcatggagccgtagccatccggcttttcttgaacttggctcggctccaggtgaaattgaagtttgtcactggatattctagaatgacatgtcttg 14381996  T
Q  428 gacc 431  Q
    ||||    
T  14381995 gacc 14381992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 228 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 14383055 - 14382852
Alignment:
Q  228 ttttgtcattatattccaatggcgaggttatatgaagttgaaatacttgacctccaaaagatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaaca 327  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||| | ||| | ||||||||||||  ||||||||| |||| ||| |||||||| |||| |||||| ||  || |||    
T  14383055 ttttgtcattacattcccatggtgagggtctataatgttgaaatacttaccctccaaaaaatcaagataaatcaagctgttggtgtgtgtcacattgaca 14382956  T
Q  328 cttcttcttggagtcgtaaccatcctgtttttgttgaacttggctcgactcccggtgaaattgaagtgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatg 427  Q
    ||||||| ||||| |||| |||||| | |||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||| | ||||||||||||| ||    
T  14382955 cttcttcatggagccgtagccatccggcttttcttgaacttggctcggctccaggtgaaattgaagtttgtcactggatattctagaatgacatgtcttg 14382856  T
Q  428 gacc 431  Q
    ||||    
T  14382855 gacc 14382852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 228 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 14383906 - 14383703
Alignment:
Q  228 ttttgtcattatattccaatggcgaggttatatgaagttgaaatacttgacctccaaaagatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaaca 327  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||| | ||| | ||||||||||||  ||||||||  |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||  || |||    
T  14383906 ttttgtcattacattcccatggtgagggtctataatgttgaaatacttaccctccaaagaatcaagataaatcaagctgttgatgtgtgtcacattgaca 14383807  T
Q  328 cttcttcttggagtcgtaaccatcctgtttttgttgaacttggctcgactcccggtgaaattgaagtgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatg 427  Q
    ||||||| ||||| |||| |||||| | |||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||| || ||    
T  14383806 cttcttcatggagccgtagccatccggcttttcttgaacttggctcggctccaggtgaaattgaagtttgtcactggatattccagaatgacatatcttg 14383707  T
Q  428 gacc 431  Q
    ||||    
T  14383706 gacc 14383703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 228 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 14384766 - 14384563
Alignment:
Q  228 ttttgtcattatattccaatggcgaggttatatgaagttgaaatacttgacctccaaaagatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaaca 327  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||| | ||| | ||||||||||||  ||||||||| |||| ||| |||||||  |||| |||||| ||  || |||    
T  14384766 ttttgtcattacattcccatggtgagggtctataatgttgaaatacttaccctccaaaaaatcaagataaatcaagttgttggtgtgtgtcacattgaca 14384667  T
Q  328 cttcttcttggagtcgtaaccatcctgtttttgttgaacttggctcgactcccggtgaaattgaagtgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatg 427  Q
    ||||||| ||||| |||| |||||| | |||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||| | ||||||||||||| ||    
T  14384666 cttcttcatggagccgtagccatccggcttttcttgaacttggctcggctccaggtgaaattgaagtttgtcactggatattctagaatgacatgtcttg 14384567  T
Q  428 gacc 431  Q
    ||||    
T  14384566 gacc 14384563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 228 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 14385617 - 14385414
Alignment:
Q  228 ttttgtcattatattccaatggcgaggttatatgaagttgaaatacttgacctccaaaagatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaaca 327  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||| | ||| | ||||||||||||  ||||||||  |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||  || |||    
T  14385617 ttttgtcattacattcccatggtgagggtctataatgttgaaatacttaccctccaaagaatcaagataaatcaagctgttgatgtgtgtcacattgaca 14385518  T
Q  328 cttcttcttggagtcgtaaccatcctgtttttgttgaacttggctcgactcccggtgaaattgaagtgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatg 427  Q
    ||||||| ||||| |||| |||||| | |||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||| || ||    
T  14385517 cttcttcatggagccgtagccatccggcttttcttgaacttggctcggctccaggtgaaattgaagtttgtcactggatattccagaatgacatatcttg 14385418  T
Q  428 gacc 431  Q
    ||||    
T  14385417 gacc 14385414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 228 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 14386468 - 14386265
Alignment:
Q  228 ttttgtcattatattccaatggcgaggttatatgaagttgaaatacttgacctccaaaagatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaaca 327  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||| | ||| | ||||||||||||  ||| ||||  |||| ||| |||||||| ||||||||||| ||  || |||    
T  14386468 ttttgtcattacattcccatggtgagggtctataatgttgaaatacttacccttcaaagaatcaagataaatcaagctgttgatgtgtgtcacattgaca 14386369  T
Q  328 cttcttcttggagtcgtaaccatcctgtttttgttgaacttggctcgactcccggtgaaattgaagtgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatg 427  Q
    ||||||| ||||| |||| |||||| | |||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||| || ||    
T  14386368 cttcttcatggagccgtagccatccggcttttcttgaacttggctcggctccaggtgaaattgaagtttgtcactggatattccagaatgacatatcttg 14386269  T
Q  428 gacc 431  Q
    ||||    
T  14386268 gacc 14386265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 228 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 14381335 - 14381132
Alignment:
Q  228 ttttgtcattatattccaatggcgaggttatatgaagttgaaatacttgacctccaaaagatcatgatcaatcaagcagttgatgtgtgccatcttaaca 327  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||| | ||| | ||||||||||||  ||||||||  |||| ||| |||||||  |||| |||||| ||  || |||    
T  14381335 ttttgtcattacattcccatggtgagggtctataatgttgaaatacttaccctccaaagaatcaagataaatcaagttgttgttgtgtgtcacattgaca 14381236  T
Q  328 cttcttcttggagtcgtaaccatcctgtttttgttgaacttggctcgactcccggtgaaattgaagtgtgccactggatatacgagaatgacatgtcatg 427  Q
    ||||||| | ||| |||| |||||| | |||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||| || |||||||||| | ||||||||||||| ||    
T  14381235 cttcttcatcgagccgtagccatccggcttttcttgaacttggctcagctccaggtgaaattgaagtttgtcactggatattccagaatgacatgtcttg 14381136  T
Q  428 gacc 431  Q
    ||||    
T  14381135 gacc 14381132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 53 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 14368909 - 14368863
Alignment:
Q  53 atgagatactaatgtattgggatttatgactttttatatttgaatgt 99  Q
    ||||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  14368909 atgagatactagtttattgtgatttatgacttttcatatttgaatgt 14368863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University