View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18602_high_2 (Length: 621)

Name: NF18602_high_2
Description: NF18602
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18602_high_2
NF18602_high_2
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (2-603)||(20621028-20621631)
chr6 (2-603)||(20590148-20590754)
chr6 (137-603)||(12057676-12058143)
chr6 (334-460)||(20632183-20632311)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 450; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 450; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 603
Target Start/End: Original strand, 20621028 - 20621631
Alignment:
Q  2 tcggatgtcgaagaatatataagcgcacaggcacgtcaaaagttttaattgaagctacaggtagcaaactagtaattcccataaaaacttttccggttat 101  Q
    |||||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20621028 tcggatgttgaataaaatataagcgcacaggcatgtcaaaagttttagttgaagctacaggtagcaaactagcaattcccataaaaacttttccggttat 20621127  T
Q  102 tattccacgaggaatggagctcttgcgaagaaactccgaaaagtaaactcttgtccacaaattaagaatggtcgacacatcaagaagagtgggagtaatc 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20621128 tattccacgaggaatggagctcttgcgaagaaactacgaaaaataaactcttgtccacaaattaagaatggtcgacacatcaagaagagtgggagtaatc 20621227  T
Q  202 acccccaagggaaaacaaattcattggtaattacaagccaataacataggaatcacaaaatgagttctatatcagacttcatgtcaattattg-nnnnnn 300  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  20621228 atccccaagggaaaacaaattcattggtaattaaaagccaataacataggaatcagaaaatgagttctatatcagacttcatgtcaattattgaaataaa 20621327  T
Q  301 nnncattattataggttttgtaaaaaagaaaattataatatttgaaatttatttgataagcc--ttgcaaaatgaagggtcagaacaacgaaacaaaaat 398  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20621328 aaacattattataggttttgtaaaaaagaaaattataatatttgaaatttatttgaaaagccaattgcaaaataaagggtcagaacaacgaaacaaaaat 20621427  T
Q  399 tcaaattgatgagttagttacaatatgtttgtatgtcaaacacccatttttcaatgaaatttaaaatgtcaaagcttccttcacattaaagctacaaaaa 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  20621428 tcaaattgatgagttagttacaatatgtttgtatgtcaaacacccatttttcaatgaaatttaaaatgtcaaagcttccttcacaataaa-ctacaaaaa 20621526  T
Q  499 taaactctttcatctaaccctcctttgatcattatcaaaaccannnnnnncattgttctgtttcaaagagctcaaccattattcattccattttcctgtt 598  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  20621527 caaactctttcatcaaaccctcctttgatcattatcaaaaccatttctttcattgttatgtttcaaagagcttcaccattattcattccattttcttgtt 20621626  T
Q  599 ccttc 603  Q
    |||||    
T  20621627 ccttc 20621631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 603
Target Start/End: Original strand, 20590148 - 20590754
Alignment:
Q  2 tcggatgtcgaagaatatataagcgcacaggcacgtcaaaagttttaattgaagctacaggtagcaaactagtaattcccataaaaacttttccggttat 101  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |  ||||||    
T  20590148 tcggatgttgaagaaaatataagcgcataggcacgtcaaaagttttagttgaagctacaggtagcaaactagcaattcccataaaa-cttgtttggttat 20590246  T
Q  102 tattccacgaggaatggagctcttgcgaagaaactccgaaaagtaaactcttgtccacaaattaagaatggtcgacacatcaagaagagtgggagtaatc 201  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  20590247 tattccacgaggaatagagctcttgcgaagaaactccgaaaagtaaactcttgtccacaaattaagaatggtcgacacatcaagaagagtgggagtcatc 20590346  T
Q  202 a-cccccaagggaaaacaaattcattggtaattacaagccaataacataggaatcacaaaatgagttctatatcagacttcatgtcaattattgnnnnnn 300  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||           
T  20590347 atcccccaacggaaaacaaattcattggtaattacaagccaataacacaggaattacaaaatgagttctatatcagacttcatgtcaattgttaaaaaaa 20590446  T
Q  301 nnncattattataggttttgtaaaaaagaaa-attataatatttgaaatttatttgataagcc--ttgcaaaatgaagggtcagaacaacgaaacaaaaa 397  Q
       |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20590447 aaacattattataggttttgtaaaaaagaaatatgataatatttaaaatttatttgaaaagccaattgcaaaatgaagggtcagaacaacgaaacaaaaa 20590546  T
Q  398 ttcaaattgatgagttagttacaatatgtttgtatgtcaa--acacccatttttcaatgaaatttaaaatgtcaaagcttccttcacattaaagctacaa 495  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20590547 ttcaaattgacgagttagttacaatatgtttgtatgtcaaacacacccatttttctatgaaatttaaaatgtcaaagcttccttcacaataaagctacaa 20590646  T
Q  496 aaataaactctttcatctaaccctcctttgatcattatcaaaaccannnnnnncattgttctgtttcaaagagctcaaccattattcattccattttcct 595  Q
    ||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||       |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |    
T  20590647 aaacaaaccctttcatcaaaccctcctttaatcattataaaaaccatttctttcattgttctgtttcaaagagttcaaccatgattcattccatgttctt 20590746  T
Q  596 gttccttc 603  Q
    ||||||||    
T  20590747 gttccttc 20590754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 137 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 12058143 - 12057676
Alignment:
Q  137 ccgaaaagtaaactcttgtccacaaattaagaatggtcgacacatcaagaagagtgggagtaatcacccccaagggaaaacaaattcattggtaattaca 236  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12058143 ccgaaaagtaaattcttgtccacaaattaagaatggtcaacacatcaagaagagtgggagtaatcacccccaagggaaaacaaattcattggtaattaca 12058044  T
Q  237 agccaataacataggaatcacaaaatgagttctatatcagacttcatgtcaattattgnnnnnnnnncattattataggttttgtaaaaaagaaaattat 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12058043 agccaataacataggaatcacaaaatgagttctatatcagacttcatgtcaattattgaaaaaaaa-cattattataggttttgtaaaaaagaaaattat 12057945  T
Q  337 aatatttgaaatttatttgataagcc--ttgcaaaatgaagggtcagaacaacgaaacaaaaattcaaattgatgagttagttacaatatgtttgtatgt 434  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12057944 aatatttgaaatttatttgataagccaattgcaaaatgaagggtcagaacaacgaaacaaaaattcaaattgatgagttagttacaatatgtttgtatgt 12057845  T
Q  435 caaacacccatttttcaatgaaatttaaaatgtcaaagcttccttcacattaaagctacaaaaataaactctttcatctaaccctcctttgatcattatc 534  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12057844 caaacacccatttttcaatgaaatttaaaatgtcaaagcttcctttacattaaagctacaaaaacaaactctttcatctaaccctcctttgatcattatc 12057745  T
Q  535 aaaaccannnnnnncattgttctgtttcaaagagctcaaccattattcattccattttcctgttccttc 603  Q
    |||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12057744 aaaaccatttcttttattgttctgtttcaaagagctcaaccattattcattccattttcttgttccttc 12057676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 334 - 460
Target Start/End: Original strand, 20632183 - 20632311
Alignment:
Q  334 tataatatttgaaatttatttgataagcc--ttgcaaaatgaagggtcagaacaacgaaacaaaaattcaaattgatgagttagttacaatatgtttgta 431  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20632183 tataatatttgaaatttatttgaaaaaccaattgcaaaatgaagggtcagaaccacgaaacaaaaattcaaattgatgagttagttacaatatatttgta 20632282  T
Q  432 tgtcaaacacccatttttcaatgaaattt 460  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20632283 tgtcaaacacccatttttcaatgaaattt 20632311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University