View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18602_high_4 (Length: 530)

Name: NF18602_high_4
Description: NF18602
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18602_high_4
NF18602_high_4
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (13-514)||(6794092-6794593)
chr4 (14-514)||(6589855-6590355)
chr4 (27-513)||(6813436-6813922)
chr4 (21-514)||(6500166-6500659)
chr4 (21-514)||(6750503-6750996)
chr4 (21-512)||(6535472-6535963)
chr4 (21-514)||(6713467-6713960)
chr4 (11-514)||(6624247-6624750)
chr4 (24-514)||(6648714-6649204)
chr4 (24-514)||(6725589-6726079)
chr4 (41-514)||(6672331-6672804)
chr4 (20-512)||(6833832-6834321)
chr4 (21-514)||(6547721-6548205)
chr4 (112-514)||(6756212-6756614)
chr4 (230-432)||(8412728-8412930)
chr4 (59-184)||(8412585-8412710)
chr4 (439-510)||(4322937-4323008)
chr4 (388-510)||(4126272-4126394)
chr4 (192-242)||(7888849-7888899)
[»] scaffold0373 (1 HSPs)
scaffold0373 (13-514)||(11710-12212)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (192-310)||(5183987-5184105)
chr6 (190-310)||(5133940-5134060)
chr6 (192-287)||(5286181-5286276)
chr6 (193-308)||(5692148-5692263)
chr6 (193-287)||(5262201-5262295)
chr6 (27-161)||(5356806-5356940)
chr6 (192-310)||(5423602-5423720)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (393-475)||(34727607-34727689)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 494; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 514
Target Start/End: Original strand, 6794092 - 6794593
Alignment:
Q  13 atcattatttcatattttataggaatgaaagtgctgatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttgataggacagagttatttgttgctga 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6794092 atcattatttcatattttataggaatgaaagtgctgatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttggtaggacagagttatttgttgctga 6794191  T
Q  113 acatccagtgggtttagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatgggg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6794192 acatccagtgggtttagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatgggg 6794291  T
Q  213 ggtatgggaaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttgggaca 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6794292 ggtatgggaaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttgggaca 6794391  T
Q  313 cggatactaatcaagtttctctacagcaacagatacttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatatt 412  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6794392 cagatactaatcaagtttctctacagcaacagatacttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatatt 6794491  T
Q  413 gaaggaaagacttgcccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttggt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6794492 gaaggaaagacttgcccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttggt 6794591  T
Q  513 cc 514  Q
    ||    
T  6794592 cc 6794593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 14 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 6590355 - 6589855
Alignment:
Q  14 tcattatttcatattttataggaatgaaagtgctgatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttgataggacagagttatttgttgctgaa 113  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||||||    
T  6590355 tcattgtttcatattttataggaatgaaagtgctgatatcaagaatattgttgaacacatcacccgtttgttagataggacagagttattcgttgctgaa 6590256  T
Q  114 catccagtgggtttagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatggggg 213  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||||||||    
T  6590255 catccagtgggtgtagaatctcgtgtggaagctgtgactaagctactaaacatccaaaactcagatgatgttttaattttggggatatggggaatggggg 6590156  T
Q  214 gtatgggaaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttgggacac 313  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || || ||  | ||||| ||    
T  6590155 gtatggggaaaacaacccttgccaaagcaatttataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagctttcttctgaatataagagagttatgggagac 6590056  T
Q  314 ggatactaatcaagtttctctacagcaacagatacttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatattg 413  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||    
T  6590055 agatactaatcaagtttctctacagcaaaagatacttgatgatgtttacaaaacattgacattcaagatacgtgatctagaatcaggcaaaaatatgttg 6589956  T
Q  414 aaggaaagacttgcccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttggtc 513  Q
    ||||||| |||| ||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||    
T  6589955 aaggaaaaactttcccagaatagggttcttcttgtgtttgatgatgtgaatgaattggagcagctaaaggctttgtgtggtagccgtgattggtttggtc 6589856  T
Q  514 c 514  Q
    |    
T  6589855 c 6589855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 27 - 513
Target Start/End: Original strand, 6813436 - 6813922
Alignment:
Q  27 ttttataggaatgaaagtgctgatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttgataggacagagttatttgttgctgaacatccagtgggtt 126  Q
    |||| |||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  6813436 ttttgtaggaacgaaagtgatgatgtcaagaatattgttgaacatgtcacccgtttgttagataggacagagttattcgttgctgaacatccagtgggtg 6813535  T
Q  127 tagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatggggggtatgggaaaaac 226  Q
    |||||||||| ||||||  || |||||| || ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6813536 tagaatctcgcgtggaaactgtgactaaactactaaacatcgaaaactcagaagatgttttacttctagggatatggggaatggggggtatgggtaaaac 6813635  T
Q  227 aacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttgggacacggatactaatcaa 326  Q
    ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  6813636 aacccttgccaaagcaatttataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagctttcttctgaacattagggaactttgggagacagatactaatcaa 6813735  T
Q  327 gtttctctacagcaacagatacttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatattgaaggaaagacttg 426  Q
    ||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||| ||  | ||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6813736 gtttctctacagcaacaaatactttgtgatgtttgcaaaacaacggcattcaagatacatgacatcgaatcagggaaaaatatattgaaggaaagacttt 6813835  T
Q  427 cccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttggtc 513  Q
    ||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| | ||||||||||||    
T  6813836 cccagaagaaggtacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggagcagctaaaggctttgtgtggaagccacgaatggtttggtc 6813922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 21 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 6500659 - 6500166
Alignment:
Q  21 ttcatattttataggaatgaaagtgctgatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttgataggacagagttatttgttgctgaacatccag 120  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6500659 ttcatatattataggaatgaaagtgaagatatcaagaatattgttcaacgcgtcacccgtttgctagataggacagagttatttgttgctgaacatccag 6500560  T
Q  121 tgggtttagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatggggggtatggg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6500559 tgggtttagaatctcgtgtggaagctgcgactaagctgctaaacataaaaaacacaaaagatgtcttaattctagggatatggggaatggggggtacggg 6500460  T
Q  221 aaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttgggacacggatact 320  Q
     || |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| || |||||  ||||||| || ||||||    
T  6500459 caagacaaccattgccaaagccatttataatcaaattgggagcgaatttgagggtaggagcttccttctgaatataagggagttttgggaaacagatact 6500360  T
Q  321 aatcaagtttctctacagcaacagatacttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatattgaaggaaa 420  Q
    ||||||||||| ||||||||| || | |||  ||||||||||||| ||   | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | |||    
T  6500359 aatcaagtttcactacagcaaaaggtgctttgtgatgtttacaaaacaacaaaattcaagatacgtgacatagaatcagggaaaaacatattgaggcaaa 6500260  T
Q  421 gacttgcccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttggtcc 514  Q
    ||||| | ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| || |||||||| |||| ||| |||||| |||||||||||||    
T  6500259 gactttctcagaaaaaggtactttttgtgcttgatgatgtgaacgaactggatcaactaaaggctttgtttggaagccgcgaatggtttggtcc 6500166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 21 - 514
Target Start/End: Original strand, 6750503 - 6750996
Alignment:
Q  21 ttcatattttataggaatgaaagtgctgatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttgataggacagagttatttgttgctgaacatccag 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | || || |||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6750503 ttcatattttacaggaatgaaagttcagaaataaagaatattgttgaacatgtcatccgtttgttagataggacagagttatttgttgctgaacatccgg 6750602  T
Q  121 tgggtttagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatggggggtatggg 220  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6750603 tgggtgtagaatctcgtgtggaagctgcgactaagctccttaacatccaaaaatcagaagatgtgtttatgctagggatatggggaatggggggtacggg 6750702  T
Q  221 aaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttgggacacggatact 320  Q
     ||||||||| |||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | || |||||| ||||||| ||  |||||    
T  6750703 taaaacaaccattgccaaagccatttacaatgaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttatggatataagggaattttgggagacacatact 6750802  T
Q  321 aatcaagtttctctacagcaacagatacttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatattgaaggaaa 420  Q
    ||||||||||| |||||||||||  ||||   ||||||||||||| ||   | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  6750803 aatcaagtttcactacagcaacaagtactctgtgatgtttacaaaacaacaaaattcaagatacgtgacatagaatcagggaaaaacatattgaagcaaa 6750902  T
Q  421 gacttgcccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttggtcc 514  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||  |||||||||||||    
T  6750903 gacttgcccagaatagggtacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccaactaaaagctttgtgtggaagccgtgaatggtttggtcc 6750996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 21 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 6535963 - 6535472
Alignment:
Q  21 ttcatattttataggaatgaaagtgctgatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttgataggacagagttatttgttgctgaacatccag 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6535963 ttcatattttataggaatgaaagtgatgatatcaagaatgttgttgaacatgttactcgtttgctagataggaaagagttatttgttgctgaacatccag 6535864  T
Q  121 tgggtttagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatggggggtatggg 220  Q
    ||||  | |||||||||||| ||| ||| ||||||||  |||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6535863 tgggaattgaatctcgtgtgcaagctgcaactaagctattaaacatccaaaacgcagaagatgtcttacttctagggatatggggaatggggggtatagg 6535764  T
Q  221 aaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttgggacacggatact 320  Q
     ||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||| |||| || |||||| ||||||| || | ||||    
T  6535763 caaaacaaccattgccaaagccatttataatgaaattggtagcaagtttgatggaaagagcttccttctgaatataagggaattttgggagacaggtact 6535664  T
Q  321 aatcaagtttctctacagcaacagatacttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatattgaaggaaa 420  Q
    ||||||||||| |||||||||||  |||||  ||||||||||||| ||    ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||    
T  6535663 aatcaagtttcactacagcaacaagtactttgtgatgtttacaaaacaacttcattcaagatacgtgacattgaatcagggaaaaatatattgaagcaaa 6535564  T
Q  421 gacttgcccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttggt 512  Q
    ||||| ||||||||||| || || |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||  |||||||||||    
T  6535563 gactttcccagaaaagggtattttttgtacttgatgatgttaatgaattggaccaactaaaggctttgtgtggaagccgagaatggtttggt 6535472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 21 - 514
Target Start/End: Original strand, 6713467 - 6713960
Alignment:
Q  21 ttcatattttataggaatgaaagtgctgatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttgataggacagagttatttgttgctgaacatccag 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||| |||| ||||||    
T  6713467 ttcatattttataggaatgaaagtgcagatatcaagaatatagttgaacatgtcacccgtttgctagataagacagacttatttgttgttgaatatccag 6713566  T
Q  121 tgggtttagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatggggggtatggg 220  Q
    | ||| |   |||||| ||||||| || ||||||  | ||||| ||| |||| ||| | ||||| ||| || ||||||| ||||||||||||||  ||||    
T  6713567 tcggtgtcagatctcgagtggaagatgtgactaatttactaaatatccaaaattcaaatgatgttttacttttagggatctggggaatggggggcttggg 6713666  T
Q  221 aaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttgggacacggatact 320  Q
     |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  6713667 caaaacaacccttgccaaagccatttataatcaaattggtatcaaatttgagggaaggagctttcttctaaacattagggaagtttgggagacagatact 6713766  T
Q  321 aatcaagtttctctacagcaacagatacttcatgatgtttacaaagc-actgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatattgaaggaa 419  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| | || || | |||| |||| ||| || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  6713767 aatcaagtttctctacagcaacaaatactttgtgatgtttacaaaacaacaga-actcaagatacttgacattgaatcagggaaaaatttattgaaggaa 6713865  T
Q  420 agacttgcccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttggtcc 514  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6713866 agacttgctcagaaaagggtacttcttgtgcttgatgatgtgaataaactggaccaactaaaggctttgtgtggaagccgcaaatggtttggtcc 6713960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 11 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 6624750 - 6624247
Alignment:
Q  11 tcatcattatttcatattttataggaatgaaagtgctgatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttgataggacagagttatttgttgct 110  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||    
T  6624750 tcatcattggttcatgttttataggaatgagagtgcagatatcaagaatattgttaaacacgtgacccgtttgctagataggacagaattattcgttgct 6624651  T
Q  111 gaacatccagtgggtttagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatgg 210  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| | || ||||||||| || || ||| ||||||| |||||||| ||| || |||| |||||||||||||    
T  6624650 gaacatccagtgggtgtagaatctcgtgtggatgctgtgactaagctactcaatatccaaaactccgaagatgttttacttttaggaatatggggaatgg 6624551  T
Q  211 ggggtatgggaaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttggga 310  Q
    ||||| |||| ||||||||| |||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||| |||||||| || || ||| |||| ||    
T  6624550 ggggtgtgggtaaaacaaccattgccaaagcgatttataatcaaattgggagaaaattcgatggacggagctttcttttgaatataagagaattttgcga 6624451  T
Q  311 cacggatactaatcaagtttctctacagcaacagatacttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatata 410  Q
     || ||| | ||||| |||||||| || ||||| ||||||  ||||||||||||| ||  | ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  6624450 gacagatgccaatcatgtttctctgcaacaacaaatactttgtgatgtttacaaaacaacggcattcaagatacgcgatatcgaatcagggaaaaatata 6624351  T
Q  411 ttgaaggaaagacttgcccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttg 510  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||  |||||||||    
T  6624350 ttgaaggaaagacttgcccagaatagggtacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccaactaaaggctttgtgtggaagccgtgaatggtttg 6624251  T
Q  511 gtcc 514  Q
    ||||    
T  6624250 gtcc 6624247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 24 - 514
Target Start/End: Original strand, 6648714 - 6649204
Alignment:
Q  24 atattttataggaatgaaagtgctgatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttgataggacagagttatttgttgctgaacatccagtgg 123  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6648714 atattttataggaatgaaagtgcagatatcaagaatattgttgaacatatcacccatttgctagataggacagagttatttgttgccgaacatccagtgg 6648813  T
Q  124 gtttagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatggggggtatgggaaa 223  Q
    || || || |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| || | ||||||||||| | | |||| ||||| |||||||||||||| |  |||||    
T  6648814 gtgtacaacctcgtgtggaagctgcaactaagctactaaacatccaatattcagaagatgtttcacttcttgggatctggggaatggggggaactggaaa 6648913  T
Q  224 aacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttgggacacggatactaat 323  Q
    ||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| || || ||| ||||||| ||  ||| ||||    
T  6648914 aactaccattgccaaagccatttataatcaaattgggaacaaatttgaggggaggagcttccttctgaatataagagaattttgggagacaaatattaat 6649013  T
Q  324 caagtttctctacagcaacagatacttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatattgaaggaaagac 423  Q
    | |||||||||||| |||||  | |||  ||||||||||||| |   ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  6649014 ctagtttctctacaacaacaacttctttgtgatgtttacaaaactacgacattcaagatacgtgacatagaatcagggaaaaatacattgaaagaaagac 6649113  T
Q  424 ttgcccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttggtcc 514  Q
    || ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||    
T  6649114 tttcccagaatagggtacttattgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccaattaaaggctttgtgtggaagccgtgaatggtttggtcc 6649204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 24 - 514
Target Start/End: Original strand, 6725589 - 6726079
Alignment:
Q  24 atattttataggaatgaaagtgctgatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttgataggacagagttatttgttgctgaacatccagtgg 123  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  6725589 atattttataggaatgaaagtgcagctgtaaagaatattgttgaatatgtcactcgtttgctggataggacagagttattcgttgctgaacatccagtag 6725688  T
Q  124 gtttagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatggggggtatgggaaa 223  Q
    |  |||||  ||||||| ||| ||| ||||||||  | |||||| |||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||    
T  6725689 gagtagaacatcgtgtgcaagctgcaactaagctattgaacatccaaaaatcagaagatgttttacttctagggatttggggtatggggggtacgggtaa 6725788  T
Q  224 aacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttgggacacggatactaat 323  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || | || || |||||| ||||||| ||  |||| |||    
T  6725789 aacaacccttgccaaagccatttataatcaaattggtagcaaatttgagggaaggagctttgttctaaatatcagggaattttgggagacaaataccaat 6725888  T
Q  324 caagtttctctacagcaacagatacttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatattgaaggaaagac 423  Q
    | |||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||| || | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6725889 ctagtttctctacagcaaaaggtactttgtgatgtttacaaaacattaacattcaagatacgtgacatagaatcagggaaaaatatattgaaggaaagac 6725988  T
Q  424 ttgcccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttggtcc 514  Q
    || ||||||  ||  ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||    
T  6725989 tttcccagactagtgtacttcttgtgctagatgatgtgaataaattggaccagctaaaggcattgtatggaagccgtgaatggtttggtcc 6726079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 41 - 514
Target Start/End: Original strand, 6672331 - 6672804
Alignment:
Q  41 aagtgctgatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttgataggacagagttatttgttgctgaacatccagtgggtttagaatctcgtgtg 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || |||| |||||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||    
T  6672331 aagtgctgatatcaagaatattgttgaacgtgtcacccgtttcctagataagacagagttattcgttactgaacatccggtgggtgtagaatcttgtgtg 6672430  T
Q  141 gaagttgcgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatggggggtatgggaaaaacaacccttgctaaag 240  Q
    |||| | | |||||||| || |||||| | || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| | |||| ||||    
T  6672431 gaagcttccactaagctacttaacatccagaattcagaagatgttttacttctagggatatggggaatggggggtatgggcaagacaaacattgccaaag 6672530  T
Q  241 ccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttgggacacggatactaatcaagtttctctacagca 340  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  || |||||| ||||||| ||   || ||||| |||||||||||||||    
T  6672531 ccatttacaatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttctgattataagggaattttgggagacatgtattaatctagtttctctacagca 6672630  T
Q  341 acagatacttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatattgaaggaaagacttgcccagaaaaggata 440  Q
    |||| |||||  |||||| |||||| ||  ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  | | ||    
T  6672631 acaggtactttgtgatgtctacaaaacaacgacattcaagatacgtgacatagaatcaaggaaaaatatactgaaggaaagacttgcccagagcaaggta 6672730  T
Q  441 cttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttggtcc 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||    |||||||||||||    
T  6672731 cttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggatcagctaaaggctttgtgtggaagctatgaatggtttggtcc 6672804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 20 - 512
Target Start/End: Original strand, 6833832 - 6834321
Alignment:
Q  20 tttcatattttataggaatgaaagtgctgatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttgataggacagagttatttgttgctgaacatcca 119  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6833832 tttcttattttataggaatgaaagtgctgatatcaaaaacattgttgaacgtgtcacacatttgcttgataggacaaagttatttgttgctgaacatcca 6833931  T
Q  120 gtgggtttagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatggggggtatgg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||   || || ||||||  ||||||| ||||| ||   |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||  |    
T  6833932 gtgggtttagaatctcgtgtggacactgtgattaagctattaaacataaaaaaatc---agatgttttacttcttgggatatggggaatggggggtacag 6834028  T
Q  220 gaaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttgggacacggatac 319  Q
    | ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    |  ||||| | ||||| ||  ||||    
T  6834029 gtaaaacaaccattgccaaagccatttataatcaaattgggagcaaatttgagggaatgagcttccttttgggtgtacgggaattctgggagacacatac 6834128  T
Q  320 taatcaagtttctctacagcaacagatacttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatattgaaggaa 419  Q
    ||||| |||||| || ||||||||| |||||  ||||||||||||| ||   |||| ||| |||| ||| || ||||||||||||| |||||||||| ||    
T  6834129 taatctagtttcactgcagcaacaggtactttgtgatgtttacaaaacaacaacatccaagatacatgacatcgaatcagggaaaattatattgaagcaa 6834228  T
Q  420 agacttgcccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttggt 512  Q
    |||||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||| || |||||||| || ||| |||||||||||    
T  6834229 agacttgctcagaaaagggtgctttttgtgcttgatgatgtaactgaattgcaccaactaaatgctttgtgtggaagtcgcgaatggtttggt 6834321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 21 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 6548205 - 6547721
Alignment:
Q  21 ttcatattttataggaatgaaagtgctgatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttgataggacagagttatttgttgctgaacatccag 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||   ||||| ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  6548205 ttcatattttataggaatgaaagtgctgatgtcaacagtattgttagtcatgttactcgtttgctagataggacacagttatttgttgccgaacatccag 6548106  T
Q  121 tgggtttagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatggggggtatggg 220  Q
    ||||  |||||||||||||| ||| ||| || |||||  |||| ||| |||| ||||||||||| ||| || |||||||||||||||         ||||    
T  6548105 tgggagtagaatctcgtgtgcaagctgcaaccaagctattaaagatccaaaagtcagaagatgttttacttttagggatatggggaa---------tggg 6548015  T
Q  221 aaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttgggacacggatact 320  Q
     ||||||||| | || ||| ||||| ||||| ||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||| |||| || |||||| ||||||| || | ||||    
T  6548014 caaaacaaccatagccaaatccatttataatgaaattggtagcaagtttgacggaaagagcttccttctgaatataagggaattttgggagacaggtact 6547915  T
Q  321 aatcaagtttctctacagcaacagatacttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatattgaaggaaa 420  Q
    ||||||||||| |||||||||||  |||||  ||||||||||||| ||    ||||||| |||||||| || |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  6547914 aatcaagtttcactacagcaacaagtactttgtgatgtttacaaaacaacttcattcaagatacgtgacattgaatcagggaaaaatacattaaaggaaa 6547815  T
Q  421 gacttgcccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttggtcc 514  Q
    ||||  || | || ||  | ||| | |||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6547814 gactctccgataatagagtgcttttagtgcttgatgatgtaaatgaactggaccaaataaaggcattgtgtggaagccgcaaatggtttggtcc 6547721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 112 - 514
Target Start/End: Original strand, 6756212 - 6756614
Alignment:
Q  112 aacatccagtgggtttagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatggg 211  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || |||| ||| ||||  ||  |||||||| |||| ||||| | | || |  | || |||||||||||||||||    
T  6756212 aacatccagtgggtgtagaatctcgagtagaagctgcaactactctcttaaacatccaaaaatcagatgttataattctgctggggatatggggaatggg 6756311  T
Q  212 gggtatgggaaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttgggac 311  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| || || ||  |||||||     
T  6756312 gggtatgggtaaaacaaccattgccaaagccatttataatgaaattggaagaaaatttgagggaaggagcttccttctgaatataagagagttttgggag 6756411  T
Q  312 acggatactaatcaagtttctctacagcaacagatacttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatat 411  Q
    || ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||    |||| |||| || ||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6756412 acagatactaatcaagtttcactacaacaacaggtactctgcgatgcttacgaaacaacgacattcaagatacgtgacatagaatcagggaaaaatatat 6756511  T
Q  412 tgaaggaaagacttgcccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttgg 511  Q
    ||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||  |||| ||| |||  |||||||| |||||  ||||||||||    
T  6756512 tgaagcaaagactggcccagaatagggtacttctagtgcttgatgatgtcagtgaatttcaccaactacaggttttgtgtggaagccgtgaatggtttgg 6756611  T
Q  512 tcc 514  Q
    |||    
T  6756612 tcc 6756614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 230 - 432
Target Start/End: Original strand, 8412728 - 8412930
Alignment:
Q  230 ccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttgggacacggatactaatcaagtt 329  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||| | ||||| || | || || |||||| ||||||| |   ||||||||| ||||    
T  8412728 ccttgccaaagccatttataatcaaattggtagaaaatttgagggaaagtgcttcgttctaaatataagggaattttgggagaaaaatactaatctagtt 8412827  T
Q  330 tctctacagcaacagatacttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatattgaaggaaagacttgccc 429  Q
    ||||||||||||| | |||||  |||| |||||||| || |||||| ||| |||| ||| |||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  8412828 tctctacagcaactggtactttgtgatttttacaaaacattgacatacaagatacatgacatagtatcagggaaaagtatactgaaggaaagacttgccc 8412927  T
Q  430 aga 432  Q
    |||    
T  8412928 aga 8412930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 59 - 184
Target Start/End: Original strand, 8412585 - 8412710
Alignment:
Q  59 tattgttgaacatgtcaccggtttgcttgataggacagagttatttgttgctgaacatccagtgggtttagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctg 158  Q
    ||||||| || || ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  ||  || |||| ||||     
T  8412585 tattgtttaatatatcacccgtttgctagatagcacagagttatttgttgctgaacatccagtcggtgtagaatctcgtgtaaaatctgtgactgagcta 8412684  T
Q  159 ctaaacatcaaaaactcagaagatgt 184  Q
    ||||||||  |||| |||||||||||    
T  8412685 ctaaacatgcaaaattcagaagatgt 8412710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 439 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 4323008 - 4322937
Alignment:
Q  439 tacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttg 510  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||| || |||||||| ||  | ||||||||||    
T  4323008 tacttcttgtacttgacgatgtgaataaactggaccagctaaatgctttgtgtggaagttgtaaatggtttg 4322937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 388 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 4126394 - 4126272
Alignment:
Q  388 atatagaatcagggaaaaatatattgaaggaaagacttgcccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcatt 487  Q
    |||| ||||||||||||  |||||| |||||| |||||   || |||||  | |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| || || || ||    
T  4126394 atattgaatcagggaaatctatattaaaggaacgactttgtcataaaagagttcttcttgtacttgacgatgtgaataaattggaccaactcaatgcttt 4126295  T
Q  488 gtgtggtagccgcaaatggtttg 510  Q
    |||||| ||  | ||||||||||    
T  4126294 gtgtggaagttgtaaatggtttg 4126272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 192 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 7888899 - 7888849
Alignment:
Q  192 ctagggatatggggaatggggggtatgggaaaaacaacccttgctaaagcc 242  Q
    |||||||||||||| ||||| || || || |||||||||||||||||||||    
T  7888899 ctagggatatggggcatgggagggattgggaaaacaacccttgctaaagcc 7888849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0373 (Bit Score: 479; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0373
Description:

Target: scaffold0373; HSP #1
Raw Score: 479; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 12212 - 11710
Alignment:
Q  13 atcattatttcatattttataggaatgaaagtgctgatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttgataggacagagttatttgttgctga 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12212 atcattatttcatattttataggaatgaaagtgctgatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttggtaggacagagttatttgttgctga 12113  T
Q  113 acatccagtgggtttagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatgggg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12112 acatccagtgggtttagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctgctaaacatcaaaaactcagaagatgtattaattctagggatatggggaatgggg 12013  T
Q  213 ggtatgggaaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagttt-gggac 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12012 ggtatgggaaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaacattagggaagtttggggac 11913  T
Q  312 acggatactaatcaagtttctctacagcaacagatacttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatat 411  Q
    || |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11912 acagatactaatcaagtttgtgtacagcaacagatacttcatgatgtttacaaagcactgacattcaaaatacgtgatatagaatcagggaaaaatatat 11813  T
Q  412 tgaaggaaagacttgcccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttgg 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11812 tgaaggaaagacttgcccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggaccagctaaaggcattgtgtggtagccgcaaatggtttgg 11713  T
Q  512 tcc 514  Q
    |||    
T  11712 tcc 11710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 192 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 5184105 - 5183987
Alignment:
Q  192 ctagggatatggggaatggggggtatgggaaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttga 291  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||  | || ||| ||||| | ||| |||||||  |||| |||||||| ||||||||||||   |    
T  5184105 ctagggatctggggtatgggaggtattggtaaaacaacgttagccaaatccatttacaatgaaattggtcgcaattttgagggtaggagcttccttgcaa 5184006  T
Q  292 acattagggaagtttggga 310  Q
    | |||||||||||||||||    
T  5184005 atattagggaagtttggga 5183987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 190 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 5134060 - 5133940
Alignment:
Q  190 ttctagggatatggggaatggggggtatgggaaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttcctttt 289  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||  | || ||||||||| |||| ||||||||| | ||| |||||||  || | ||||| || ||||||||||||      
T  5134060 ttctagggatgtggggtatgggaggcgttggtaaaacaaccattgcgaaagccatttacaataaaattggccgcgattttgaaggtaggagcttccttgc 5133961  T
Q  290 gaacattagggaagtttggga 310  Q
     || |||||||||||||||||    
T  5133960 aaatattagggaagtttggga 5133940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 192 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 5286276 - 5286181
Alignment:
Q  192 ctagggatatggggaatggggggtatgggaaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttcctt 287  Q
    |||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||| || | ||||||||| | ||| | |||||  |||| ||||| || ||||||||||||    
T  5286276 ctagggatgtggggtatggggggaattggaaaaacaaccattacaaaagccatttacaataagattggccgcaattttgatggtaggagcttcctt 5286181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 193 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 5692263 - 5692148
Alignment:
Q  193 tagggatatggggaatggggggtatgggaaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttgaa 292  Q
    ||||||| ||||| ||||| || || || ||||| ||| |||| ||||||||| | ||| |||||||  |||| ||||| |||||||||||||||   ||    
T  5692263 tagggatgtggggcatgggaggaattggcaaaaccaccattgcaaaagccatttacaataaaattggccgcaattttgaaggaaggagcttccttgcaaa 5692164  T
Q  293 cattagggaagtttgg 308  Q
     || ||||||||||||    
T  5692163 tataagggaagtttgg 5692148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 193 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 5262295 - 5262201
Alignment:
Q  193 tagggatatggggaatggggggtatgggaaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttcctt 287  Q
    ||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||| || | ||||||||| | ||| | |||||  |||| ||||| |||||||||||||||    
T  5262295 tagggatgtggggtatggggggaattggcaaaacaaccattacgaaagccatttacaataagattggccgcaattttgatggaaggagcttcctt 5262201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 27 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 5356940 - 5356806
Alignment:
Q  27 ttttataggaatgaaagtgctgatatcaagaatattgttgaacatgtcaccggtttgcttgataggacagagttatttgttgctgaacatccagtgggtt 126  Q
    |||| ||||||||||||||  | ||||||| |||||||| || || | ||  |||||||||| | |||||| |||||||||||| |  |||| |||||      
T  5356940 ttttgtaggaatgaaagtgaagctatcaaggatattgttaaaaatattacacgtttgcttgacaagacagacttatttgttgctaataatccggtgggag 5356841  T
Q  127 tagaatctcgtgtggaagttgcgactaagctgcta 161  Q
    | |||||||||||| ||| |  || ||||||||||    
T  5356840 ttgaatctcgtgtgcaagatatgattaagctgcta 5356806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 192 - 310
Target Start/End: Original strand, 5423602 - 5423720
Alignment:
Q  192 ctagggatatggggaatggggggtatgggaaaaacaacccttgctaaagccattcataatcaaattgggagcaaatttgagggaaggagcttccttttga 291  Q
    |||||||| ||||| ||||||||  | || ||||||||| |||| ||||| ||| | ||| |||||||  |||| ||||| || || |||||||||   |    
T  5423602 ctagggatgtggggtatggggggagttggtaaaacaaccattgccaaagctatttacaataaaattggtcgcaattttgaaggtagaagcttccttgcaa 5423701  T
Q  292 acattagggaagtttggga 310  Q
    | |||||||||||||||||    
T  5423702 atattagggaagtttggga 5423720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 393 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 34727689 - 34727607
Alignment:
Q  393 gaatcagggaaaaatatattgaaggaaagacttgcccagaaaaggatacttcttgtgcttgatgatgtgaatgaattggacca 475  Q
    |||||||| ||||  |||||| |||||||||||   || || |||||| ||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  34727689 gaatcaggaaaaatgatattgcaggaaagacttcgtcataagaggatatttcttgtgcttgacgatgtgaataaagtggacca 34727607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University