View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18607_high_3 (Length: 687)

Name: NF18607_high_3
Description: NF18607
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18607_high_3
NF18607_high_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (11-668)||(41770647-41771305)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 627; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 627; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 668
Target Start/End: Original strand, 41770647 - 41771305
Alignment:
Q  11 cagagaacaaaagaaaatgctgattatgctgctgagaaagccagagaaacgaaggacacaactgcaaataaagccggggaatacacaaactatgctgcag 110  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41770647 cagaaaacaagagaaaatgctgattatgctgctgagaaagccagagaaacgaaggacacaactgcaaataaagccggggaatacacaaactatgctgcag 41770746  T
Q  111 agaaagcgagggaggcaaaagatactactgcgaataaagcaggggagtatacaaactatgcggcagagaaggcgaaggaagcgaaggatgcaacggtgaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41770747 agaaagcgagggaggcaaaagataccactgcgaataaagcaggggagtatacaaactatgctgcagagaaggcgaaggaagcgaaggatgcaacggtgaa 41770846  T
Q  211 caaagctggggagtatacgaactatgctgctgataaggcgaagcaggcaaaggatgcaacggtgcagaaggctggagaagctaaagatgctacagtgaac 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41770847 caaagctggggagtatacgaactatgctgctgataaggcgaagcaggcaaaggatgcaacggtgcagaaggctggagaagctaaagatgctacagtgaac 41770946  T
Q  311 aaagctggagagtataaggattatactgctgagaaggctgtagaagctaaggataccaccgtggggaagcttggagagttgaaggattcagctgcagatg 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41770947 aaagctggagagtataaggattatactgctgagaaggctgtagaagctaaggataccaccgtggggaagcttggagagttgaaggattcagctgcagatg 41771046  T
Q  411 ctgctaagagagctatgggtttcttgactggcaagaaagatgaaactaaggagaagacaaaggtttgttgcctaaaattttcaacactttaattaggtca 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41771047 ctgctaagagagctatgggtttcttgactggcaagaaagatgaaactaaggagaagacaagggtttgttgcctaaaattctcaacactttaattaggtca 41771146  T
Q  511 attt-aataatttcatttttgtgaatgtgaaattgtggtgtgtgcaggaaatgctgggtggaacggaagaagatgcgaggatgagaatggatgatttaag 609  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41771147 atttaaataatttcatttttgtgaatgtgaaattgtggtgtgtgcaggaaatgctgggtggaacggaagaagatgcgaggatgagaatggatgatttaag 41771246  T
Q  610 cgtggaaagaggagggaggggtagagagaaggtggttgtgaaggtggatgagagtaggc 668  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41771247 cgtggaaagaggagggaggggtagagagaaggtggttgtgaaggtggatgagagtaggc 41771305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University