View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18607_low_1 (Length: 732)

Name: NF18607_low_1
Description: NF18607
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18607_low_1
NF18607_low_1
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (13-726)||(38608770-38609483)
chr8 (13-726)||(38793553-38794266)
chr8 (13-644)||(38120719-38121353)
chr8 (489-599)||(34592844-34592957)
chr8 (667-726)||(34592970-34593029)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (13-644)||(28730296-28730927)
chr4 (531-727)||(33078483-33078658)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (260-323)||(18224363-18224426)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 586; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 726
Target Start/End: Original strand, 38608770 - 38609483
Alignment:
Q  13 tcaacaacatgactattttcgccgtggatgatctttctatattctctggctctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcatta 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38608770 tcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccggttctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaattatta 38608869  T
Q  113 cttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtg 212  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38608870 cttgtcgatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtg 38608969  T
Q  213 gcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgc 312  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608970 acatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgc 38609069  T
Q  313 atatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcattggaaggagcgggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattc 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||| ||||  | ||| ||| ||||||    
T  38609070 atatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaaggagcgtcggaaggagcaggtgttggagccggagcatcaactttattagattc 38609169  T
Q  413 tgctggtcaggcgacggaagaatcctgctctgctcttgatggacgtggtgattgtgctgctgatgtcactgctgcagcaggtgtgtctcccatgcctcag 512  Q
    | | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  38609170 tccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggtggttgtgctgctggtgtcactactacagcaggtgtgtctcccatgcctcag 38609269  T
Q  513 gtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaa 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609270 gtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaa 38609369  T
Q  613 tctctattaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcatatactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgttgtttagtt 712  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38609370 tctctatgaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcatgtactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcgcattgttgtttagtt 38609469  T
Q  713 tgtggctctgtgct 726  Q
    ||||||| ||||||    
T  38609470 tgtggctttgtgct 38609483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 726
Target Start/End: Original strand, 38793553 - 38794266
Alignment:
Q  13 tcaacaacatgactattttcgccgtggatgatctttctatattctctggctctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcatta 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38793553 tcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccggttctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaattatta 38793652  T
Q  113 cttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtg 212  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38793653 cttgtcgatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtg 38793752  T
Q  213 gcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgc 312  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793753 acatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgc 38793852  T
Q  313 atatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcattggaaggagcgggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattc 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||| ||||  | ||| ||| ||||||    
T  38793853 atatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaaggagcgtcggaaggagcaggtgttggagccggagcatcaactttattagattc 38793952  T
Q  413 tgctggtcaggcgacggaagaatcctgctctgctcttgatggacgtggtgattgtgctgctgatgtcactgctgcagcaggtgtgtctcccatgcctcag 512  Q
    | | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  38793953 tccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggtggttgtgctgctggtgtcactactacagcaggtgtgtctcccatgcctcag 38794052  T
Q  513 gtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaa 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794053 gtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaa 38794152  T
Q  613 tctctattaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcatatactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgttgtttagtt 712  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38794153 tctctatgaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcatgtactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcgcattgttgtttagtt 38794252  T
Q  713 tgtggctctgtgct 726  Q
    ||||||| ||||||    
T  38794253 tgtggctttgtgct 38794266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 537; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 38121353 - 38120719
Alignment:
Q  13 tcaacaacatgactattttcgccgtggatgatctttctatattctctggctctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcatta 112  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121353 tcaacaacatgactattttcgctgttgatgatctttctatattctccggttctcaatcgtatatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcatta 38121254  T
Q  113 cttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtg 212  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38121253 cttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccggttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggcggaggagtg 38121154  T
Q  213 gcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgc 312  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38121153 acatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagattgttgtgcacagcgtgtatttgccttttccgc 38121054  T
Q  313 atatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcattggaaggagcgggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattc 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121053 atatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcatcggaaggagcgggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattc 38120954  T
Q  413 tgctggtcaggcgacggaagaatcctgctctgctcttgatggacgtggtgattgtgctgctgatgtcactgctgcagcaggtgtgtctcccatgcctcag 512  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38120953 tgctggtcaggccacggaagaaacctgctctgctcctgatggacgtggtggttgtgctgctgatgtcactactgcagcaggtgtgtctcccatgcctcag 38120854  T
Q  513 gtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatg---atgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagt 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38120853 gtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagt 38120754  T
Q  610 gaatctctattaaatttgtagttaataagtttaca 644  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38120753 gaatctctatgaaatttgtagttaataagtttaca 38120719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 489 - 599
Target Start/End: Original strand, 34592844 - 34592957
Alignment:
Q  489 gcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttc---gatgatgatgaagattgcg 585  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||    
T  34592844 gcaggtgtgtctcccgtgcctcgggtcaggccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgtgatgcttcaatgatgatgatgaagattgcg 34592943  T
Q  586 gtttagttctttct 599  Q
    ||||| ||||||||    
T  34592944 gtttacttctttct 34592957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 667 - 726
Target Start/End: Original strand, 34592970 - 34593029
Alignment:
Q  667 aaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgttgtttagtttgtggctctgtgct 726  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34592970 aaagtgaaactctgaatttgtagttaacttgcattgttgtttagtttgtggctttgtgct 34593029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 476; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 28730927 - 28730296
Alignment:
Q  13 tcaacaacatgactattttcgccgtggatgatctttctatattctctggctctcaatcgtacatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcatta 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28730927 tcaacaacatgactattttcgccgttgatgatctttctatattctccggttctcaatcgtatatcagcaatgtgcgattccatatcataccgaatcgtta 28730828  T
Q  113 cttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtg 212  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730827 cttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtcagccgcttctgatcactacttccggtggaggagtg 28730728  T
Q  213 gcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgc 312  Q
     ||| ||| || ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28730727 acattagcaccgatgaggattaactatgttagggtgaaggttgctgacgtcatccgtaatgtgaagatagttgtgcatagtgtgtatttgccttttccgc 28730628  T
Q  313 atatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcattggaaggagcgggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattc 412  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730627 atatcaatcctattgcggatgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcatcggaaggagcaggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattc 28730528  T
Q  413 tgctggtcaggcgacggaagaatcctgctctgctcttgatggacgtggtgattgtgctgctgatgtcactgctgcagcaggtgtgtctcccatgcctcag 512  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28730527 tgctggtcaggcgactgaagaaacctgctctgctcttgatgggcgtggtggctgtgctgctgatgtcactgctgcaacaggtgtgtctcccatgcctcag 28730428  T
Q  513 gtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaa 612  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||    
T  28730427 gtcaggccaatgtttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgtgatggtttgatcatgacgaagattgcgatttacttctttctctgctgaagtaaa 28730328  T
Q  613 tctctattaaatttgtagttaataagtttaca 644  Q
     || ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28730327 actatatgaaatttgtagttaataagtttaca 28730296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 531 - 727
Target Start/End: Original strand, 33078483 - 33078658
Alignment:
Q  531 attgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttc---gatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctattaaatttg 627  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||   ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||                  |||||||    
T  33078483 attgaagatcaccatgggctgtgactgcgatgcttcaatgatgatgatgaagatcgcggtttacttctttctctg------------------aaatttg 33078564  T
Q  628 tagttaataagtttacagttacactgttgttcatatactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgttgtttagtttgtggctctgtgctc 727  Q
    ||||||||||||||||      |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33078565 tagttaataagtttac------actgttgttcatgtacaaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcgcattgttgtttagtttgtggctttgtgctc 33078658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 260 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 18224426 - 18224363
Alignment:
Q  260 cgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcct 323  Q
    |||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||    
T  18224426 cgtcatccgcaacgtcaagatcgtcgtgcacagtgtgtacttgccatttccacatattaatcct 18224363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University