View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18612_low_1 (Length: 1176)

Name: NF18612_low_1
Description: NF18612
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18612_low_1
NF18612_low_1
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (18-1167)||(27261197-27262346)
chr4 (692-1047)||(27250043-27250397)
chr4 (709-1047)||(21194287-21194624)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1089; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1089; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1167
Target Start/End: Original strand, 27261197 - 27262346
Alignment:
Q  18 gttcctatgccaatgagctcgttaagaccacggtatgatacttaacttaaaaaacttgccaattagtatagctgaacttagttctttaaacaaatatgct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27261197 gttcctatgccaatgagctcgttaagaccgcggtatgatacttaacttaaaaaacttaccaattagtatagctgaacttagttctttaaacaaatatgct 27261296  T
Q  118 tgaagttaaatattcatatctataagcaagtttgaattcnnnnnnngcatagtggtattctagttttcaaagtagcatgttggttaaaccatgtataata 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27261297 tgaagttaaatattcatatctataagcaagtttgaattctttttttgcatagtggtattctagttttcaaagtagcatgttggttaaaccatgtataata 27261396  T
Q  218 ttaatgaacttcaattattattgtccatgtttatctacttagagcattttcagtagtgtcttgttgagctctagaagttaggaacaggttcttatttgac 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27261397 ttaatgaacttcaattattattgtccatgtttatctacttagagcattttcagtagtgtcttgttgagctctagaagttaggaacaggttcttatttggc 27261496  T
Q  318 tttaccactagagatggttgaatttcatgtggttgtcacattcaacaactttagtgacttaaagtgaaaaagtagacttaagaaagtaggagaaggaaaa 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27261497 tttaccactagagatggttgaatttcatgtggttatcacattcaacaactttagtgacttaaaatgaaaaagtagacttaagaaagtaggagaaggaaaa 27261596  T
Q  418 caagttgaaagtgagataaggtgagatacatgttacatagttggaataaaaaattgttgaaattcttaaaactgatgtggcatggaaagggacattaaaa 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27261597 caagttgaaagtgagataaggtgagatacatgttacatagttggaataaaaaattgttgaaattcttaaaactgatgtggcatggaaagggacattaaaa 27261696  T
Q  518 atggatgaagctattatgattctattcaatgttggacaagttgtaacttctaagtgatgatgatattccactttcgcattgtttatgcagtgttgtatgc 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27261697 atggatgaagctattatgattctattcaatgttggacaagttgtaacttctaagtgatgatgatattccactttcgcattgtttatgcagtgttgtatgc 27261796  T
Q  618 atcattatattttttctagaatgtatgggatttttgttgagaatttgtagatgccctaagtaacgatattccgattttacattgttgataaaatattgta 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27261797 atcattatattttttctagaatgtatgggatttttgttgagaatttgtagatgccctaagtaacgatattccgattttacattgttgataaaatattgta 27261896  T
Q  718 tgtttcattgtaataatctattgagtcttattttttgttgcttgtgtgtggatgcagaaaacaattgcttcaccaggacgtggtattttggccatggatg 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27261897 tgtttcattgtaataatctattgagtcttattttttgttgcttgtgtgtggatgcagaaaacaattgcttcaccaggacgtggtattttggccatggatg 27261996  T
Q  818 agtccaatgctacttgtgggaaaagtttggcttccattgggctagagaacaccgaagttaaccgcccagcatggcgtactcttctggtgacagttccatc 917  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27261997 agtccaatgctacttgtgggaaaagtttggcttcaattgggctagagaacaccgaagttaaccgcccagcatggcgtactcttctggtgacagttccatc 27262096  T
Q  918 tcttggagagtacatctctggtgccattctctttgaggagactctctaccaatccacaacagatggaaggaagattgtcgatgtacttattgagtaaaac 1017  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27262097 tcttggagagtacatctctggtgccattctctttgaggagactctctaccaatccacaacagatggaaggaagattgtggatgtacttattgagtaaaac 27262196  T
Q  1018 attgttcctggtattaaagttgacaaggtatatctagaattactctatgtaactacattttttgttagatgatgaattttcaatttgtactatgctgaac 1117  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27262197 attgttcctgatattaaagttgacaaggtatatctggaattactctatgtaactacattttttgttagatgatgaattttcaatttgtactatgctgaac 27262296  T
Q  1118 aaataatgcaaagaataagaccgagtgctagttgataccatgatgatgtc 1167  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27262297 aaataatgcaaagaataagaccgagtgctagttgataccattatgatgtc 27262346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 692 - 1047
Target Start/End: Original strand, 27250043 - 27250397
Alignment:
Q  692 ttttacattgttgataaaatattgtatgtttcattgtaataatctattgagtcttattttttgttgcttgtgtgtggatgcagaaaacaattgcttcacc 791  Q
    |||||||| |||| |  |||||| |||||||||||||  |||| | ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27250043 ttttacatcgttgtttcaatattttatgtttcattgttctaatttcttgtgtcttgtttt-tgttgcttgtgtgtggatgcagaaaacaattgcttcacc 27250141  T
Q  792 aggacgtggtattttggccatggatgagtccaatgctacttgtgggaaaagtttggcttccattgggctagagaacaccgaagttaaccgcccagcatgg 891  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||  |||||||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||    
T  27250142 agggcgtggtattttagccatggatgaatccaatgctacatgtggaaagcgtttggcttcaattgggctagaaaacactgaagctaaccgccaagcatgg 27250241  T
Q  892 cgtactcttctggtgacagttccatctcttggagagtacatctctggtgccattctctttgaggagactctctaccaatccacaacagatggaaggaaga 991  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||   |||||||||||||    
T  27250242 cgtacccttcttgtgacagttccatctcttggagactatatctctggtgccattctttttgaggaaactctctaccaatctacagttgatggaaggaaga 27250341  T
Q  992 ttgtcgatgtacttattgagtaaaacattgttcctggtattaaagttgacaaggta 1047  Q
    |||| || || ||||| ||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  27250342 ttgttgacgtgcttatcgagcaaaacattgttcctggaatcaaagttgacaaggta 27250397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 709 - 1047
Target Start/End: Original strand, 21194287 - 21194624
Alignment:
Q  709 aatattgtatgtttcattgtaataatctattgagtcttattttttgttgcttgtgtgtggatgcagaaaacaattgcttcaccaggacgtggtattttgg 808  Q
    |||||| |||||||||||||  |||| | ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  21194287 aatattttatgtttcattgttctaatttcttgtgtcttgtttt-tgttgcttgtgtgtggatgcagaaaacaattgcttcaccagggcgtggaattttag 21194385  T
Q  809 ccatggatgagtccaatgctacttgtgggaaaagtttggcttccattgggctagagaacaccgaagttaaccgcccagcatggcgtactcttctggtgac 908  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| ||  |||||||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  21194386 ccatggatgaatccaatgctacatgtggaaagcgtttggcttcaattgggctagaaaacactgaagctaaccgccaagcatggcgtacccttcttgtgac 21194485  T
Q  909 agttccatctcttggagagtacatctctggtgccattctctttgaggagactctctaccaatccacaacagatggaaggaagattgtcgatgtacttatt 1008  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||   ||||||||||||||||| || || |||||     
T  21194486 agttccatctcttggagactatatctctggtgccattctatttgaggaaactctctaccaatctacagttgatggaaggaagattgttgacgtgcttatc 21194585  T
Q  1009 gagtaaaacattgttcctggtattaaagttgacaaggta 1047  Q
    ||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  21194586 gagcaaaacattgttcctggaatcaaagttgacaaggta 21194624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University