View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18617_low_2 (Length: 857)

Name: NF18617_low_2
Description: NF18617
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18617_low_2
NF18617_low_2
[»] chr1 (26 HSPs)
chr1 (183-357)||(526907-527081)
chr1 (185-357)||(46845666-46845838)
chr1 (183-357)||(39858347-39858521)
chr1 (184-356)||(13276473-13276645)
chr1 (184-354)||(40314095-40314265)
chr1 (183-357)||(49430482-49430646)
chr1 (183-357)||(1994953-1995136)
chr1 (271-357)||(6487728-6487814)
chr1 (183-357)||(44797465-44797648)
chr1 (184-357)||(27325626-27325810)
chr1 (186-351)||(29731194-29731369)
chr1 (183-357)||(32267463-32267647)
chr1 (184-355)||(47571562-47571743)
chr1 (271-355)||(26040972-26041056)
chr1 (186-351)||(48489455-48489630)
chr1 (183-350)||(19989246-19989420)
chr1 (183-357)||(2402923-2403107)
chr1 (255-355)||(7178193-7178291)
chr1 (265-354)||(15225081-15225170)
chr1 (264-357)||(40294820-40294913)
chr1 (277-353)||(29637312-29637388)
chr1 (278-357)||(1673369-1673448)
chr1 (184-335)||(15066019-15066181)
chr1 (185-355)||(33502524-33502704)
chr1 (184-252)||(40030902-40030969)
chr1 (311-357)||(40030838-40030884)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (181-357)||(23915972-23916148)
chr6 (184-357)||(9045833-9046015)
chr6 (185-357)||(34792651-34792833)
chr6 (183-357)||(14313985-14314168)
chr6 (264-354)||(1244645-1244735)
chr6 (183-357)||(9521810-9521999)
chr6 (185-356)||(16717991-16718179)
chr6 (284-351)||(29429590-29429657)
chr6 (182-351)||(12748217-12748397)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (183-357)||(15285329-15285503)
chr5 (188-357)||(35905994-35906163)
chr5 (388-503)||(42031760-42031875)
chr5 (1-184)||(42031535-42031706)
chr5 (184-357)||(13988247-13988430)
chr5 (536-609)||(42031873-42031946)
chr5 (183-355)||(12248275-12248457)
chr5 (184-358)||(36890376-36890559)
chr5 (648-713)||(42032298-42032363)
chr5 (256-355)||(33687649-33687748)
chr5 (185-355)||(43100208-43100388)
chr5 (183-357)||(11247192-11247376)
chr5 (776-834)||(42032426-42032484)
chr5 (281-354)||(1447853-1447926)
chr5 (184-248)||(8076374-8076438)
chr5 (296-357)||(8378344-8378405)
chr5 (183-252)||(20151490-20151558)
chr5 (357-390)||(42031697-42031730)
chr5 (288-357)||(20151384-20151453)
[»] chr2 (21 HSPs)
chr2 (185-357)||(3121610-3121782)
chr2 (188-357)||(24475714-24475883)
chr2 (184-357)||(33299979-33300154)
chr2 (183-357)||(14945734-14945918)
chr2 (185-354)||(36272661-36272840)
chr2 (184-357)||(32599247-32599430)
chr2 (185-356)||(13696965-13697146)
chr2 (185-360)||(17823576-17823761)
chr2 (280-357)||(4434695-4434772)
chr2 (264-357)||(5562936-5563029)
chr2 (183-357)||(36709190-36709373)
chr2 (184-355)||(40216411-40216592)
chr2 (183-357)||(33555360-33555545)
chr2 (264-357)||(40095263-40095356)
chr2 (253-356)||(42061307-42061412)
chr2 (316-357)||(23860305-23860346)
chr2 (280-357)||(25333144-25333221)
chr2 (184-248)||(14242523-14242586)
chr2 (287-357)||(14242627-14242697)
chr2 (185-222)||(23860198-23860235)
chr2 (288-349)||(37914359-37914419)
[»] chr8 (23 HSPs)
chr8 (196-357)||(2599531-2599692)
chr8 (185-357)||(28897995-28898167)
chr8 (184-367)||(45413554-45413730)
chr8 (218-357)||(10391348-10391487)
chr8 (184-357)||(14342186-14342371)
chr8 (185-355)||(11904855-11905035)
chr8 (183-356)||(43065903-43066085)
chr8 (277-349)||(8368473-8368545)
chr8 (274-357)||(1993739-1993822)
chr8 (253-356)||(27497174-27497276)
chr8 (182-354)||(35200559-35200741)
chr8 (271-352)||(41075693-41075774)
chr8 (273-349)||(45502670-45502746)
chr8 (271-352)||(31774729-31774810)
chr8 (269-352)||(16465706-16465789)
chr8 (291-355)||(12142083-12142147)
chr8 (256-323)||(10592010-10592077)
chr8 (275-337)||(41880209-41880271)
chr8 (183-252)||(4076767-4076835)
chr8 (316-357)||(4077102-4077143)
chr8 (271-355)||(31523608-31523692)
chr8 (288-356)||(44081068-44081136)
chr8 (182-253)||(41075593-41075663)
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (183-357)||(31741043-31741217)
chr7 (185-355)||(42974395-42974558)
chr7 (183-357)||(46576240-46576424)
chr7 (185-357)||(38754897-38755077)
chr7 (180-355)||(38349454-38349639)
chr7 (184-355)||(28713679-28713860)
chr7 (181-357)||(30922706-30922892)
chr7 (207-274)||(6220185-6220252)
chr7 (278-359)||(47480116-47480196)
chr7 (285-357)||(48460659-48460731)
chr7 (184-357)||(33496499-33496682)
chr7 (255-350)||(11752604-11752699)
chr7 (187-355)||(37536317-37536495)
chr7 (182-252)||(43359087-43359157)
chr7 (277-357)||(51938-52018)
chr7 (287-353)||(43068765-43068831)
chr7 (201-249)||(36675940-36675988)
chr7 (186-249)||(52056-52118)
chr7 (189-252)||(48460768-48460830)
chr7 (271-352)||(43970964-43971044)
[»] chr4 (32 HSPs)
chr4 (183-357)||(50498210-50498384)
chr4 (183-357)||(22364469-22364643)
chr4 (184-357)||(42179148-42179319)
chr4 (189-356)||(32290215-32290377)
chr4 (185-357)||(5817380-5817562)
chr4 (185-357)||(37605691-37605873)
chr4 (185-356)||(25164471-25164652)
chr4 (252-354)||(51579323-51579425)
chr4 (184-357)||(17044003-17044185)
chr4 (184-357)||(55281208-55281391)
chr4 (184-357)||(25783908-25784090)
chr4 (185-357)||(45995895-45996076)
chr4 (240-357)||(20107110-20107228)
chr4 (280-357)||(32525127-32525204)
chr4 (184-358)||(43749091-43749277)
chr4 (185-354)||(3287087-3287262)
chr4 (185-355)||(48525328-48525508)
chr4 (280-357)||(51579581-51579657)
chr4 (278-357)||(24059236-24059315)
chr4 (264-352)||(41277220-41277308)
chr4 (311-357)||(39631274-39631320)
chr4 (183-248)||(14149958-14150023)
chr4 (182-250)||(14786733-14786801)
chr4 (281-353)||(36851231-36851303)
chr4 (271-351)||(26719997-26720077)
chr4 (183-252)||(9118513-9118582)
chr4 (183-252)||(39631008-39631076)
chr4 (183-250)||(24059133-24059199)
chr4 (323-357)||(14786853-14786887)
chr4 (183-225)||(20107230-20107272)
chr4 (288-349)||(25437008-25437068)
chr4 (184-233)||(51293081-51293130)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (184-356)||(23004757-23004938)
chr3 (252-357)||(8330669-8330774)
chr3 (187-356)||(12224006-12224184)
chr3 (185-354)||(38247801-38247979)
chr3 (277-357)||(50989203-50989283)
chr3 (277-357)||(51092335-51092415)
chr3 (252-353)||(33288136-33288238)
chr3 (183-357)||(9271110-9271296)
chr3 (185-262)||(44092433-44092510)
chr3 (251-351)||(39947233-39947333)
chr3 (185-355)||(36674519-36674699)
chr3 (185-335)||(40725869-40726029)
chr3 (184-353)||(46135531-46135708)
chr3 (281-349)||(54713532-54713600)
chr3 (185-357)||(48034808-48034991)
chr3 (277-357)||(8496706-8496786)
chr3 (311-357)||(29915095-29915141)
chr3 (311-357)||(29964248-29964294)
[»] scaffold0005 (2 HSPs)
scaffold0005 (182-250)||(52929-52997)
scaffold0005 (323-357)||(52843-52877)
[»] scaffold0933 (1 HSPs)
scaffold0933 (183-248)||(3054-3118)
[»] scaffold0533 (1 HSPs)
scaffold0533 (185-357)||(10232-10413)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 159; Significance: 3e-84; HSPs: 26)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Original strand, 526907 - 527081
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccac 282  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  526907 aaggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccac 527006  T
Q  283 atggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  527007 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 527081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 185 - 357
Target Start/End: Original strand, 46845666 - 46845838
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccacat 284  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  46845666 ggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacattatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccacat 46845765  T
Q  285 ggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  46845766 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 46845838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 39858521 - 39858347
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccac 282  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  39858521 aaggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatatgagagagtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggaccac 39858422  T
Q  283 atggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39858421 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 39858347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 184 - 356
Target Start/End: Original strand, 13276473 - 13276645
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccaca 283  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  ||||||    
T  13276473 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtgggtaccaca 13276572  T
Q  284 tggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 356  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13276573 tggacacatgtcataattgtgtatgagtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcactact 13276645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 184 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 40314265 - 40314095
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccaca 283  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||    
T  40314265 aggataatgtttcatgaacaccattttttccatacatactatataccactcccatatgagagtgtgtgaatgtgagttttttgtgtgtgtggggaccaca 40314166  T
Q  284 tggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 354  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  40314165 tggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataaatggtacatactacctaaggtggtttatgtatcacta 40314095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Original strand, 49430482 - 49430646
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccac 282  Q
    ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||          |||||||||||| |||||||||||     
T  49430482 aaggataatatttcatgaacactcttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgaaagtg----------agtttcttgtgtgtgtggagaccag 49430571  T
Q  283 atggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49430572 atggacacatgtcacaattgtgtattgatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaccactc 49430646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 1995136 - 1994953
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatg 272  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||||||| || ||| ||    
T  1995136 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtg 1995039  T
Q  273 tggag-accacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||| ||||||  ||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1995038 tggaggaccacaaagacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 1994953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 271 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 6487814 - 6487728
Alignment:
Q  271 tgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  6487814 tgtggggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaattggtctatgtatcactactc 6487728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Original strand, 44797465 - 44797648
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttctt-gtgtat 271  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||          |||||||||| || |||| |    
T  44797465 aaggataatgtttcatgtacacacttttttctatacacacattgtaccacttc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgttt 44797563  T
Q  272 gtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    | || ||||||| |||||| | ||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44797564 gggg-gaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 44797648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 184 - 357
Target Start/End: Original strand, 27325626 - 27325810
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtga-gagtgtgtga----------atgtgagtttctt-gtgtat 271  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||| ||||||||||          |||||| ||| || |||| |    
T  27325626 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgaagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgt 27325724  T
Q  272 gtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    | ||  |||||| |||||| | ||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27325725 gggggaaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 27325810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 186 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 29731369 - 29731194
Alignment:
Q  186 gataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatgtgg 275  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||| |||| |||||||||||||| |||  |          ||| |||||||||| ||| |    
T  29731369 gataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtatcacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgaatttcttgtgtgtgtag 29731270  T
Q  276 agaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 351  Q
     ||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  29731269 ggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtactagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 29731194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Original strand, 32267463 - 32267647
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatg 272  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||          |||||||||| || ||||||    
T  32267463 aaggataatatttcatgtacacacttttttccatacacacattgtactactcc-atgtgagagtgtgtgagagccaatacatgtgagtttttt-tgtatg 32267560  T
Q  273 tgga--gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||  ||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| || | ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  32267561 tggaaggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaattgtacatgccacttaagatggtctatgtatcactactc 32267647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 184 - 355
Target Start/End: Original strand, 47571562 - 47571743
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatgt 273  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||  |          |||||||||| ||| |||    
T  47571562 aggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttatgtgtgt 47571661  T
Q  274 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 355  Q
     | ||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||| |||||| | ||| ||||||||||||| ||| |||||||||    
T  47571662 agggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggcatatgtcacctaaggtggtttatatatcactac 47571743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 271 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 26041056 - 26040972
Alignment:
Q  271 tgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 355  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  26041056 tgtggggaccacgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtttgtgtatcactac 26040972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 186 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 48489630 - 48489455
Alignment:
Q  186 gataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatgtgg 275  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||  ||||||||| |||||||| ||||| |||  |          ||||||||||||||  || |    
T  48489630 gataatgtttcatgaacaccattttctctatacatacattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgcgtag 48489531  T
Q  276 agaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 351  Q
     ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||    
T  48489530 ggaccacatggacagatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatca 48489455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 183 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 19989420 - 19989246
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatg 272  Q
    ||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||          |||| ||||| || |||  |    
T  19989420 aaggataatgtttcatagacactcttttctc-atacacacattgtaccactctcatgtgagagtgtgtgagagacacaaaatgtaagttttttatgt--g 19989324  T
Q  273 tggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatc 350  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| |||||||| ||| || |||||||||| ||||||||    
T  19989323 tggaaaccacatggacacatgtcacacttgtatgtggatgtacaagtggtatatgtcatctaaggtggtttatgtatc 19989246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Original strand, 2402923 - 2403107
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgt-gtat 271  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||| ||          |||||||||| || | || |    
T  2402923 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccattcc-atgtgagagtgtgcgagagacaatacatgtgagtttttttttgtgt 2403021  T
Q  272 gtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    | || ||||||| | |||| | ||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2403022 ggggggaccacaagaacacttttcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaagatggtctatgtatcactactc 2403107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 255 - 355
Target Start/End: Original strand, 7178193 - 7178291
Alignment:
Q  255 gtgagtttcttgtgtatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 354  Q
    |||||||| ||||||  || |||||||||| ||||| |||||||||||| | ||| |||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7178193 gtgagttttttgtgt--gtcgagaccacatagacacttgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcacta 7178290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 265 - 354
Target Start/End: Original strand, 15225081 - 15225170
Alignment:
Q  265 tgtgtatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 354  Q
    ||||| ||||| |||||  |||||| ||||||||||||  | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15225081 tgtgtgtgtggggaccatgtggacatatgtcacaattgcatgtgggtgtataagttgtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 15225170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 264 - 357
Target Start/End: Original strand, 40294820 - 40294913
Alignment:
Q  264 ttgtgtatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||||| ||||  |||||||| || ||||||||||||||||||| | || | ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40294820 ttgtgtgtgtgaggaccacatagatacatgtcacaattgtgtataggtggacaagtggtacgtgccacctaaagtggtctatgtatcactactc 40294913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 277 - 353
Target Start/End: Original strand, 29637312 - 29637388
Alignment:
Q  277 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 353  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29637312 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcact 29637388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 278 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 1673448 - 1673369
Alignment:
Q  278 accacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||||| |||||| | ||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1673448 accacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 1673369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 184 - 335
Target Start/End: Original strand, 15066019 - 15066181
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtg----------aatgtgagtttc-ttgtgtatg 272  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||          ||| |||||||| || ||| ||    
T  15066019 aggataatgtttcatgaacactcttttttccatacatacaatgtaccactctcatgtgagagtgtgtgagagacaataaatatgagtttctttttgtgtg 15066118  T
Q  273 tggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaa 335  Q
    |   || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||| ||||||    
T  15066119 tacggatcacatggacacatgtcacaattgtgtatgaatgtacaaatgatacatgctacctaa 15066181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 185 - 355
Target Start/End: Original strand, 33502524 - 33502704
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaa----------tgtgagtttcttgtgtatgtg 274  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||| | |||| ||  ||||||||  | |||||||||||||||||          ||||||||| |||||| ||||    
T  33502524 ggataatgtttcatgaacatccttttcttcgtacatacattgtaccacctctatgtgagagtgtgtgaaagatataaaatgtgagttttttgtgtgtgtg 33502623  T
Q  275 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 355  Q
    |||||||  || ||| ||||||||||||  | | | |||| |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||    
T  33502624 gagaccatgtgaacatatgtcacaattgcatgtaggtgtacaagtggtacatgtcatctaatgtggtctatgtatcactac 33502704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 184 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 40030969 - 40030902
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 252  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  40030969 aggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtga 40030902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 311 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 40030884 - 40030838
Alignment:
Q  311 tgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40030884 tgtacaagtggtacatgctacctaaggtggtctatgtatcactactc 40030838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 153; Significance: 1e-80; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 181 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 23916148 - 23915972
Alignment:
Q  181 ataaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagacc 280  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23916148 ataaggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggacc 23916049  T
Q  281 acatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  23916048 acatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtgatctatgtatcactactc 23915972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 184 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 9046015 - 9045833
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatgt 273  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||| ||||| |||||| |||    
T  9046015 aggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagttt-ttgtgtgtgt 9045918  T
Q  274 ggag-accacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||| |||||| | |||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9045917 ggaggaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 9045833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 185 - 357
Target Start/End: Original strand, 34792651 - 34792833
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatgtg 274  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||||||| |||||| |||     
T  34792651 ggataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagttt-ttgtgtgtgta 34792748  T
Q  275 gaga--ccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||  ||||| |||||| ||||| |||| | | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34792749 gagagaccacaaggacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 34792833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Original strand, 14313985 - 14314168
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttctt-gtgtat 271  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||   ||||||||||||||||          |||||| ||| || |||| |    
T  14313985 aaggataatgtttcatgtacacactttt-tccatacacacattgtaccacttt-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgt 14314082  T
Q  272 gtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    | ||  |||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14314083 gggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14314168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 264 - 354
Target Start/End: Original strand, 1244645 - 1244735
Alignment:
Q  264 ttgtgtatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 354  Q
    |||||| || || ||||||| |||||| || || |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1244645 ttgtgtgtggggggaccacaaggacacttgccaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcacta 1244735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Original strand, 9521810 - 9521999
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtg----------aatgtgagtttcttgtgt--- 269  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| | |||||||           ||| ||||||| ||||||       
T  9521810 aaggataatgtttcatgtacatccttttctccatacacacattgtacca-tcccatgtaaaagtgtgtaggagacaataaatatgagttttttgtgtgtg 9521908  T
Q  270 -atgtggagaccacatggacacatgtcacaatt--gtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
     |||||| || |||||| | | |||||||||||  |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  9521909 tatgtggggatcacatgaatatatgtcacaattatgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtgatctatgtattactactc 9521999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 185 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 16718179 - 16717991
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtg----------aatgtgagtttcttgtgtatgtg 274  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||| ||||| ||          ||  |||||||||||||| |||     
T  16718179 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta 16718080  T
Q  275 gagaccacatggaca-----catgtcacaat--tgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 356  Q
    | ||||| |||||||     |||||||||||  | ||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16718079 gggaccaaatggacacatgtcatgtcacaattatatgtgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 16717991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 284 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 29429657 - 29429590
Alignment:
Q  284 tggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 351  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  29429657 tggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtagtctgtgtatca 29429590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 182 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 12748397 - 12748217
Alignment:
Q  182 taaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtg----------aatgtgagtttcttgtgtat 271  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||          ||  ||| ||| |||||| |    
T  12748397 taaggataatgtttcataaacacccttttctttatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatga-ttttttgtgtgt 12748299  T
Q  272 gtggag--accacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 351  Q
    ||| ||  |||||||||||| ||||||||||| | | ||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  12748298 gtgtaggaaccacatggacagatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatca 12748217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 151; Significance: 2e-79; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 15285503 - 15285329
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccac 282  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15285503 aaggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccac 15285404  T
Q  283 atggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15285403 atggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 15285329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 188 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 35906163 - 35905994
Alignment:
Q  188 taatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccacatgga 287  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| | ||| |||||||    
T  35906163 taatgtttcatgaacacccttttctccatacatactatgtaccactctcatgtgagagtgtgtaaaagtgagtttcttgtgtgtgtagggactacatgga 35906064  T
Q  288 cacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35906063 cacatgtcacaattgtatatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 35905994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 388 - 503
Target Start/End: Original strand, 42031760 - 42031875
Alignment:
Q  388 tacggaagaagcaacaactcaccaacaatgcaaacaaatccgacgggagtatcattgtcaccccacgctacgcaaatatatgataccacatttggctagc 487  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42031760 tacggaagaagcaacaactcaccaacaatgcaaacaaatccgacgggagtatcattgtcaccccacgctacgcaaatatatgataccacatttggctatc 42031859  T
Q  488 gagcaatctgaatctc 503  Q
    ||||||||||||||||    
T  42031860 gagcaatctgaatctc 42031875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Original strand, 42031535 - 42031706
Alignment:
Q  1 ctacaaatcacctatctagccatacaatccatcgagttgataaaccactcgtacnnnnnnnggatggtacacctatttgtttacc----caaaaaccatt 96  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||    
T  42031535 ctacaaatcacctatctagccatacaatccatcgagttgataaaccactcgtacaaaaaaaggatggtgcacctatttgtttacccaaacaaaaaccatt 42031634  T
Q  97 gccaagagatgctattgattgcgtgaacaacctatgtaggcgacgtcactttttgagagaagattgaatcattacgagccttccataa 184  Q
    ||||||||||||| |||                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42031635 gccaagagatgctcttg----------------atgtaggcgacgtcactttttgagagaagattgaatcattacgagccttccataa 42031706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 184 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 13988430 - 13988247
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttctt-gtgtatg 272  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||| ||| || |||| ||    
T  13988430 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtg 13988332  T
Q  273 tggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
     || ||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13988331 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 13988247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 536 - 609
Target Start/End: Original strand, 42031873 - 42031946
Alignment:
Q  536 ctcattcggtaactgtcattccccttgtagccaagttctctcgacaagtgatggcgtaacatttgccatcaaaa 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42031873 ctcattcggtaactgtcattccccttgtagccaagttctctcgacaagtgatggcgtaacatttgccatcaaaa 42031946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 183 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 12248457 - 12248275
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatg 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||| ||||| |||  |          |||||||||||||  ||    
T  12248457 aaggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgcgtg 12248358  T
Q  273 tggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 355  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  12248357 tagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatcactac 12248275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 184 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 36890559 - 36890376
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatgt 273  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||  |||||||||||| |||          |||||||||| || ||| |||    
T  36890559 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcg-atgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtgt 36890462  T
Q  274 ggag-accacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcc 358  Q
    || | |||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36890461 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcc 36890376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 648 - 713
Target Start/End: Original strand, 42032298 - 42032363
Alignment:
Q  648 aaggggatgaagaaaagaggaggaaaatggttggttataagatatagtaatatgcaagatccaatg 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42032298 aaggggatgaagaaaagaggaggaaaatggttggttataagatatagtaatatgcaagatccaatg 42032363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 256 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 33687748 - 33687649
Alignment:
Q  256 tgagtttcttgtgtatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 355  Q
    |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||    
T  33687748 tgagtttcttgtgtgtgtagagatcacatggacacatgtcacaattatatatggatgtacaagtggtatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 33687649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 185 - 355
Target Start/End: Original strand, 43100208 - 43100388
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatgtg 274  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||||  ||||||| ||||| |||  |          ||| |||||||||| |||     
T  43100208 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgaatttcttgtgtgtgta 43100307  T
Q  275 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||| |||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  43100308 gagaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatataccacctaagatggtttatgtatcactac 43100388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 11247376 - 11247192
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgag-tttcttgtgtat 271  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||          ||||||| ||| |||||| |    
T  11247376 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgt 11247278  T
Q  272 gtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
      || || ||||  ||||  ||||| |||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  11247277 agggggatcacaaagacatttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtagtatatgccatctaaggtagtctatgtatcactactc 11247192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 776 - 834
Target Start/End: Original strand, 42032426 - 42032484
Alignment:
Q  776 ggtagaccaaagtgaaatcaaataaatagttaagagactaaaacactaatgtattcgaa 834  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42032426 ggtagagcaaagtgaaatcaaataaatagttaagagattaaaacactaatgtattcgaa 42032484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 281 - 354
Target Start/End: Original strand, 1447853 - 1447926
Alignment:
Q  281 acatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 354  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||    
T  1447853 acatggacatatgtcacaattgtgcgtggatgtataagtggtacatgccacctaaagttgtctatatataacta 1447926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 184 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 8076438 - 8076374
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgt 248  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  8076438 aggataatgtttcatgaacacccttttctctatacatacattgtaccacttccatgtgagagtgt 8076374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 296 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 8378405 - 8378344
Alignment:
Q  296 acaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||| ||||| |||||||| || ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  8378405 acaactgtgtgtggatgtacaaatggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcaccactc 8378344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 183 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 20151558 - 20151490
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 252  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||  | |||||| |||||||||||||||||||    
T  20151558 aaggataatatttcatgtacacctttttttccatacatacattataccac-cccatgtgagagtgtgtga 20151490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 357 - 390
Target Start/End: Original strand, 42031697 - 42031730
Alignment:
Q  357 ccttccataatgaccacaccattgtgtgccatac 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42031697 ccttccataatgaccacaccattgtgtgccatac 42031730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 288 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 20151453 - 20151384
Alignment:
Q  288 cacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||||||| |||| ||| ||| |||  |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  20151453 cacatgtcataattatgtgtgggtgttcaagtggtatatgctacctaaagtggtctatgtatcattactc 20151384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 149; Significance: 3e-78; HSPs: 21)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 185 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 3121782 - 3121610
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccacat 284  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3121782 ggataatgtttcatgaacacccttttctgcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccacat 3121683  T
Q  285 ggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3121682 ggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 3121610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 188 - 357
Target Start/End: Original strand, 24475714 - 24475883
Alignment:
Q  188 taatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccacatgga 287  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  24475714 taatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgtaccacttccacgtgagagtgtgtaaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggactacatgga 24475813  T
Q  288 cacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24475814 cacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 24475883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 184 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 33300154 - 33299979
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttctt--gtgtatgtggagacca 281  Q
    |||||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||| |||||    
T  33300154 aggataatgtttcatgaacaccgtattcttcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtgtggggacca 33300055  T
Q  282 catggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33300054 catgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtataaatggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcactactc 33299979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Original strand, 14945734 - 14945918
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgag----------tttcttgtgtatg 272  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||          ||| || | | ||    
T  14945734 aaggataatgtttcatgaacacccttttcttcatacacattatgtaccactcctatgtgagagtgcgtgaatgtgagttttttttttttttttttttgtg 14945833  T
Q  273 tggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||| ||||| ||  |||||||| ||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14945834 tggggaccaaataaacacatgttacatttgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14945918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 185 - 354
Target Start/End: Original strand, 36272661 - 36272840
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaa----------tgtgagtttctt-gtgtatgt 273  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||          ||||||||| || |||| |||    
T  36272661 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatatacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgaaagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgt 36272759  T
Q  274 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 354  Q
    || ||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36272760 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 36272840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 184 - 357
Target Start/End: Original strand, 32599247 - 32599430
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatgt 273  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||||||| || ||| |||    
T  32599247 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgacagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtgt 32599344  T
Q  274 ggag--accacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||  |||||| |||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32599345 ggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 32599430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 185 - 356
Target Start/End: Original strand, 13696965 - 13697146
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttctt-gtgtatgt 273  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||| ||| || |||| ||     
T  13696965 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 13697063  T
Q  274 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 356  Q
    ||  |||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13697064 gggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 13697146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 185 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 17823761 - 17823576
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgag-tttcttgtgtatgt 273  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||          ||||||| ||| |||||| ||     
T  17823761 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtgg 17823663  T
Q  274 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcctt 360  Q
    || ||||||| |||||| | ||| |||||| | ||| |||| ||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17823662 ggggaccacaaggacacttatcaaaattgtatgtgggtgtacaagtgatacataccatctaaggtggtttatgtatcactactcctt 17823576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 280 - 357
Target Start/End: Original strand, 4434695 - 4434772
Alignment:
Q  280 cacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  4434695 cacatggacacatgtcacaatagtgtgtggaagtacaagtggtacatgccacataaggtggtctatatatcactactc 4434772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 264 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 5563029 - 5562936
Alignment:
Q  264 ttgtgtatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| | |||| |||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  5563029 ttgtgtgtgtggagaccacatcgacacatgtcaaaattatatatgaatgtataaatggtacatgccacctaaaatagtctatgtatcactactc 5562936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Original strand, 36709190 - 36709373
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatg 272  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||  ||||||||||| || ||||| |||||||          |||||||||| |||||| ||    
T  36709190 aaggataatgtttcatgtacacatttttttccatacaaacattgtaccactcc-atatgagaatgtgtgacagacaatacatgtgagttttttgtgtgtg 36709288  T
Q  273 tggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
     || |||||||  ||||  ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  36709289 gggggaccacaatgacatttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacataccacctaagatggtctatgtatcagtactc 36709373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 184 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 40216592 - 40216411
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtg----------aatgtgagtttcttgtgtatgt 273  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||          ||  |||||||||| ||| |||    
T  40216592 aggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacataaaagatgagtttcttatgtgtgt 40216493  T
Q  274 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 355  Q
     | ||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||| |||||||| ||  || |||||||||| ||| |||||||||    
T  40216492 agggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatatcatctaaggtggtttatatatcactac 40216411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Original strand, 33555360 - 33555545
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgag--tttcttgtgta 270  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||||||          |||||||  ||| || |||     
T  33555360 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagaatgtgtgacagacaatacatgtgagttttttttttgtg 33555458  T
Q  271 tgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    || || |||||||  ||||| ||||| |||||||| |   |||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  33555459 tggggggaccacaatgacacttgtcaaaattgtgtgtaagtgtacaagtggtacatgccacttaaggtgatctatgtatcactactc 33555545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 264 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 40095356 - 40095263
Alignment:
Q  264 ttgtgtatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||||| || || |||||||  ||||| ||||| |||||| | |||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  40095356 ttgtgtgtggggggaccacaatgacacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaagtggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcactactc 40095263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 253 - 356
Target Start/End: Original strand, 42061307 - 42061412
Alignment:
Q  253 atgtgagtttcttgtgtatgtggag--accacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatc 350  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |  |||||| |||||| ||||| |||||| | ||| |||| ||||||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  42061307 atgtgagttttttgtgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacccaaagtgctctatgtatc 42061406  T
Q  351 actact 356  Q
    ||||||    
T  42061407 actact 42061412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 316 - 357
Target Start/End: Original strand, 23860305 - 23860346
Alignment:
Q  316 aagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23860305 aagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 23860346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 280 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 25333221 - 25333144
Alignment:
Q  280 cacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||| | | |||||||||||||||| |||||||    
T  25333221 cacatgaacacatgtcacaaatgtgtgttgatgtacaagtggtacatgcgatccaaggtggtctatgtataactactc 25333144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 184 - 248
Target Start/End: Original strand, 14242523 - 14242586
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgt 248  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  14242523 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgt 14242586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 287 - 357
Target Start/End: Original strand, 14242627 - 14242697
Alignment:
Q  287 acacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||| ||||| |||||||| ||| |||| | ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14242627 acacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaggtggtacataccacctaagatggtctatgtatcactactc 14242697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 185 - 222
Target Start/End: Original strand, 23860198 - 23860235
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacac 222  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  23860198 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacac 23860235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 288 - 349
Target Start/End: Original strand, 37914359 - 37914419
Alignment:
Q  288 cacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 349  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||  ||||||||||||||||| |||||||    
T  37914359 cacatgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaag-ggtgtatgccacctaaggtggtttatgtat 37914419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 138; Significance: 1e-71; HSPs: 23)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 196 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 2599692 - 2599531
Alignment:
Q  196 catgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccacatggacacatgtc 295  Q
    |||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  2599692 catgaacaccctttttttcatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggggaccacatgaacacatgtc 2599593  T
Q  296 acaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2599592 acaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 2599531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 185 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 28898167 - 28897995
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccacat 284  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  28898167 ggataatgtttcatgaacaccattttctccatacacactatgtaccactctcatatgagagtgtgtgaaagggagtttcttgtgtgtgtggggaccacat 28898068  T
Q  285 ggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28898067 ggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 28897995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 184 - 367
Target Start/End: Original strand, 45413554 - 45413730
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccaca 283  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||        |||||||| ||||| ||||| |    
T  45413554 aggacaatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgcaccactcctatgtgagggtgcgtgaaa-------tcttgtgtgtgtggggaccata 45413646  T
Q  284 tggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactccttccataat 367  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  45413647 tggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcattctataat 45413730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 218 - 357
Target Start/End: Original strand, 10391348 - 10391487
Alignment:
Q  218 cacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataa 317  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10391348 cacattatgtactactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttatgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataa 10391447  T
Q  318 gtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  10391448 gtggcacatgccacctaagatgatctatgtatcattactc 10391487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 184 - 357
Target Start/End: Original strand, 14342186 - 14342371
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttctt--gtgtat 271  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||| ||| ||  ||||||    
T  14342186 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgaattttttttgtgtat 14342284  T
Q  272 gtggagaccacatggacacatgtcacaa-ttgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    | || ||||||| |||||| ||||| || |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14342285 ggggggaccacaaggacacttgtcaaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 14342371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 185 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 11905035 - 11904855
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatgtg 274  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||  |          ||||||||||||||  ||     
T  11905035 ggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgagta 11904936  T
Q  275 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 355  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11904935 gggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 11904855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 183 - 356
Target Start/End: Original strand, 43065903 - 43066085
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatg 272  Q
    ||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||| ||  ||||||| ||| ||||||||||||||||          |||||||||| || ||| ||    
T  43065903 aaggataatgttttatgtacacatttttttccatacatacattgtaccattcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtg 43066000  T
Q  273 tggag-accacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 356  Q
    ||| | |||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43066001 tgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 43066085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 277 - 349
Target Start/End: Original strand, 8368473 - 8368545
Alignment:
Q  277 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 349  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8368473 gaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 8368545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 274 - 357
Target Start/End: Original strand, 1993739 - 1993822
Alignment:
Q  274 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1993739 ggagaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 1993822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 253 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 27497276 - 27497174
Alignment:
Q  253 atgtgagtttcttgtgtatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 352  Q
    |||||||||| |||||| | |||| |||||||| ||||||||| ||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  27497276 atgtgagttttttgtgtgtatggaaaccacatgaacacatgtcgcaattgtctgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaagtggtct-tgtatcac 27497178  T
Q  353 tact 356  Q
    ||||    
T  27497177 tact 27497174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 182 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 35200741 - 35200559
Alignment:
Q  182 taaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtat 271  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||  |          |||||||||||| | |    
T  35200741 taaggataatgtttgatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtatgt 35200642  T
Q  272 gtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 354  Q
    || | |||| |||||||||||||||||||| | | ||| |||| ||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35200641 gtagggaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtaatatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 35200559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 271 - 352
Target Start/End: Original strand, 41075693 - 41075774
Alignment:
Q  271 tgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 352  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41075693 tgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 41075774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 273 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 45502746 - 45502670
Alignment:
Q  273 tggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 349  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  45502746 tggagaccacatggacacatgtcacaattgtatatgaatgtacaagtggtacataccacttaaggtggtttatgtat 45502670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 271 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 31774810 - 31774729
Alignment:
Q  271 tgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 352  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||  |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31774810 tgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgagtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcac 31774729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 269 - 352
Target Start/End: Original strand, 16465706 - 16465789
Alignment:
Q  269 tatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 352  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||||||||| | ||| | || ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  16465706 tatgtagagaccacgtagacacatgtcacaattgtatgtgggtatacaagtggtacatgccgtctaaggtggtctatgtatcac 16465789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 291 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 12142147 - 12142083
Alignment:
Q  291 atgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 355  Q
    ||||||||||| | | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12142147 atgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 12142083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 256 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 10592077 - 10592010
Alignment:
Q  256 tgagtttcttgtgtatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggta 323  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||| ||||||||    
T  10592077 tgagtttcttgtgtgtgtagagaccacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggta 10592010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 275 - 337
Target Start/End: Original strand, 41880209 - 41880271
Alignment:
Q  275 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaagg 337  Q
    |||||||||| || || |||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||    
T  41880209 gagaccacatagatacgtgtcacaattgtgtatagatgtacaaatggtacatgccacctaagg 41880271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 183 - 252
Target Start/End: Original strand, 4076767 - 4076835
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 252  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||   ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  4076767 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacatattgtaccact-ctatgtgagagtgtgtga 4076835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 316 - 357
Target Start/End: Original strand, 4077102 - 4077143
Alignment:
Q  316 aagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4077102 aagtggtacatgccacctaaggtggtctatatatcactactc 4077143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 271 - 355
Target Start/End: Original strand, 31523608 - 31523692
Alignment:
Q  271 tgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 355  Q
    |||||||| ||||||||||| | |||||||| | ||| |||||| ||||| |||||| || ||||| |||||||| |||||||||    
T  31523608 tgtggagatcacatggacacttatcacaattatatatagatgtacaagtgatacatgtcatctaagatggtctatctatcactac 31523692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 288 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 44081136 - 44081068
Alignment:
Q  288 cacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 356  Q
    ||||||||||||||  || |||||||| || || ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  44081136 cacatgtcacaattacgtgtggatgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtgtatgtatcactact 44081068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 182 - 253
Target Start/End: Original strand, 41075593 - 41075663
Alignment:
Q  182 taaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaa 253  Q
    ||||||||||||||| |  ||||| ||||||| ||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  41075593 taaggataatgtttcgtagacaccattttctc-atacacacattgtaccactatcatgtgagagtgtgtgaa 41075663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 131; Significance: 2e-67; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 31741217 - 31741043
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccac 282  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||    
T  31741217 aaggataatgtttcatgaacatccttttttctatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaaagtgagtttcttgtgtgtgtggggagcac 31741118  T
Q  283 atggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31741117 atagacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 31741043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 185 - 355
Target Start/End: Original strand, 42974395 - 42974558
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccacat 284  Q
    ||||||||||||||| ||||| || | |||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||      |||| |||||| ||||| ||||| ||    
T  42974395 ggataatgtttcatgaacacctttgtttccatacacacattgtac-actcccatgtaagagtgtgtga------gttttttgtgtgtgtggggaccatat 42974487  T
Q  285 ggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 355  Q
    | ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42974488 gaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 42974558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Original strand, 46576240 - 46576424
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttctt-gtgtat 271  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||| ||| || |||| |    
T  46576240 aaggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgt 46576338  T
Q  272 gtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    | ||  |||||| |||||| ||| | |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46576339 gggggaaccacaaggacacttgttaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 46576424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 185 - 357
Target Start/End: Original strand, 38754897 - 38755077
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatgtg 274  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||  | |||||| |||||||||||||||||||          |||||||||| || ||| ||||    
T  38754897 ggataatatttcatgtacacctttttttccatacatacattataccac-cccatgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtgagtttttt-tgtgtgtg 38754994  T
Q  275 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    | || ||||||||||||||||| |||| ||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38754995 gggatcacatggacacatgtcataattatgtatgggtgttcaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactc 38755077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 180 - 355
Target Start/End: Original strand, 38349454 - 38349639
Alignment:
Q  180 cataaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgt 269  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||  |          |||||||||| |||    
T  38349454 cataaggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttatgt 38349553  T
Q  270 atgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 355  Q
     ||| | || |||||||||||||||||||||| | | ||| |||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  38349554 gtgtagggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaagatggtttatgtatcactac 38349639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 184 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 28713860 - 28713679
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatgt 273  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||   |||||||||  ||||||||||||| |||  |          |||||||||| ||| |||    
T  28713860 aggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacatattgtaccactttcatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttatgtgtgt 28713761  T
Q  274 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 355  Q
     | || |||||||||||||||||||||| | | ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28713760 agggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 28713679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 181 - 357
Target Start/End: Original strand, 30922706 - 30922892
Alignment:
Q  181 ataaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgag-tttcttgtgt 269  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||          ||||||| ||| ||||||    
T  30922706 ataaggataatgtttcatgtacatacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgt 30922804  T
Q  270 atgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
     || || ||| ||| |||||| ||||| |||| ||| || ||||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30922805 gtggggggactacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgaatgtacatgtggtacataccacctaaggtgatctatgtatcactactc 30922892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 207 - 274
Target Start/End: Original strand, 6220185 - 6220252
Alignment:
Q  207 ttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtg 274  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  6220185 ttttttccatacacactatgtaccactctcatgtgagagtgtgtgaatgtgagttttttttgtatgtg 6220252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 278 - 359
Target Start/End: Original strand, 47480116 - 47480196
Alignment:
Q  278 accacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcct 359  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  47480116 accatatggacacatgtcacaattgtat-tgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattactcct 47480196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 285 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 48460731 - 48460659
Alignment:
Q  285 ggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||||| ||||| |||||| | |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48460731 ggacacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 48460659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 184 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 33496682 - 33496499
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgag-tttcttgtgtatg 272  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||          || |||| ||| |||||| ||    
T  33496682 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattataccact-ccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatatgagtttttttgtgtgtg 33496584  T
Q  273 tggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
     || || ||||  ||||| ||||| |||| | | ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33496583 gggggatcacaaagacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatccctactc 33496499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 255 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 11752699 - 11752604
Alignment:
Q  255 gtgagtttcttgtgtatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatc 350  Q
    |||||||| || ||| ||||| |||||| || ||||||||||||||| | | | | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11752699 gtgagttttttatgtgtgtggggaccacgtgaacacatgtcacaattatatgtaggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatc 11752604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 187 - 355
Target Start/End: Original strand, 37536317 - 37536495
Alignment:
Q  187 ataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatgtgga 276  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||  |||||||||  ||||||||||||| |||  |          |||||||||||||| ||| |     
T  37536317 ataatgtttcatgaacaccattttctctatacacacattgtaccactttcatgtgagagtgtttgagagatacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagg 37536416  T
Q  277 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 355  Q
    |||| |||||||||||||||||||| | | ||| |||| | ||| || |||||||||||| || | |||||||||||||    
T  37536417 gaccgcatggacacatgtcacaattatatgtgggtgtacatgtgatatatgccacctaagatgatttatgtatcactac 37536495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 182 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 43359157 - 43359087
Alignment:
Q  182 taaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 252  Q
    |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  43359157 taaggataatgtttcattgacaccattttctccatacacacaatgtatcaccctcatgtgagagtgtgtga 43359087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 277 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 52018 - 51938
Alignment:
Q  277 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||||| ||| || ||| | |||||| ||| |||||| || | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52018 gaccacaaggatacttgttaaaattgtatatagatgtacaaatagtacataccacctaaggtggtctatgtatcactactc 51938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 287 - 353
Target Start/End: Original strand, 43068765 - 43068831
Alignment:
Q  287 acacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 353  Q
    |||||||||| |||| ||| |||| || |||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||    
T  43068765 acacatgtcaaaattatgtgtggaggtttaagtggtacatgcgacctaaggtggtatgtgtatcact 43068831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 201 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 36675988 - 36675940
Alignment:
Q  201 acacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtg 249  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||| |||| |||||||||||||||    
T  36675988 acacccttttctccatatatactatgtatcacttccatgtgagagtgtg 36675940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 186 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 52118 - 52056
Alignment:
Q  186 gataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtg 249  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||  ||| ||||||||||    
T  52118 gataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccact-acatatgagagtgtg 52056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 48460830 - 48460768
Alignment:
Q  189 aatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 252  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  48460830 aatgttttatgtacacacttttttccacacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgtgtga 48460768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 271 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 43971044 - 43970964
Alignment:
Q  271 tgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 352  Q
    ||||| |||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||  | |||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43971044 tgtggggaccacgtggacacat-tcaaaattgtgtgtggagttttaaagggtgtatgccacctaaggtggtctatgtatcac 43970964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 131; Significance: 2e-67; HSPs: 32)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 50498384 - 50498210
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccac 282  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  50498384 aaggataatgtttcatgaacaccattttctccatacatactatataccactcccatatgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtgtgtggggaccac 50498285  T
Q  283 atggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||    
T  50498284 atggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatactacctaaggtgatctatgtatcactactc 50498210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Original strand, 22364469 - 22364643
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccac 282  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| |  || ||||||    
T  22364469 aaggataatgtttcatgaacacccttttctccatacatattatgtaccactcccatgtgagagtgtataaaagtgagtttcttgtgtgttaggggaccac 22364568  T
Q  283 atggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||||    
T  22364569 atggacacatatcacaattgtatatgggtgtataagtggtatatgccacctaagttgatttatgtatcactactc 22364643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 184 - 357
Target Start/End: Original strand, 42179148 - 42179319
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccaca 283  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  || |||||||| |||||| ||||| |||||||    
T  42179148 aggataatgtttcatgaacatcctttttttcatacacactatgtaccactcctatgtgagagtctg--aaagtgagttttttgtgtgtgtggggaccaca 42179245  T
Q  284 tggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42179246 tggacacatgtcacaattgtgcatgggtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcattactc 42179319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 189 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 32290377 - 32290215
Alignment:
Q  189 aatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccacatggac 288  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| ||||  ||||||||||      
T  32290377 aatgtttcatgaacactcttttctccatacatactatgtaccactcccatgtgagagtgtatgaaagtgaatttcttgtgtgtgtgaggaccacatgg-- 32290280  T
Q  289 acatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 356  Q
       |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32290279 ---tgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactact 32290215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 185 - 357
Target Start/End: Original strand, 5817380 - 5817562
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtg----------aatgtgagtttcttg-tgtatgt 273  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| | |||||||           ||| ||||||| ||| ||| |||    
T  5817380 ggataatgtttcatgtacatccttttctccatacacacattgtaccac-cccatgtaaaagtgtgtaggagacaataaatatgagttttttggtgtgtgt 5817478  T
Q  274 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5817479 ggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 5817562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 185 - 357
Target Start/End: Original strand, 37605691 - 37605873
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttctt-gtgtatgt 273  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||| ||| || |||| ||     
T  37605691 ggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagggacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 37605789  T
Q  274 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    || ||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37605790 ggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 37605873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 185 - 356
Target Start/End: Original strand, 25164471 - 25164652
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatgtg 274  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||||||| || ||| ||||    
T  25164471 ggataatgtttcatgtacacacttttttgcatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtgtg 25164568  T
Q  275 gag--accacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 356  Q
    |||  |||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25164569 gaggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 25164652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 252 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 51579425 - 51579323
Alignment:
Q  252 aatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 351  Q
    ||||||||||| |||| | |||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51579425 aatgtgagttttttgtatgtgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 51579326  T
Q  352 cta 354  Q
    |||    
T  51579325 cta 51579323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 184 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 17044185 - 17044003
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatgt 273  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          ||| || ||| || ||| |||    
T  17044185 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgggactttttt-tgtgtgt 17044088  T
Q  274 ggaga-ccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    || || ||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17044087 ggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 17044003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 184 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 55281391 - 55281208
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttctt-gtgtatg 272  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||  ||||||||||| |||||||| |||||||          |||||| ||| || |||| ||    
T  55281391 aggataatgtttcatgtacacacttttttccatacatacattgtaccactcc-atgtgagaatgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtg 55281293  T
Q  273 tggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
     || ||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55281292 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 55281208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 184 - 357
Target Start/End: Original strand, 25783908 - 25784090
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtg----------aatgtgagtttcttgtgtatgt 273  Q
    |||||||||||||||| ||| | |||| || ||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||          || |||||||| ||||||||||    
T  25783908 aggataatgtttcatgaacatctttttttctatacacacgttgtacca-tcctatgtgagagtgtgtgtgaaacaataaaagtgagttttttgtgtatgt 25784006  T
Q  274 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    || ||| ||||| | ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  25784007 ggggactacatgaatacatgtcacaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaagatgatctatgtatcactactc 25784090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 185 - 357
Target Start/End: Original strand, 45995895 - 45996076
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttcttgtgtatgtg 274  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||          |||||||||| || ||| ||||    
T  45995895 ggataatgtttcatgtacacatttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtgtg 45995992  T
Q  275 g-agaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    | |||||||| | |||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45995993 ggagaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 45996076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 240 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 20107228 - 20107110
Alignment:
Q  240 tgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgga-tgtataagtggtacatgccacctaaggt 338  Q
    |||||||||||||||| |||||| || ||   ||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  20107228 tgagagtgtgtgaatgcgagttttttatgcgcgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtgtgcggggtgtacaagtggtacatgccacctaaggt 20107129  T
Q  339 ggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||||||||||||||||||    
T  20107128 ggtctatgtatcactactc 20107110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 280 - 357
Target Start/End: Original strand, 32525127 - 32525204
Alignment:
Q  280 cacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32525127 cacatagacacatatcacaattgtgtgtggatgtataagtggtatatgccacctaagatggtctatgtatcactactc 32525204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 184 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 43749277 - 43749091
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgag-tttcttgtgtatg 272  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| |   ||||||||||| |||| |||||||||||          ||||||| ||| |||||| ||    
T  43749277 aggataatgtttcatgtacacactttttttcatacatatattgtaccactcc-atgtaagagtgtgtgagggacaatatatgtgagcttttttgtgtgtg 43749179  T
Q  273 tggag--accacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcc 358  Q
    |||||  |||||| |||||| ||||| |||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43749178 tggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcc 43749091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 185 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 3287262 - 3287087
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttct-ccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga------atgtgagtttcttgtgtatgtggag 277  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||      ||  |||||| || ||| ||  |||    
T  3287262 ggataatgtttcatgtacacactttttttccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtgtgtgagagataatacgagttttttttgtgtggagag 3287164  T
Q  278 accacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 354  Q
    |||||| |||| | ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  3287163 accacaaggactcttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccatctaaggtggtttatgtatcacta 3287087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 185 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 48525508 - 48525328
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatgtg 274  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||  |          | |||||||| ||| |||     
T  48525508 ggataatgtttcatgaacaccctttcctctatacacacattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagataagtttcttatgtgtgta 48525409  T
Q  275 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 355  Q
    | || |||||| ||||||||||||||| | | |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  48525408 gggaacacatgaacacatgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatcactac 48525328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 280 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 51579657 - 51579581
Alignment:
Q  280 cacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51579657 cacatggacacatgtcacaattgtatttgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtct-tgtatcactactc 51579581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 278 - 357
Target Start/End: Original strand, 24059236 - 24059315
Alignment:
Q  278 accacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| || || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24059236 accacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 24059315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 264 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 41277308 - 41277220
Alignment:
Q  264 ttgtgtatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 352  Q
    |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |||| | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  41277308 ttgtgtgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaggtggtacatgtcacctaaggtgatctatgtatcac 41277220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 311 - 357
Target Start/End: Original strand, 39631274 - 39631320
Alignment:
Q  311 tgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39631274 tgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 39631320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 183 - 248
Target Start/End: Original strand, 14149958 - 14150023
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgt 248  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||| |||||    
T  14149958 aaggataatgtttcatgaacacccttttctctatacacacattgtaccacttccatgtgaaagtgt 14150023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 182 - 250
Target Start/End: Original strand, 14786733 - 14786801
Alignment:
Q  182 taaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgt 250  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||    
T  14786733 taaggataatgtttcatggacaccatttttttcatacacattatgtaccactctcatgtgagattgtgt 14786801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 281 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 36851303 - 36851231
Alignment:
Q  281 acatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 353  Q
    ||||||||||||||||||||  ||  ||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  36851303 acatggacacatgtcacaatcatgcgtgggtgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgcatcact 36851231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 271 - 351
Target Start/End: Original strand, 26719997 - 26720077
Alignment:
Q  271 tgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 351  Q
    ||||| |||||||  ||||||||| |||||||  | ||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  26719997 tgtggggaccacaaagacacatgttacaattgaatgtgggtgtagaagtggtacacgccacctaaggtggtttatgtatca 26720077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 183 - 252
Target Start/End: Original strand, 9118513 - 9118582
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 252  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| || |||||||||   |||||||||||| ||||    
T  9118513 aaggataatatttcatgaacaccctttcctccatacatacaatgtaccacattcatgtgagagtgcgtga 9118582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 183 - 252
Target Start/End: Original strand, 39631008 - 39631076
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga 252  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| |||||| ||||  ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  39631008 aaggataatgtttcatgtacatacttttttccatatacacattgtaccact-ctatgtgagagtgtgtga 39631076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 183 - 250
Target Start/End: Original strand, 24059133 - 24059199
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgt 250  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||    
T  24059133 aaggataatgttttatgtacacactttcttccatacacacattgtaccac-cccatgtaagagtgtgt 24059199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 323 - 357
Target Start/End: Original strand, 14786853 - 14786887
Alignment:
Q  323 acatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14786853 acatgtcacctaaggtggtctatgtatcactactc 14786887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 183 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 20107272 - 20107230
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactat 225  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  20107272 aaggataatgtttcatgaacaccctttttttcatacacactat 20107230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 288 - 349
Target Start/End: Original strand, 25437008 - 25437068
Alignment:
Q  288 cacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||  |||  ||| |||||||||||||| ||||||    
T  25437008 cacatgtcacaattgtgtatggatgt-taaaaggtgtatgtcacctaaggtggtccatgtat 25437068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 184 - 233
Target Start/End: Original strand, 51293081 - 51293130
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccact 233  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||  |||||||||    
T  51293081 aggataatgtttcatgtacacactttttttcatacacacattgtaccact 51293130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 96; Significance: 1e-46; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 184 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 23004938 - 23004757
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaa----------tgtgagtttcttgtgtatgt 273  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||          ||||||||| || ||| |||    
T  23004938 aggataatgtttcatgaacacccttttctccatacacactatgcaccacttccatgtgagagtgtgtgaaagtgtgtgaatgtgagttt-ttatgtgtgt 23004840  T
Q  274 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 356  Q
    || ||||||||| | ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23004839 ggggaccacatgaatacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 23004757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 252 - 357
Target Start/End: Original strand, 8330669 - 8330774
Alignment:
Q  252 aatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 351  Q
    ||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||| || |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8330669 aatgtgagttttttgtgcatatggggaccacatggacatatatcacaattgtgtgtgaatgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatca 8330768  T
Q  352 ctactc 357  Q
    ||||||    
T  8330769 ctactc 8330774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 187 - 356
Target Start/End: Original strand, 12224006 - 12224184
Alignment:
Q  187 ataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagttt-cttgtgtatgtgg 275  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||          |||||||||| ||||||| || ||    
T  12224006 ataatgtttcatgtacacacttttttccatacacact-tgtaccacttc-aggtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagttttcttgtgtgtgagg 12224103  T
Q  276 agaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactact 356  Q
     ||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12224104 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactact 12224184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 185 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 38247979 - 38247801
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttctt-gtgtatgt 273  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||          |||||| ||| || |||| ||     
T  38247979 ggataatgtttcatgtacacactttt-tccatacacacattgtaccactct-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgg 38247882  T
Q  274 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 354  Q
    ||  |||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38247881 gggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 38247801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 277 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 50989283 - 50989203
Alignment:
Q  277 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50989283 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 50989203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 277 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 51092415 - 51092335
Alignment:
Q  277 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51092415 gaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 51092335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 252 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 33288238 - 33288136
Alignment:
Q  252 aatgtgagtttctt-gtgtatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatc 350  Q
    ||||||||||| || |||| ||||  |||||||| ||||||| |||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33288238 aatgtgagtttttttgtgtgtgtgaggaccacatagacacatatcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatc 33288139  T
Q  351 act 353  Q
    |||    
T  33288138 act 33288136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 183 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 9271296 - 9271110
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttctt-gtgtat 271  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| |   ||||||||| | |||| |||||||||||          |||||||||| || |||| |    
T  9271296 aaggataatgtttcatgtacacactttttttcatacatatattgtaccacttc-atgtaagagtgtgtgagggacaatacatgtgagtttttttgtgtgt 9271198  T
Q  272 gtggag--accacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||||  |||||| |||||| ||||| |||| ||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9271197 gtggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactactc 9271110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 185 - 262
Target Start/End: Original strand, 44092433 - 44092510
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatgtgagttt 262  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  44092433 ggataatgtttcatgaacacccttttctctctacaaactatgtaccactctcatgtaagagtgtgtgaatgagagttt 44092510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 251 - 351
Target Start/End: Original strand, 39947233 - 39947333
Alignment:
Q  251 gaatgtgagtttcttgtgtatgtggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatc 350  Q
    |||||||||||| ||  || |||| ||| ||||||||||||| |||||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  39947233 gaatgtgagtttttttggtgtgtgaagatcacatggacacatatcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgtcacttaaggtggtctatatatc 39947332  T
Q  351 a 351  Q
    |    
T  39947333 a 39947333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 185 - 355
Target Start/End: Original strand, 36674519 - 36674699
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtgaatg----------tgagtttcttgtgtatgtg 274  Q
    |||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||  ||||||||| |||| ||||||||| |||  |          |||||||||| ||| |||     
T  36674519 ggattatgtttcatgaacatccttttctctatacacacattgtaccacttccatatgagagtgtttgagagacataaaagatgagtttcttatgtgtgta 36674618  T
Q  275 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 355  Q
    | || |||||||||||||||||||||| | | ||  |||| |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  36674619 gtgatcacatggacacatgtcacaattatatgtgagtgtacaagtggtatatgtcacctaaggtggtttatgtatcactac 36674699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 185 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 40726029 - 40725869
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactccca----------tgtgagagtgtgtgaatgtgagtttcttgtgtatgtg 274  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||| | ||||||||||||||| |||||| |          ||||||||||| ||||||||| ||| || ||||| ||    
T  40726029 ggataatgtttcatggacacattttttttcatacacactatgtatcactcctatgtgagaatgtgtgagagtgtatgaatgtgatttttttttgtatttg 40725930  T
Q  275 gagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaa 335  Q
    | ||||| ||  |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  40725929 gggaccatataaacacatgtaacaattgtatatggatgtacaagtggtacataccacctaa 40725869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 184 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 46135708 - 46135531
Alignment:
Q  184 aggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtg--------aatgtgagtttcttgtgtatgtgg 275  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||||        ||  ||||||| |||||||| |||    
T  46135708 aggataatgtttcatgaacatcattttctccatacacacattgtaccacccctatgtgagagtgtgtgagagatataaaatgagttttttgtgtatatgg 46135609  T
Q  276 agaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcact 353  Q
      ||||   ||||||||||||||||||| | | | |||| || || |||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  46135608 gaaccatgcggacacatgtcacaattgtatgtaggtgtacaaatgatacatgccatttaagatggtctatgtatcact 46135531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 281 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 54713600 - 54713532
Alignment:
Q  281 acatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtat 349  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  54713600 acatggacacatgtcataattatgtgtggatgttcaagtggtacatgccacctaacgtggtctatgtat 54713532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 185 - 357
Target Start/End: Original strand, 48034808 - 48034991
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttctt-gtgtatgt 273  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||          || ||||||| || |||| ||     
T  48034808 ggataatgttttatgtacacacttttttccatacacacattgtaccacttc-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatttgagtttttttgtgtgtgg 48034906  T
Q  274 ggag-accacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    || | |||||| |||||| ||||| |||||| | ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  48034907 gggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtttatgtatcaccactc 48034991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 277 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 8496786 - 8496706
Alignment:
Q  277 gaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||||||  ||||| ||||| |||||| | ||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8496786 gaccacaaagacacttgtcaaaattgtatgtgggtggacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcaatactc 8496706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 311 - 357
Target Start/End: Original strand, 29915095 - 29915141
Alignment:
Q  311 tgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29915095 tgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactc 29915141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 311 - 357
Target Start/End: Original strand, 29964248 - 29964294
Alignment:
Q  311 tgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29964248 tgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactactc 29964294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000008; HSPs: 2)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 182 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 52997 - 52929
Alignment:
Q  182 taaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgt 250  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||    
T  52997 taaggataatgtttcatggacaccatttttttcatacacattatgtaccactctcatgtgagattgtgt 52929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 323 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 52877 - 52843
Alignment:
Q  323 acatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  52877 acatgtcacctaaggtggtctatgtatcactactc 52843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 183 - 248
Target Start/End: Original strand, 3054 - 3118
Alignment:
Q  183 aaggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgt 248  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  3054 aaggataatgtttcatatacacacttttttccatacacacattgtaccact-ccatgtgagagtgt 3118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0533 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0533
Description:

Target: scaffold0533; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 185 - 357
Target Start/End: Original strand, 10232 - 10413
Alignment:
Q  185 ggataatgtttcatgtacacccttttctccatacacactatgtaccactcccatgtgagagtgtgtga----------atgtgagtttctt-gtgtatgt 273  Q
    |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||| |||||          |||||||||| || |||| ||     
T  10232 ggataatgtttcatgtacgcactttt-tccatacacacattgtaccactcc-atgtgagagtatgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtga 10329  T
Q  274 ggagaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactc 357  Q
    |  ||||||| |||||| ||||| |||| | | || || || |||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10330 gaggaccacaaggacacttgtcaaaattatatgtgaatatacaagtagtacatgtcacctaaggtggtctatgtattactactc 10413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University