View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18623_low_3 (Length: 752)

Name: NF18623_low_3
Description: NF18623
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18623_low_3
NF18623_low_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-734)||(4123486-4124202)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 701; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 701; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 4124202 - 4123486
Alignment:
Q  18 aatgggttctcaaccaacgccgtgaacgtaaaaacctcgacatcctcgaacgcaaaggtatcatcaatccacctgaaccgtatgtatgttctgtctgtgg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4124202 aatgggttctcaaccaacgccgtgaacgtaaaaacctcgacatcctcgaacgcaaaggtatcatcaatccacctgaaccgtatgtatgttctgtctgtgg 4124103  T
Q  118 tagaaaatgtaaaactaacgtagatcttaagaaacacttcaaacagcttcatcaacgtgagagacagaagaagctgaaccgtttgaattctttgaagggg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4124102 tagaaaatgtaaaactaacgtagatcttaagaaacacttcaaacagcttcatcaacgtgagagacagaagaagctgaaccgtttgaattctttgaagggg 4124003  T
Q  218 aagaagaggcagaagtataaggagaggtttgtgagtggtgatgacaagtataatgatgctgttagggagattttgaaaccgaaagttgggtatggtttgg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4124002 aagaagaggcagaagtataaggagaggtttgtgagtggtgatgacaagtataatgatgctgttagggagattttgaaaccgaaagttgggtatggtttgg 4123903  T
Q  318 cttcggagttgaggagagcgggtgtgtttgtgaagactgtggaggataaaccacaggctgctgattgggctttgaagaagcagatgatgcattctatgag 417  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4123902 cttcggagttgaggagagcgggggtgtttgtgaagactgtggaggataaaccacaggctgctgattgggctttgaagaagcagatgatgcactctatgag 4123803  T
Q  418 tagagggattgattggttgtttttggtttccgatgattccgattttagtgagatgttgaggaaggctagagaggctaatttaggtactgttgttgttggg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4123802 tagagggattgattggttgtttttggtttccgatgattccgattttagtgagatgttgaggaaggctagagaggctaatttaggtactgttgttgttggg 4123703  T
Q  518 gatgttgatagggctttagggaggcatgctgatttgtgggtgccgtggaatgctgttgagaatggtgaggttatggatatggatttgattcctaggaata 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4123702 gatgttgatagggctttagggaggcatgctgatttgtgggtgccgtggaatgctgttgagaatggtgaggttatggatatggatttgattcctaggaata 4123603  T
Q  618 gagatagaagaagaacaaattcaacatcgacaacaatggatgattttggtgatgttttgttttttcacgagggcgaggaaatggaagacgattttatgtt 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4123602 gagatagaagaagaacaaattcaacatccacaacaatggatgattttggtgatgtgttgttttttcacgagggcgaggaaatggaagacgattttatgtt 4123503  T
Q  718 ggagtatagtgatgatg 734  Q
    |||||||||||||||||    
T  4123502 ggagtatagtgatgatg 4123486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University