View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18627_low_1 (Length: 1158)

Name: NF18627_low_1
Description: NF18627
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18627_low_1
NF18627_low_1
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (10-1146)||(42874518-42875654)
chr5 (10-1146)||(42889647-42890783)
chr5 (27-1146)||(42883649-42884768)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (189-397)||(37505451-37505662)
chr3 (1028-1118)||(37504118-37504208)
[»] scaffold0374 (1 HSPs)
scaffold0374 (336-405)||(13216-13285)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 1049; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 1049; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 1146
Target Start/End: Complemental strand, 42875654 - 42874518
Alignment:
Q  10 catcatcaaacataactctcatagtgtaacaatcttaacattgaaccttagtccaacccaaaaataacaacatgggcagtgttgaaatcccaacaaagtt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42875654 catcatcaaacataactctcatagtgtaccaatcttaacattgaaccttagtccaacccaaaaataacaacatgggcagtgttgaaatcccaacaaaggt 42875555  T
Q  110 tcttacaaacacatctagtcaattgaagatgccagtggttggaatgggatcagcccctgacttcacatgcaagaaagacacaaaagatgcaatcattgaa 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42875554 tcttacaaacacatctagtcaattgaagatgccagtggttggaatgggatcagcccctgacttcacatgtaagaaagacacaaaagatgcaatcattgaa 42875455  T
Q  210 gccatcaaacaaggttatagacactttgatactgctgctgcatatggctcagaacaagctcttggtgaagctttgaaagaagcaattgaacttggtcttg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42875454 gccatcaaacaaggttatagacactttgatactgctgctgcatatggctcagaacaagctcttggtgaagctttgaaagaagcaattgaacttggtcttg 42875355  T
Q  310 tcactagacaagacctttttgttacttctaaactttgggttactgaaaatcatcctcatcttgttattcctgctcttcaaaaatctctcaagtaagtaaa 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42875354 tcactagacaagacctttttgttacttctaaactttgggttactgaaaatcatcctcatcttgttattcctgctcttcaaaaatctctcaagtaagtaaa 42875255  T
Q  410 tttttattcatatcaatattacattcatttggaggatgtttgattctacaatgataaaaattaattttgatcttgatttgttaatttcatgtaggactct 509  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42875254 ttttaattcatatcaatattacattcatttggaggatgtttgattctacaatgataaaaattaattttgatcttgatttgttaatttcatgtaggactct 42875155  T
Q  510 tcaattggactacttggatttgtatttgattcattggccacttagctctcaacctggaaagtttacatttccaattgatgtggcagatctcttaccattt 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42875154 tcaattggactacttggatttgtatttgattcattggccacttagctctcagcctggaaagtttacatttccaattgatgtggcagatctcttaccattt 42875055  T
Q  610 gatgtgaagggtgtttgggaatccatggaagaaggattgaaacttggactcaccaaagctattggagttagtaacttctccgtcaagaaacttgaaaatc 709  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42875054 gatgtgaagggtgtttgggaatccatggaagaaggattgaaacttggactcaccaaagctattggagttagtaacttctctgtcaagaaacttgaaaatc 42874955  T
Q  710 ttctctctgttgccactgttcttcctgcagtcaatcaagtaagtcatcaactaaacctaagtttagattaatttttagtaaacttcttaattgttaatat 809  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  42874954 ttctctctgttgccactattcttcctgcagtcaatcaagtaagtcatcaactaaacctaagttttgattaacttatagtaaacttcttaattgttaatat 42874855  T
Q  810 gtacttatacaatgaactcataaatgtataggtggagatgaaccttgcatggcaacaaaagaagcttagagagttttgcaacgcaaacggaatagtgtta 909  Q
    |||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42874854 gtacttatacaatgaaatcgtatatttataggtggagatgaaccttgcatggcaacaaaagaagcttagagagttttgcaacgcaaacggaatagtgtta 42874755  T
Q  910 actgcattttcaccattgaggaaaggtgcaagcagaggaccaaatgaagttatggagaatgatatgcttaaagagattgcagatgcacatggaaagtctg 1009  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42874754 actgcattttcaccattgaggaaaggtgcaagcagaggaccaaatgaagttatggagaatgatatgcttaaagagattgcagatgcacatggaaagtctg 42874655  T
Q  1010 ttgcacaaatttctttaagatggctatatgaacaaggagtcacttttgttcccaagagctatgataaggaaagaatgaaccaaaatttgtgtatctttga 1109  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42874654 ttgcacaaatttctctaagatggttatatgaacaaggagtcacttttgttcccaagagttatgataaggagagaatgaaccaaaatttgtgtatctttga 42874555  T
Q  1110 ttggtcattaacaaaagaagatcatgagaaaattgat 1146  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||    
T  42874554 ttggtcattgacaaaggaggatcatgagaagattgat 42874518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 1049; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 1146
Target Start/End: Original strand, 42889647 - 42890783
Alignment:
Q  10 catcatcaaacataactctcatagtgtaacaatcttaacattgaaccttagtccaacccaaaaataacaacatgggcagtgttgaaatcccaacaaagtt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42889647 catcatcaaacataactctcatagtgtaccaatcttaacattgaaccttagtccaacccaaaaataacaacatgggcagtgttgaaatcccaacaaaggt 42889746  T
Q  110 tcttacaaacacatctagtcaattgaagatgccagtggttggaatgggatcagcccctgacttcacatgcaagaaagacacaaaagatgcaatcattgaa 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42889747 tcttacaaacacatctagtcaattgaagatgccagtggttggaatgggatcagcccctgacttcacatgtaagaaagacacaaaagatgcaatcattgaa 42889846  T
Q  210 gccatcaaacaaggttatagacactttgatactgctgctgcatatggctcagaacaagctcttggtgaagctttgaaagaagcaattgaacttggtcttg 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42889847 gccatcaaacaaggttatagacactttgatactgctgctgcatatggctcagaacaagctcttggtgaagctttgaaagaagcaattgaacttggtcttg 42889946  T
Q  310 tcactagacaagacctttttgttacttctaaactttgggttactgaaaatcatcctcatcttgttattcctgctcttcaaaaatctctcaagtaagtaaa 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42889947 tcactagacaagacctttttgttacttctaaactttgggttactgaaaatcatcctcatcttgttattcctgctcttcaaaaatctctcaagtaagtaaa 42890046  T
Q  410 tttttattcatatcaatattacattcatttggaggatgtttgattctacaatgataaaaattaattttgatcttgatttgttaatttcatgtaggactct 509  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42890047 ttttaattcatatcaatattacattcatttggaggatgtttgattctacaatgataaaaattaattttgatcttgatttgttaatttcatgtaggactct 42890146  T
Q  510 tcaattggactacttggatttgtatttgattcattggccacttagctctcaacctggaaagtttacatttccaattgatgtggcagatctcttaccattt 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42890147 tcaattggactacttggatttgtatttgattcattggccacttagctctcagcctggaaagtttacatttccaattgatgtggcagatctcttaccattt 42890246  T
Q  610 gatgtgaagggtgtttgggaatccatggaagaaggattgaaacttggactcaccaaagctattggagttagtaacttctccgtcaagaaacttgaaaatc 709  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42890247 gatgtgaagggtgtttgggaatccatggaagaaggattgaaacttggactcaccaaagctattggagttagtaacttctctgtcaagaaacttgaaaatc 42890346  T
Q  710 ttctctctgttgccactgttcttcctgcagtcaatcaagtaagtcatcaactaaacctaagtttagattaatttttagtaaacttcttaattgttaatat 809  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  42890347 ttctctctgttgccactattcttcctgcagtcaatcaagtaagtcatcaactaaacctaagttttgattaacttatagtaaacttcttaattgttaatat 42890446  T
Q  810 gtacttatacaatgaactcataaatgtataggtggagatgaaccttgcatggcaacaaaagaagcttagagagttttgcaacgcaaacggaatagtgtta 909  Q
    |||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42890447 gtacttatacaatgaaatcgtatatttataggtggagatgaaccttgcatggcaacaaaagaagcttagagagttttgcaacgcaaacggaatagtgtta 42890546  T
Q  910 actgcattttcaccattgaggaaaggtgcaagcagaggaccaaatgaagttatggagaatgatatgcttaaagagattgcagatgcacatggaaagtctg 1009  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42890547 actgcattttcaccattgaggaaaggtgcaagcagaggaccaaatgaagttatggagaatgatatgcttaaagagattgcagatgcacatggaaagtctg 42890646  T
Q  1010 ttgcacaaatttctttaagatggctatatgaacaaggagtcacttttgttcccaagagctatgataaggaaagaatgaaccaaaatttgtgtatctttga 1109  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42890647 ttgcacaaatttctctaagatggttatatgaacaaggagtcacttttgttcccaagagttatgataaggagagaatgaaccaaaatttgtgtatctttga 42890746  T
Q  1110 ttggtcattaacaaaagaagatcatgagaaaattgat 1146  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||    
T  42890747 ttggtcattgacaaaggaggatcatgagaagattgat 42890783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 1032; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 1146
Target Start/End: Complemental strand, 42884768 - 42883649
Alignment:
Q  27 ctcatagtgtaacaatcttaacattgaaccttagtccaacccaaaaataacaacatgggcagtgttgaaatcccaacaaagtttcttacaaacacatcta 126  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42884768 ctcaaagtgtaacaatcttaacattgaaccttagtccaacccaaaaataacaacatgggcagtgttgaaatcccaacaaaggttcttacaaacacatcta 42884669  T
Q  127 gtcaattgaagatgccagtggttggaatgggatcagcccctgacttcacatgcaagaaagacacaaaagatgcaatcattgaagccatcaaacaaggtta 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42884668 gtcaattgaagatgccagtggttggaatgggatcagcccctgacttcacatgtaagaaagacacaaaagatgcaatcattgaagccatcaaacaaggtta 42884569  T
Q  227 tagacactttgatactgctgctgcatatggctcagaacaagctcttggtgaagctttgaaagaagcaattgaacttggtcttgtcactagacaagacctt 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42884568 tagacactttgatactgctgctgcatatggctcagaacaagctcttggtgaagctttgaaagaagcaattgaacttggtcttgtcactagacaagacctt 42884469  T
Q  327 tttgttacttctaaactttgggttactgaaaatcatcctcatcttgttattcctgctcttcaaaaatctctcaagtaagtaaatttttattcatatcaat 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42884468 tttgttacttctaaactttgggttactgaaaatcatcctcatcttgttattcctgctcttcaaaaatctctcaagtaagtaaattttaattcatatcaat 42884369  T
Q  427 attacattcatttggaggatgtttgattctacaatgataaaaattaattttgatcttgatttgttaatttcatgtaggactcttcaattggactacttgg 526  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42884368 attacattcatttggaggatgtttgattctacaatgataaaaattaattttgatcttgatttgttaatttcatgtaggactcttcaattggactacttgg 42884269  T
Q  527 atttgtatttgattcattggccacttagctctcaacctggaaagtttacatttccaattgatgtggcagatctcttaccatttgatgtgaagggtgtttg 626  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42884268 atttgtatttgattcattggccacttagctctcagcctggaaagtttacatttccaattgatgtggcagatctcttaccatttgatgtgaagggtgtttg 42884169  T
Q  627 ggaatccatggaagaaggattgaaacttggactcaccaaagctattggagttagtaacttctccgtcaagaaacttgaaaatcttctctctgttgccact 726  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42884168 ggaatccatggaagaaggattgaaacttggactcaccaaagctattggagttagtaacttctctgtcaagaaacttgaaaatcttctctctgttgccact 42884069  T
Q  727 gttcttcctgcagtcaatcaagtaagtcatcaactaaacctaagtttagattaatttttagtaaacttcttaattgttaatatgtacttatacaatgaac 826  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42884068 attcttcctgcagtcaatcaagtaagtcatcaactaaacctaagttttgattaacttatagtaaacttcttaattgttaatatgtacttatacaatgaaa 42883969  T
Q  827 tcataaatgtataggtggagatgaaccttgcatggcaacaaaagaagcttagagagttttgcaacgcaaacggaatagtgttaactgcattttcaccatt 926  Q
    || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42883968 tcgtatatttataggtggagatgaaccttgcatggcaacaaaagaagcttagagagttttgcaacgcaaacggaatagtgttaactgcattttcaccatt 42883869  T
Q  927 gaggaaaggtgcaagcagaggaccaaatgaagttatggagaatgatatgcttaaagagattgcagatgcacatggaaagtctgttgcacaaatttcttta 1026  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42883868 gaggaaaggtgcaagcagaggaccaaatgaagttatggagaatgatatgcttaaagagattgcagatgcacatggaaagtctgttgcacaaatttctcta 42883769  T
Q  1027 agatggctatatgaacaaggagtcacttttgttcccaagagctatgataaggaaagaatgaaccaaaatttgtgtatctttgattggtcattaacaaaag 1126  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  42883768 agatggttatatgaacaaggagtcacttttgttcccaagagttatgataaggagagaatgaaccaaaatttgtgtatctttgattggtcattgacaaagg 42883669  T
Q  1127 aagatcatgagaaaattgat 1146  Q
    | ||||||||||| ||||||    
T  42883668 aggatcatgagaagattgat 42883649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 53; Significance: 8e-21; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 189 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 37505662 - 37505451
Alignment:
Q  189 acaaaagatgcaatcattgaagccatcaaacaaggttatagacactttgatactgctgctgcatatggctcagaacaagctcttggtgaagctttgaaag 288  Q
    |||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    ||| || || |||| |||||| |   ||    
T  37505662 acaaaagatgctgtccttgaagccatcaaacaaggttatagacattttgatgctgctgctgcatatggtgtggaaaaatctgttggagaagctattgcag 37505563  T
Q  289 aagcaattgaacttggtct--tgtca-ctagacaagacctttttgttacttctaaactttgggttactgaaaatcatcctcatcttgttattcctgctct 385  Q
    ||||| || ||||||| ||  | ||| ||||| | || || ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| | ||  || ||||||||||    
T  37505562 aagcacttaaacttggacttatttcatctagagatgaactctttgttacttctaaattatgggttactgataatcatcctgagctcattgttcctgctct 37505463  T
Q  386 tcaaaaatctct 397  Q
     || ||||||||    
T  37505462 gcagaaatctct 37505451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 1028 - 1118
Target Start/End: Complemental strand, 37504208 - 37504118
Alignment:
Q  1028 gatggctatatgaacaaggagtcacttttgttcccaagagctatgataaggaaagaatgaaccaaaatttgtgtatctttgattggtcatt 1118  Q
    ||||||||||||| |||||| | ||||||||    ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||   |||||||||||||||||    
T  37504208 gatggctatatgagcaaggattgacttttgtggttaagagctatgacaaggagaggatgaaccaaaacttgcaaatctttgattggtcatt 37504118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0374 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0374
Description:

Target: scaffold0374; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 336 - 405
Target Start/End: Original strand, 13216 - 13285
Alignment:
Q  336 tctaaactttgggttactgaaaatcatcctcatcttgttattcctgctcttcaaaaatctctcaagtaag 405  Q
    |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  13216 tctaaactttgggttactgataattttcctcatcttgttcttcctgctcttcagaaatcactccagtaag 13285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University