View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1863_low_1 (Length: 962)

Name: NF1863_low_1
Description: NF1863
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1863_low_1
NF1863_low_1
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (18-948)||(42473933-42474854)
chr7 (162-948)||(42467416-42468185)
chr7 (18-642)||(42479471-42480093)
chr7 (811-892)||(42480200-42480281)
chr7 (654-733)||(42480111-42480188)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (383-545)||(26046498-26046660)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 812; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 812; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 948
Target Start/End: Original strand, 42473933 - 42474854
Alignment:
Q  18 tgttatattaattttcggacgtgttggttctagtgttctagctataagcatgtgttatcctggggcaaaagaatggaccactgttaat-atgacgcggta 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  42473933 tgttatattaattttcggacgtgttggttctagtgttctagctataagcatgtgttatcctggggcaaaagaatggaccactgttaattattacgcggta 42474032  T
Q  117 ctctcctgtagcatcatgtgcgataagcttatcatttcgaacggattattttattgtcttagccacacaggttggctaggggtgtttgacccacttgatt 216  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42474033 ctctcctgtagcatcatgtgcaataagcttatcatttcgaacggattattttattgtcttagccacacaggttggctaggggtgtttgacccacttgatt 42474132  T
Q  217 gcacttggagtgttctcgaagtacctccgcccaaatgcctagtagaaagttctacttccaaaaactggtcgaaagagaaatttatgatagagcacaaagg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42474133 gcacttggagtgttctcgaagtacctccgcccaaatgcctagtagaaagttctacttccaaaaactggtcgaaagagaaatttatgatagagcacaaagg 42474232  T
Q  317 aaatatatttgtggttcatatatgttgtggtgaggacccaataattttcaagttagatctgacactaatggaatggaaagaagtgagaacactagatgga 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42474233 aaatatatttgtggttcatatatgttgtggtgaggacccaataattttcaagttagatctgacactaatggaatggaaagaagtgagaacactagatgga 42474332  T
Q  417 gtgacacattttgctggttttttgtcatctcattctaggacttacgtcactggaataatgagaaacatagtctacttccctaaagtccgtttctatggaa 516  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42474333 gtgacactttttgctggttttttgtcatctcattctaggacttacgtcactggaataatgagaaacagagtctacttccctaaagtccgtttctatggaa 42474432  T
Q  517 agcgttgcatatcattctctctcgatgaccacagatattatcccactaaacagtgtcttgacttggtagaaccaaatgcttttgagaacttatggattga 616  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42474433 agcgttgcatatcattctctcttgatgaccatagatattatcccaccaagcagtgtcgtgacctggtagaaccaaatgcttttgagaacttatggattga 42474532  T
Q  617 accaccaaaagactttgctggttggacgtnnnnnnnnttagcagagcaagttagcatttatataatcagttttgtgtagagcatttcttttatgtcattg 716  Q
    |||||||||||||||||         |||        |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42474533 accaccaaaagactttg---------cgtaaaaaaaattagcagagcaagtaagcatttatataatcagttttgtgtagagcatttc-tttatgtcattg 42474622  T
Q  717 aagctttagactacatacaagttagtccatgatgcacttatggagcatttttgtacatcatttctttttgtcattgaagcttttgagcattatcggatac 816  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42474623 aagctttagactacatacaagttattccatgatgcacttatggagcatttttgtacatcatttctttttgtcattgaagcttttgagcattatcggatac 42474722  T
Q  817 atgcttttgtaggctgtaaacatttacggagctactggtctatgctttacttgtgattttatatatacatgttcaattttttcctagattttcttagtct 916  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42474723 atgcttttgtaggctgtaaacatttacggagctactggtctatgctttacttgtgattttatatatacatgttcaattttttcctagattttcttagtct 42474822  T
Q  917 tttcttagctacgtgcaaattattccatgatg 948  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42474823 tttcttagctacgtgcaaattattccatgatg 42474854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 459; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 162 - 948
Target Start/End: Original strand, 42467416 - 42468185
Alignment:
Q  162 ttattttattgtcttagccacacaggttggctaggggtgtttgacccacttgattgcacttggagtgttctcgaagtacctccgcccaaatgcctagtag 261  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||| |  |||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| |||    
T  42467416 ttattttattgtttaagccacactggttgtctacgggtgtttgacccaattgaatatacttggagcgttctcgttgtacctccgcccaaatgcctattag 42467515  T
Q  262 aaagttctacttccaaaaactggtcgaaagagaaatttatgatagagcacaaaggaaatatatttgtggttcatatatgttgtggtgaggacccaataat 361  Q
    | ||||||||| ||||||||| | |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42467516 agagttctactgccaaaaactcggcgaaagagagctttatgatagatcacaaaggaaatatatttgtcattcatatatgttgtggtgaggacccaataat 42467615  T
Q  362 tttcaagttagatctgacactaatggaatggaaagaagtgagaacactagatggagtgacacattttgctggttttttgtcatctcattctaggacttac 461  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42467616 tttcaaattagatcggacactaatggaatgaaaagaggtgagaacactagatggagtgacactttttgctagttttttgtcatctcattctaggacttac 42467715  T
Q  462 gtcactggaataatgagaaacatagtctacttccctaaagtccgtttctatggaaagcgttgcatatcattctctctcgatgaccacagatattatccca 561  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42467716 gtcactggaattatgagaaacagcgtctacttccctaaagcccatttctatggaaagcgttgcatatcattctctctcgatgaccatagatattatccca 42467815  T
Q  562 ctaaacagtgtcttgacttggtagaaccaaatgcttttgagaacttatggattgaaccaccaaaagactttgctggttggacgtnnnnnnnnttagcaga 661  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||        ||||| ||    
T  42467816 ctaaacagtgtcttgactt-gtagaaccaaatgcttttgagaacttat-gattgaaccaccaaaagactttgctggctggatgtaaaaaaaattagcgga 42467913  T
Q  662 gcaagt-tagcatttatataatcagttttgtgtagagcatttcttttatgtca-ttgaagctttagactacatacaagttagtccatgatgcacttatgg 759  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |    
T  42467914 gcaagtaaagcatttatataatcagttttgtgtaga-catttctt---tgtcatttgaagctttagactacatacaagttattccatgatacacttatag 42468009  T
Q  760 agcatttttgtacatcatttctttttgtcattgaagcttttgagcattatcggatacatgcttttgtaggctgtaaacatttacggagctactggtctat 859  Q
    ||             |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42468010 ag-------------catttcattttgtcattgaagctttcgagcattataggatatattcttttgtaggctgtaaacatttatggagctactggtctat 42468096  T
Q  860 gctttacttgtgattttatatatacatgttcaattttttcctagattttcttagtcttttcttagctacgtgcaaattattccatgatg 948  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42468097 gcttttcttgtgattttatttataaatgttcaattttttcatagattttcttagtcttttcttagctgcgtgcaaattattccatgatg 42468185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 642
Target Start/End: Original strand, 42479471 - 42480093
Alignment:
Q  18 tgttatattaattttcggacgtgttggttctagtgttctagctataagcatgtgttatcctggggcaaaagaatggaccactgttaat-atgacgcggta 116  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  42479471 tgttatattaattttcagacgtgttggttctagtcttgtagctataagcacgtgttatcctggggaaaaagaatggaccactgttaattatgacgcggaa 42479570  T
Q  117 ctctcctgtagcatcatgtgcgataagcttatcatttcgaacggattattttattgtcttagccacacaggttggctaggggtgtttgacccacttgatt 216  Q
    ||||| ||||||||   ||||||||||||| || |||| || || |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||      
T  42479571 ctctcatgtagcat---gtgcgataagcttgtcttttctaatgggttattttattgtctgagcgacagaggttggctaggggtgtttgacccacttgaac 42479667  T
Q  217 gcacttggagtgttctcgaagtacctccgcccaaatgcctagtagaaagttctacttccaaaaactggtcgaaagagaaatttatgatagagcacaaagg 316  Q
    | ||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42479668 gtacttggactgttttcaaagtacctccgcccaaatgcctagcagagagttctactgccaaaaattggtcgaaagggaaatttatgatagagcacaaagg 42479767  T
Q  317 aaatatatttgtggttcatatatgttgtggtgaggacccaataattttcaagttagatctgacactaatggaatggaaagaagtgagaacactagatgga 416  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  42479768 aaatatatttgtagttcatatatgttgtggtgaggacccaataattttcaagttagatctgacactaatggaatggaaagaggtgagatcactaaatgga 42479867  T
Q  417 gtgacacattttgctggttttttgtcatctcattctaggacttacgtcactggaataatgagaaacatagtctacttccctaaagtccgtttctatggaa 516  Q
    || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42479868 gtaacactttttgctagttttttgtcatctcattctaggacttacgccactggaataatgagaaacagtgtctacttccctaaagtccgtttctatggaa 42479967  T
Q  517 agcgttgcatatcattctctctcgatgaccacagatattatcccactaaacagtgtcttgacttggtagaaccaaatgcttttgagaacttatggattga 616  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| | | ||||||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  42479968 aacgttgcatatcattctctcttgatgaccgtagatattatcccagtgagcagtgtcgtgacaaggtagaaccaaatacttttgagaacttctggattga 42480067  T
Q  617 accaccaaaagactttgctggttgga 642  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||    
T  42480068 accaccaaaagactttactggctgga 42480093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 811 - 892
Target Start/End: Original strand, 42480200 - 42480281
Alignment:
Q  811 ggatacatgcttttgtaggctgtaaacatttacggagctactggtctatgctttacttgtgattttatatatacatgttcaa 892  Q
    |||||||||||||  |||||| |||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||||    
T  42480200 ggatacatgctttattaggctataaacatttatggagctattggtttatgctttacttgttatttgatttatacatgttcaa 42480281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 654 - 733
Target Start/End: Original strand, 42480111 - 42480188
Alignment:
Q  654 ttagcagagcaagttagcatttatataatcagttttgtgtagagcatttcttttatgtcattgaagctttagactacata 733  Q
    ||||| |||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||| ||||||||||    
T  42480111 ttagcggagcaagtaagcatttgca-aatcagttttgtgtagagcatttatttt-tggcatcgaagcttgagactacata 42480188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 51; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 383 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 26046660 - 26046498
Alignment:
Q  383 aatggaatggaaagaagtgagaacactagatggagtgacacattttgctggttttttgtcatctcattctaggacttacgtcactggaataatgagaaac 482  Q
    |||||||||| ||||  | | ||||||||||||||  || |  |||||| |||| ||||| |||||||| |||||| || ||  |||||  ||||| |||    
T  26046660 aatggaatgggaagagctaaaaacactagatggagcaactctatttgctagtttcttgtcttctcattcaaggactgacctccttggaaatatgaggaac 26046561  T
Q  483 atagtctacttccctaaagtccgtttctatggaaagcgttgcatatcattctctctcgatgac 545  Q
    |   |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26046560 agtatctacttctctaaagttcgtttttatggaaagcgttgcatatcattctctcttgatgac 26046498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University