View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1863_low_2 (Length: 847)

Name: NF1863_low_2
Description: NF1863
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1863_low_2
NF1863_low_2
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (14-832)||(32167257-32168071)
chr1 (403-715)||(32164765-32165089)
chr1 (368-683)||(32156985-32157315)
chr1 (589-684)||(27359158-27359256)
chr1 (398-508)||(27359355-27359465)
chr1 (571-683)||(27322061-27322173)
chr1 (571-683)||(27348689-27348801)
chr1 (368-522)||(27348471-27348628)
chr1 (368-522)||(27265171-27265328)
chr1 (571-676)||(27265389-27265494)
chr1 (368-436)||(27321843-27321911)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (570-676)||(44291117-44291223)
chr4 (398-512)||(44291296-44291410)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 733; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 733; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 832
Target Start/End: Original strand, 32167257 - 32168071
Alignment:
Q  14 gaacctaggagaagtagtaaacaaaaagttgatatttggcatgctagagtaaattagcatgagatatagatatttactactcctttccccaataatcaag 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32167257 gaacctaggagaagtagtaaacaaacagttgatatttggcatgttagagtaaagtagcatgagatatagatatttactactcctttcctcaataatcaag 32167356  T
Q  114 caggttcacagatattaaataacaataacatatggtcttcagcatactctcaaggatatgttgttttcttgaaataacaataactaagatatcattcatg 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32167357 caggttcacagatattaaataacaataacatatggtcttcagcatactctcaaggatatgttgttttcttgaaataacaataactaagatatcattcatg 32167456  T
Q  214 ttatctatacaaagtaactaccaattttggtgggactttgcttatacatgtttactattaacagcacnnnnnnncttcaaatcttacggctaccataacc 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  32167457 ttatctatacaaagtaactaccaattttggtgggactttgcttatacaagtttactattaacagcactttttttcttcaaatcttacggctaccataacc 32167556  T
Q  314 actaattaatatctgcttgcttatcaaacaataaataaatgtggaatagagaagaggaattacaagtaaattatctccatttgttgtcctctttatatca 413  Q
    |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32167557 actaattaatatctgct----tatcaaacaataaataaatgtggaatagagaagaggaattacaagtaaattatctccatttgttgtcctctttatatca 32167652  T
Q  414 ataatggaagcaccattcaatgctccagaaatgagtgaagtgtcatcagaattgaattctgcaatagggtcagcaggaaaatccaattcaatataaaatc 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32167653 ataatggaagcaccattcaatgctccagaaatgagtgaagtgtcattagaattgaattctgcaatagggtcagcaggaaaatccaattcaatataaaatc 32167752  T
Q  514 caaccggagcttcactgttctgcaaattcggtgcactagtgacattggtcctcttcgcagttaaaattccagatcgtgtcacaaattcaatagcattctt 613  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32167753 caaccggagcttcaccgttctgcaaattcagtgcactagtgacatcggtcctcttcgcagttaaaattccagatcgtgtcacaaattcaatagcattctt 32167852  T
Q  614 gtccaccaaaccagatgaaaatagtgtatgtgcagctgctagtgtggcatggccacaaagattgacctgtggtattataatagcatccatgtaatgtcaa 713  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32167853 gtccaccaaaccagatgaaagtagtgtatgtgcagctgctagtgtggcatggccacaaagattgacctgtggtattataatagcatccatgtaatgtcaa 32167952  T
Q  714 taatggtataaattgcgattatgaagatgagtttattatcgttacctctaaatcacaaatatataaactaaacaaacacaaaactgtccctaaaagtaca 813  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32167953 taatggtataaattgcgattatgaagatgagtttattatcgttacctctaaatcacaaagatataaactaaacaaacacaaaactgtccctaaaagcaca 32168052  T
Q  814 tcaatacaatggccagatt 832  Q
    |||||||||||||||||||    
T  32168053 tcaatacaatggccagatt 32168071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 403 - 715
Target Start/End: Original strand, 32164765 - 32165089
Alignment:
Q  403 tctttatatcaataatggaagcaccattcaatgctccagaaatgagtgaagtgtcatcagaattgaattctgcaatagggtcagcaggaaaatccaattc 502  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||   |||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  32164765 tctttatatcaattatggaagcaccatttgttgcctcagaaatgagtgaagtatcatcagaattgaattctgcaacagggtaagcaggaaaatccatttc 32164864  T
Q  503 aatataaaatccaaccggagcttcactgttctgcaaattcggtgcactagtgacat-------tgg--tcctcttcgcagttaaaattccagatcgtgtc 593  Q
    ||||||||||||| | | ||||||||| ||| ||||||||||  ||| ||| ||||       |||  || |  |  | ||||||| ||||||  |||||    
T  32164865 aatataaaatccagctgcagcttcactattcagcaaattcggcacaccagtcacatccatcgatgggatctttctaactgttaaaactccagacagtgtc 32164964  T
Q  594 acaaattcaatagcattcttgtccaccaaaccagatgaaaatagtgtatgtgcagctgctagtgtggcatggccacaaagattgacct---gtggtatta 690  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||   || ||||||    
T  32164965 acaaattcaataacattcttgtccaccaaaccagatgaaaacagtgtgtgtgcagctgctaatgtagcatggccacaaagattaacctgtagtagtatta 32165064  T
Q  691 taatagcatccatgtaatgtcaata 715  Q
    |||||  |||||| |||||| ||||    
T  32165065 taataagatccatataatgttaata 32165089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 368 - 683
Target Start/End: Original strand, 32156985 - 32157315
Alignment:
Q  368 aggaattacaagtaaattatctccatttgttgtcctctttatatcaataatggaagcaccattcaatgctccagaaatgagtgaagtgtcatcagaattg 467  Q
    ||||||||||||||| | ||||  | ||  |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||  |||||||||  ||||||| ||  | |||    
T  32156985 aggaattacaagtaagtcatcttgaatttgtgtcctctttatatcaattatggaagctccatccaatgcttgagaaatgagccaagtgtcgtcgaatttg 32157084  T
Q  468 aattctgcaatagggtcagcaggaaaatccaattcaatataaaatccaaccggagcttcactgttctgcaaa---ttcggtgcactagtgacatt----- 559  Q
    || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||   |||| ||  || ||||||   |||    |||||||| ||||         
T  32157085 aactctgtgatagggtcagcaggaaaatccaattcaatataagatacatccttggctttaccattttgcaaattcttcttatcactagtgccattgatcg 32157184  T
Q  560 ----ggtcctcttcgcagttaaaattccagatcgtgtcacaaattcaatag---cattcttgtccaccaaaccagatgaaaatagtgtatgtgcagctgc 652  Q
        | || | || |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||   |||| |||||||| |||||||||| ||| |||| ||| | ||||||    
T  32157185 ctgagatctttttggcagttaacattccagatagtgtcacaaattcaatagtaacattgttgtccactaaaccagatgcaaagagtgcatgagaagctgc 32157284  T
Q  653 tagtgtggcatggccacaaagattgacctgt 683  Q
    || |||||||||| |||||| ||| ||||||    
T  32157285 taatgtggcatgggcacaaatattaacctgt 32157315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 589 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 27359256 - 27359158
Alignment:
Q  589 gtgtcacaaattcaat---agcattcttgtccaccaaaccagatgaaaatagtgtatgtgcagctgctagtgtggcatggccacaaagattgacctgtg 684  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  27359256 gtgtcacaaattcaattgtagcattcttgtccaccaacccagatgaaaagagtgcatgtgaagctgctattgtggcatggccacaaagatcaacctgtg 27359158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 398 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 27359465 - 27359355
Alignment:
Q  398 tgtcctctttatatcaataatggaagcaccattcaatgctccagaaatgagtgaagtgtcatcagaattgaattctgcaatagggtcagcaggaaaatcc 497  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||  ||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| ||| | |||||||||  | |||||||||    
T  27359465 tgtcctctttatatcaattatagaagcaccacccaatgcttcagaaatgagtgaagtatcatcaaaattgagttcagtaatagggtccactggaaaatcc 27359366  T
Q  498 aattcaatata 508  Q
    ||||| |||||    
T  27359365 aattctatata 27359355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 571 - 683
Target Start/End: Original strand, 27322061 - 27322173
Alignment:
Q  571 cagttaaaattccagatcgtgtcacaaattcaatagcattcttgtccaccaaaccagatgaaaatagtgtatgtgcagctgctagtgtggcatggccaca 670  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || | |||| ||||||| |||||||||| ||| | ||||  ||||| | |||||||||||||||    
T  27322061 cagttaaaactccagatagtgtcacaaattcaataacactgttgttcaccaaatcagatgaaaaaagtatgtgtgaggctgccaatgtggcatggccaca 27322160  T
Q  671 aagattgacctgt 683  Q
    |||||| ||||||    
T  27322161 aagattaacctgt 27322173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 571 - 683
Target Start/End: Original strand, 27348689 - 27348801
Alignment:
Q  571 cagttaaaattccagatcgtgtcacaaattcaatagcattcttgtccaccaaaccagatgaaaatagtgtatgtgcagctgctagtgtggcatggccaca 670  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||||||||||| || | |||| ||||||| |||||||||| ||| | |||| |||||| | |||||||||||||||    
T  27348689 cagttaaaactccagataatgtcacaaattcaataacactgttgttcaccaaatcagatgaaaaaagtatgtgtgaagctgccaatgtggcatggccaca 27348788  T
Q  671 aagattgacctgt 683  Q
    |||||| ||||||    
T  27348789 aagattaacctgt 27348801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 368 - 522
Target Start/End: Original strand, 27348471 - 27348628
Alignment:
Q  368 aggaattacaagtaaattatctccatttgttgtcctctttatatcaataatggaagcaccattcaatgctccagaaatgagtgaagtgtcatcagaattg 467  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||  |  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||| |||| |||||||    |      
T  27348471 aggaattacaagtaaatcatctgcaaattctgtcctcttcatatcaataatggaagcaccattcaatgcctcatcaatgattgaaatgtcatcgtggtat 27348570  T
Q  468 aattctgcaatagg---gtcagcaggaaaatccaattcaatataaaatccaaccggag 522  Q
    |||| || ||||||    | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  27348571 aattttgtaataggataataagcaggaaaatccaactcaatgtaaaatccaaccggag 27348628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 368 - 522
Target Start/End: Original strand, 27265171 - 27265328
Alignment:
Q  368 aggaattacaagtaaattatctccatttgttgtcctctttatatcaataatggaagcaccattcaatgctccagaaatgagtgaagtgtcatcagaattg 467  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||  |  ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||| |||| |||||||    |      
T  27265171 aggaattacaagtaaatcatctgcaaattctgttctcttcatatcaataatggaagcaccattcaatgcctcatcaatgattgaaatgtcatcgtggtat 27265270  T
Q  468 aattctgcaatagg---gtcagcaggaaaatccaattcaatataaaatccaaccggag 522  Q
    |||| || ||||||    | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  27265271 aattttgtaataggataataagcaggaaaatccaactcaatgtaaaatccaaccggag 27265328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 571 - 676
Target Start/End: Original strand, 27265389 - 27265494
Alignment:
Q  571 cagttaaaattccagatcgtgtcacaaattcaatagcattcttgtccaccaaaccagatgaaaatagtgtatgtgcagctgctagtgtggcatggccaca 670  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||| |||| ||   |||| ||||||| |||||||||| ||| | ||||  ||||| | |||||||||||||||    
T  27265389 cagttaaaactccagataatgtcacaaatttaataacaccgttgttcaccaaatcagatgaaaaaagtatgtgtgaggctgccaatgtggcatggccaca 27265488  T
Q  671 aagatt 676  Q
    ||||||    
T  27265489 aagatt 27265494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 368 - 436
Target Start/End: Original strand, 27321843 - 27321911
Alignment:
Q  368 aggaattacaagtaaattatctccatttgttgtcctctttatatcaataatggaagcaccattcaatgc 436  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||  |  ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27321843 aggaattacaagtaaatcatctgcaaattctgttctcttcatatcaataatggaagcaccattcaatgc 27321911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 47; Significance: 2e-17; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 570 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 44291223 - 44291117
Alignment:
Q  570 gcagttaaaattccagatcgtgtcacaaattcaatagcattcttgtccaccaaaccagatgaaaatagtgtatgtgcagctgctagtgtggcatggccac 669  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||      |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  44291223 gcagttaacattccagattgtgtcataaattcaataacatccctgtccactaaaccagatgaaaaagccacatgtgcagctgctaatgtggcgtggccac 44291124  T
Q  670 aaagatt 676  Q
    |||||||    
T  44291123 aaagatt 44291117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 398 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 44291410 - 44291296
Alignment:
Q  398 tgtcctctttatatcaataatggaagcaccattcaatgctccagaaatgagtgaagtgtcatcagaattgaattctgcaatagggtcagcaggaaaatcc 497  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||||  || ||||| |||||||||| |||||| | |||||| | || | ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  44291410 tgtcctcttcacatcaacaatggaagcctcactcaatactccagaaataagtgaaatatcatcaaattttagttctgaaattgggtcagcaggaaaatcc 44291311  T
Q  498 aattcaatataaaat 512  Q
    ||||||| |||||||    
T  44291310 aattcaacataaaat 44291296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University