View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18648_high_6 (Length: 378)

Name: NF18648_high_6
Description: NF18648
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18648_high_6
NF18648_high_6
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (41-378)||(13564479-13564816)
chr8 (1-33)||(13564812-13564844)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-372)||(30625926-30626297)
chr2 (1-372)||(30671557-30671928)
chr2 (1-372)||(30662877-30663248)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-372)||(10415651-10416022)
chr1 (116-375)||(10410075-10410334)
chr1 (1-372)||(10420538-10420909)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (1-375)||(35754666-35755040)
chr5 (1-372)||(35366715-35367086)
chr5 (1-375)||(35376258-35376638)
chr5 (1-375)||(35423517-35423897)
chr5 (1-306)||(35410594-35410899)
chr5 (1-276)||(35385963-35386238)
chr5 (84-372)||(35370099-35370390)
chr5 (106-378)||(35436862-35437134)
chr5 (316-372)||(35406447-35406503)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-375)||(29623092-29623466)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-186)||(1153787-1153972)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 290; Significance: 1e-163; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 41 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 13564816 - 13564479
Alignment:
Q  41 atgtctaccctttgagaaaagctgagataatgattttcagttccttcgttatcgtgcaacgtcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaa 140  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13564816 atgtccaccctttgagaaaagctgagataatgattttcagttccttcgttattgtgcaacatcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaa 13564717  T
Q  141 tagcctggaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatcaagtaagaatcttaacacgatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattcagc 240  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13564716 tagccttgaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacattaaggaagaatcttaacacgatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattcagc 13564617  T
Q  241 cggaaaactcttcgctgctccacgtgtttcaagattcgacacttttgcaacaataggtctttcaaaataggaaatagatcctttgtaaacagaaccaaag 340  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13564616 cgtaaaactcttcgctgctcaacgtgtttcaagattcaacacttttacaacaataggtctttcaaaataggaaatagatcctttgtaaacagaaccaaag 13564517  T
Q  341 cttattgtacctatcaaatttgatgaagaaaatccgtt 378  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  13564516 cttattgtacctatcagattggatgaagaaaatccgtt 13564479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 33
Target Start/End: Complemental strand, 13564844 - 13564812
Alignment:
Q  1 attgtgaagataatccaatgcataagctatgtc 33  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13564844 attgtgaagataatccaatgcataagctatgtc 13564812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 156; Significance: 8e-83; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 30626297 - 30625926
Alignment:
Q  1 attgtgaagataatccaatgcataagctatgtcaagagcaatgtctaccctttgagaaaagctgagataatgattttcagttccttcgttatcgtgcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||| |  | |||||||| |||| || |||   |||||||||||||||      
T  30626297 attgtgaagataatccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtcaaccctttgtgtgaggctgagattatgaattccagactcttcgttatcgtgcaga 30626198  T
Q  101 gtcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagcctggaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatcaagtaagaatcttaacac 200  Q
      |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| || |||||||| || ||||||||||| |||     
T  30626197 agcttttctagactccccttaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaactcgtcacccttataatctattcttgaacaacatgtaagaatcttgacaa 30626098  T
Q  201 gatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattcagccggaaaactcttcgctgctccacgtgtttcaagattcgacacttttgcaacaataggtct 300  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||| |  |||||||||| || ||||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  30626097 gatttcggtgcttcatctttcccaaagctttgcattcagctgtgaaactctttgtagctccacgtgcttgaagattcaacacctttacaacaataggtct 30625998  T
Q  301 ttcaaaataggaaatagatcctttgtaaacagaaccaaagcttattgtacctatcaaatttgatgaagaaaa 372  Q
    |||||| ||    | ||||||||||||||||||  ||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  30625997 ttcaaagtaaaggagagatcctttgtaaacagaggcaaagcttcctgtccctaccaaatttgatgaagaaaa 30625926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 30671928 - 30671557
Alignment:
Q  1 attgtgaagataatccaatgcataagctatgtcaagagcaatgtctaccctttgagaaaagctgagataatgattttcagttccttcgttatcgtgcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||| |  | |||||||| |||| || |||   |||||||||||||||      
T  30671928 attgtgaagataatccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtcaaccctttgtgtgaggctgagattatgaattccagactcttcgttatcgtgcaga 30671829  T
Q  101 gtcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagcctggaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatcaagtaagaatcttaacac 200  Q
      |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |  |||||||| || ||||||||||| |||     
T  30671828 agcttttctagactccccttaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaactcgtcacccttataatctacgcttgaacaacatgtaagaatcttgacaa 30671729  T
Q  201 gatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattcagccggaaaactcttcgctgctccacgtgtttcaagattcgacacttttgcaacaataggtct 300  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||| |  |||||||||| || ||||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  30671728 gatttcggtgcttcatctttcccaaagctttgcattcagctgtgaaactctttgtagctccacgtgcttgaagattcaacacctttacaacaataggtct 30671629  T
Q  301 ttcaaaataggaaatagatcctttgtaaacagaaccaaagcttattgtacctatcaaatttgatgaagaaaa 372  Q
    |||||| ||    | ||||||||||||||||||  ||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  30671628 ttcaaagtaaaggagagatcctttgtaaacagaggcaaagcttcctgtccctaccaaatttgatgaagaaaa 30671557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 30663248 - 30662877
Alignment:
Q  1 attgtgaagataatccaatgcataagctatgtcaagagcaatgtctaccctttgagaaaagctgagataatgattttcagttccttcgttatcgtgcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||| |  | |||||||| |||| || |||   |||||||||||||||      
T  30663248 attgtgaagataatccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtcaaccctttgtgtgaggctgagattatgaattccagactcttcgttatcgtgcaga 30663149  T
Q  101 gtcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagcctggaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatcaagtaagaatcttaacac 200  Q
      |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |  |||||||| || ||||||||||| |||     
T  30663148 agcttttctagactccccttaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaactcgtcacccttataatctacgcttgaacaacatgtaagaatcttgacaa 30663049  T
Q  201 gatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattcagccggaaaactcttcgctgctccacgtgtttcaagattcgacacttttgcaacaataggtct 300  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||| |  |||||||||| || ||||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  30663048 gatttcggtgcttcatctttcccaaagctttgcattcagctgtgaaactctttgtagctccacgtgcttgaagattcaacacctttacaacaataggtct 30662949  T
Q  301 ttcaaaataggaaatagatcctttgtaaacagaaccaaagcttattgtacctatcaaatttgatgaagaaaa 372  Q
    |||||| ||    | ||||||||||||||| ||  ||||||||  ||| |||| |||||| |||||||||||    
T  30662948 ttcaaagtaaaggagagatcctttgtaaacggaggcaaagcttcctgtccctaccaaattggatgaagaaaa 30662877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Original strand, 10415651 - 10416022
Alignment:
Q  1 attgtgaagataatccaatgcataagctatgtcaagagcaatgtctaccctttgagaaaagctgagataatgattttcagttccttcgttatcgtgcaac 100  Q
    ||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||| ||||||| |||||| |  | |||||||| |||| || |||  ||||||||||||||||      
T  10415651 attgtgaagataatcaagtgcatgagctagatcaagagcgatgtctaacctttgtgccaggctgagattatgaattccagacccttcgttatcgtgcaga 10415750  T
Q  101 gtcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagcctggaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatcaagtaagaatcttaacac 200  Q
     ||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||| ||||||||| ||||| || || || |||     
T  10415751 atcttttccagactccccttaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattttgacaa 10415850  T
Q  201 gatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattcagccggaaaactcttcgctgctccacgtgtttcaagattcgacacttttgcaacaataggtct 300  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||   |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  10415851 gattacggtgcttcatctttcctaaagcattgcattcctccatgaaactctttgctgctccacgtgtttcaagattcaacacctttacaacaataggtct 10415950  T
Q  301 ttcaaaataggaaatagatcctttgtaaacagaaccaaagcttattgtacctatcaaatttgatgaagaaaa 372  Q
    ||||||    | || |||||||||||||||||| |||||||||  ||| |||| |||||| || ||||||||    
T  10415951 ttcaaagcttggaagagatcctttgtaaacagagccaaagcttcctgttcctaccaaattggaagaagaaaa 10416022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 116 - 375
Target Start/End: Original strand, 10410075 - 10410334
Alignment:
Q  116 ccattagacatgaactcaaaaacaatagcctggaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatcaagtaagaatcttaacacgatttcggtgcttca 215  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||| ||||||||| ||||| || ||||||||| |||| ||||||||||    
T  10410075 ccattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttaacaagattccggtgcttca 10410174  T
Q  216 tctttcctaaagctttgcattcagccggaaaactcttcgctgctccacgtgtttcaagattcgacacttttgcaacaataggtctttcaaaataggaaat 315  Q
    | ||||| | ||||||||||||  ||   ||||||||  |||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||  ||     
T  10410175 tgtttcccagagctttgcattccaccacgaaactctttactgctccaggtgtttcaagattcaacacctttacaacaataggtctttcaaagtagagaag 10410274  T
Q  316 agatcctttgtaaacagaaccaaagcttattgtacctatcaaatttgatgaagaaaatcc 375  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |  | |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  10410275 agatcctttgtaaacagaaccaaatcctcctctacctaccaaattggatgaagaaaatcc 10410334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Original strand, 10420538 - 10420909
Alignment:
Q  1 attgtgaagataatccaatgcataagctatgtcaagagcaatgtctaccctttgagaaaagctgagataatgattttcagttccttcgttatcgtgcaac 100  Q
    ||||||||||||||  | ||||| |||||  |||||||||||||| ||||||||    | |||||||| |||| || |||  ||||| ||||||||||      
T  10420538 attgtgaagataattaagtgcatgagctacatcaagagcaatgtcaaccctttgtctgaggctgagattatgaattccagacccttctttatcgtgcaga 10420637  T
Q  101 gtcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagcctggaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatcaagtaagaatcttaacac 200  Q
      |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||  |||||||| ||||| || ||||| |||     
T  10420638 agcttttctagactccccttaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaacgcttgaacaacaagttaggatcttgacaa 10420737  T
Q  201 gatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattcagccggaaaactcttcgctgctccacgtgtttcaagattcgacacttttgcaacaataggtct 300  Q
    | |||||||| ||||||||||||| ||||| || ||| ||    |||||||| ||| |||||| ||||| ||||||| | || ||| ||||||| ||| |    
T  10420738 ggtttcggtgtttcatctttcctagagcttcgcgttctgctttgaaactctttgctcctccacatgttttaagattcaatacctttacaacaatgggttt 10420837  T
Q  301 ttcaaaataggaaatagatcctttgtaaacagaaccaaagcttattgtacctatcaaatttgatgaagaaaa 372  Q
    |||||| |    || |||||||||||||||||||||||| |||  ||| || | |||||| |||||||||||    
T  10420838 ttcaaagttaagaagagatcctttgtaaacagaaccaaaacttcctgttccaaccaaattggatgaagaaaa 10420909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 35755040 - 35754666
Alignment:
Q  1 attgtgaagataatccaatgcataagctatgtcaagagcaatgtctaccctttgagaaaagctgagataatgattttcagttccttcgttatcgtgcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| |||||| |  | | |||||| |  |||| | |  ||||| ||||||||||||    
T  35755040 attgtgaagataatccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctaacctttgtgtgaggttgagattaaaatttcctgacccttcattatcgtgcaac 35754941  T
Q  101 gtcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagcctggaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatcaagtaagaatcttaacac 200  Q
      |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||| ||||| ||||||||| ||||| | |||||| |||     
T  35754940 aacttttcaagactcccatttgacatgaactcaaaaacaatagctttgaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaaaatcttgacaa 35754841  T
Q  201 gatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattcagccggaaaactcttcgctgctccacgtgtttcaagattcgacacttttgcaacaataggtct 300  Q
    |||| ||||||||||||||||| || || |||||||| ||    ||||| || | |||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  35754840 gattccggtgcttcatctttcccaatgcattgcattccgctatgaaactttttgttgctccacgtgtttcaagattcaacacctttacaacaataggtct 35754741  T
Q  301 ttcaaaataggaaatagatcctttgtaaacagaaccaaagcttattgtacctatcaaatttgatgaagaaaatcc 375  Q
    |||||| | |  || ||||||||| |||||||| |||||||||  ||| || | |||||| | ||||||||||||    
T  35754740 ttcaaagttgagaagagatcctttataaacagatccaaagcttcctgttccaaccaaattggctgaagaaaatcc 35754666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 35367086 - 35366715
Alignment:
Q  1 attgtgaagataatccaatgcataagctatgtcaagagcaatgtctaccctttgagaaaagctgagataatgattttcagttccttcgttatcgtgcaac 100  Q
    ||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||||||||| || || ||    | |||||||| ||||||| |||  ||||||||||| ||||      
T  35367086 attgtgaagataatcgagtgcatgagctacatcaagagcaatgtcaactctgtgtctgaggctgagattatgatttccagacccttcgttatcatgcaga 35366987  T
Q  101 gtcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagcctggaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatcaagtaagaatcttaacac 200  Q
      |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||| |||||||| ||||| || ||||| |||     
T  35366986 agcttttctagacttcccttaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaactcttcacccttataatcaatgcttgaacaacaagttaggatcttgacaa 35366887  T
Q  201 gatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattcagccggaaaactcttcgctgctccacgtgtttcaagattcgacacttttgcaacaataggtct 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||    |||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||||||| ||| |    
T  35366886 gatttcggtgcttcatctttcctagagcttcacattctgctttgaaactctttgctgctccacgtgttttaagattcaacacctttacaacaatgggttt 35366787  T
Q  301 ttcaaaataggaaatagatcctttgtaaacagaaccaaagcttattgtacctatcaaatttgatgaagaaaa 372  Q
    |||||| | |  || |||||||||||||||||||||||| |||  ||| || | |||||| |||||||||||    
T  35366786 ttcaaagttgagaagagatcctttgtaaacagaaccaaaacttcctgttccaaccaaattggatgaagaaaa 35366715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 35376638 - 35376258
Alignment:
Q  1 attgtgaagataatccaatgcataagctatgtcaagagcaatgtctaccctttgagaaaagctgagataatgattt------tcagttccttcgttatcg 94  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||| |  ||  ||||||   |||||      |||    |||||||| |     
T  35376638 attgtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagcaatgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttacca 35376539  T
Q  95 tgcaacgtcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagcctggaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatcaagtaagaatct 194  Q
    ||||||   ||||| ||| | ||| ||| |||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||| |||| ||||| ||||||||| ||||| || || |    
T  35376538 tgcaacaggttttccagattcccactaggcatgaactcaaaaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacaacaagttaggattt 35376439  T
Q  195 taacacgatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattcagccggaaaactcttcgctgctccacgtgtttcaagattcgacacttttgcaacaat 294  Q
    | ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| || ||||    
T  35376438 tgacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgcattccgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtttcaagattcaacacctttacagcaat 35376339  T
Q  295 aggtctttcaaaataggaaatagatcctttgtaaacagaaccaaagcttattgtacctatcaaatttgatgaagaaaatcc 375  Q
    |||| ||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  35376338 aggtttttcaaagtagagaatagatcctttgtaaacagaaccgaagcttcctgtaccgaccaaattggatgaagaaaatcc 35376258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 35423897 - 35423517
Alignment:
Q  1 attgtgaagataatccaatgcataagctatgtcaagagcaatgtctaccctttgagaaaagctgagataatgattt------tcagttccttcgttatcg 94  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||| |  ||  ||||||   |||||      |||    |||||||| |     
T  35423897 attgtgaagataatccaatgcatgagctacgtcgagagcaatgtctaacctttgtgtgaaattgagattcagatttctagactcatgatcttcgttacca 35423798  T
Q  95 tgcaacgtcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagcctggaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatcaagtaagaatct 194  Q
    ||||||   ||||||||| | ||| ||| |||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||| |||| ||||| ||||||||| ||||| || || |    
T  35423797 tgcaacaggttttctagattcccactaggcatgaactcaaaaacaatggccttaaaatcttcaccattataatcaacacttgaacagcaagttaggattt 35423698  T
Q  195 taacacgatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattcagccggaaaactcttcgctgctccacgtgtttcaagattcgacacttttgcaacaat 294  Q
    | ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||   |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| || ||||    
T  35423697 tcacaagattacggtgcttcatctttcctaaagcattgcattccaccatgaaactctttgctgctccacgtgtttcaagattcaacacctttacagcaat 35423598  T
Q  295 aggtctttcaaaataggaaatagatcctttgtaaacagaaccaaagcttattgtacctatcaaatttgatgaagaaaatcc 375  Q
    |||| ||||||| |||  || ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  35423597 aggtttttcaaagtagagaagagatcctttgtaaacagaaccgaagcttcctgtaccgaccaaattggatgaagaaaatcc 35423517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 35410899 - 35410594
Alignment:
Q  1 attgtgaagataatccaatgcataagctatgtcaagagcaatgtctaccctttgagaaaagctgagataatgattttcagttccttcgttatcgtgcaac 100  Q
    ||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||||||||||| |||||| |  | | |||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||     
T  35410899 attgtgaagataatcaagtgcatgagctacatcaagagcaatgtctaacctttgtgtgaggttgagattatgattttcagacccttcgttatcatgcaaa 35410800  T
Q  101 gtcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagcctggaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatcaagtaagaatcttaacac 200  Q
      |||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||| ||||| ||||||||| || || || || || |||     
T  35410799 aacttttctagattcccattaggcattaactcaaaaacaatagccttgaactcttcaccattataatcaacacttgaacaacacgttaggattttgacaa 35410700  T
Q  201 gatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattcagccggaaaactcttcgctgctccacgtgtttcaagattcgacacttttgcaacaataggtct 300  Q
    |||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||| |||   |||||||| | |||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  35410699 gattacggtgcctcatctttcttaaagcattgcattccgccatgaaactctttgttgcttcacgtgtttcaagattcaacacctttacaacaataggtct 35410600  T
Q  301 ttcaaa 306  Q
    ||||||    
T  35410599 ttcaaa 35410594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 35386238 - 35385963
Alignment:
Q  1 attgtgaagataatccaatgcataagctatgtcaagagcaatgtctaccctttgagaaaagctgagataatgattttcagttccttcgttatcgtgcaac 100  Q
    ||||||||||||||| | ||||| |||||  |||||||||||||||| |||||  |  | | |||||| |||||||||||  ||||| |||| ||||||     
T  35386238 attgtgaagataatcaagtgcatgagctacatcaagagcaatgtctaacctttatgtgaggttgagattatgattttcagacccttcattattgtgcaaa 35386139  T
Q  101 gtcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagcctggaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatcaagtaagaatcttaacac 200  Q
      |||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||| || || || | ||| |||     
T  35386138 aacttttcaagactctcatttgacatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacccttataatcaacacttgaacaacaggttaggaccttgacaa 35386039  T
Q  201 gatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattcagccggaaaactcttcgctgctccacgtgtttcaagatt 276  Q
    ||||  |||||||||||||||| | ||| |||||||| |||   |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35386038 gattctggtgcttcatctttcccagagcattgcattctgccatgaaactctttgctgctccacgtgtttcaagatt 35385963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 84 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 35370390 - 35370099
Alignment:
Q  84 cttcgttatcgtgcaacgtcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagcct-ggaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatc 182  Q
    |||||||| | |||||| | ||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||| ||||| |||||| || |    
T  35370390 cttcgttaccatgcaacatgttttctaaactcccattgggcatgaactcaaaaacaatagccttggaactcttcaccattataatcaacacttgagcaac 35370291  T
Q  183 aagtaagaatcttaacacgatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcat--tcagccggaaaactcttcgctgctccacgtgtttcaagattcgac 280  Q
    | || || || || ||| |||| |||||| |||||||||||||||| ||||||  || ||    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  35370290 acgttaggattttgacaagattacggtgcctcatctttcctaaagcattgcatattccgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtttcaagattcaac 35370191  T
Q  281 acttttgcaacaataggtctttcaaaataggaaatagatcctttgtaaacagaaccaaagcttattgtacctatcaaatttgatgaagaaaa 372  Q
    || |||   ||||||||||||||||| |  | || |||||||||||||||||| |||||||||  |||||| | |||||| |||||||||||    
T  35370190 acctttaacacaataggtctttcaaagtttggaagagatcctttgtaaacagagccaaagcttcatgtaccaaccaaattggatgaagaaaa 35370099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 106 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 35437134 - 35436862
Alignment:
Q  106 ttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagcctggaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatcaagtaagaatcttaacacgattt 205  Q
    ||||||||| ||  ||| |||||| |||||||| ||||||| |||| | ||||| |||| |||||||||||||||  |||| || | ||| | | | |||    
T  35437134 ttctagactccccataggcatgaattcaaaaactatagccttgaaaacttcaccattataatcaatacttgaacagaaagttaggagcttcagaaggttt 35437035  T
Q  206 cggtgcttcatctttcctaaagctttgcattcagccggaaaactcttcgctgctccacgtgtttcaagattcgacacttttgcaacaataggtctttcaa 305  Q
      ||| ||||||||| | |   |||| |||||||||  ||||||||| | ||| |||||||||||||| ||| |||| ||| | |||||||||| |||||    
T  35437034 ttgtgtttcatcttttccagtactttacattcagccacaaaactctttgatgccccacgtgtttcaagtttcaacacctttactacaataggtccttcaa 35436935  T
Q  306 aataggaaatagatcctttgtaaacagaaccaaagcttattgtacctatcaaatttgatgaagaaaatccgtt 378  Q
    | |    || |||||||||||| ||||||||||| |||  ||  |||| ||| || |||||||||||||||||    
T  35436934 atttaagaagagatcctttgtatacagaaccaaaacttcctgcgcctaccaagttggatgaagaaaatccgtt 35436862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 316 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 35406503 - 35406447
Alignment:
Q  316 agatcctttgtaaacagaaccaaagcttattgtacctatcaaatttgatgaagaaaa 372  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  ||| |||| |||||| || ||||||||    
T  35406503 agatcctttgtaaacagagccaaagcttcctgttcctaccaaattggaagaagaaaa 35406447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 375
Target Start/End: Original strand, 29623092 - 29623466
Alignment:
Q  1 attgtgaagataatccaatgcataagctatgtcaagagcaatgtctaccctttgagaaaagctgagataatgattttcagttccttcgttatcgtgcaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| |||||| |  | | |||||| |||  || ||| |||||| ||||||||||||    
T  29623092 attgtgaagataatccaatgcatgagctacatcaagagcaatgtctatcctttgtgtgaggttgagattatggcttccagatccttcattatcgtgcaac 29623191  T
Q  101 gtcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagcctggaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatcaagtaagaatcttaacac 200  Q
     |||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||| ||||||||| ||||| || ||||| |||     
T  29623192 atcttttctagactcatattaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttataatcaacacttgaacaacaagttaggatcttgacaa 29623291  T
Q  201 gatttcggtgcttcatctttcctaaagctttgcattcagccggaaaactcttcgctgctccacgtgtttcaagattcgacacttttgcaacaataggtct 300  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| || ||| ||||| ||    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||    ||||||||||    
T  29623292 gattccggtgtttcatctttcctagagatttacattctgcaatgaaactctttgctgctccacgtgtttcaagattcaacacctttatggcaataggtct 29623391  T
Q  301 ttcaaaataggaaatagatcctttgtaaacagaaccaaagcttattgtacctatcaaatttgatgaagaaaatcc 375  Q
    |  ||| | || || ||||||| |||| ||||| |||||||||  ||  |||| |||||| ||||||||| ||||    
T  29623392 tcgaaagttgggaagagatcctatgtagacagatccaaagcttcctgctcctaacaaattagatgaagaatatcc 29623466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 54; Significance: 6e-22; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 1153972 - 1153787
Alignment:
Q  1 attgtgaagataatccaatgcataagctatgtcaagagcaatgtctaccctttgagaaaagctgagataatgattttcagttccttcgttatcgtgcaac 100  Q
    |||||||||| |||| | ||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||  |  |   ||||||  ||||||||||  |||||  |||| ||||||    
T  1153972 attgtgaagaaaatcaagtgcatgagctatatcaagagcaaaatctaccctttttgtgagcttgagattgtgattttcagacccttcaatatcatgcaac 1153873  T
Q  101 gtcttttctagactaccattagacatgaactcaaaaacaatagcctggaaatcgtcacccttattatcaatacttgaacatcaagt 186  Q
     ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||   |||||||||||| || |||||    
T  1153872 atcttttctagactcccgttaggcatgaactcaaaaacaatagccttgaaatcttcacctttgcaatcaatacttgagcaacaagt 1153787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University