View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18649_low_9 (Length: 475)

Name: NF18649_low_9
Description: NF18649
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18649_low_9
NF18649_low_9
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (14-459)||(37401400-37401845)
chr5 (14-459)||(37823217-37823662)
chr5 (14-459)||(37639059-37639504)
chr5 (20-459)||(37710823-37711262)
chr5 (1-459)||(37593504-37593962)
chr5 (1-459)||(37695895-37696353)
chr5 (1-459)||(37532400-37532858)
chr5 (41-419)||(37702023-37702401)
chr5 (15-419)||(37393319-37393723)
chr5 (15-459)||(37382728-37383172)
chr5 (118-459)||(37413567-37413908)
chr5 (15-458)||(37435024-37435467)
chr5 (15-198)||(37428366-37428548)
chr5 (57-155)||(26437679-26437777)
chr5 (57-155)||(26451048-26451146)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (20-459)||(16843398-16843837)
chr4 (43-458)||(16846067-16846481)
chr4 (15-459)||(24218133-24218577)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (15-419)||(14552686-14553090)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 37401845 - 37401400
Alignment:
Q  14 cacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtt 113  Q
    ||||| |||||||||||||| | |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401845 cacccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtt 37401746  T
Q  114 agagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401745 agagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaac 37401646  T
Q  214 tctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggta 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401645 tctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggta 37401546  T
Q  314 atgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcat 413  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401545 atggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcat 37401446  T
Q  414 atccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatc 459  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401445 atccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatc 37401400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 459
Target Start/End: Original strand, 37823217 - 37823662
Alignment:
Q  14 cacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtt 113  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37823217 cacccatgtattgcaaaccaatttggtcgtcactcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtt 37823316  T
Q  114 agagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37823317 agagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaac 37823416  T
Q  214 tctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggta 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37823417 tctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggta 37823516  T
Q  314 atgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcat 413  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37823517 atggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcat 37823616  T
Q  414 atccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatc 459  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37823617 atccaatacatgaagagaatttaatgttcccaggcattgtggaatc 37823662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 459
Target Start/End: Original strand, 37639059 - 37639504
Alignment:
Q  14 cacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtt 113  Q
    ||||| |||||||||||||| | |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639059 cacccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtt 37639158  T
Q  114 agagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639159 agagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaac 37639258  T
Q  214 tctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggta 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639259 tctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggta 37639358  T
Q  314 atgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcat 413  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639359 atggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcat 37639458  T
Q  414 atccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatc 459  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639459 atccaatacagtaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatc 37639504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 459
Target Start/End: Original strand, 37710823 - 37711262
Alignment:
Q  20 tgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttagagac 119  Q
    ||||||||| | ||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37710823 tgtattgcagatcaatttttttgtcattcaccttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgctggcaagggcccactaaaattgttgttagagac 37710922  T
Q  120 atcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37710923 atcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggt 37711022  T
Q  220 agagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatgctc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37711023 agagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatgatc 37711122  T
Q  320 cttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaa 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711123 cttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaa 37711222  T
Q  420 tacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatc 459  Q
     ||||  |||  ||  |||||||| |||||||||||||||    
T  37711223 aacatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatc 37711262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 459
Target Start/End: Original strand, 37593504 - 37593962
Alignment:
Q  1 tagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593504 tagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccac 37593603  T
Q  101 taaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaact 200  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37593604 taaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagct 37593703  T
Q  201 tatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagcc 300  Q
    ||  || ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |    
T  37593704 tagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaatgaacagtgagac 37593803  T
Q  301 aaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggt 400  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37593804 aaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggt 37593903  T
Q  401 tgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatc 459  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593904 tgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatc 37593962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 459
Target Start/End: Original strand, 37695895 - 37696353
Alignment:
Q  1 tagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccac 100  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37695895 tagtaataaccgtcacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccac 37695994  T
Q  101 taaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaact 200  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37695995 taaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagct 37696094  T
Q  201 tatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagcc 300  Q
    ||  || ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |    
T  37696095 tagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaatgaacagtgagac 37696194  T
Q  301 aaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggt 400  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37696195 aaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggt 37696294  T
Q  401 tgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatc 459  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696295 tgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatc 37696353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 459
Target Start/End: Original strand, 37532400 - 37532858
Alignment:
Q  1 tagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccac 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37532400 tagtaataacccgcacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattcctttaaagttcttgatgcatgatattggcaagggcccac 37532499  T
Q  101 taaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaact 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37532500 taaaattgttgttagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagct 37532599  T
Q  201 tatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagcc 300  Q
    ||  || ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |    
T  37532600 tagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaatgaacagtgagac 37532699  T
Q  301 aaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggt 400  Q
    ||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37532700 aaagactggggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggt 37532799  T
Q  401 tgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatc 459  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532800 tgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatc 37532858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 41 - 419
Target Start/End: Original strand, 37702023 - 37702401
Alignment:
Q  41 tgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttggg 140  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  37702023 tgtcatttacattaatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagaggcatcaaaaattctcaacttagg 37702122  T
Q  141 aaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcagga 240  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||    
T  37702123 aaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacctgtaactctggtaaagtttctagccaattggga 37702222  T
Q  241 aatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattca 340  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37702223 aatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagactgcggtaatggtccttccaattggttgccattca 37702322  T
Q  341 actttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaa 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37702323 actttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaa 37702401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 15 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 37393723 - 37393319
Alignment:
Q  15 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtta 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||    
T  37393723 acccatgtattgcaaaccaatttggctgttattcacatccatcattccttgaaagttcttgaagcatgatgttggcaaggggccactaaaattgttacta 37393624  T
Q  115 gagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaact 214  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37393623 gagacatcataaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacatgtgattgacccatgaagatgatttgatcgtaaacttagcacctgtaact 37393524  T
Q  215 ctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaa 314  Q
    || ||||||||||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  37393523 cttgtagagtttctagccaattgggaaaagtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatatgaacagtaagccaaacattgtggtaa 37393424  T
Q  315 tgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcata 414  Q
    || ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37393423 tggtccttccaattggtttccattcaattttatagtctcaaatatatttcctttggaaaaggttccaggaatgcttccacagaggttgttcatttgcata 37393324  T
Q  415 tccaa 419  Q
    |||||    
T  37393323 tccaa 37393319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 15 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 37383172 - 37382728
Alignment:
Q  15 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtta 114  Q
    |||| |||||||||||||| | |   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37383172 acccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaaattcttgatgcacgatgttggcaagggcccaataaaattgttgtta 37383073  T
Q  115 gagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaact 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||| |    
T  37383072 gagacatcaaaaattctcaacttgggaaatggatgtttggtgctagagcatgtgattgcgccatgaagtttatttgatcttaaactgagcacctgtaatt 37382973  T
Q  215 ctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaa 314  Q
    || |||||||||| |||||||  ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | || ||||| ||||||||| ||||||||    
T  37382972 cttgtagagtttcaagccaattgggaaaagtatcctctacgttgttgtctccaaggtccaaaacttcgagttttgtacagtgagccaaagactgtggtaa 37382873  T
Q  315 tgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcata 414  Q
    || |||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  37382872 tggtccttccaatcggtttccattcaactttattgtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgtgtccatagaggttgttcatttgcata 37382773  T
Q  415 tccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatc 459  Q
    ||||||||   ||||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  37382772 tccaataccgaaagagaaggaaatgttcccaagcattgtggaatc 37382728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 118 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 37413908 - 37413567
Alignment:
Q  118 acatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctg 217  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  37413908 acataaaatattctcaacttgggaaatgtatgctttgtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacctgtaactctt 37413809  T
Q  218 gtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatgc 317  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |   || | ||||||||| ||||||||||     
T  37413808 gtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatattgttgtcaccaaggtccagaacttcaagatttatgcactaagccaaagactgtggtaatgg 37413709  T
Q  318 tccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatcc 417  Q
    |||||||||||| || || |||||||||||  ||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  37413708 tccttccaattgatttccgttcaactttatcatctcaaatgtatttcctttggaaaaggttctaggaaagcttccatacaagttgttcatttgcatatcc 37413609  T
Q  418 aatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatc 459  Q
    |||| |  ||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  37413608 aatatagaaagagaaggaaatgttcctaggcattgtggaatc 37413567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 15 - 458
Target Start/End: Original strand, 37435024 - 37435467
Alignment:
Q  15 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtta 114  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||        
T  37435024 acccatgtattgcaaaccaatctggctatcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatacatgatgttggcaaggatccactaaaattgttaccg 37435123  T
Q  115 gagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaact 214  Q
     |||  ||||||||||| ||||| | ||| | ||| |||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  37435124 aagatgtcaaaaattcttaacttagaaaaaggatggttggtgttagaacaggtgattgaaccattaagtttatttgatcttaaactgagtacctgtaact 37435223  T
Q  215 ctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaa 314  Q
    || ||||||||||||||||||  |||||||||||||| | ||||||||  ||||||||||||| ||  || | || ||||| |||||||||||| |||||    
T  37435224 cttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtatccaaggtccaaaattttgagttctgtacagtgagccaaagattgaggtaa 37435323  T
Q  315 tgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcata 414  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  || ||| ||| |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  37435324 tggtccttctaattggttgccattcaactttatagtctcgaaggcatttcctctggaaaaagttttaggcatgcttccattaaggttgttcatttgcata 37435423  T
Q  415 tccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaat 458  Q
    ||||| ||   |||| |||  |||||||||||||||| ||||||    
T  37435424 tccaaaacggaaagaaaaggaaatgttcccaggcattttggaat 37435467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 198
Target Start/End: Original strand, 37428366 - 37428548
Alignment:
Q  15 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtta 114  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||| | || |||    
T  37428366 acccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccactaaaaattttatta 37428465  T
Q  115 gagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaa 198  Q
     |||  || ||||||||||||||||| |||| ||| |||||  ||||||| ||||||| |||||| || |||||||||| ||||    
T  37428466 tagatgtcgaaaattctcaacttggg-aatggatgtttggtcatagaacaagtgattgtaccatgcagtttatttgatcttaaa 37428548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 57 - 155
Target Start/End: Original strand, 26437679 - 26437777
Alignment:
Q  57 cattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggt 155  Q
    |||||||| |||||| |||||| | | ||| ||||| |  ||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||| |||||||| || |||||    
T  26437679 cattcctttaaagtttttgatgtacgttgtgggcaaagagccactaaaattattgttggagacatcaaaaaccctcaacttaggaaatgtttggttggt 26437777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 57 - 155
Target Start/End: Original strand, 26451048 - 26451146
Alignment:
Q  57 cattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggt 155  Q
    |||||||| |||||| |||||| | | ||| ||||| |  ||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||| |||||||| || |||||    
T  26451048 cattcctttaaagtttttgatgtacgttgtgggcaaagagccactaaaattattgttggagacatcaaaaaccctcaacttaggaaatgtttggttggt 26451146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 20 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 16843837 - 16843398
Alignment:
Q  20 tgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttagagac 119  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  16843837 tgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagac 16843738  T
Q  120 atcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggt 219  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||   |  |||||||||||| ||    
T  16843737 atcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaaaacgagtacctgtaactcttgt 16843638  T
Q  220 agagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatgctc 319  Q
    |||||||| ||||||   |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||    
T  16843637 agagtttcaagccaactgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtc 16843538  T
Q  320 cttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaa 419  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16843537 cttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcatttcctttggaaaaggttttaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaa 16843438  T
Q  420 tacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatc 459  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16843437 tacattaagagaagttaatgttcctaggcattgtggaatc 16843398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 43 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 16846481 - 16846067
Alignment:
Q  43 tcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaa 142  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||| |   |||  || ||||||||||| |||| ||    
T  16846481 tcattcgcgttcatcattccttgaaaattcttgatacatgatgttggcaacggtccactgaatttgttatcgaagatgtccaaaattctcaatttgg-aa 16846383  T
Q  143 atgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaa 242  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||| | |||||| |  || ||||||||| |||||||||| ||||||   |||||    
T  16846382 atggatgcttggtgctagaacatgtgattgaaccataaagtttatttgaccttaaactgagtacatgtaactcttgtagagtttcaagccaactgggaaa 16846283  T
Q  243 tgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatgctccttccaattggttgccattcaac 342  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16846282 tgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagctaaagaccgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaac 16846183  T
Q  343 tttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttc 442  Q
    ||||||||  ||||  ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16846182 tttatagtgacaaacacatttcctttggaaaaggttctaggaatgcttccaaagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttc 16846083  T
Q  443 ccaggcattgtggaat 458  Q
    ||| ||||||||||||    
T  16846082 ccaagcattgtggaat 16846067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 15 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 24218577 - 24218133
Alignment:
Q  15 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtta 114  Q
    |||| ||||||||||||||  ||   || |||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||| ||||  ||||| ||   |    
T  24218577 acccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattcttgaggcaagatgttggcacggggccacggaaattattacca 24218478  T
Q  115 gagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaact 214  Q
    ||||||||  ||||||||| ||| |||||||  || |||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  24218477 gagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgattccaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaact 24218378  T
Q  215 ctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaa 314  Q
    || | |||  ||||| |||||  ||||||||||| |  | | ||||||| |||||||||||||||||||| | ||  |||| ||||||||| ||||||||    
T  24218377 cttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttgtgtgcagtgagccaaagactgtggtaa 24218278  T
Q  315 tgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcata 414  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24218277 tggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatgcttccatagaggttgttcatttgcata 24218178  T
Q  415 tccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatc 459  Q
    |||||||||  |||| |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  24218177 tccaatacagaaagataaggaaatgttcccaggcattgtggaatc 24218133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 15 - 419
Target Start/End: Original strand, 14552686 - 14553090
Alignment:
Q  15 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtta 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  14552686 acccatgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacgttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgtta 14552785  T
Q  115 gagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaact 214  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  14552786 gagacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttgatgctagaacaggtgattgctccgtgaagatgatttgatcgtaaacttagcacttgtaact 14552885  T
Q  215 ctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaa 314  Q
    || ||||||||||||||||||  |||||||||||||| | | |||||||||||||||| || |||||||||| |||||||| |||||| || |||||||     
T  14552886 cttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtag 14552985  T
Q  315 tgctccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttcggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcata 414  Q
    || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14552986 tggtcctttcaattggtttccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttttgaaaaggttctaggaatgattccatagaggttgttcatttgcata 14553085  T
Q  415 tccaa 419  Q
    |||||    
T  14553086 tccaa 14553090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University