View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18652_low_3 (Length: 522)

Name: NF18652_low_3
Description: NF18652
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18652_low_3
NF18652_low_3
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-503)||(5195345-5195847)
chr4 (2-503)||(5159700-5160204)
chr4 (1-493)||(5172630-5173121)
chr4 (1-503)||(5181947-5182450)
chr4 (1-501)||(4842404-4842903)
chr4 (1-412)||(5213602-5214010)
chr4 (1-275)||(4856881-4857151)
chr4 (4-130)||(7142256-7142381)
chr4 (100-217)||(5202773-5202887)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 5195847 - 5195345
Alignment:
Q  1 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttgcaagaaagagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5195847 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccttgtttaggttgcaatttctaacaataagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac 5195748  T
Q  101 tttgttctttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatacagatgctgaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 200  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||| |  ||||||| ||||||||||| |||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5195747 tttgttttttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 5195648  T
Q  201 atccttgcatgtaatttccatagagtgataagaatcccagagatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacagattattgccaaggtc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||    
T  5195647 atccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaaatttccactgaacagattattactaagttc 5195548  T
Q  301 aagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacagtctggaagtttagggctaaacatgttatcgctgatatccagttctactaaatccttcaaattgcat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  5195547 aagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacaatctggaagtttagcactaaacatgtttttgctgatatccagttctaccaaatccttaaaattgcat 5195448  T
Q  401 agtcctgtcataattaacaatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttgaaagtttttccaatggcgtcaatatatacattaat 500  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5195447 agtcctgtcataattaactatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttaaaagtttttccaatggcgtcaatatatacattaat 5195348  T
Q  501 taa 503  Q
    |||    
T  5195347 taa 5195345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 5160204 - 5159700
Alignment:
Q  2 tattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttgcaagaaagagtgacttcaattgaaatttaggaaaccact 101  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160204 tattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccact 5160105  T
Q  102 ttgttctttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatacagatgctgaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatga 201  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| |  ||||||| ||||||||||| |||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160104 ttgttttttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatga 5160005  T
Q  202 tccttgcatgtaatttccatagagtgataagaatcccagagatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacagattattgccaaggtca 301  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||| || |||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||    
T  5160004 tccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaactttccactgaacagattattactaagttca 5159905  T
Q  302 agaactctgaggtttgttaagttgcttaaacagtctggaagtttagggctaaacatgttatcgctgatatccagttctactaaatccttcaaattgcata 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||  ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5159904 agaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaaatttagcactaaacatgttctggctgatatccagttctaccaaatccttcaaattgcata 5159805  T
Q  402 gtcctgtcataa----ttaacaatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttgaaagtttttccaatggcgtcaatatatacatt 497  Q
    ||||||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5159804 gtcctgtcataattaattaactatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatctt-aaagtttttccaatggcgtcaatatatacatt 5159706  T
Q  498 aattaa 503  Q
    ||||||    
T  5159705 aattaa 5159700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 5173121 - 5172630
Alignment:
Q  1 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttgcaagaaagagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5173121 atattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttaggaaaccac 5173022  T
Q  101 tttgttctttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatacagatgctgaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| || | | ||||||||    
T  5173021 tttgttttttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatgtagatgctgaagattggagtgattagccaaaatgataagtgaaaatg 5172922  T
Q  201 atccttgcatgtaatttccatagagtgataagaatcccagagatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacagattattgccaaggtc 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  5172921 atccttgcatgtaattttcatagagtgataagaatgtcaaggatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaatagattatggctaaggtc 5172822  T
Q  301 aagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacagtctggaagtttagggctaaacatgttatcgctgatatccagttctactaaatccttcaaattgcat 400  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||  | ||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5172821 aagaattctgaggtttgttaagttacttaaacactcaggaagtttagccccaaacatgtttttgctgatatccagttctaccaaatccttcaaattgcat 5172722  T
Q  401 agtcctgtcataattaacaatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttgaaagtttttccaatggcgtcaatatata 493  Q
    |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  5172721 agtcctgtcataattaactatgtccagttatctttacaaaaattgacattatcataaaaatctt-aaagtttttccaatggactcaatatata 5172630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 5182450 - 5181947
Alignment:
Q  1 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttgcaagaaagagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  5182450 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacctcctttctccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggaaaccac 5182351  T
Q  101 tttgttctttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatacagatgctgaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 200  Q
    |||||  |||||||||||||| | ||||||   ||||||| || ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5182350 tttgtcttttcagtttcaatgagaactcca---ctgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 5182254  T
Q  201 atccttgcatgtaatttccatagagtgataagaatcccagagatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacagattattgccaaggtc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||    
T  5182253 atccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaaatttccactgaacagattattactaagttc 5182154  T
Q  301 aagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacagtctggaagtttagggctaaacatgttatcgctgatatccagttctactaaatccttcaaattgcat 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  5182153 aagaactctaaggtttgttaagttgcttaaacactctggaagtttagcactaaacatgttatagctgatatccaattctaccaaatccttcaaattgcat 5182054  T
Q  401 agtcctgtcataa----ttaacaatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttgaaagtttttccaatggcgtcaatatatacat 496  Q
    |||||||||||||    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5182053 agtcctgtcataattaattaactatgtcctgtcatctatacaaaaattgacattatcataaaaatcttaaaagtttttccaatggcgtcaatatatacat 5181954  T
Q  497 taattaa 503  Q
    |||||||    
T  5181953 taattaa 5181947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 501
Target Start/End: Original strand, 4842404 - 4842903
Alignment:
Q  1 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttgcaagaaagagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| ||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4842404 atattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttcttcatgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttaggaaaccac 4842503  T
Q  101 tttgttctttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatacagatgctgaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| || | | ||||||||    
T  4842504 tttgttttttcagtttcaatgtgtactccaatactgtttttagatgaaatatatagatgctgaagattggagtgattagccaaattgataagtgaaaatg 4842603  T
Q  201 atccttgcatgtaatttccatagagtgataagaatcccagagatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacagattattgccaaggtc 300  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||  |||||||||||  || ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  4842604 atccttgcatgtaattttcatagagtgataagaatgtcaaggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccaccgaacagattatggctaaggtc 4842703  T
Q  301 aagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacagtctggaagtttagggctaaacatgttatcgctgatatccagttctactaaatccttcaaattgcat 400  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||  | ||||||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  4842704 aagaattctgaggtttgttaagttacttaaacactcaggaagtttagccccaaacatgtttttgctgatatccagttcttccaaatccttcaaattgcat 4842803  T
Q  401 agtcctgtcataattaacaatgtcctgtcatctttacaaaaattgacattatcataaaaatcttgaaagtttttccaatggcgtcaatatatacattaat 500  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||    
T  4842804 agtcctgtcataattaactatgtccggtcatctttcaaaaaattaacattatcataaaaatctt-aaagtttttccaatggactcaatatataaattaat 4842902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 5214010 - 5213602
Alignment:
Q  1 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttgcaagaaagagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||| || ||||||    
T  5214010 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggtaaccac 5213911  T
Q  101 tttgttctttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatacagatgctgaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 200  Q
    |||||  ||||||||||||||| | | ||| |||| | |   ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5213910 tttgtcttttcagtttcaatgtttgcaccaatgctttgt---gatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 5213814  T
Q  201 atccttgcatgtaatttccatagagtgataagaatcccagagatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacagattattgccaaggtc 300  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||    
T  5213813 atccttgcatgtaatttccaaagagggataagtatgccagtgatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacaaattatagctaagttc 5213714  T
Q  301 aagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacagtctggaagtttagggctaaacatgttatcgctgatatccagttctactaaatccttcaaattgcat 400  Q
    ||||||  | ||||||||||||||||||||||| || |||||||  | |||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||    
T  5213713 aagaacattcaggtttgttaagttgcttaaacactcgggaagttgcgcgctaaacatgttatagctgatatctagctctaccaaatccttcaatttgcat 5213614  T
Q  401 agtcctgtcata 412  Q
    ||||||||||||    
T  5213613 agtcctgtcata 5213602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 4856881 - 4857151
Alignment:
Q  1 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttgcaagaaagagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  4856881 atattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccatgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggaaaccac 4856980  T
Q  101 tttgttctttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatacagatgctgaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatg 200  Q
    |||||  |||||||||||||| | ||||||   ||||||| || ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4856981 tttgtcttttcagtttcaatgagaactcca---ctgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtggtcaatgaaaatg 4857077  T
Q  201 atccttgcatgtaatttccatagagtgataagaatcccagagatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttc 275  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| || || | ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||    
T  4857078 atccttgcatgtaatttccatagatggat-agtatgcaagagatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttc 4857151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 4 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 7142381 - 7142256
Alignment:
Q  4 ttgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttgcaagaaagagtgacttcaattgaaatttaggaaaccacttt 103  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||  || | | ||||  |  | ||||||| ||||||||||||||    
T  7142381 ttgatatgaaaaaaaactaggaatgacatttcctttgtccatgttttggttgcaatttttaacata-agtgtatgtagttgaaatctaggaaaccacttt 7142283  T
Q  104 gttctttcagtttcaatgtgtactcca 130  Q
    ||  |||||||||||| ||||||||||    
T  7142282 gtattttcagtttcaacgtgtactcca 7142256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 100 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 5202887 - 5202773
Alignment:
Q  100 ctttgttctttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatacagatgctgaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaat 199  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| ||||| |||| | |   || |||||||| |||| ||||||  || | ||||||||||||||||| | |||||||    
T  5202887 ctttgttttttaagtttcaatgtgttctccaatgctttct---gaggaaatatatagatcctgaagcgtgaagtgattagccaaagtgcttactgaaaat 5202791  T
Q  200 gatccttgcatgtaattt 217  Q
    | ||||||| ||| ||||    
T  5202790 ggtccttgcgtgtgattt 5202773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University