View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18657_high_2 (Length: 717)

Name: NF18657_high_2
Description: NF18657
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18657_high_2
NF18657_high_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (28-699)||(11293943-11294616)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 499; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 699
Target Start/End: Original strand, 11293943 - 11294616
Alignment:
Q  28 tgcttattagaatgtgtgcgttttgtctttagactctttagaaaaatggattaatctatgatggagactcgagaggagtcaa-tggttggctggctatac 126  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11293943 tgcttattagtatgtgcgcgttttgtctttagactctttaaaaaaatggattaatctatgatggagactcgagaggagtcaaatggttggctggctatac 11294042  T
Q  127 acaaactcacttgtgnnnnnnnngtctccctttgctatgtgctatgataatgaagtcctctttatgcatataactttccttctggaagaggaagagtttg 226  Q
    |||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11294043 acaaactcacttgtgttttttttgtctccctttgctatgtgctatgataatgaagtcctctttatgcatataactttccttctggaagaggaagagtttg 11294142  T
Q  227 gaacatgtaaccctacctttgggtcaggtccactttgttttgtttttcatataacattgcttgannnnnnnnng-attnnnnnnnncatacaaaggtgga 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||        ||||||||||||||    
T  11294143 gaacatgtaaccctacctttgggtcaggtccactttgttttgtttttcatataacattgcttgatttttttttttattaaaaaaaacatacaaaggtgga 11294242  T
Q  326 ggtacctttcaatatttcttgaaatcccatgcggggggcccaaaaggttttgtttttnnnnnnnccttggtggaggtgtgatgaacccttttccttacat 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11294243 ggtacctttcaatatttcttgaaatcccatgcgggggacccaaaaggttttgtttttaaaaaaaccttggtggaggtgtgatgaacccttttccttacat 11294342  T
Q  426 gcaccaaaagagtgtcatagacatgtccaccaccacatttctcactctagaattgtgtgcatgcctttgcttccattttacannnnnnnnnnnnntagca 525  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||    
T  11294343 gcaccaaaagagtgtcatagacatgtccaccaccacatttctcactctagaattgtgtgcatgcctttgcttccattttacatctctctctctcttagca 11294442  T
Q  526 aattgtattttgttgagggtccatgcatgatataagaggtgtaaaggtatggatgaagaaaaggtatccggccggcatgataggatgctcatgtgagtga 625  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11294443 aattgtattttgttgagggtccatgcatgatataagaggtgtaaaggtatggatgaagaaaaggtatccggccggcatgataggatgctcatgtgagtga 11294542  T
Q  626 aaatctaatgtctttgtagctaattatggcaatatatatcatttgtaattgttatcattagtagtggtatttaa 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11294543 aaatctaatgtctttgtagctaattatggcaatatatatcatttgtaatcgttatcattagtagtggtatttaa 11294616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University