View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18658_high_1 (Length: 1098)

Name: NF18658_high_1
Description: NF18658
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18658_high_1
NF18658_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-1082)||(44732951-44734027)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (10-1082)||(32799114-32800193)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (10-1082)||(45337367-45338446)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (18-1082)||(48025385-48026447)
chr3 (827-1028)||(48024325-48024536)
chr3 (827-1022)||(48027073-48027276)
chr3 (859-1032)||(48024878-48025051)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (10-1055)||(13109125-13110188)
chr7 (376-843)||(11678223-11678693)
chr7 (10-367)||(11679096-11679448)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (376-651)||(8402217-8402494)
chr6 (157-323)||(8402514-8402679)
chr6 (17-139)||(8404953-8405076)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (157-324)||(24221084-24221248)
chr4 (444-525)||(24220929-24221010)
chr4 (11-125)||(24221965-24222078)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 914; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 914; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 1082
Target Start/End: Original strand, 44732951 - 44734027
Alignment:
Q  10 gaagaatatgttgaaggtgcctttttggccagcaacaaaggcaaaaatcaaagctttaaaagttttgggaaaaagaagtttccgccgtgtccacattgca 109  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44732951 gaagaaaatgttgaaggtgcctttttggccagcaacaaaggcaaaaatcaaagctttaaaagttttggggaaaagaagtttccgccgtgtccacattgca 44733050  T
Q  110 aaaaggatactcatttagacaagttttgttggtataggccagaagttaaatgtagagcttgtaaccaacttggtcatgtggagaaggtttgcaaaaacaa 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44733051 aaaaggatactcatttagacaagttttgttggtataggccaggagttaaatgtagagcttgtaaccaacttggtcatgtggagaaggtttgcaaaaacaa 44733150  T
Q  210 aacaaaccagcaggaacaacaagctcgagttgttgagcaccaccaagaagatgaggagcaattgttttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaa 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44733151 aacaaaccagcaggaacaacaagcccgtgttgttgagcaccaccaagaagatgaggagcaattgttt-aaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaa 44733249  T
Q  310 agaaacatggctaattaatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagnnnnnnnnaaagaacttgatgaatctttttactccaaagttg 409  Q
    |||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44733250 agaaacatggctaat----agatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagttttttt-aaagaacttgatgaatctttttactccaaagttg 44733344  T
Q  410 tcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttcaggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcc 509  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44733345 tctttggcaatggacaacatgttaaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttgaaactcttttaggtataaaatatattttagatgttttatttgtgcc 44733444  T
Q  510 tgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcactttaagaatatgaaatgcacaatttttgatctttatgga 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  44733445 tgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcagatgatggagaaaaactattctttgcactttaagaatatgaaatgcacaatttttgatccttatgga 44733544  T
Q  610 tctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttgcgtgttttttcaaatagagttgatgcaaattttt 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  44733545 tctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttgcgtgtttttccaaatagagttgattcaaattttt 44733644  T
Q  710 tagctcagaaaagaggaactttggatgacaattatgctagatgcaatattgctatgttagagactgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttg 809  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44733645 tagctcagaaaagaggaactttggatgacaattatgctagattcaatattgctatgttagagactgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttg 44733744  T
Q  810 taaagttaccatgcaggaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgat----------ttgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaa 899  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44733745 taaagttaccatgcaggaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgattgtaatgttgttgatgcctctgtttatgacttgtgttttattcaaaatgaa 44733844  T
Q  900 agtggatacctcctagattatgcagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgttttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaattcgaaga 999  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44733845 agtggatacctcctagattatgcagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgttttttcatttggtcatgttctgtctgattggaattcgaaga 44733944  T
Q  1000 agcaagaagggatcacccaatcatcaactaaagctcaatgtgtttccgctgcaacagataaagaaatttggccagtgaagttt 1082  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44733945 agcaagaagggatcacccaatcatcaactaaagctcaatgtgtttccgctgcaacagatacagaaatttggccagtgaagttt 44734027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 883; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 883; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 1082
Target Start/End: Original strand, 32799114 - 32800193
Alignment:
Q  10 gaagaatatgttgaaggtgcctttttggccagcaacaaaggcaaaaatcaaagctttaaaagttttgggaaaaagaagtttccgccgtgtccacattgca 109  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32799114 gaagaaaatgttgaaggtgcctttttggccaacaacaaaggcaaaaatcaaagctttaaaagttttgggaaaaagaagtttccaccgtgtccacattgca 32799213  T
Q  110 aaaaggatactcatttagacaagttttgttggtataggccagaagttaaatgtagagcttgtaaccaacttggtcatgtggagaaggtttgcaaaaacaa 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32799214 aaaaggatactcatttagacaagttttgttggtataggccaggagttaaatgtagagcttgtaaccaacttggtcatgtggagaaggtttgcaaaaacaa 32799313  T
Q  210 aacaaaccagcaggaacaacaagctcgagttgttgagcaccaccaagaagatgaggagcaattgttttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaa 309  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32799314 aacaaaccagcaggaacaagaagcccgagttgttgagcaccaccaagaagatgaggagcaattgttt-aaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaa 32799412  T
Q  310 agaaacatggctaattaatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagnnnnnnnnaaagaacttgatgaatctttttactccaaagttg 409  Q
    |||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32799413 agaaacatggctaat----agatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagttttttt-aaagaacttgatgaatttttttactccaaagttg 32799507  T
Q  410 tcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttcaggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcc 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32799508 tcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtagctgttgaaactctctcaggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcc 32799607  T
Q  510 tgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcactttaagaatatgaaatgcacaatttttgatctttatgga 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  32799608 tgagataaatcaaagtcttttgagtgttggacaaatgatggagaaaaactattctttgcactttaagaatatgaaatgcacaatttttgatcctgatgga 32799707  T
Q  610 tctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttgcgtgttttttcaaatagagttgatgcaaattttt 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32799708 tctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttgcgtgtttttccaaatagagttgatgcaaattttt 32799807  T
Q  710 tagctcagaaaagaggaactttggatg---acaattatgctagatgcaatattgctatgttagagactgcaaggtatactgaagctgctaattttgaggg 806  Q
     ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32799808 cagctcagaaaagaggaactttggatgacaacaattatgctagatgcaatattgctatgttagagactgcaaggtatactgaagctgctaattttgaggg 32799907  T
Q  807 ttgtaaagttaccatgcaggaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgat----------ttgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaat 896  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||          ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  32799908 ctgtaaagttaccatgcaggaggagaaaaagatcatagaaaaggatgttgattgtaatgttgttgatgcctctctttatgacttgtgtttttttcaaaat 32800007  T
Q  897 gaaagtggatacctcctagattatgcagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgttttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaattcga 996  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  32800008 gaaagtggatacctcctagattatgctgaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgttttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaatttga 32800107  T
Q  997 agaagcaagaagggatcacccaatcatcaactaaagctcaatgtgtttccgctgcaacagataaagaaatttggccagtgaagttt 1082  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32800108 agaagcaagaagggatcacccaatcatcaactaaagctcaatgtgtttccgctgcaacagatacagaaatttggccagtgaagttt 32800193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 883; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 883; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 1082
Target Start/End: Original strand, 45337367 - 45338446
Alignment:
Q  10 gaagaatatgttgaaggtgcctttttggccagcaacaaaggcaaaaatcaaagctttaaaagttttgggaaaaagaagtttccgccgtgtccacattgca 109  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45337367 gaagaaaatgttgaaggtgcctttttggccaacaacaaaggcaaaaatcaaagctttaaaagttttgggaaaaagaagtttccaccgtgtccacattgca 45337466  T
Q  110 aaaaggatactcatttagacaagttttgttggtataggccagaagttaaatgtagagcttgtaaccaacttggtcatgtggagaaggtttgcaaaaacaa 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45337467 aaaaggatactcatttagacaagttttgttggtataggccaggagttaaatgtagagcttgtaaccaacttggtcatgtggagaaggtttgcaaaaacaa 45337566  T
Q  210 aacaaaccagcaggaacaacaagctcgagttgttgagcaccaccaagaagatgaggagcaattgttttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaa 309  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45337567 aacaaaccagcaggaacaagaagcccgagttgttgagcaccaccaagaagatgaggagcaattgttt-aaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaa 45337665  T
Q  310 agaaacatggctaattaatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagnnnnnnnnaaagaacttgatgaatctttttactccaaagttg 409  Q
    |||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  45337666 agaaacatggctaat----agatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagttttttt-aaagaacttgatgaatttttttactccaaagttg 45337760  T
Q  410 tcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttcaggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcc 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45337761 tcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtagctgttgaaactctctcaggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcc 45337860  T
Q  510 tgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcactttaagaatatgaaatgcacaatttttgatctttatgga 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  45337861 tgagataaatcaaagtcttttgagtgttggacaaatgatggagaaaaactattctttgcactttaagaatatgaaatgcacaatttttgatcctgatgga 45337960  T
Q  610 tctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttgcgtgttttttcaaatagagttgatgcaaattttt 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45337961 tctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttgcgtgtttttccaaatagagttgatgcaaattttt 45338060  T
Q  710 tagctcagaaaagaggaactttggatg---acaattatgctagatgcaatattgctatgttagagactgcaaggtatactgaagctgctaattttgaggg 806  Q
     ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45338061 cagctcagaaaagaggaactttggatgacaacaattatgctagatgcaatattgctatgttagagactgcaaggtatactgaagctgctaattttgaggg 45338160  T
Q  807 ttgtaaagttaccatgcaggaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgat----------ttgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaat 896  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||          ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  45338161 ctgtaaagttaccatgcaggaggagaaaaagatcatagaaaaggatgttgattgtaatgttgttgatgcctctctttatgacttgtgtttttttcaaaat 45338260  T
Q  897 gaaagtggatacctcctagattatgcagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgttttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaattcga 996  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  45338261 gaaagtggatacctcctagattatgctgaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgttttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaatttga 45338360  T
Q  997 agaagcaagaagggatcacccaatcatcaactaaagctcaatgtgtttccgctgcaacagataaagaaatttggccagtgaagttt 1082  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  45338361 agaagcaagaagggatcacccaatcatcaactaaagctcaatgtgtttccgctgcaacagatacagaaatttggccagtgaagttt 45338446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 595; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 595; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1082
Target Start/End: Complemental strand, 48026447 - 48025385
Alignment:
Q  18 tgttgaaggtgcctttttggccagcaacaaaggcaaaaatcaaagctttaaaagttttgggaaaaagaagtttccgccgtgtccacattgcaaaaaggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||    
T  48026447 tgttgaaggtgcctttttggccggcaacaaaggcaaaaatcaaagctttaaaatttttgggaaaaagaagtttccaccctgtccacattgcaaaaaagat 48026348  T
Q  118 actcatttagacaagttttgttggtataggccagaagttaaatgtagagcttgtaaccaacttggtcatgtggagaaggtttgcaaaaacaaaacaaacc 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  48026347 actcatttagacaagttttattggtacatgccacaagtttaatgtagagcttgtaaccaactttgtcatttggagaaagtttgcaaaaacaaaacaaacc 48026248  T
Q  218 agcaggaacaacaagctcgagttgttgagcaccaccaagaagatgaggagcaattgttttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaaagaaacat 317  Q
    || ||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  48026247 agtaggaacaacaagcccgagttcttgagtagcaccaagaagatgaggagcaattg-tttaaggctttttgctgtttagcatgtagtagcaaagaaacat 48026149  T
Q  318 ggctaattaatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttag-nnnnnnnnaaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattgg 416  Q
    |||    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||         ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  48026148 ggc----taatagatagtggatgcaccaatcgtatgactaacaatgttagtttttttttaaagaacttgatgaatcattttactccaaagttgtcattga 48026053  T
Q  417 caatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttcaggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagata 516  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  48026052 caatgaacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggaattgtgg-tgttgaaactctctcaggtataaaatatattttagatgttttatttgtgcctgagata 48025954  T
Q  517 aatcaaagtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcactttaagaatatgaaatgcacaatttttgatctttatggatctaaat 616  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||| || | |||||||||    
T  48025953 aattaaagtcttttgagtgttgggcaaatgatggagaaaaaatattctttgcattttaaggatatgaaatgcactattttttatccttctagatctaaat 48025854  T
Q  617 taatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttgcgtgttttttcaaatagagttgatgcaaattttttagctca 716  Q
    | ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||      | || |||||| ||||||||||  |||||    
T  48025853 tgatgattgttgaaatgtgaggcaaaagctttccagtagagtggaagcaaacatccttgtgtgtt------agtaaagttgaagcaaatttttctgctca 48025760  T
Q  717 gaaaagaggaactttggatgacaattatgctagatgcaatattgctatgttagagactgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagtt 816  Q
     ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  48025759 aaaaaagggaactttggatggcaattatgctagatgtaatattgctatgttggagactgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagct 48025660  T
Q  817 accatgcaggaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgat----------ttgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtggat 906  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||     
T  48025659 accatgcataaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgattgtaatgttgttgatgcctctgtttatgacttgtgttt--ttcaagatgaaagtggag 48025562  T
Q  907 acctcctagattatgcagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgttttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaattcgaagaagcaaga 1006  Q
    ||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  48025561 acctcctagtttatgtagatagcgacgatgtcaagattgcttctgattgtgttttttcatttggttgtgttgtgtctggttggaattcaaagaagcaaga 48025462  T
Q  1007 agggatcacccaatcatcaactaaagctcaatgtgtttccgctgcaacagat-aaagaaatttggccagtgaagttt 1082  Q
    | ||||||||||||| |||||||||| | | |||||| ||  ||||||| || ||| ||| ||||||| ||||||||    
T  48025461 acggatcacccaatcttcaactaaagttgagtgtgttaccaatgcaacaaatcaaaaaaacttggccaatgaagttt 48025385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 827 - 1028
Target Start/End: Complemental strand, 48024536 - 48024325
Alignment:
Q  827 aggagaaaaagattatagaaaaggatgttgatt----------tgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtggatacctcctaga 916  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| | |||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||     
T  48024536 aggagaaaaagattatagaaaaggatgttgattgtaatgttgttgatgcctttatctatgacttgtgtgtgtttcaaaatgaaagtggagacctcctagt 48024437  T
Q  917 ttatgcagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgttttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaattcgaagaagcaagaagggatcacc 1016  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  48024436 ttatgcagaaagcgacgatgtcaagactgcttctgattgtgtttttttatttggttgtgttgtgtctggttggaattcaaagaagcaagaacggatcacc 48024337  T
Q  1017 caatcatcaact 1028  Q
    ||||||||||||    
T  48024336 caatcatcaact 48024325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 827 - 1022
Target Start/End: Complemental strand, 48027276 - 48027073
Alignment:
Q  827 aggagaaaaagattatagaaaaggatgttgatt----------tgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtggatacctcctaga 916  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||| || | ||||||||||    
T  48027276 aggagaaaaagattatagaaaaggatgttgattgtaatgttgttgatgcctctgtttatgacttgtgtttt--tcaaaatgaaaatgaagacctcctaga 48027179  T
Q  917 ttatgcagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgttttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaattcgaagaagcaagaagggatcacc 1016  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  48027178 ttatgcagaaagcgacgatgtctagactgcatctgattgtgttttttcatttggttgtgttgtgtccggttggaattcaaagaagcaagaacggatcacc 48027079  T
Q  1017 caatca 1022  Q
    ||||||    
T  48027078 caatca 48027073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 859 - 1032
Target Start/End: Complemental strand, 48025051 - 48024878
Alignment:
Q  859 ttgatgcctctgtctatgacttgtgttttattcaaaatgaaagtggatacctcctagattatgcagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgt 958  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  48025051 ttgatgcctctgtttatgacttgtgtgttttccaaaatgaaagtggagatctcctagtttatgcagaaagtgatgatgtcaagactgcttctgattgtgt 48024952  T
Q  959 tttttcatttggtcatgttgtgtctgattggaattcgaagaagcaagaagggatcacccaatcatcaactaaag 1032  Q
    |||||||||||||  |||||| | ||  | |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48024951 tttttcatttggttgtgttgtatatggatagaattcaaagaaggaagaacggatcacccaatcatcaactaaag 48024878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 583; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 583; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 1055
Target Start/End: Complemental strand, 13110188 - 13109125
Alignment:
Q  10 gaagaatatgttgaaggtgcctttttggccagcaacaaaggcaaaaatcaaagctttaaaagttttgggaaaaagaagtttccgccgtgtccacattgca 109  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | || ||||||||||| |    
T  13110188 gaagaaaatgttgaaggtgcctttttggcaagcaacaaaggcaaaaatcaaagctttaaatgttttgggaaaatgaagttttcaccctgtccacattgta 13110089  T
Q  110 aaaaggatactcatttagacaagttttgttggtataggccagaagttaaatgtagagcttgtaaccaacttggtcatgtggagaaggtttgcaaaaacaa 209  Q
    |||| |||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13110088 aaaaagatattcatttagataagttttgttggtacatgccaggagttaaatgtagagtttgtaatcaacttagtcatgtggagaaggtttgcaaaaacaa 13109989  T
Q  210 aacaaaccagcaggaacaacaagctcgagttgttgagcaccaccaagaagatgaggagcaattgttttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaa 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13109988 aacaaaccagcaggaacaacaagcccgagttgttgagcaccaccaagaagatgaggagcaattg-tttaaggtttcttgctatttagcatgtagtagcaa 13109890  T
Q  310 agaaacatggctaattaatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttagnnnnnnnnaaagaacttgatgaatctttttactccaaagttg 409  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13109889 agaaacatggctaatt----gatagtggatgcaccgatcatacgactaacaatgttag-tttttttaaagagcttgatgaatctttttactccaaagttg 13109795  T
Q  410 tcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttcaggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcc 509  Q
    ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13109794 tcattggtaacagacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtgactgttgaaactcactcaggtataaaatatatttcaaatgttttatttgtgcc 13109695  T
Q  510 tgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcactttaagaatatgaaatgcacaatttttgatctttatgga 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||| || ||||    
T  13109694 tgagataaatcaaagtcttttgagtgttgagcaaatgatggagaaaaaatattctttgcattttaaggatatgaaatgcactattttttatccttttgga 13109595  T
Q  610 tctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttgcgtgttttttcaaatagagttgatgcaaattttt 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||||      | |||||||||  |||||||||    
T  13109594 tctaaattaatgattgttgaaatgagaggcaaaagctttccaatagagtggaagcaaacatccttgcgtgtt------agtagagttgaaacaaattttt 13109501  T
Q  710 tagctcagaaaagaggaactttggatgacaat--------------------tatgctagatgcaatattgctatgttagagactgcaaggtatactgaa 789  Q
     |||||| ||||  | ||||||||||| ||||                    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13109500 cagctcaaaaaaaggaaactttggatggcaattatgctagatgcaatatcgctatgctagatgcaatatcgctatgttagagactgcaaggtatattgaa 13109401  T
Q  790 gctgctaattttgagggttgtaaagttaccatgcaggaggagaaaaagattatagaaaaggatgttgat----------ttgatgcctctgtctatgact 879  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||          ||||||||||||| |||||||    
T  13109400 gctgctaattttgagggttgtaaaattaccatgcatgaggagaaaaagattatagaaaaggatgttaattgtaatgttgttgatgcctctgtttatgact 13109301  T
Q  880 tgtgttttattcaaaatgaaagtggatacctcctagattatgcagaaagcgatgatgtcaagactgcatctgattgtgttttttcatttggtcatgttgt 979  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||   ||||||    
T  13109300 tgtgtgtttttcaaaatgaaagtggagacctcctagattatgcaaaaagcgacgatgtcaagactacatttgattgtgttttttcatttgggtgtgttgt 13109201  T
Q  980 gtctgattggaattcgaagaagcaagaagggatcacccaatcatcaactaaagctcaatgtgtttccgctgcaaca 1055  Q
    ||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| | | |||||| |||||||||||    
T  13109200 gtccggttggaattcaaagaagcaagaacggatcacccaattatcaactaaagttgagtgtgttaccgctgcaaca 13109125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 376 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 11678693 - 11678223
Alignment:
Q  376 aaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttcag 475  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||     
T  11678693 aaagaatttgatgaatctttttactacaaagttgttataggcaatggacaacatcttaaggtcaaagacaaatgagttgtggctattgaaactctttcaa 11678594  T
Q  476 gtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcactttaa 575  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||| || || ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||| |||||| |||||    
T  11678593 gtataaaatatatttctgatattttatttttgtcttagatacatcaaagtcttttgaatgttggacaaatgattgagaaaaactattctttgcaatttaa 11678494  T
Q  576 gaatatgaaatgcacaatttttgatctttatggatctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttccagtggagtggaagaagacatccttg 675  Q
    |||||| |||||||  | |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||||| | |||||||||    
T  11678493 gaatataaaatgcaatagtttttatccttatggatctaaattaatgatttttgaaatgagaggctaaagctttcaagtagagtggaagtaaacatccttg 11678394  T
Q  676 cgtgttttttcaaatagagttgatgcaaattttttagctc-agaaaagaggaactttggatgacaattatgctagatgcaa---tattgctatgttagag 771  Q
    | | ||||| ||| || ||| || | ||||||||  |||| ||||||| | |||||| ||||||| ||||| |||||||||   ||||||| |||||||     
T  11678393 cttatttttccaagtaaagtcgaagaaaatttttcggctcgagaaaag-gtaacttttgatgacatttatgttagatgcaatattattgctttgttagat 11678295  T
Q  772 actgcaaggtatactgaagctgctaattttgagggttgtaaagttaccatgcaggaggagaaaaagattata 843  Q
    || |||||||||||| ||||| || |||||||  | | ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  11678294 accgcaaggtatactaaagctactgattttgattggtttaaagttactatgcaagaggagaaaaatattata 11678223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 10 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 11679448 - 11679096
Alignment:
Q  10 gaagaatatgttgaaggtgcctttttggccagcaacaaaggcaaaaatcaaagctttaaaagttttgggaaaaagaagtttccgccgtgtccacattgca 109  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||| || | || ||||||||    
T  11679448 gaagaaaatgttgaaggtgcttttttggccagctacaaaggcaaaaatcaaagctttaaattttttagtaaaaagaagtttccaccctatctacattgca 11679349  T
Q  110 aaaaggatactcatttagacaagttttgttggtataggccagaagttaaatgtagagcttgtaaccaacttggtcatgtggagaaggtttgcaaaaacaa 209  Q
    | || |||||||||||||| ||| ||| |||||| | |||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11679348 ataatgatactcatttagataaggttttttggtacaagccataagttaaatgcagagcttgtaatcaatttggtcgtgtggagaaggtttgcaaaaacaa 11679249  T
Q  210 aacaaaccagcaggaacaacaagctcgagttgttgagcaccaccaagaagatgaggagcaattgttttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaa 309  Q
    ||||||||| ||||||| | ||||||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||   ||||||||||||| |||||||  |||||||| ||    
T  11679248 aacaaaccaacaggaacgaaaagctcgagtttttgagaaccaccgagaaaatgaggagcaatt-acttaaggcttcttgttatttagtttgtagtagtaa 11679150  T
Q  310 agaaacatggctaattaatagatagtggatgcaccaatcatatgactaacaatgttag 367  Q
     ||||||||||    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||    
T  11679149 tgaaacatggc----taatagatagtggatgcaccaatcatctaactaacattgttag 11679096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 155; Significance: 1e-81; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 376 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 8402494 - 8402217
Alignment:
Q  376 aaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattggcaatggacaacatgttgaggtcaaaggcaaaggagttgtggctgttaaaactctttcag 475  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| |||     
T  8402494 aaagaacttgatgaatctttttactccaaagttgtcattgggaattgactacatgttgatgtcaaaggcaaaggagttatggccgttgaaactctctcaa 8402395  T
Q  476 gtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagtcttttgagtgttgggcaaataatggagaaaaactattttttgcactttaa 575  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||    
T  8402394 gtataaaatatattacagatgttttatttgtgtttgggataaatcaaagtcttttgagtgttggacaaatgatggagaaaaactattctttgcattttaa 8402295  T
Q  576 gaatatgaaatgcacaatttttg--atctttatggatctaaattaatgattgttgaaatgagaggaaaaagctttcca 651  Q
    | ||||| ||||||| ||||||   ||| || || | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  8402294 ggatatggaatgcactatttttttcatccttctgaaactaaattaatgattgttaaaatgagaggcaaaagttttcca 8402217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 157 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 8402679 - 8402514
Alignment:
Q  157 aaatgtagagcttgtaaccaacttggtcatgtggagaaggtttgcaaaaacaaaacaaaccagcaggaacaacaagctcgagttgttgagcaccaccaag 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8402679 aaatgtagagcttgtaaccaacttgttcatttagagaatgtttgcaaaaacaaaacaaaccagtaggaacaacaagcccgagttgttgagcaccaccaag 8402580  T
Q  257 aagatgaggagcaattgttttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaaagaaacatggctaa 323  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  8402579 aagatgaggagcaattg-tttatggcttcttgctatttagtatgttgtagcaaagaaacatggctaa 8402514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 17 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 8405076 - 8404953
Alignment:
Q  17 atgttgaaggtgcctttttggccagcaacaaaggcaaaaatcaaagctttaaaagttttgggaaaaagaagtttccgccgtgtccacattgcaaaaagga 116  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| || || |||||||||||||| ||    
T  8405076 atgttggaggtgcttttttggccagcaacaaaggcaaaaatgaaagctttaaaagttttgag-aaaagaagtttccaccctgcccacattgcaaaaaaga 8404978  T
Q  117 ta--ctcatttagacaagttttgtt 139  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||    
T  8404977 tactctcatttagataagttttgtt 8404953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 69; Significance: 2e-30; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 157 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 24221248 - 24221084
Alignment:
Q  157 aaatgtagagcttgtaaccaacttggtcatgtggagaaggtttgcaaaaacaaaacaaaccagcaggaacaacaagctcgagttgttgagcaccaccaag 256  Q
    ||||||||||  | ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||| || ||||||||||||  |||||||    
T  24221248 aaatgtagagtctttaatcaacttgatcatttggagaaggtttgcaaaaacaaaagaaaccaataggaataacaacctagagttgttgagccgcaccaag 24221149  T
Q  257 aagatgaggagcaattgttttaaggcttcttgctatttagcatgtagtagcaaagaaacatggctaat 324  Q
    |||| ||||| |||||| |||||||||  |||||||| | |  |||||||||||||||||||||||||    
T  24221148 aagaggaggaacaattg-tttaaggct--ttgctattcatctagtagtagcaaagaaacatggctaat 24221084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 444 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 24221010 - 24220929
Alignment:
Q  444 caaaggagttgtggctgttaaaactctttcaggtataaaatatatttcagatgttttatttgtgcctgagataaatcaaagt 525  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||    
T  24221010 caaaggagttgtggctgctcaaactctctaagatataaaatatatttcagatgttttatttatacctgagataaattaaagt 24220929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 11 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 24222078 - 24221965
Alignment:
Q  11 aagaatatgttgaaggtgcctttttggccagcaacaaaggcaaaaatcaaagctttaaaagttttgggaaaaagaagtttccgccgtgtccacattgcaa 110  Q
    ||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||| |||||  |||| ||| || ||||||| ||||||||||||| |||| |  |||||||||||    
T  24222078 aagaaaatgttgaaagtgcttttttgaccagcaacaaagacaaaaggcaaaacttcaatagttttgagaaaaagaagttttcgccct-cccacattgcaa 24221980  T
Q  111 aaaggatactcattt 125  Q
    ||| |||||| ||||    
T  24221979 aaaagatacttattt 24221965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University