View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18667_low_1 (Length: 729)

Name: NF18667_low_1
Description: NF18667
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18667_low_1
NF18667_low_1
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (18-716)||(48911710-48912408)
chr4 (305-712)||(48958264-48958671)
chr4 (271-719)||(48965442-48965887)
chr4 (289-496)||(48962627-48962834)
chr4 (336-664)||(48951399-48951727)
chr4 (558-712)||(48961413-48961567)
[»] scaffold0536 (4 HSPs)
scaffold0536 (18-712)||(5876-6570)
scaffold0536 (18-716)||(9860-10556)
scaffold0536 (21-142)||(827-948)
scaffold0536 (352-507)||(1164-1319)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (271-712)||(12589787-12590231)
chr6 (352-666)||(12483163-12483477)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (304-666)||(13440363-13440725)
chr2 (305-716)||(13448479-13448887)
chr2 (305-509)||(13455154-13455358)
chr2 (576-663)||(13455000-13455087)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (292-680)||(28385483-28385871)
chr5 (292-666)||(12540848-12541222)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (294-666)||(12641122-12641494)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (457-680)||(3417334-3417557)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 667; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 667; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 716
Target Start/End: Original strand, 48911710 - 48912408
Alignment:
Q  18 cacccaccagattgcatcgtcgctgatttcatgtatccttgggttcatgaacttgcaaacaagctacaaattcctagacttgctttcaacggtttctctc 117  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911710 cacccaccagattgcatcgtggctgatttcatgtatccttgggttcatgaacttgcaaacaagctacaaattcctagacttgctttcaacggtttctctc 48911809  T
Q  118 tgtttgctatttgtgccatggaatctgttaaagcacactctctttatgaatctgcttcttttgtaattcctcatcttcctcattctattgccatgaatgc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911810 tgtttgctatttgtgccatggaatctgttaaagcacactctctttatgaatctgcttcttttgtaattcctcatcttcctcattctattgccatgaatgc 48911909  T
Q  218 agcaccaccgaagcagctgagtaaattgttggaagcgcttcttgagacagttttcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911910 agcaccaccgaagcagctgagtaaattattggaagcgcttcttgagacagttttcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggt 48912009  T
Q  318 gaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacaga 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||    
T  48912010 gaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcagaactattcaagagaaggctgaga 48912109  T
Q  418 gaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtca 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  48912110 gaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccaatgtca 48912209  T
Q  518 tttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgac 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  48912210 tttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagaatgac 48912309  T
Q  618 aatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggtt 716  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912310 aatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggtt 48912408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 305 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 48958671 - 48958264
Alignment:
Q  305 tgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaa 404  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||||  ||  ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||    
T  48958671 tgaacttgatggtgaagagtgcatcgaacactacaagaaaatcacgggtcacaaggtttggcatcttggtcctgcttctcttattcgccaaaccattcaa 48958572  T
Q  405 gagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttg 504  Q
    |||||| || |||| ||| | |||| |||||| |||||||| |  ||| |||||||||| |||| |||   | ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  48958571 gagaaatcagagaggggaaatgagaatgttgttagtgtgcatggttgtctgagttggctcaacttgaagagacataactcagtgttgtacatatgctttg 48958472  T
Q  505 gaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacg 604  Q
    |||||  |||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||| |||||| |    
T  48958471 gaagcatatgttatttatctgataaacaactttatgagattgcgtgtgggatagaagcatcaggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaagaaagg 48958372  T
Q  605 gacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgg 704  Q
    ||  ||  | || | |||||||||||||| ||| |||||||| || || || ||||||||||  || ||||||||||| | | |||| |||| ||| |||    
T  48958371 gaaagaagacgagagtgaagaggagaaaggaaagtggttgccgaaaggattcgaagagagaaacattggaaagaagaaaggtttgatcattagggggtgg 48958272  T
Q  705 gctccaca 712  Q
    || |||||    
T  48958271 gccccaca 48958264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 271 - 719
Target Start/End: Complemental strand, 48965887 - 48965442
Alignment:
Q  271 tcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatct 370  Q
    |||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||  || | || | ||  |  ||  |||| || |||||||||||    
T  48965887 tcaaaagtaatggactcattgtcaacaatttcgctgagcttgacggggaagagtacattaaatattatgtgagtagcacgggtcataaggcttggcatct 48965788  T
Q  371 tggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcg 470  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||     
T  48965787 tggtccagcttctcttattcgtaaaactgttcaagagaaagcagagaggggacaagagagtgcagtgagcgtgcaagagtgtttgagttggctcaattcc 48965688  T
Q  471 aaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtc 570  Q
    || | | ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||  |||| || |  ||||||||| ||||||||||||||||| |  || ||||||||| |||    
T  48965687 aagcgacataactcagtgttgtacataagctttggaagcctctgtcgttatcaggataaacagctttatgagattgcgtgtgcaatagaagcatcgggtc 48965588  T
Q  571 acgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattat 670  Q
    | || || ||||||||| ||||    || ||  |||  ||| |||| | ||||||||||||  |||| ||||| |||||||| || ||||||||||  ||    
T  48965587 atgattttatatgggttattccccttaataacgggaaagaggatgagagtgaagaggagaagcaaaagtggttaccaaagggattcgaagagagaaacat 48965488  T
Q  671 cggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttctg 719  Q
     |||   ||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  48965487 tgga---aagaagggtttgattattaggggttgggctccgcaggttctg 48965442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 289 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 48962834 - 48962627
Alignment:
Q  289 ttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttat 388  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  48962834 ttgtcaacaacttcgctgaacttgacggtgaagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatctcggtccagtttctcttat 48962735  T
Q  389 tcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtg 488  Q
    ||||| | |  |||||||||||||| | || ||| | |||||||||||| | || || |||||| || | |||||||| || || | | ||||||| |||    
T  48962734 tcgcaaatccgttcaagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtggtggcttaattcaaagcgacataactcagtg 48962635  T
Q  489 gtgtacat 496  Q
     |||||||    
T  48962634 ttgtacat 48962627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 336 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 48951727 - 48951399
Alignment:
Q  336 tacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttg 435  Q
    ||||||||||| |   ||||||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||||||||| ||| | |||||||  || || |       
T  48951727 tacgagaaaaccatcggtcacaaggcttggcatcttggtccggcctctcttgttcgcaaaactactcaagagaaggcaaatagaggaggggaaagcgaaa 48951628  T
Q  436 tgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaact 535  Q
    |||| |||||  ||| ||||| |||| | |||||||| ||||||||||| ||| | |||||  |||||||||     ||| | ||  | ||||| ||| |    
T  48951627 tgagcgtgcaaaagtatttgaattggttgaactcgaagcaagataactcagtgctttacattagctttggaacaatttgttacttcccagataagcaatt 48951528  T
Q  536 ttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaa 635  Q
     |||||||||||  ||| ||| |||| |||  || | ||||||||||||||||| || ||||||||  ||| |||| | || | ||| |||||||| |||    
T  48951527 gtatgagattgcaagcgcgatagaagaatcaggttatgaattcatatgggttgtcccagaaaagaaggggaaggagaacgagagtgatgaggagaaggaa 48951428  T
Q  636 aaatggttgccaaaggggtttgaagagag 664  Q
    |||||||| || | || ||||||||||||    
T  48951427 aaatggttacccagggagtttgaagagag 48951399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 558 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 48961567 - 48961413
Alignment:
Q  558 gaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttg 657  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| || ||| |||  | | |||| |  |||||||||||||| || |||||||| || || ||||    
T  48961567 gaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaaaaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttgccgaaaggatttg 48961468  T
Q  658 aagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccaca 712  Q
    |||||||||  || | ||||||||||| | |||| |||||||| ||||| |||||    
T  48961467 aagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccaca 48961413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 391; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 712
Target Start/End: Original strand, 5876 - 6570
Alignment:
Q  18 cacccaccagattgcatcgtcgctgatttcatgtatccttgggttcatgaacttgcaaacaagctacaaattcctagacttgctttcaacggtttctctc 117  Q
    |||||||| |||||||| || || |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  5876 cacccaccggattgcattgtggcggatttcttgtttccttgggttgatgaacttgcaaacaagcttcaaattcctagactcagtttcaacggtttctctc 5975  T
Q  118 tgtttgctatttgtgccatggaatctgttaaagcacactctctttatgaatctgcttcttttgtaattcctcatcttcctcattctattgccatgaatgc 217  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  5976 tgtttgcaatttgtgccatagaatctgttaaagcacactctctttatgaatctgcttcatttgtaattcctggtcttcctcattctattgccatgaatgc 6075  T
Q  218 agcaccaccgaagcagctgagtaaattgttggaagcgcttcttgagacagttttcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggt 317  Q
    ||| || ||||||||| ||||| | || |||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  6076 agctccgccgaagcagatgagtgacttattggaagcgcttttggagacggttttcaaaagcaacggaatcattgttaacaatttttctgaacttgacggt 6175  T
Q  318 gaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacaga 417  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||    
T  6176 gaagagtacatcgaacactacgagaaaactacaggtcacaaagcttggcatcttggtccggcttctcttattcgtagaactgttcaagaaaaagcacaga 6275  T
Q  418 gaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtca 517  Q
    | ||| || | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||| |     
T  6276 ggggacaacaaagtgttgtgagtgtgcatgagtgtctgagttggctagactcgaagccagataactcagtgttgtacatatgctttggaagcttatgcct 6375  T
Q  518 tttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgac 617  Q
    |||  |||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||  ||||     
T  6376 tttcccggataaacaactttacgagattgcatgtgggatagaagcatcgggtcacaaattcatatgggttgttcctgagaagaaagggaaagaagatgag 6475  T
Q  618 aatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccaca 712  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||    
T  6476 agtgaagaggagaaaggaaaatggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccaca 6570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 18 - 716
Target Start/End: Original strand, 9860 - 10556
Alignment:
Q  18 cacccaccagattgcatcgtcgctgatttcatgtatccttgggttcatgaacttgcaaacaagctacaaattcctagacttgctttcaacggtttctctc 117  Q
    |||||||| |||||||||||  | |||||  ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  9860 cacccaccggattgcatcgtgacagattttttgtttccttgggttgatgaacttgcaaacaagcttcaaattccaagactctctttcaacggtttctctc 9959  T
Q  118 tgtttgctatttgtgccatggaatctgttaaagcacactctctttatgaatctgcttcttttgtaattcctcatcttcctcattctattgccatgaatgc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  9960 tgtttgctatttgtgccatggaatctgttaaagcacactcactttatggatatgcttcttttgtaattcctggtcttcctcattctattgtcatgaatgc 10059  T
Q  218 agcaccaccgaagcagctgagtaaattgttggaagcgcttcttgagacagttttcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggt 317  Q
    | |||| || |||||| ||||| || | |||| || || | | ||||  |||||||||||| | || ||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  10060 aacaccgcctaagcagatgagtgaaatcttgggagagcgtttggagatggttttcaaaagtcaagggatccttgtcaataattttgtagaacttgacggt 10159  T
Q  318 gaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacaga 417  Q
     || || | |||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| | |||| ||||||||||| || |||    
T  10160 aaatagcacatcgaacactacaagaaaactacgggtcagaaagcttggcatcttagtccagcttatcttgttcgtagaactgttcaagagaaaacagaga 10259  T
Q  418 gaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtca 517  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| | |||||  || ||| ||||||| ||||||||||||| |||| |    
T  10260 gaggagaacagagtgttgtgagtgtgcatgagtgtctgagttggcttaacttgaagcgagata--tcagtgttgtacatttgctttggaagcctatgtta 10357  T
Q  518 tttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgac 617  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| || |||||||  |||| ||||||||||| |||||| |||  ||| ||||     
T  10358 tttttcagataaacaactttatgagattgcgtgcagggtagaagcatcgggttacgaatttgtatgagttgttcctgagaagaaagggaaagagaatgag 10457  T
Q  618 aatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggtt 716  Q
    | | |||||||||||||||||||| | || || || |||||||| ||| |||| | ||||||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||    
T  10458 agtcaagaggagaaagaaaaatggctaccgaaaggatttgaagaaagagttattgcaaagaagaagggtttgattattaagggttgggcccctcaggtt 10556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 142
Target Start/End: Original strand, 827 - 948
Alignment:
Q  21 ccaccagattgcatcgtcgctgatttcatgtatccttgggttcatgaacttgcaaacaagctacaaattcctagacttgctttcaacggtttctctctgt 120  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||  | |  ||||||||  |||| || ||||||||||| || ||||| ||| |||| |||||||||||||| || |    
T  827 ccacctgattgcatcgtagcggattttttattcccttgggtggatgagctggcaaacaagcttcacattccgagatttgccttcaacggtttctcactat 926  T
Q  121 ttgctatttgtgccatggaatc 142  Q
    || | || ||||||||||||||    
T  927 ttaccatatgtgccatggaatc 948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 352 - 507
Target Start/End: Original strand, 1164 - 1319
Alignment:
Q  352 gtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtg 451  Q
    ||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||| |||||| ||| | ||||||||||||| | || |||||| ||||     ||||||||||  |||     
T  1164 gtcacaaggcttggcttcttggcccagcatctcttgttcgcaaaaccactcaagagaaagcaaataggggagaaaagagcacgttgagtgtgcaaaagtt 1263  T
Q  452 tttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaa 507  Q
     || | |||||| ||||| || | ||||||||| ||  | ||||||||||||||||    
T  1264 cttaacttggctcaactcaaagcgagataactcagtactctacatatgctttggaa 1319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 135; Significance: 6e-70; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 271 - 712
Target Start/End: Original strand, 12589787 - 12590231
Alignment:
Q  271 tcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatct 370  Q
    |||||||||| ||| || |||| ||||| || ||||||||||| ||  |||||| | || ||||||| |||||||| ||  ||||||| |||||||||||    
T  12589787 tcaaaagtaatggactcattgttaacaacttcgctgaacttgatggccaagagtgtgtcaaacactatgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatct 12589886  T
Q  371 tggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcg 470  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| | || ||| | |||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||||||    
T  12589887 tggtccagcttctcttattcacaaaactgttcaagagaaagcagataggggaaatgagagtgttgtgaacgtgcaagagtgtctgagttggctaaactcg 12589986  T
Q  471 aaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtc 570  Q
    || | ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||  |||  |||| || ||||||||||||||||||||| |||| || || ||||||||  | |    
T  12589987 aagcgagataactctgtgttgtacatatgctttgggagcatatgctatttctcagataaacaactttatgagatttcgtgtggcatagaagcatcaggcc 12590086  T
Q  571 acgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattat 670  Q
    |||||||| |||||||| |||| || || ||| ||| |||  |||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||| |  || |||||||||||||  ||    
T  12590087 acgaattcgtatgggttattcccgagaaaaaagggaaggaagatgagagtgatgaggataaacaaaaatggttgcctagtggatttgaagagagaaacat 12590186  T
Q  671 cg---gaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccaca 712  Q
     |   |||||||||||| | |||| |||| ||||||||| |||||    
T  12590187 tgggagaaagaagaagggtttgatcattaggggttgggccccaca 12590231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 352 - 666
Target Start/End: Original strand, 12483163 - 12483477
Alignment:
Q  352 gtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtg 451  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||  ||| |||||| |   |||| ||||||| || ||| |||| ||| | |||||||||||||| ||||| |||||    
T  12483163 gtcacaaggcttggcatttaggtccacattcacttatttgtgaaactgttcaagaaaaggcagagaggggaaacgagagtgttgtgagcgtgcatgagtg 12483262  T
Q  452 tttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgc 551  Q
    |   |||||||| ||||| || ||||| || || ||| |||||||||||||||| |||| |||  |||| || |||||||| ||||| || ||| | |||    
T  12483263 tcaaagttggctaaactcaaagcaagaaaattcagtgttgtacatatgctttgggagcctatgcaatttctctgataaacagctttacgaaatttcatgc 12483362  T
Q  552 gggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaagg 651  Q
    || || ||||||||| || |  |||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||  |||| |  || |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  12483363 ggaatagaagcatcgggtaaaaaattcatatgggttgttcctgagaaaaaagggaaggaagatgagagcgatgaggagaaagaaaagtggttgccgaagg 12483462  T
Q  652 ggtttgaagagagaa 666  Q
    | ||||| |||||||    
T  12483463 gatttgaggagagaa 12483477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 99; Significance: 2e-48; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 304 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 13440725 - 13440363
Alignment:
Q  304 ctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattca 403  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||| ||||||| |||||||| ||  ||||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |||||    
T  13440725 ctgaacttgacggagaagagtgcatccaacactatgagaaaaccacgggtcacaaggtttggcatctcggtccaacttctcttattcgtaaaaccattca 13440626  T
Q  404 agagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgcttt 503  Q
    |||||||||| |||| ||| | ||| ||| |||||   ||||||| ||  ||||||||||  ||||  |  ||| |||||||||| |||||||||| |||    
T  13440625 agagaaagcagagaggggaaaggagggtgatgtgaacatgcacgaatgcatgagttggctcgactcagagaaagttaactcggtgttgtacatatgtttt 13440526  T
Q  504 ggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaac 603  Q
    ||||||       |||| || ||||||||||| |||||||| |||||||  || |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||     
T  13440525 ggaagcatcaactatttctctgataaacaactatatgagatggcgtgcgcaatagaagcatctagtcacccattcatatgggttgttcctgagaagaaag 13440426  T
Q  604 ggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 666  Q
    |||  ||  |||| | ||| || ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  13440425 ggaaagaagatgagagtgaggaagagaaagaaaagtggttgccaaagggattcgaagagagaa 13440363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 305 - 716
Target Start/End: Complemental strand, 13448887 - 13448479
Alignment:
Q  305 tgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaa 404  Q
    ||||||||| || |||||||  ||  |||||||||||||| | ||  ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||    
T  13448887 tgaacttgatggagaagagtgcatacaacactacgagaaagccacgggtcacaaggtttggcatcttggtccaacttctcttattcgcaaaactgctcaa 13448788  T
Q  405 gagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttg 504  Q
    |||||| || |||| ||| | ||| ||| ||||| |||||||||| |  ||||||||||  | ||  |   || |||||| ||| |||||||||| ||||    
T  13448787 gagaaatcagagaggggaaatgagggtgctgtgaatgtgcacgagagcctgagttggctcgattcagagagagttaactcagtgttgtacatatgttttg 13448688  T
Q  505 gaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacg 604  Q
    |||||       ||||||| ||||||||||| || ||||| || || | ||| ||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  13448687 gaagcatcaactatttttctgataaacaactatacgagatggcatgtgcgatagaagcatccggtcacccattcatatgggttgttcctgagaagaaagg 13448588  T
Q  605 gacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgg 704  Q
    ||  ||  |||| |  ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||   |||||||| | |||| |||| |||||||    
T  13448587 gaaagaagatgagagcgaagaagagaaagaaaagtggttaccgaagggatttgaagagagaaatatcgg---gaagaagggtttgatcattaggggttgg 13448491  T
Q  705 gctccacaggtt 716  Q
    || |||||||||    
T  13448490 gccccacaggtt 13448479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 305 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 13455358 - 13455154
Alignment:
Q  305 tgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaa 404  Q
    |||| |||| || |||||||  ||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||  |||||    
T  13455358 tgaatttgatggagaagagtgcatccaacactacgaaaaaacaacaggtcacaaggtttggcatattggtccaacttctcttatttgcagaaccgttcaa 13455259  T
Q  405 gagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttg 504  Q
    || ||| || |||| ||| | |||  | |||||| ||| ||||||||  |||| |||||| |||| ||   || |||||| ||  |||||||||| ||||    
T  13455258 gaaaaatcagagaggggaaacgaggtttttgtgaatgtacacgagtgcctgagctggcttgactcaaagagagttaactcagtattgtacatatgttttg 13455159  T
Q  505 gaagc 509  Q
    |||||    
T  13455158 gaagc 13455154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 576 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 13455087 - 13455000
Alignment:
Q  576 ttcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagaga 663  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| |||  ||  |||| |  |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  13455087 ttcatatgggttgttccggagaagaaagggaaagaagatgagagcgaagaggagaaacaaaagtggttgccgaagggatttgaagaga 13455000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 93; Significance: 7e-45; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 292 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 28385871 - 28385483
Alignment:
Q  292 tcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcg 391  Q
    ||||||| |||| ||||||||| || ||||||| | || |||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  28385871 tcaacaactttgttgaacttgatggagaagagtgtgtcaaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatcttggtccaacttcctttattcg 28385772  T
Q  392 cacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtg 491  Q
     | |||| |||||||||||||| |||  ||| |  |||||| |||||| | |||||||||  |||  ||||| || ||  | | || |||||| || |||    
T  28385771 taaaactgttcaagagaaagcagagaagggaaacaagagtgatgtgagcgagcacgagtgcctgaactggctcaaatcacagcgagttaactcagttgtg 28385672  T
Q  492 tacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttc 591  Q
    |||||||| |||||||||  |   ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||   | ||||||||  |||||  |||||||||||||||||    
T  28385671 tacatatgttttggaagcataaaccatttctctgataaacaactatatgagattgcatgcgcagtagaagcatcaggtcacccattcatatgggttgttc 28385572  T
Q  592 ctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaag 680  Q
    |||| |||||| |||  ||  |||| |  ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||  || |||||||||    
T  28385571 ctgagaagaaagggaaagaagatgagatcgaagaagagaaagaaaagtggctgccaaagggatttgaggagagaaacattggaaagaag 28385483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 292 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 12541222 - 12540848
Alignment:
Q  292 tcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcg 391  Q
    ||||||| |||| ||||||||| || ||||||| | || |||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||     
T  12541222 tcaacaactttgttgaacttgatggagaagagtgtgtccaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatcttggtccaacttcttttattca 12541123  T
Q  392 cacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtg 491  Q
     | ||  |||||||||||||||  ||| ||| | ||| ||| || ||| | ||||||||   | || ||||| |||||  | |||| |||||| ||||||    
T  12541122 gaaaaacattcaagagaaagcagggaggggaaatgagggtgctgcgagcgagcacgagtcccttagctggctcaactcacagcaagttaactcagtggtg 12541023  T
Q  492 tacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttc 591  Q
    |||||||| |||||||||  |  |||||| |  || |||||||| ||||||||||| || |   | |||| |  | |||||  |||||||||||||||||    
T  12541022 tacatatgttttggaagcataaatcatttctttgacaaacaactatatgagattgcatgtgcagtagaaggaatgggtcacccattcatatgggttgttc 12540923  T
Q  592 ctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 666  Q
    |||| |||| | |||  ||  |||| | |||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||    
T  12540922 ctgagaagagagggaaagaagatgagactgaagaagagaaagaaaagtggatgccgaagggatttgaggagagaa 12540848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 61; Significance: 8e-26; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 294 - 666
Target Start/End: Original strand, 12641122 - 12641494
Alignment:
Q  294 aacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgca 393  Q
    ||||| |||| ||||||||| |||||||| |  ||| ||||||| |||||||| |   || |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  12641122 aacaactttgttgaacttgatggtgaagattgcatcaaacactatgagaaaaccatgggttacaaggcttggcatcttggtccaacttgtcttattcgca 12641221  T
Q  394 caactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgta 493  Q
     |||| || |||||||| |   ||| ||  | |||||||| || || | |||  ||||| |  ||||||| || || || |||||||| || ||| | ||    
T  12641222 aaacttttgaagagaaatctatgaggggcaatgagagtgtggttagcgcgcataagtgtctaggttggctcaattcaaagcaagataattcagtgttata 12641321  T
Q  494 catatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcct 593  Q
    |||||| ||||| |||   | | |||| || |||||||||||||| ||||||||| |||| || |||   ||  ||||||||||  ||||||||||||||    
T  12641322 catatgttttgggagcatctcttatttctctgataaacaactttacgagattgcgagcggaatagaaaattcaggtcacgaatttgtatgggttgttcct 12641421  T
Q  594 gaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 666  Q
    || |||||| |||   |  |||| | |||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||    
T  12641422 gagaagaaagggaaaaaagatgagagtgaagaggagaaagaaaagtggttgcctaaaggattcgaagagagaa 12641494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 56; Significance: 8e-23; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 457 - 680
Target Start/End: Original strand, 3417334 - 3417557
Alignment:
Q  457 gttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggat 556  Q
    ||||||| |||||  |||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||  |    |||| || ||||||||||| ||||||||||| | ||  ||    
T  3417334 gttggctcaactcacaacaagttaactcagtgttgtacatatgttttggaagcttaaactatttctctgataaacaactatatgagattgcatacgcaat 3417433  T
Q  557 tgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggttt 656  Q
     ||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||| |||||| | |  ||  |||| || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  3417434 agaagcatcgggtcacccattcatatgggttgttcttgagaagaaaggaaaagaagatgagaacgaagaagagaaagaaaagtggttgccgaagggattt 3417533  T
Q  657 gaagagagaattatcggaaagaag 680  Q
    || |||||||  || |||||||||    
T  3417534 gaggagagaaacattggaaagaag 3417557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University