View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18669_low_1 (Length: 697)

Name: NF18669_low_1
Description: NF18669
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18669_low_1
NF18669_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-678)||(25547327-25547985)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 651; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 651; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 678
Target Start/End: Complemental strand, 25547985 - 25547327
Alignment:
Q  20 gttcttttatggttgggtactcagattggatttataaggaaatgtttgatcacttgtctcaggaaagcaaaggcgattgcagtttgtggaatgcccgaat 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25547985 gttcttttatggttgggtactcagattggaattataaggaaatgtttgatcacttgtctcaggaaagcaaaggcgattgcagtttgtggaatgcccgaat 25547886  T
Q  120 gatatcaatggcatgatagatgcagccaagtatgctgatctagcacttcttcttatagacggaagttatggttttgaaatggtgagttctcgattaaaat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25547885 gatatcaatggcatgatagatgcagccaagtatgctgatctagcacttcttcttatagacggaagttatggttttgaaatggtgagttctcgattaaaat 25547786  T
Q  220 tacaggcttctgaatatggtttatacccacgtaaccgtgttacttcgattccaattaatttttcataccagattctttgtttttaaggattttaatttgc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25547785 tacaggcttctgaatatggtttatacccacgtaaccgtgttacttcgattccaattaatttttcataccagattctttgtttttaaggattttaatttgc 25547686  T
Q  320 ttgcaggaaacatttgaatttcttaatattttgcaagttcatgggttcccaaaggtcatgggggtccttacccatcttgatggattcaaggatgttaaaa 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25547685 ttgcaggaaacatttgaatttcttaatattttgcaagttcatgggttcccaaaggtcatgggggtccttacccatcttgatggattcaaggatgttaaaa 25547586  T
Q  420 agttgaggaaaacgaaacaacgactcaaacaccggttttggaccgaaatatacgatggagctaaattgttttacttatcaggccttattcatggaaagta 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25547585 agttgaggaaaacgaaacaacgactcaaacaccggttttggaccgaaatatacgatggagctaaattgttttacttatcaggccttattcatggaaagta 25547486  T
Q  520 agtggttactcgaactctgttttttgattatattgtttcttcttttatgcgggttaatatttgttttctaatctttggtacaagttttacttcgtaatat 619  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25547485 agtggttactcgaactctgttttttgattatattgtttcttcttttatgcgggttaatatttgttttctaatctttggcacaagttttacttcgtaatat 25547386  T
Q  620 tgtctttcctaactgaacaggtatgtcaaacgtgaagttcacaatcttgctcgattcat 678  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25547385 tgtctttcctaactgaacaggtatgtcaaacgtgaagttcacaatcttgctcgattcat 25547327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University