View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1866_low_1 (Length: 490)

Name: NF1866_low_1
Description: NF1866
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1866_low_1
NF1866_low_1
[»] chr3 (28 HSPs)
chr3 (277-482)||(17781118-17781323)
chr3 (275-482)||(15357586-15357793)
chr3 (275-482)||(15600884-15601091)
chr3 (275-482)||(15607429-15607636)
chr3 (275-482)||(6110064-6110271)
chr3 (275-482)||(10572592-10572799)
chr3 (281-482)||(16482483-16482684)
chr3 (277-482)||(10579355-10579560)
chr3 (281-482)||(13211308-13211509)
chr3 (281-482)||(18522669-18522870)
chr3 (275-482)||(13248607-13248814)
chr3 (277-482)||(19089745-19089950)
chr3 (294-482)||(15342219-15342407)
chr3 (281-482)||(18519984-18520182)
chr3 (275-482)||(8490488-8490702)
chr3 (281-482)||(17200184-17200385)
chr3 (277-482)||(32056900-32057105)
chr3 (281-482)||(13516817-13517018)
chr3 (275-436)||(18640792-18640953)
chr3 (277-482)||(1647521-1647730)
chr3 (275-467)||(29924971-29925163)
chr3 (275-467)||(29974124-29974316)
chr3 (295-463)||(16200145-16200313)
chr3 (295-463)||(16200451-16200619)
chr3 (282-482)||(24253388-24253589)
chr3 (381-482)||(17136465-17136566)
chr3 (281-339)||(18534762-18534820)
chr3 (281-322)||(18510928-18510969)
[»] scaffold0234 (2 HSPs)
scaffold0234 (275-482)||(2321-2528)
scaffold0234 (275-482)||(11212-11419)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (10-209)||(24636432-24636631)
chr8 (281-482)||(21940671-21940872)
chr8 (277-482)||(6094125-6094330)
chr8 (281-482)||(22171495-22171694)
chr8 (277-482)||(24642651-24642856)
chr8 (281-476)||(28554889-28555084)
chr8 (277-408)||(24636856-24636987)
chr8 (287-479)||(38232380-38232570)
chr8 (44-111)||(24376763-24376830)
chr8 (296-354)||(2375027-2375085)
chr8 (305-466)||(32872857-32873019)
chr8 (313-376)||(10920234-10920297)
chr8 (371-482)||(14983920-14984030)
[»] chr4 (28 HSPs)
chr4 (275-482)||(19926760-19926967)
chr4 (275-482)||(26970463-26970670)
chr4 (275-482)||(55612683-55612890)
chr4 (275-482)||(868597-868804)
chr4 (275-482)||(5707320-5707527)
chr4 (275-482)||(26963640-26963847)
chr4 (275-482)||(5713948-5714155)
chr4 (275-482)||(10621333-10621540)
chr4 (275-482)||(10628412-10628619)
chr4 (281-482)||(18262218-18262419)
chr4 (281-482)||(28393134-28393335)
chr4 (281-482)||(4426604-4426804)
chr4 (295-482)||(18269093-18269280)
chr4 (287-482)||(8845215-8845410)
chr4 (287-482)||(8858179-8858374)
chr4 (275-390)||(12357136-12357251)
chr4 (283-482)||(20311299-20311499)
chr4 (279-482)||(5668125-5668329)
chr4 (280-482)||(10677555-10677754)
chr4 (280-482)||(10891195-10891394)
chr4 (281-481)||(5616219-5616421)
chr4 (280-482)||(35223575-35223767)
chr4 (301-482)||(21454137-21454319)
chr4 (324-391)||(39074278-39074346)
chr4 (313-474)||(56516094-56516255)
chr4 (412-464)||(39074218-39074270)
chr4 (325-384)||(11161913-11161972)
chr4 (330-429)||(38643968-38644068)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (275-482)||(21330248-21330455)
chr2 (294-482)||(18796525-18796713)
chr2 (282-482)||(18619812-18620011)
chr2 (277-421)||(19692597-19692741)
chr2 (340-467)||(20977957-20978084)
chr2 (309-482)||(36270199-36270373)
chr2 (309-482)||(18822115-18822290)
chr2 (395-482)||(18852059-18852146)
chr2 (446-482)||(12098618-12098654)
chr2 (275-467)||(24471643-24471835)
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (275-482)||(18252030-18252237)
chr1 (275-482)||(18532514-18532721)
chr1 (275-482)||(27131409-27131616)
chr1 (281-482)||(21171233-21171434)
chr1 (281-482)||(27310577-27310778)
chr1 (281-482)||(16359035-16359236)
chr1 (277-482)||(36816633-36816838)
chr1 (275-482)||(3855919-3856126)
chr1 (275-482)||(22657221-22657429)
chr1 (277-482)||(27277557-27277760)
chr1 (309-482)||(12006539-12006712)
chr1 (309-482)||(12014284-12014457)
chr1 (287-482)||(9917918-9918106)
chr1 (277-350)||(30720625-30720698)
chr1 (305-382)||(3403248-3403325)
chr1 (305-382)||(3443494-3443571)
chr1 (78-143)||(20143410-20143475)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (275-482)||(29327784-29327991)
chr7 (275-482)||(11536062-11536269)
chr7 (281-482)||(11542980-11543181)
chr7 (281-482)||(15152449-15152650)
chr7 (281-482)||(15148148-15148349)
chr7 (281-482)||(18561013-18561214)
chr7 (281-482)||(12750832-12751033)
chr7 (277-478)||(12738538-12738739)
chr7 (281-482)||(18257842-18258043)
chr7 (277-463)||(13392153-13392338)
chr7 (297-482)||(2364917-2365101)
chr7 (277-465)||(39111815-39112002)
chr7 (308-467)||(7396221-7396381)
chr7 (349-392)||(3132748-3132791)
chr7 (325-390)||(10234179-10234244)
chr7 (275-307)||(2653207-2653239)
[»] scaffold0390 (2 HSPs)
scaffold0390 (275-482)||(6934-7141)
scaffold0390 (275-482)||(13950-14157)
[»] chr6 (17 HSPs)
chr6 (275-482)||(29308890-29309097)
chr6 (275-482)||(29315850-29316057)
chr6 (281-482)||(16566320-16566521)
chr6 (275-482)||(27381252-27381459)
chr6 (275-482)||(27471635-27471842)
chr6 (281-482)||(17684469-17684670)
chr6 (275-482)||(17691440-17691647)
chr6 (281-482)||(188977-189178)
chr6 (281-482)||(25537159-25537360)
chr6 (281-482)||(11651729-11651930)
chr6 (281-482)||(13359269-13359470)
chr6 (314-482)||(20553587-20553755)
chr6 (277-482)||(27925754-27925961)
chr6 (294-467)||(8509941-8510115)
chr6 (313-482)||(17850495-17850663)
chr6 (282-337)||(31258065-31258120)
chr6 (291-356)||(22259925-22259990)
[»] scaffold0657 (1 HSPs)
scaffold0657 (275-482)||(993-1200)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (275-482)||(18288-18495)
[»] scaffold0433 (1 HSPs)
scaffold0433 (282-482)||(7114-7314)
[»] scaffold0186 (1 HSPs)
scaffold0186 (275-482)||(25990-26197)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (275-482)||(24695466-24695673)
chr5 (275-482)||(18569863-18570070)
chr5 (277-482)||(19707218-19707423)
chr5 (281-482)||(19714498-19714699)
chr5 (279-482)||(22547016-22547219)
chr5 (281-463)||(27347497-27347678)
chr5 (275-384)||(39537962-39538071)
chr5 (281-460)||(17285754-17285933)
chr5 (277-384)||(31886533-31886640)
chr5 (281-460)||(17298907-17299086)
chr5 (341-482)||(18807034-18807175)
chr5 (388-480)||(39538701-39538793)
chr5 (301-391)||(33477389-33477479)
chr5 (325-393)||(11479420-11479489)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (281-482)||(5535-5736)
[»] scaffold0008 (1 HSPs)
scaffold0008 (281-458)||(230365-230541)
[»] scaffold0176 (1 HSPs)
scaffold0176 (275-339)||(8446-8510)
[»] scaffold0565 (1 HSPs)
scaffold0565 (294-325)||(10127-10158)
[»] scaffold0032 (1 HSPs)
scaffold0032 (304-376)||(92194-92267)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 198; Significance: 1e-107; HSPs: 28)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 277 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 17781323 - 17781118
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17781323 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 17781224  T
Q  377 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagact 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17781223 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 17781124  T
Q  477 gatgat 482  Q
    ||||||    
T  17781123 gatgat 17781118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 15357793 - 15357586
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15357793 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagattagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 15357694  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15357693 accccattaaacataaggaacctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 15357594  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  15357593 ctgatgat 15357586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 15601091 - 15600884
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15601091 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 15600992  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15600991 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 15600892  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  15600891 ctgatgat 15600884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 15607636 - 15607429
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15607636 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 15607537  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15607536 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 15607437  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  15607436 ctgatgat 15607429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Original strand, 6110064 - 6110271
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6110064 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 6110163  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6110164 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 6110263  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  6110264 ctgatgat 6110271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 10572799 - 10572592
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10572799 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 10572700  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10572699 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 10572600  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  10572599 ctgatgat 10572592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 16482684 - 16482483
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16482684 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 16482585  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16482584 ttaaacataaggaaactactctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 16482485  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  16482484 at 16482483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 277 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 10579560 - 10579355
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10579560 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgttaaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 10579461  T
Q  377 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagact 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10579460 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 10579361  T
Q  477 gatgat 482  Q
    ||||||    
T  10579360 gatgat 10579355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Original strand, 13211308 - 13211509
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13211308 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 13211407  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13211408 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 13211507  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  13211508 at 13211509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Original strand, 18522669 - 18522870
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18522669 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 18522768  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18522769 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcatttaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 18522868  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  18522869 at 18522870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Original strand, 13248607 - 13248814
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13248607 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 13248706  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13248707 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtattcgtagtcaagctttgttgagaagtgggataacattaaagcatagagactattatgtaggtaga 13248806  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  13248807 ctgatgat 13248814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 277 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 19089950 - 19089745
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19089950 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagattagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 19089851  T
Q  377 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagact 476  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19089850 ccctttaaacataatgaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaatcatagagactattatgtaggtagact 19089751  T
Q  477 gatgat 482  Q
    ||||||    
T  19089750 gatgat 19089745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 294 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 15342407 - 15342219
Alignment:
Q  294 attttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataagga 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15342407 attttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagtttgttcgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataagga 15342308  T
Q  394 aactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 482  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15342307 acctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 15342219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Original strand, 18519984 - 18520182
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  18519984 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 18520083  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18520084 ttaaacataaggaaactattcttaa---atccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 18520180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Original strand, 8490488 - 8490702
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8490488 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 8490587  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagact-------attatgt 467  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||       |||||||    
T  8490588 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactacagacgattatgt 8490687  T
Q  468 aggtagactgatgat 482  Q
    |||||||||||||||    
T  8490688 aggtagactgatgat 8490702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 17200385 - 17200184
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  17200385 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgatacccct 17200286  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17200285 ttaaacataatgaaactattcttaaagtatccgtagttaagctttattgagatgtgtgatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactgatg 17200186  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  17200185 at 17200184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 277 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 32057105 - 32056900
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  32057105 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacatcaagtataactttattgtaagac 32057006  T
Q  377 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagact 476  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  32057005 cccgttaaacataaagaaactattcttaaagtgtccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 32056906  T
Q  477 gatgat 482  Q
     |||||    
T  32056905 aatgat 32056900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Original strand, 13516817 - 13517018
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13516817 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttcatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 13516916  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||    
T  13516917 ttaaacataaggaaacgattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtaggatatcattaaagcacagagactattatgtgggtagactgatg 13517016  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  13517017 at 13517018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 275 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 18640953 - 18640792
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18640953 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 18640854  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtg 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18640853 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtg 18640792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 277 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 1647730 - 1647521
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagta----taacttaattgtg 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    |||||||||||||    
T  1647730 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataattaacttaattgtg 1647631  T
Q  373 agaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggta 472  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||    
T  1647630 agaccccgttaaacataaggaaactatttttaaagtatccgtaatcaagctttattgagaaaagggatataattaaagcatagagactattatgtggata 1647531  T
Q  473 gactgatgat 482  Q
    ||||||||||    
T  1647530 gactgatgat 1647521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 275 - 467
Target Start/End: Original strand, 29924971 - 29925163
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  29924971 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagcccctaaaatagttagtccgtttaatggattattaagtataatttaattgtgag 29925070  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgt 467  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||||| ||| |||  |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  29925071 accccattaaatataaggacattattcttaaaatatatgtagtcaagctttattgtgaagtgagatatcattaaagcatggaggctattatgt 29925163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 275 - 467
Target Start/End: Original strand, 29974124 - 29974316
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  29974124 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagcccctaaaatagttagtccgtttaatggattattaagtataatttaattgtgag 29974223  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgt 467  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||||| ||| |||  |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  29974224 accccattaaatataaggacattattcttaaaatatatgtagtcaagctttattgtgaagtgagatatcattaaagcatggaggctattatgt 29974316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 295 - 463
Target Start/End: Original strand, 16200145 - 16200313
Alignment:
Q  295 ttttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaa 394  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16200145 ttttattttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagttcgtttaatggaacattatgtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggac 16200244  T
Q  395 actattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactatt 463  Q
    | |||||| ||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  16200245 attattcttaaagtattcgtagtcaagatttattgtgaagtgggatatcattaaagcatggagactatt 16200313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 295 - 463
Target Start/End: Original strand, 16200451 - 16200619
Alignment:
Q  295 ttttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaa 394  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||     
T  16200451 ttttattttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattatgtataacttaattgtgagactccaataaacataaggac 16200550  T
Q  395 actattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactatt 463  Q
    | |||||| ||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||| |||  ||||||||    
T  16200551 attattcttaaagtattcgtagtcaagatttattgtgaagtgggatgtcattaaagcatgaagactatt 16200619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 282 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 24253589 - 24253388
Alignment:
Q  282 atttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgaga-cccca 380  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| | || ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||    
T  24253589 atttctttattgattttgttttacttcaaaataataaagtccttagaatagctcgttcgtttgatggaacattaagtatgacttaatcgtgagatcccca 24253490  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    | ||||||||||| |||||||| |||||||  || |||||| |||||||  ||||| | || ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  24253489 tcaaacataaggacactattcttaaagtatatgtggtcaaaatttattgtaaagtgaggtaacattaaagcatagagactattatgtcggtagactaatg 24253390  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  24253389 at 24253388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 381 - 482
Target Start/End: Original strand, 17136465 - 17136566
Alignment:
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17136465 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtgggtagactgatg 17136564  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  17136565 at 17136566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 281 - 339
Target Start/End: Original strand, 18534762 - 18534820
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcc 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18534762 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccatagaatagttagtcc 18534820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 281 - 322
Target Start/End: Original strand, 18510928 - 18510969
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtc 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18510928 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtc 18510969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 2)
Name: scaffold0234
Description:

Target: scaffold0234; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 2528 - 2321
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2528 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 2429  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2428 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 2329  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  2328 ctgatgat 2321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 11419 - 11212
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11419 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 11320  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11319 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 11220  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  11219 ctgatgat 11212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 10 - 209
Target Start/End: Original strand, 24636432 - 24636631
Alignment:
Q  10 attattctctcttcatttcaggagtgcattttcgatgctttagagattcagattgtgtaaaattgtattgtcgacctcctttgaaatcaaagtgtatgta 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24636432 attattctctcttcatttcaggagtgcattttcgatgctttagagattcagattgtgtaaaattgtattgtcgacctcctttgaaatcaaagtgtatgta 24636531  T
Q  110 caaaaccaattgtaaatgcatagcagtgtacacccaagaagattacgggcttacataattttgtattgttacctgttggagtaagccataatagccaatc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24636532 caaaaccaattgtaaatgcatagcagtgtacacccaagaagattatgggcttacataattttgtattgttacctgttggagtaagccataatagccaatc 24636631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Original strand, 21940671 - 21940872
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21940671 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 21940770  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21940771 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 21940870  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  21940871 at 21940872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 277 - 482
Target Start/End: Original strand, 6094125 - 6094330
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6094125 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 6094224  T
Q  377 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagact 476  Q
    ||| |||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| |    
T  6094225 cccgttaaacataaggaaactatttttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatatgggtagagt 6094324  T
Q  477 gatgat 482  Q
    ||||||    
T  6094325 gatgat 6094330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Original strand, 22171495 - 22171694
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171495 catttccttattgattttgttttatttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 22171594  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171595 ttaaacata--gaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtggaatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 22171692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 277 - 482
Target Start/End: Original strand, 24642651 - 24642856
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24642651 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaatcataaagtccctagaattgttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 24642750  T
Q  377 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagact 476  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  24642751 cccgttaaacataaggaaactattcttaaagtattcgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagtatagagactattatgtgggtagact 24642850  T
Q  477 gatgat 482  Q
    ||||||    
T  24642851 gatgat 24642856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 281 - 476
Target Start/End: Original strand, 28554889 - 28555084
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28554889 catttctttattgattttgtttagtttcaaaataataaaatacctaaaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 28554988  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagact 476  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28554989 ttaaacataatgaaactattctaaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 28555084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 277 - 408
Target Start/End: Original strand, 24636856 - 24636987
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 376  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24636856 aagacatttctttcttgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccttttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 24636955  T
Q  377 cccattaaacataaggaaactattctcaaagt 408  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  24636956 cccgttaaacataaggaaactattcttaaagt 24636987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 287 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 38232570 - 38232380
Alignment:
Q  287 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaac 386  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||  |   ||| ||||||||||||  ||| || |||||||||    
T  38232570 tttattgattttgttttatttcaaaataataaa-tctctagaatagttagtctgtttaataaatttttaggtataacttaatcatgacactccattaaac 38232472  T
Q  387 ataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgat 479  Q
     |||  | | |||||| |||||||  |||||||||||||||||  ||||| ||||   ||||| |||| | |||||| ||| |||||||||||    
T  38232471 gtaa-aatagtattcttaaagtatttgtagtcaaactttattgtaaagtgagatagtcttaaagcataaaaactattttgtgggtagactgat 38232380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 111
Target Start/End: Original strand, 24376763 - 24376830
Alignment:
Q  44 atgctttagagattcagattgtgtaaaattgtattgtcgacctcctttgaaatcaaagtgtatgtaca 111  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||||| | |||||||||||||||    
T  24376763 atgctttaaagattcagattgtgtaaaattgttgtgtcgaattcctttgagaccaaagtgtatgtaca 24376830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 296 - 354
Target Start/End: Original strand, 2375027 - 2375085
Alignment:
Q  296 tttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacatt 354  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||  ||||||||||||||    
T  2375027 tttgttttgtttcaaaataataaactccctataataattagtcaatttaatggaacatt 2375085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 305 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 32873019 - 32872857
Alignment:
Q  305 tttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgttta-atggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctc 403  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||  ||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||| | |||| || | |  || | || | |     
T  32873019 tttcaaaataataaagtccttataatagttcatccatttatatagaacattaagtatgacttaattgtgagatctcattgaaaagagtgacaatactatt 32872920  T
Q  404 aaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatg 466  Q
    ||| |||  ||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||    
T  32872919 aaaatatttgtagttaagatttattgtgaagtgggataacatcaaagcatagagactattatg 32872857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 313 - 376
Target Start/End: Original strand, 10920234 - 10920297
Alignment:
Q  313 taataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 376  Q
    ||||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  10920234 taataaaattcctagaataattagtctgtttaatggaacattaagtatgagttaatcgtgagac 10920297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 371 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 14984030 - 14983920
Alignment:
Q  371 tgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtagg 470  Q
    |||||||| |||||||   |||| | |||||| ||||||||  || ||||| ||||||| ||||||||||| |||||| | |||| ||||||||||| ||    
T  14984030 tgagacccaattaaactataggacattattcttaaagtatctataatcaaaatttattgtgaagtgggataacattaaga-atagggactattatgtggg 14983932  T
Q  471 tagactgatgat 482  Q
    |||||| |||||    
T  14983931 tagactaatgat 14983920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 28)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 19926967 - 19926760
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19926967 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 19926868  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19926867 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 19926768  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  19926767 ctgatgat 19926760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Original strand, 26970463 - 26970670
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26970463 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 26970562  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26970563 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagatttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 26970662  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  26970663 ctgatgat 26970670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Original strand, 55612683 - 55612890
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55612683 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 55612782  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  55612783 accccattaaacataaggaaactactctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 55612882  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  55612883 ctgatgat 55612890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Original strand, 868597 - 868804
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  868597 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 868696  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  868697 accccgttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 868796  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  868797 ctgatgat 868804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Original strand, 5707320 - 5707527
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5707320 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 5707419  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5707420 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 5707519  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  5707520 ctgatgat 5707527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Original strand, 26963640 - 26963847
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26963640 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaaatataacttaattgtgag 26963739  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26963740 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagatttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 26963839  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  26963840 ctgatgat 26963847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Original strand, 5713948 - 5714155
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5713948 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagcccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 5714047  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5714048 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 5714147  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  5714148 ctgatgat 5714155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 10621540 - 10621333
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10621540 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctggaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 10621441  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10621440 agcccattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 10621341  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  10621340 ctgatgat 10621333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 10628619 - 10628412
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10628619 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctggaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 10628520  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10628519 agcccattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatattattaaagcatagagactattatgtaggtaga 10628420  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  10628419 ctgatgat 10628412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Original strand, 18262218 - 18262419
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  18262218 catttctttattgattttgtttcgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 18262317  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18262318 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgatgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 18262417  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  18262418 at 18262419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 28393335 - 28393134
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28393335 catttctttattgattttgatttgtttcaaaataataaagtccctaaaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 28393236  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28393235 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactgatg 28393136  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  28393135 at 28393134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 4426804 - 4426604
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4426804 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 4426705  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4426704 ttaaacataagg-aactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactgatg 4426606  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  4426605 at 4426604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 295 - 482
Target Start/End: Original strand, 18269093 - 18269280
Alignment:
Q  295 ttttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaa 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18269093 ttttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaa 18269192  T
Q  395 actattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 482  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18269193 actattctcaaagtatccgtagtcaagctttgatgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatgat 18269280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 287 - 482
Target Start/End: Original strand, 8845215 - 8845410
Alignment:
Q  287 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaac 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  8845215 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagatcccgttaaac 8845314  T
Q  387 ataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 482  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8845315 ataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtcggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtaggctgatgat 8845410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 287 - 482
Target Start/End: Original strand, 8858179 - 8858374
Alignment:
Q  287 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaac 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  8858179 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagatcccgttaaac 8858278  T
Q  387 ataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 482  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8858279 ataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtcggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtaggctgatgat 8858374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 275 - 390
Target Start/End: Original strand, 12357136 - 12357251
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12357136 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 12357235  T
Q  375 accccattaaacataa 390  Q
    ||||||||||||||||    
T  12357236 accccattaaacataa 12357251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 283 - 482
Target Start/End: Original strand, 20311299 - 20311499
Alignment:
Q  283 tttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaag-tataacttaattgtgagaccccat 381  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||| |  ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20311299 tttctttattgattttgttttgttttaaaataataaagtacttataatagttaatatgttcaatggagcattaaggtataacttaattgtgagaccccat 20311398  T
Q  382 taaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatga 481  Q
    |||||||||||| ||| || | |||||||  || ||||| |||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||    
T  20311399 taaacataaggacactgtttttaaagtatttgttgtcaagctttattgtgaagtgagatatcattaaagcatagagactattttgtgggtagattgatga 20311498  T
Q  482 t 482  Q
    |    
T  20311499 t 20311499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 279 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 5668329 - 5668125
Alignment:
Q  279 gacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 378  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||| |||||||| | | ||||| |||||| ||    
T  5668329 gacatttctttgttgattttgttttgtttcaaaataataaagtctctagaataattagtctatttaatggagcattaagtgtgatttaatcgtgaga-cc 5668231  T
Q  379 cattaaacataaggaaactattctcaaag--tatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagact 476  Q
    |||||||   ||||| | |||||| ||||  |||  |||||||| |||||||| |||  | |||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||     
T  5668230 cattaaatgaaaggacattattcttaaagtatatttgtagtcaagctttattgtgaaaagagataacattaaatcatagagactattatgtggatagacc 5668131  T
Q  477 gatgat 482  Q
    ||||||    
T  5668130 gatgat 5668125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 280 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 10677754 - 10677555
Alignment:
Q  280 acatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccc 379  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||| |||| |||||| || ||||||| |||||||||| ||||||| | |||| |||    
T  10677754 acatttttttattgattttcttttgtttcaataaaataaagcccctaaaataattagtctgtataatggagcattaagtatgacttaatcgcgaga-ccc 10677656  T
Q  380 attaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgat 479  Q
    |||||||  || || | |||||| ||||||||||||||||| |||||  | ||| || |||| |||||||  ||| |||||||||||| |||||||||||    
T  10677655 attaaacgaaatgatattattcttaaagtatccgtagtcaagcttta--gtgaaatgagataacattaaagtatatagactattatgtgggtagactgat 10677558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 280 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 10891394 - 10891195
Alignment:
Q  280 acatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccc 379  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||| |||| |||||| || ||||||| |||||||||| ||||||| | |||| |||    
T  10891394 acatttttttattgattttcttttgtttcaataaaataaagcccctaaaataattagtctgtataatggagcattaagtatgacttaatcgcgaga-ccc 10891296  T
Q  380 attaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgat 479  Q
    |||||||  || || | |||||| ||||||||||||||||| |||||  | ||| || |||| |||||||  ||| |||||||||||| |||||||||||    
T  10891295 attaaacgaaatgatattattcttaaagtatccgtagtcaagcttta--gtgaaatgagataacattaaagtatatagactattatgtgggtagactgat 10891198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 281 - 481
Target Start/End: Original strand, 5616219 - 5616421
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||  |||  ||||||||||||| | ||| |||  ||||| |||     
T  5616219 catttctttattcattttgttttgtttcaaaataataaagttcctaaaataattagtctatttcttggaacattaagtctgactaaatcatgagatcccg 5616318  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaa--ctttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactga 478  Q
    ||||||   |||| | |||||| ||||||||||| ||||||   ||||||  ||| |||||||| | |||| ||| |||||||||||||| ||||| |||    
T  5616319 ttaaactagaggacattattcttaaagtatccgttgtcaaaggttttattatgaattgggatattaataaagcattgagactattatgtatgtagattga 5616418  T
Q  479 tga 481  Q
    |||    
T  5616419 tga 5616421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 280 - 482
Target Start/End: Original strand, 35223575 - 35223767
Alignment:
Q  280 acatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccc 379  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| | |||||||          |    
T  35223575 acatttctttgttgattttgttttgttttaaaataataaagtccctagaataattagtctgtttaatggagcattaagtgtgacttaat----------c 35223664  T
Q  380 attaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgat 479  Q
     | ||||  ||||| | |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||  ||   ||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||||| |||    
T  35223665 gtaaaacgaaaggacattattcttaaagtattcgtagtcaagctttattgtaaaaaaggataacattaaagcatatagactattatgtgggtagacggat 35223764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 301 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 21454319 - 21454137
Alignment:
Q  301 tttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacatt-aagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactat 399  Q
    ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||  | ||||||||||||| || | | |||||||  ||||||||||||||  |||| || | |||    
T  21454319 tttgtttcaaagtaataaagttcttagaatagttagtttgattaatggaacattaaaatgtgacttaatattgagaccccattaattataatgacattat 21454220  T
Q  400 tctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 482  Q
    | | ||| ||||  |||||||||||||||| ||| || |||| || |||  |||| ||| ||||||||  ||||| |||||||    
T  21454219 ttttaaaatatctatagtcaaactttattgtgaaatgagataacaataatgcataaagattattatgtgagtagattgatgat 21454137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 324 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 39074346 - 39074278
Alignment:
Q  324 ctagaatagttagtccgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataag 391  Q
    |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||    
T  39074346 ctagaataattagtccgtttaaattgaacattaagtatgacttaatcatgagaccccattaaacataag 39074278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 313 - 474
Target Start/End: Original strand, 56516094 - 56516255
Alignment:
Q  313 taataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaa-actattctcaaagtatc 411  Q
    ||||||||||| |||||||| | ||  |  ||||| |||||||| | | |||||||||||||||  |||||| ||||  ||| | ||||||  |||||||    
T  56516094 taataaagtccttagaatagatggttagagtaatgaaacattaattgtgacttaattgtgagacttcattaa-catatagaacattattcttgaagtatc 56516192  T
Q  412 cgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
      ||||||| |||||||| |||    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56516193 tatagtcaagctttattgtgaataacgatagtattaaaacatagagactattatgtaggtaga 56516255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 412 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 39074270 - 39074218
Alignment:
Q  412 cgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactatta 464  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||    
T  39074270 cgtagtcatactttattgtgaagtgagatatcattaaagcatggagactatta 39074218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 325 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 11161972 - 11161913
Alignment:
Q  325 tagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaa 384  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||  |||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  11161972 tagaatagttaatcagtttaatggaacacaaagtgtgacttaattgtgagactccattaa 11161913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 330 - 429
Target Start/End: Original strand, 38643968 - 38644068
Alignment:
Q  330 tagttagtccgtttaatggaacattaagta-taacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttatt 428  Q
    ||||||||||||| |||| || |||||||| | ||||||||||||||||  ||| || ||||| | |||||| | |||||||   |||||||| ||||||    
T  38643968 tagttagtccgttcaatgaaatattaagtaatgacttaattgtgagaccttattgaatataagaacactattattaaagtatttatagtcaaattttatt 38644067  T
Q  429 g 429  Q
    |    
T  38644068 g 38644068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 21330455 - 21330248
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21330455 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 21330356  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  21330355 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtgga 21330256  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  21330255 ctgatgat 21330248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 294 - 482
Target Start/End: Original strand, 18796525 - 18796713
Alignment:
Q  294 attttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataagga 393  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||    
T  18796525 attttgttttgtttcaaaataacaaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacctcttttaacataagga 18796624  T
Q  394 aactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 482  Q
     | |||||| ||| |||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18796625 tattattcttaaattatctgtagtcaagctttattgtgaagtggtatatcattaaagcattgagactattatgtgggtagactgatgat 18796713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 282 - 482
Target Start/End: Original strand, 18619812 - 18620011
Alignment:
Q  282 atttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccat 381  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| |||||||| | |||||||| ||||| |||||    
T  18619812 atttctttgttgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctataataattagtctgtttaatggagcattaagtgtgacttaattatgaga-cccat 18619910  T
Q  382 taaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatga 481  Q
    |||||| ||||| | |||||| |||||||| || |||||||||||||| |||  ||||||  |||||| |||| |||||||||||| ||||| | |||||    
T  18619911 taaacaaaaggatattattcttaaagtatctgtggtcaaactttattgtgaaaagggataatattaaagcatatagactattatgtgggtaggccgatga 18620010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 277 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 19692741 - 19692597
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  | |||||||  |||||     
T  19692741 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataatgaagtccctagaataattagtctgtttaatggaacattaagcctgacttaatcatgagat 19692642  T
Q  377 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaa 421  Q
    | ||||||||  ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  19692641 ctcattaaactaaaggaaattattcttaaagtatccttagtcaaa 19692597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 340 - 467
Target Start/End: Original strand, 20977957 - 20978084
Alignment:
Q  340 gtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtggga 439  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||  ||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||  |||||||||||| ||||| || |||||| ||    
T  20977957 gtttaatggaacattaagaataatttaatcatgagatcccattaaaaataaggaaattattcttaaaacatccgtagtcaagctttaatgtgaagtgaga 20978056  T
Q  440 tatcattaaaacatagagactattatgt 467  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  20978057 tatcactaaagcatagagactattatgt 20978084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 309 - 482
Target Start/End: Original strand, 36270199 - 36270373
Alignment:
Q  309 aaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaag 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    |||| || ||  |||||| | ||||||| |||||||  ||||||||| || || |||||||| |||     
T  36270199 aaaataataaagtccctagaatagttagtttacttaaatgaaatgttaagtgtgacttaatcgtgagacatcattaaacacaatgacactattcttaaaa 36270298  T
Q  408 tatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 482  Q
     ||||||| |||| ||||| || |||| |||||| |||||||  ||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  36270299 catccgtaatcaagctttagtgtgaagagggataacattaaagtataaagactattgtgtgggtagactgatgat 36270373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 309 - 482
Target Start/End: Original strand, 18822115 - 18822290
Alignment:
Q  309 aaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaa-tggaaca-ttaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaa 406  Q
    ||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||| ||||| | |||||| |  |||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||    
T  18822115 aaaataataaagtctatagaattgttagttcgtttaaatggaaaaattaagtgtggcttaatcgtgagacaccattaaacacaaggacactattcttaaa 18822214  T
Q  407 gtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 482  Q
      ||  ||| |||| ||||| |  ||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||   ||||||||||||    
T  18822215 acatatgtaatcaagctttagtttgaagtgggatatcattaaagcagatagattattatgtcaatagactgatgat 18822290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 395 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 18852146 - 18852059
Alignment:
Q  395 actattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 482  Q
    |||||||| |||||||  |||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||   || |||||||||||| |||||||| |||||    
T  18852146 actattcttaaagtatatgtagtccaactttattgtgaagtaggataacattaaattgtatagactattatgtcggtagactaatgat 18852059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 446 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 12098654 - 12098618
Alignment:
Q  446 taaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 482  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12098654 taaaacatagagactattatgtatgtagactgatgat 12098618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 275 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 24471835 - 24471643
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttg-tttcaaaataat-aaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtg 372  Q
    |||||||||||||||||| || ||  |||| |||| || |||| |||||||||| |||| |||||| ||||||| |  ||||| || | |||||||||||    
T  24471835 acaagacatttctttatt-atgttaatttgttttcgaagtaataaaagtccctaaaatatttagtcggtttaatag-ccattatgtgtgacttaattgtg 24471738  T
Q  373 agaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgt 467  Q
    ||||  ||||  ||||||| | | ||||||  |||||||| ||  |||||| ||||   |||||||||| || |||| |||| ||||||||||||    
T  24471737 agacatcatttgacataagaacattattctttaagtatccatacacaaactctattttaaagtgggataacactaaagcataaagactattatgt 24471643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Original strand, 18252030 - 18252237
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18252030 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 18252129  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18252130 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 18252229  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  18252230 ctgatgat 18252237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 18532721 - 18532514
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18532721 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagttcgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 18532622  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  18532621 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtagataga 18532522  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  18532521 ctgatgat 18532514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 27131616 - 27131409
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27131616 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 27131517  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  27131516 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatttgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtaga 27131417  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  27131416 ctgatgat 27131409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 21171434 - 21171233
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  21171434 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttcatggaacattaaatataacttaattgtgagaccccg 21171335  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  21171334 ttgaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtgggtagactgatg 21171235  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  21171234 at 21171233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 27310778 - 27310577
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  27310778 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccacg 27310679  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27310678 ttgaacataaggaaactattcttaaagtatcagtagtcaagctttattgagaagtggaatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactgatg 27310579  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  27310578 at 27310577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 16359236 - 16359035
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  16359236 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagaataacttaattgtgagaccccg 16359137  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16359136 ttaaacataaggaaactattcttaaagtaaccctagtcaagctttattgagaaatggaatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactgatg 16359037  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  16359036 at 16359035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 277 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 36816838 - 36816633
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36816838 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataatgaagtccctagaatagttcgtctgtttaatggaacattaagtataaattaattgtgagac 36816739  T
Q  377 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagact 476  Q
     || ||||||||||||| | |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  36816738 tccgttaaacataaggacattattcttaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggataccattaaagcatagagactattatgtggatagact 36816639  T
Q  477 gatgat 482  Q
    ||||||    
T  36816638 gatgat 36816633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 3856126 - 3855919
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3856126 acaaggcatttctttgtttattttgttttgtttcaaaataacaaagtccctagaatagttagcccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 3856027  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||| ||| |||  ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| |||||||||| || ||||||    
T  3856026 accccattaaacataaggacattattcttaaaatatttgtagtcaaactttattgtgaagtgggatattattaaagcatggagactattacgtgggtaga 3855927  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  3855926 ctgatgat 3855919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 22657429 - 22657221
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgatttt-gttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtga 373  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22657429 acaagacatttctttattgatttttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtctgtttaatggaacattaaatataacttaattgtga 22657330  T
Q  374 gaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtag 473  Q
    |||||| ||||||||||||| || ||||| ||||| ||  ||||||| |||||||  ||| || |||||||||||| |||||||||||| |||| | |||    
T  22657329 gacccctttaaacataaggacacaattcttaaagtgtctctagtcaagctttattctgaaatgagatatcattaaagcatagagactatcatgtggatag 22657230  T
Q  474 actgatgat 482  Q
    |||||||||    
T  22657229 actgatgat 22657221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 277 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 27277760 - 27277557
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 376  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||| ||| | ||||||| | ||||     
T  27277760 aagacatttctttgttgtttttgttttgtttcaaaataataacgtccctagaataattagtccatttaacggagcatt-agtgtgacttaatcgcgaga- 27277663  T
Q  377 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagact 476  Q
    ||  |||| |  || || | |||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||  |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||     
T  27277662 ccttttaaccgaaatgacattattcttaaagtatccgtagtcaggctttattgtgaaaagggataacattaaagcatagagactattatgtgggtagacc 27277563  T
Q  477 gatgat 482  Q
    ||||||    
T  27277562 gatgat 27277557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 309 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 12006712 - 12006539
Alignment:
Q  309 aaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| |  |||||| |||||||||||| ||||||||||| | |||| | |||      
T  12006712 aaaataataaagtccctagaatagttagtctatttaatggaatattaagtgtgccttaatcgtgagaccccatgaaacataaggacattattattaaaac 12006613  T
Q  409 atccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 482  Q
    || ||||||||| | ||| || |||| |||||| ||||||||| |||||| | ||||||   ||||||||||||    
T  12006612 attcgtagtcaagccttagtgtgaagagggataacattaaaacttagagattgttatgtgcatagactgatgat 12006539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 309 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 12014457 - 12014284
Alignment:
Q  309 aaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagt 408  Q
    |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| || ||| |||||||||||||| ||   |||||| |||      
T  12014457 aaaataataaagtcactagaatacatagtccgtttaatggaatattaagtgtaaattaatcgttagatcccattaaacataatgatgttattcttaaaac 12014358  T
Q  409 atccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 482  Q
    ||||||||| || ||||| || |||| ||||||  |||||| | || |||| ||||||| |||||| |||||||    
T  12014357 atccgtagttaagctttagtgtgaagagggatacgattaaagcgtaaagaccattatgtgggtagaatgatgat 12014284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 287 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 9918106 - 9917918
Alignment:
Q  287 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaac 386  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||       |||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||   ||||  ||||||||     
T  9918106 tttattgattttgttttgttacaaaataataaagtcactt------ttagtttgtttaatcgaacattaagtataacttgatcacgaga-tccattaaat 9918014  T
Q  387 ataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 482  Q
    ||||||| | |||||| ||| ||||  |||| || ||||||||  |||||||||| |||| || |||||||| || ||||| |||||  |||||||    
T  9918013 ataaggacattattcttaaaatatctatagttaagctttattgttaagtgggatagcattgaagcatagagaatactatgtcggtaggttgatgat 9917918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 277 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 30720698 - 30720625
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaa 350  Q
    ||||||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  30720698 aagacatttttttattggttttattttgttttaaaataataaagttcctggaataattagttcgtttaatggaa 30720625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 305 - 382
Target Start/End: Original strand, 3403248 - 3403325
Alignment:
Q  305 tttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccatt 382  Q
    ||||||| ||||||||||  || ||||||||||| | ||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||| ||||    
T  3403248 tttcaaagtaataaagtctataaaatagttagtctgattaatggaatattaagtgtgacttaaatgtgagaccacatt 3403325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 305 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 3443571 - 3443494
Alignment:
Q  305 tttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccatt 382  Q
    ||||||| ||||||||||  || ||||||||||| | ||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||| ||||    
T  3443571 tttcaaagtaataaagtctataaaatagttagtctgattaatggaatattaagtgtgacttaaatgtgagaccacatt 3443494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 78 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 20143475 - 20143410
Alignment:
Q  78 tgtcgacctcctttgaaatcaaagtgtatgtacaaaaccaattgtaaatgcatagcagtgtacacc 143  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||| || ||||| ||||    
T  20143475 tgtcgaactcctttgaaaccaaagtgtatgtacagaaccttttgtaaatgcaaagtagtgttcacc 20143410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Original strand, 29327784 - 29327991
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29327784 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcagtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 29327883  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29327884 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 29327983  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  29327984 ctgatgat 29327991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 11536269 - 11536062
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11536269 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtacaacttaattgtgag 11536170  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11536169 accccattaaacataaggaacctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 11536070  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  11536069 ctgatgat 11536062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 11543181 - 11542980
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11543181 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtcagacccca 11543082  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11543081 ttaaacataaggaacctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 11542982  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  11542981 at 11542980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Original strand, 15152449 - 15152650
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15152449 catttctttattgagtttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 15152548  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15152549 ttaaacatacggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 15152648  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  15152649 at 15152650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Original strand, 15148148 - 15148349
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15148148 catttctttattgagtttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtccgtttgattgaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 15148247  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15148248 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 15148347  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  15148348 at 15148349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Original strand, 18561013 - 18561214
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  18561013 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaactgtgagaccccg 18561112  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18561113 ttaaacattaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactgatg 18561212  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  18561213 at 18561214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Original strand, 12750832 - 12751033
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  12750832 catttctttattgattttgttttgtttcaaagtaataaagtccctagaatagttagtccgtttaatgaaacattaagtataacttaattgtgagacctcg 12750931  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  12750932 ttaaacataaagaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagttggatatcattaaagcatagagactattatgtggatagactgatg 12751031  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  12751032 at 12751033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 277 - 478
Target Start/End: Original strand, 12738538 - 12738739
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 376  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  12738538 aagacatttctttattgattttattttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtttgtttaatgaaacattaattataacttaattgtgagac 12738637  T
Q  377 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagact 476  Q
    |   |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  12738638 cttgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 12738737  T
Q  477 ga 478  Q
    ||    
T  12738738 ga 12738739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 18258043 - 18257842
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18258043 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaataattagtctgtttaatggaacattaagtatgacttaattgtgagacccca 18257944  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    ||||||| ||||| | |||||| |||||||||||||||||  ||| |||  |||| ||||| || |||  |||| |||||||||||| | |||| |||||    
T  18257943 ttaaacacaaggacattattcttaaagtatccgtagtcaagtttttttgttaagtaggataacaataatgcataaagactattatgtggatagattgatg 18257844  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  18257843 at 18257842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 277 - 463
Target Start/End: Original strand, 13392153 - 13392338
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 376  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| | |||||||| |||||||| | ||||||| ||||||     
T  13392153 aagacatttctttgttgactttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaacaattagtctgcttaatggagcattaagtgtgacttaatcgtgaga- 13392251  T
Q  377 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactatt 463  Q
    |||||||||   ||||| | |||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  13392252 cccattaaatgaaaggacattattcttaaagtatcaatagtcaaactttattgtgaaaagggataacattaaaacatagagactatt 13392338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 297 - 482
Target Start/End: Original strand, 2364917 - 2365101
Alignment:
Q  297 ttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaac 396  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  | |||||||||||||||| |  |||||| |||||| ||||||||||  || || |     
T  2364917 ttgttatgtttcaaaataataaagtctctagaataattagtctttctaatggaacattaagtgtggcttaatcgtgagaacccattaaactaaatgacat 2365016  T
Q  397 tattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 482  Q
    |||||| ||| ||| ||||||| ||| |||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||    
T  2365017 tattcttaaaatattcgtagtc-aaccttattgtgaaatgagataacattaaaacatagagactatcatgtgggtcgactgatgat 2365101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 277 - 465
Target Start/End: Original strand, 39111815 - 39112002
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 376  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||  |||||||    ||||    
T  39111815 aagacatttctttattaattttgttttatttcaaaa-aataaagtccctagaatagcgagtccgtttaatgaaacattaagtacgacttaatcacaagac 39111913  T
Q  377 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattat 465  Q
      | ||||||||||||| ||||||   ||| ||| |  |||| | |||||||| |||  |  ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  39111914 atctttaaacataaggacactatttcaaaaatattcacagtccagctttattgtgaaacgaaataacattaaaatatagagactattat 39112002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 308 - 467
Target Start/End: Original strand, 7396221 - 7396381
Alignment:
Q  308 caaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaa 406  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||| ||| |||||| |||    
T  7396221 caaaataaaaatgtcgctagaatagttagttcatttaaatggaacattaagtatgacttaatcttgagaccctattaaacataagaaaattattcttaaa 7396320  T
Q  407 gtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgt 467  Q
      ||  |||||||| | ||| || ||| |  |||   |||||| |||||||||||||||||    
T  7396321 acatatgtagtcaagccttagtgtgaaatacgatgatattaaagcatagagactattatgt 7396381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 349 - 392
Target Start/End: Original strand, 3132748 - 3132791
Alignment:
Q  349 aacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataagg 392  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3132748 aacattaagtgtaacttaattgtgagaccccattaaacataagg 3132791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 325 - 390
Target Start/End: Original strand, 10234179 - 10234244
Alignment:
Q  325 tagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataa 390  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||  |||||  |||||||||||||    
T  10234179 tagaatagttagtccgtttaatgaaccattaaatataacttaatcatgagattccattaaacataa 10234244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 275 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 2653239 - 2653207
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgttt 307  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2653239 acaaggcatttctttattgattttgttttgttt 2653207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 2)
Name: scaffold0390
Description:

Target: scaffold0390; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 7141 - 6934
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7141 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaactgtgag 7042  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7041 accctattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 6942  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  6941 ctgatgat 6934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 14157 - 13950
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14157 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctacaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaactgtgag 14058  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  14057 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtaga 13958  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  13957 ctgatgat 13950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 17)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Original strand, 29308890 - 29309097
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29308890 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 29308989  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29308990 agcccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 29309089  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  29309090 ctgatgat 29309097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Original strand, 29315850 - 29316057
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29315850 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 29315949  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29315950 agcccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 29316049  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  29316050 ctgatgat 29316057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 16566521 - 16566320
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16566521 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 16566422  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16566421 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 16566322  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  16566321 at 16566320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 27381459 - 27381252
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27381459 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 27381360  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27381359 accccattaaacatatggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 27381260  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  27381259 ctgatgat 27381252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 27471842 - 27471635
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27471842 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 27471743  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27471742 accccattaaacatatggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 27471643  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  27471642 ctgatgat 27471635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 17684670 - 17684469
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  17684670 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 17684571  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17684570 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgatgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 17684471  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  17684470 at 17684469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 17691647 - 17691440
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17691647 acaaggcatttctttattgattttgttttctttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 17691548  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  17691547 accccattaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttagtgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtaga 17691448  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  17691447 ctgatgat 17691440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 189178 - 188977
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  189178 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 189079  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  189078 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatttgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactgatg 188979  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  188978 at 188977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 25537360 - 25537159
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  25537360 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaataattagtccgtttaatggaacattaagtataactttattgtgagaccccg 25537261  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25537260 ttaaacataaggaaactattcttaaagtattcgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtagactgatg 25537161  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  25537160 at 25537159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Original strand, 11651729 - 11651930
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11651729 catttctttattgattttgatttgtttcaaaataataaagtccctaaaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 11651828  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11651829 ttaaaaataaggaaactattctaaaagtatcagtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactgatg 11651928  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  11651929 at 11651930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 13359470 - 13359269
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||    
T  13359470 catttatttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagttcgcttaatggagcattaagtataacttaatcgtgaaactcca 13359371  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    ||||||||||  | | |||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| | ||||||| | ||||||||||||| | | ||||||||||    
T  13359370 ttaaacataaaaacattatttttaaagtatccgtagtcaacctttattgtgaaatgggacaacattaaagcgtagagactattatatggatagactgatg 13359271  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  13359270 at 13359269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 314 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 20553755 - 20553587
Alignment:
Q  314 aataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccg 413  Q
    ||||||||| |||| |||| |||||||||||||| || ||||||||  ||||||| |||||| ||||||||| ||||| | | |||||| |||| |||||    
T  20553755 aataaagtctctaggatagctagtccgtttaatgaaatattaagtacgacttaatcgtgagatcccattaaatataagaatattattcttaaagcatccg 20553656  T
Q  414 tagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 482  Q
    |||| ||  ||||||| |||||| ||||  |||||| |||| ||| | |||||| ||||||||||||||    
T  20553655 tagtgaatttttattgtgaagtgagataaaattaaagcataaagatttttatgttggtagactgatgat 20553587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 277 - 482
Target Start/End: Original strand, 27925754 - 27925961
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacat---taagtata--acttaattgt 371  Q
    |||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||  |||||| |||||||   ||||| |   ||||||| ||    
T  27925754 aagacatttctttatttat---gttttgtttcaaaataataaagtccttagaataactagtatgtttaacggaacataattaagtgtgtgacttaatcgt 27925850  T
Q  372 gagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggt 471  Q
    ||||| |||||||||  ||| ||| |||||| ||||||||  |||||||||||||||  ||||||| ||| |||| || || | |||||||||||| | |    
T  27925851 gagactccattaaactaaagaaaattattcttaaagtatctctagtcaaactttatttggaagtggtatagcattgaagcacaaagactattatgtggat 27925950  T
Q  472 agactgatgat 482  Q
    | |||||||||    
T  27925951 aaactgatgat 27925961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 294 - 467
Target Start/End: Original strand, 8509941 - 8510115
Alignment:
Q  294 attttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgaga-ccccattaaacataagg 392  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||  ||| ||||||||||| |||  |||||||| ||||| |||||||||| || |||    
T  8509941 attttattttgttttaaaataataaagtctatagaataattagtctatttgatggaacattatgtacgacttaattatgagacccccattaaatatgagg 8510040  T
Q  393 aaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgt 467  Q
    |   |||| | |||||||  ||||| || |||||||  ||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  8510041 atgatattattaaagtatatgtagttaagctttattatgaaatgagatagcattaaaacataaagactattatgt 8510115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 313 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 17850663 - 17850495
Alignment:
Q  313 taataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggaaactattctcaaagtatcc 412  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||  ||||  |||||||||| |||  |||||||||||| | || |||||| | ||||| |||||||| ||| |||||    
T  17850663 taataaagtccctataatagctagtttgtttgttggaacattatgtaagacttaattgtgatatccaattaaaaacaaggacactattcttaaattatcc 17850564  T
Q  413 gtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 482  Q
     ||||||| |||| ||| |||||   ||| |||| ||  ||| |||||||||| | ||||||||||||||    
T  17850563 atagtcaagcttt-ttgtgaagtcaaataacattcaagtatatagactattatatgggtagactgatgat 17850495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 282 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 31258120 - 31258065
Alignment:
Q  282 atttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagt 337  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  31258120 atttctttattgcttttgttttgtttcaaaataataaagtctctaaaataattagt 31258065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 291 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 22259990 - 22259925
Alignment:
Q  291 ttgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaa 356  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||  |||||| ||||||  ||||||||    
T  22259990 ttgattttgttatgttgcaaaataataaactccctaaaataactagtccatttaatataacattaa 22259925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0657 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 1)
Name: scaffold0657
Description:

Target: scaffold0657; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Original strand, 993 - 1200
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  993 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctaaaatagttagtccgtttaatgaaacattaagtataacttaattgtgag 1092  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1093 accccattaaacataaagaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 1192  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  1193 ctgatgat 1200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Original strand, 18288 - 18495
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18288 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaattgaacattaagtataacttaattgtgag 18387  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18388 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtaga 18487  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  18488 ctgatgat 18495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0433 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0433
Description:

Target: scaffold0433; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 282 - 482
Target Start/End: Original strand, 7114 - 7314
Alignment:
Q  282 atttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccat 381  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7114 atttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatagaacattaagtataacttaattgtgagaccccat 7213  T
Q  382 taaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatga 481  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7214 taaacataatgaaactattctaaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 7313  T
Q  482 t 482  Q
    |    
T  7314 t 7314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186 (Bit Score: 180; Significance: 5e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0186
Description:

Target: scaffold0186; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 26197 - 25990
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26197 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccatttaatggaacattaaatataacttaattgtgag 26098  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  26097 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgaaaagtgggatatcattaaagcatagcgactattatgtaggtaga 25998  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  25997 ctgatgat 25990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 180; Significance: 5e-97; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 24695673 - 24695466
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24695673 acaaggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 24695574  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24695573 accccattaaacataatgaaactattctaaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcaataaagcatagagactattatgtaggtaga 24695474  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  24695473 ctgatgat 24695466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 275 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 18570070 - 18569863
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18570070 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaattgaacattaagtataacttaattgtgag 18569971  T
Q  375 accccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtaga 474  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||    
T  18569970 accccgttaaacataaggaaactactcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtggaatatcattaaagcataaagactattatgttggtaga 18569871  T
Q  475 ctgatgat 482  Q
    ||||||||    
T  18569870 ctgatgat 18569863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 277 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 19707423 - 19707218
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19707423 aagacatttctttattgattttgttttatttcaaagtaataaagtccctagaatagttagtcagtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 19707324  T
Q  377 cccattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagact 476  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  19707323 cccgttaaacataaggaatctattcttaaaatatccgaagtcaagctttattgagaagtaggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagact 19707224  T
Q  477 gatgat 482  Q
    ||||||    
T  19707223 gatgat 19707218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 19714699 - 19714498
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19714699 catttctttattgattttgttttatttcaaagtaataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 19714600  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19714599 ttaaacataaggaatctattcttaaaatatccgaagtcaagctttattgagaagtaggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactgatg 19714500  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  19714499 at 19714498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 279 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 22547219 - 22547016
Alignment:
Q  279 gacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 378  Q
    ||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||||  | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |     
T  22547219 gacatttatttattcattttgttttattttaaaataataaaaccgctataatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaatcgtgagatct 22547120  T
Q  379 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactga 478  Q
    ||||||| ||| ||| | |||| | ||||||| || ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||    
T  22547119 cattaaatatatggacattatttttaaagtattcgcagtcaaactttattgtgaagtgagataacattaaaatatagagactattatgtggatagaccga 22547020  T
Q  479 tgat 482  Q
    ||||    
T  22547019 tgat 22547016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 281 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 27347678 - 27347497
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||| |||||||| | ||||||| |||||| ||||    
T  27347678 catttctttgttgattttgttttgattcaaaataataaagtccttagaataattaatctgtttaatggagcattaagtgtgacttaatcgtgaga-ccca 27347580  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactatt 463  Q
    ||||||  ||||| | |||||| |||||||  |||||||| |||||||| |||  |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  27347579 ttaaacgaaaggacattattcttaaagtatatgtagtcaagctttattgtgaaaagggataacattaaagcatagagactatt 27347497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 275 - 384
Target Start/End: Original strand, 39537962 - 39538071
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 374  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39537962 acaagccatttctttaatgattttgttttgtttcaaaatggttaagtccttagaatagttggttcgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgag 39538061  T
Q  375 accccattaa 384  Q
    ||| ||||||    
T  39538062 acctcattaa 39538071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 281 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 17285933 - 17285754
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||| |||| |    
T  17285933 catttatttattgattttgttatgtttcaaaataataatctccagagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtgtgacttaatcgtgaaacccta 17285834  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagact 460  Q
     |||||  || || | |||||| ||||||| | ||||| | |||||||| ||| |||||||  |||||| |||| |||||    
T  17285833 gtaaactaaatgacattattcttaaagtattcatagtcgatctttattgtgaattgggatagtattaaagcatatagact 17285754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 277 - 384
Target Start/End: Original strand, 31886533 - 31886640
Alignment:
Q  277 aagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 376  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| | |||||| |||||| |||||  ||||||| |||||||    
T  31886533 aagacatttctttagtgattttgttttgtttcaaattaataaagtccttagaataattagttcatttaattgaacatcaagtacgacttaatcgtgagac 31886632  T
Q  377 cccattaa 384  Q
     |||||||    
T  31886633 tccattaa 31886640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 281 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 17299086 - 17298907
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||  |||||||||  |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||| |||| |||| |    
T  17299086 catttatttattgattttgttatgtttataaataataatatccagagaatagttagtccgattaatggaacattaagtgcgacttaatcgtgaaacccta 17298987  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagact 460  Q
     |||||  || || | |||||| ||||||| | ||||| | ||||||||  ||||||||||  |||||| |||| |||||    
T  17298986 gtaaactaaatgacattattcttaaagtattcatagtcgatctttattgttaagtgggatagtattaaagcatatagact 17298907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 341 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 18807175 - 18807034
Alignment:
Q  341 tttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataa-ggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtggga 439  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| |||||||| |||| ||| | |||||| ||||||||  ||||||| | |||||| |||||  ||    
T  18807175 tttaatggaacattaagtgtgacttaatcgtgagacaccattaaa-ataatggacattattcttaaagtatctatagtcaagcgttattgtgaagtaaga 18807077  T
Q  440 tatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 482  Q
    || || |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  18807076 taacaataaagcatagagactattatgcgggtagactgatgat 18807034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 388 - 480
Target Start/End: Original strand, 39538701 - 39538793
Alignment:
Q  388 taaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    |||||| |||||||| ||| ||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  39538701 taaggacactattcttaaaatatccatagttaagctttattgtgaagtgggatatcattaaagcatgaagactattatgtgggtagactgatg 39538793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 301 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 33477479 - 33477389
Alignment:
Q  301 tttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataag 391  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | | |||||||| |||||||| | |  |||| |||||||| |||||| ||||||    
T  33477479 tttgtttcaaaataataaagtccttacaatagttaggctgattaatggatcattaagtgtgatctaatcgtgagacctcattaatcataag 33477389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 325 - 393
Target Start/End: Original strand, 11479420 - 11479489
Alignment:
Q  325 tagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc-cattaaacataagga 393  Q
    ||||||| |||||  |||||||| || ||||||| | |||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  11479420 tagaataattagtgtgtttaatgaaatattaagtgtgacttgattgtgagaccctcattaaacataagga 11479489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 158; Significance: 7e-84; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 281 - 482
Target Start/End: Original strand, 5535 - 5736
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5535 catttctttattgatttatttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 5634  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 480  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  5635 ttaaacataaggaaattattcttaaagtatatgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtgggtagactgatg 5734  T
Q  481 at 482  Q
    ||    
T  5735 at 5736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 130; Significance: 4e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 281 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 230541 - 230365
Alignment:
Q  281 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  230541 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagttcttataatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccc- 230443  T
Q  381 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaaacatagaga 458  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  230442 ttaaacataaggaaaccattcttaaagtatttgtagtcaagatttattgagaagtgggatatcattaaagcatagaga 230365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0176 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0176
Description:

Target: scaffold0176; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 275 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 8510 - 8446
Alignment:
Q  275 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcc 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8510 acaagacatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcc 8446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0565 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0565
Description:

Target: scaffold0565; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 294 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 10158 - 10127
Alignment:
Q  294 attttgttttgtttcaaaataataaagtccct 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10158 attttgttttgtttcaaaataataaagtccct 10127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 304 - 376
Target Start/End: Original strand, 92194 - 92267
Alignment:
Q  304 gtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagac 376  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||  ||||   ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  92194 gttttaaagtaataaagtctctagaatatctagttattttaaatggaacattaagtataacttaatcgtgagac 92267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University