View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF18671_low_5 (Length: 463)
Name: NF18671_low_5
Description: NF18671
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18671_low_5 |
 | |
|
| [»] scaffold0340 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0113 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 162 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 9708431 - 9708145
Alignment:
| Q |
162 |
gtcttcttccgtcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccacc |
261 |
Q |
| |
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|
|
| T |
9708431 |
gtcttcttcccccgttaggattcaaaggaatggtaataatattatattatgtatatttcattatgtttttttaagagaataaaaaaacatgatagccacc |
9708332 |
T |
|
| Q |
262 |
atccttttaatctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatat |
361 |
Q |
| |
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|
|
| T |
9708331 |
atccttttgatctctaatggggttaaggacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatat |
9708232 |
T |
|
| Q |
362 |
tcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9708231 |
tcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgtcaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
9708145 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 162 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 15830412 - 15830126
Alignment:
| Q |
162 |
gtcttcttccgtcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccacc |
261 |
Q |
| |
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|
|
| T |
15830412 |
gtcttcttcccccgttaggattcaaaggaatggtaataatattatattatgtatatttcattatgtttttttaagagaataaaaaaacatgatagccatc |
15830313 |
T |
|
| Q |
262 |
atccttttaatctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatat |
361 |
Q |
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|
|
| T |
15830312 |
atccttttgatctctaatggggttaaggacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatat |
15830213 |
T |
|
| Q |
362 |
tcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
15830212 |
tcttgaattttgaacattattgtagggtttaccaaatactgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttatatatcgtcaa |
15830126 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 174 - 448
Target Start/End: Original strand, 36207595 - 36207871
Alignment:
| Q |
174 |
cgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnn--catgatagccaccatccttttaa |
271 |
Q |
| |
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||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
36207595 |
cgttatgattcaaaggaatggtaataatattatattatctatatttcattatgtttttttaagagaataaaaaaaaacatgatagccaccatccttttga |
36207694 |
T |
|
| Q |
272 |
tctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatattcttgagttt |
371 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36207695 |
tctctaatggggtgaagaacaacttgaaaatgaaaaaacaacatccgatgttggaacaaagaaatgcttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttt |
36207794 |
T |
|
| Q |
372 |
tgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||| || ||||||||| ||||||| |||||| |
|
|
| T |
36207795 |
tgaacattattgtagggtttgccaaatactgcgaatttgttctaccatactgccaatatatgattgtataccgtcaa |
36207871 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 321 - 396
Target Start/End: Original strand, 4646818 - 4646893
Alignment:
| Q |
321 |
gttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaa |
396 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4646818 |
gttggaataaagaaatgcgtttatgtttgttttgtaaatatttttgagttttaaacattattgtagggtttaccaa |
4646893 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 183; Significance: 8e-99; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 162 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 14103377 - 14103093
Alignment:
| Q |
162 |
gtcttcttccgtcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccacc |
261 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
14103377 |
gtcttcttcccccgttaggattcaaaggaatgataataatattatattatgtatatttcattatg--tttttaagagaataaaaaaacatgatagccacc |
14103280 |
T |
|
| Q |
262 |
atccttttaatctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatat |
361 |
Q |
| |
|
||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
14103279 |
atcattttgatctctaatggggttaaggacaacttgcaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatat |
14103180 |
T |
|
| Q |
362 |
tcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14103179 |
tcttgagttttgaacattattgtagggtttacaaaatactgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
14103093 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 162 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 14413394 - 14413110
Alignment:
| Q |
162 |
gtcttcttccgtcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccacc |
261 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
14413394 |
gtcttcttcccccgttaggattcaaaggaatgataataatattatattatgtatatttcattatg--tttttaagagaataaaaaaacatgatagccacc |
14413297 |
T |
|
| Q |
262 |
atccttttaatctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatat |
361 |
Q |
| |
|
||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
14413296 |
atcattttgatctctaatggggttaaggacaacttgcaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatat |
14413197 |
T |
|
| Q |
362 |
tcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14413196 |
tcttgagttttgaacattattgtagggtttacagaatactgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
14413110 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 162 - 448
Target Start/End: Original strand, 26832157 - 26832446
Alignment:
| Q |
162 |
gtcttcttccgtcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgctttttt--aagagaatnnnnnnncatgatagcca |
259 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
26832157 |
gtcttcttcccccgttaggattcaaaggaattgtaataattttatattatgtatatttcattatatttttttttaagagaataaaaaaacatgatagcca |
26832256 |
T |
|
| Q |
260 |
ccatccttttaatctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnn-caacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaa |
358 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
26832257 |
ccatccttttgatctctaatggggttaaggacaacttaaaaaagaaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaa |
26832356 |
T |
|
| Q |
359 |
tattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26832357 |
tattcttgagttttgaaaattattgtagggtttatcaaatactgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
26832446 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 174 - 448
Target Start/End: Original strand, 36898028 - 36898304
Alignment:
| Q |
174 |
cgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgctttttt-aagagaatnnnnnnncatgatagccaccatccttttaat |
272 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||| || |
|
|
| T |
36898028 |
cgttaggattcaaaggaatgttgataatattatattatgtatatttcattatgttttttttaagagaataaaaaaacatgatagccacaatccctttgat |
36898127 |
T |
|
| Q |
273 |
ctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnn-caacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatattcttgagttt |
371 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
36898128 |
ctctaatggggttaaggataacttgaaaaagaaaaaaacaacatttgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgttaatattcttgagttt |
36898227 |
T |
|
| Q |
372 |
tgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36898228 |
tgaacattattgtagggtttaccaaatactgccaatttcttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
36898304 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 310 - 441
Target Start/End: Original strand, 15753003 - 15753134
Alignment:
| Q |
310 |
caacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaattt |
409 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| |
|
|
| T |
15753003 |
caacatctgatgttggaacaaagaaatgcttttatgtttgttttgtaactattcttgagttttgaacattattgtagggtttacaaaatactgtcaattt |
15753102 |
T |
|
| Q |
410 |
gttctacaatattgtcaatatatggttgtata |
441 |
Q |
| |
|
||||||| ||| | ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15753103 |
gttctaccatacttccaatatatggttgtata |
15753134 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 406 - 448
Target Start/End: Original strand, 36898331 - 36898373
Alignment:
| Q |
406 |
atttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36898331 |
atttcttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
36898373 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 174 - 226
Target Start/End: Original strand, 15752861 - 15752913
Alignment:
| Q |
174 |
cgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatg |
226 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||| || || |||||||| |||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
15752861 |
cgttaggattgaaaggagtggtaataatattatattatttatatttcattatg |
15752913 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 182; Significance: 3e-98; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 162 - 448
Target Start/End: Original strand, 1614465 - 1614751
Alignment:
| Q |
162 |
gtcttcttccgtcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccacc |
261 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
1614465 |
gtcttcttcccccgttaggattcaaaggaatggtaataatattatattatatatatttcattatgtttttttaagagaataaaaaaacatgatagccacc |
1614564 |
T |
|
| Q |
262 |
atccttttaatctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatat |
361 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
1614565 |
atccttttgatctctaatggggttaaggacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaattacttttatgtttgttttgtaaatat |
1614664 |
T |
|
| Q |
362 |
tcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
1614665 |
tcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatactgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttatatatcgtcaa |
1614751 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 174 - 448
Target Start/End: Original strand, 56443764 - 56444038
Alignment:
| Q |
174 |
cgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatccttttaatc |
273 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||| |
|
|
| T |
56443764 |
cgttaggattcaaaggaatggtaataaaattatattatgtatatttcattatgtttttttaagagaataaaaaaacatgataaccaccatcttttttatc |
56443863 |
T |
|
| Q |
274 |
tctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatattcttgagttttg |
373 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
56443864 |
tctaacggggttaaggacagcttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaaaaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttg |
56443963 |
T |
|
| Q |
374 |
aacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
56443964 |
aacattattgtagggtttaccaaatactgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
56444038 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 162 - 448
Target Start/End: Original strand, 55083050 - 55083319
Alignment:
| Q |
162 |
gtcttcttccgtcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccacc |
261 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |
|
|
| T |
55083050 |
gtcttcttcccccgttaggattcaaaggaaaggtaataatattatattatgtatatttcattatgtttttttta-----------------atagccacc |
55083132 |
T |
|
| Q |
262 |
atccttttaatctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatat |
361 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
55083133 |
atccttttgatctctaatggggttaaagacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatat |
55083232 |
T |
|
| Q |
362 |
tcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
55083233 |
tcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgctaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
55083319 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 174 - 416
Target Start/End: Original strand, 48083585 - 48083827
Alignment:
| Q |
174 |
cgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatccttttaatc |
273 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| |
|
|
| T |
48083585 |
cgttaggattgaaaggaatagtaataatattatattatgtatatttcattatgtttttttaagagaataaaaaaacatgatagccaccaaccttttgatc |
48083684 |
T |
|
| Q |
274 |
tctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatattcttgagttttg |
373 |
Q |
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| T |
48083685 |
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48083784 |
T |
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| Q |
374 |
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416 |
Q |
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| T |
48083785 |
aacattatcgtagggtttatcaaatactgtcaatttgttctac |
48083827 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 249 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 42259753 - 42259554
Alignment:
| Q |
249 |
catgatagccaccatccttttaatctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtct |
348 |
Q |
| |
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|
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| T |
42259753 |
catgataaccaccatccttttgatctctaatggggtggaggacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttgaaacaaaaaaatgtttttatgttt |
42259654 |
T |
|
| Q |
349 |
gttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
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| T |
42259653 |
gttttgtaaatattcttgagttttgaacattagtgttgggtttaccaaatattgccaatttgttctactatactgcaaatatatgattgtataccgtcaa |
42259554 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 163 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 54627584 - 54627300
Alignment:
| Q |
163 |
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262 |
Q |
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| T |
54627584 |
tcttcttcccccgttaggattcaaaggaatggtaataatattatattatgtatatttcattatg-ttttttaagagaataaaaaaatatgatagccacca |
54627486 |
T |
|
| Q |
263 |
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362 |
Q |
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| T |
54627485 |
tccttttgatctctaatggggttaaggacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatatt |
54627386 |
T |
|
| Q |
363 |
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448 |
Q |
| |
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| T |
54627385 |
cttgagtttttaacattattgtagggtttactaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
54627300 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 176 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 32751232 - 32750960
Alignment:
| Q |
176 |
ttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatccttttaatctc |
275 |
Q |
| |
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| T |
32751232 |
ttaggattcaaaggaatggtaataatattatattatgtatatttcattttgtttttttaagagaataaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctc |
32751133 |
T |
|
| Q |
276 |
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375 |
Q |
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| T |
32751132 |
taatggggttaaggacaacttaaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattgttgagttttgaa |
32751033 |
T |
|
| Q |
376 |
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448 |
Q |
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| T |
32751032 |
cattattgtagggtttaccaaatactgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtataccgtcaa |
32750960 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 174 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 24782622 - 24782351
Alignment:
| Q |
174 |
cgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatccttttaatc |
273 |
Q |
| |
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| T |
24782622 |
cgttaggattcaaaagaatggtaataatattatattatgtaaatttcattatgtttttttaaaagaataaaaaaatatgatagccaccatcattttgatc |
24782523 |
T |
|
| Q |
274 |
tctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatattcttgagttttg |
373 |
Q |
| |
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| T |
24782522 |
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24782426 |
T |
|
| Q |
374 |
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448 |
Q |
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| T |
24782425 |
aacattattgtagggtttaccaaatactgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
24782351 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 162 - 444
Target Start/End: Original strand, 20819846 - 20820131
Alignment:
| Q |
162 |
gtcttcttccgtcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgctttttt---aagagaatnnnnnnncatgatagcc |
258 |
Q |
| |
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| T |
20819846 |
gtcttcttcccccgttaggattcaaaggaatggtaataatattatattatgtatatttcattatgttttttttttaagagagtaaaaaaacatgatagcc |
20819945 |
T |
|
| Q |
259 |
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358 |
Q |
| |
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| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |
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| T |
20819946 |
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20820045 |
T |
|
| Q |
359 |
tattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcg |
444 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
20820046 |
tattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatactgtcaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcg |
20820131 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 162 - 448
Target Start/End: Original strand, 35235467 - 35235753
Alignment:
| Q |
162 |
gtcttcttccgtcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccacc |
261 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
35235467 |
gtcttcttcccccgttaggattcaaatgaatggtaataaaattatattatgtatatttcattatgtttttttaagagaataaaaaaacatgatagccacc |
35235566 |
T |
|
| Q |
262 |
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361 |
Q |
| |
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| T |
35235567 |
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35235666 |
T |
|
| Q |
362 |
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448 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
35235667 |
tcttgagttttgaacattattgtagggtataccaaatactgccaatttgttctataatactgtcaagatatgattgtatatcgtcaa |
35235753 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 162 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 40066049 - 40065763
Alignment:
| Q |
162 |
gtcttcttccgtcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnn-catgatagccac |
260 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| |
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|
| T |
40066049 |
gtcttcttcccccgttaggattcaaagaaatggtaataaaattatattatgtatatttcatt-tctttttttaagagaataaaaaaaacatgatagccac |
40065951 |
T |
|
| Q |
261 |
catccttttaatctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaata |
360 |
Q |
| |
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| T |
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catctttttgatctctaatggggttaaggacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaacaaatacttttatgtttgttttgtaaata |
40065851 |
T |
|
| Q |
361 |
ttcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
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|
| T |
40065850 |
ttcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatactgccaatttattctacaatacggtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
40065763 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 162 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 54602681 - 54602400
Alignment:
| Q |
162 |
gtcttcttccgtcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccacc |
261 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
54602681 |
gtcttcttcccccgtaaggattcaaagaaatggtaataatattatattatgtatatttcattatgtttttttaagagaataaaaaaacatgatagccacc |
54602582 |
T |
|
| Q |
262 |
atccttttaatctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatat |
361 |
Q |
| |
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|
| T |
54602581 |
atccttttgatctctaatggggttaagaacaacttgaaaaagaaaaaacaacat-----gttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatat |
54602487 |
T |
|
| Q |
362 |
tcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
54602486 |
ttttgagatttgaacattattgtaggatttaccaaatactgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
54602400 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 311 - 448
Target Start/End: Original strand, 35234489 - 35234626
Alignment:
| Q |
311 |
aacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttg |
410 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |
|
|
| T |
35234489 |
aacatctgatgttggaacaaagaaatgcttttgtgtttgttttgtaaatactcttgagttttgaacattattgtagggtttacaaaatactgccaatttg |
35234588 |
T |
|
| Q |
411 |
ttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
||| || ||| || ||||||||| ||||||| |||||| |
|
|
| T |
35234589 |
ttcgaccataatgccaatatatgattgtataccgtcaa |
35234626 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 319 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 40009632 - 40009555
Alignment:
| Q |
319 |
atgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaa |
396 |
Q |
| |
|
||||||||| ||| |||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
40009632 |
atgttggaataaataaatgcatttatgtttgttttgtaaatattcttgagttgtgaacattattgtaggatttaccaa |
40009555 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 174 - 241
Target Start/End: Original strand, 35234376 - 35234442
Alignment:
| Q |
174 |
cgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaat |
241 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
35234376 |
cgttaggattcaaatgaatggtaataatattatattatgtatagttcattat-tttttttaagagaat |
35234442 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0340 (Bit Score: 178; Significance: 8e-96; HSPs: 1)
Name: scaffold0340
Description:
Target: scaffold0340; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 174 - 448
Target Start/End: Original strand, 1934 - 2208
Alignment:
| Q |
174 |
cgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatccttttaatc |
273 |
Q |
| |
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|
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| T |
1934 |
cgttaggattcaaaggaatggtaataatattatatgatgtatatttcattatgtttttttaagagaataaaaaaacatgatagccaccatccttttgatc |
2033 |
T |
|
| Q |
274 |
tctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatattcttgagttttg |
373 |
Q |
| |
|
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|
| T |
2034 |
tctaatggggttaaggacaacttgaaaaagaaaaagcaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttg |
2133 |
T |
|
| Q |
374 |
aacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
2134 |
aacattattgtagggtttaccaaatactgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcatcaa |
2208 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 165 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 16834922 - 16834639
Alignment:
| Q |
165 |
ttcttccgtcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatc |
264 |
Q |
| |
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|
| T |
16834922 |
ttcttcccccgttaggattcaaaggaatggtaataatattatattatgtatatttcattatgtttttttaagagaataaaaaaacattatagccaccatc |
16834823 |
T |
|
| Q |
265 |
cttttaatctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatattct |
364 |
Q |
| |
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| T |
16834822 |
cttttgatctctaatggggttaaggacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatatttt |
16834723 |
T |
|
| Q |
365 |
tgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
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|
| T |
16834722 |
tgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatagtgcctatttgttcaacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
16834639 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 173 - 448
Target Start/End: Original strand, 19075938 - 19076213
Alignment:
| Q |
173 |
tcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatccttttaat |
272 |
Q |
| |
|
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| T |
19075938 |
tcgttaggattcaaaggaatggtaataatattatattatgtatatttcattatgtttttttatgagaataaaaaaacatgatagccaccatccttttgat |
19076037 |
T |
|
| Q |
273 |
ctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatattcttgagtttt |
372 |
Q |
| |
|
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|
| T |
19076038 |
ctctaatgtggttaatgacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagtttt |
19076137 |
T |
|
| Q |
373 |
gaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
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|
| T |
19076138 |
gaacattattgtagggtttactaaatcctgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
19076213 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 173 - 448
Target Start/End: Original strand, 19123828 - 19124103
Alignment:
| Q |
173 |
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272 |
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T |
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19124103 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 162 - 448
Target Start/End: Original strand, 44431812 - 44432098
Alignment:
| Q |
162 |
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261 |
Q |
| |
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| T |
44431812 |
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T |
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361 |
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T |
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448 |
Q |
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| T |
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44432098 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 162 - 441
Target Start/End: Original strand, 25377359 - 25377639
Alignment:
| Q |
162 |
gtcttcttccgtcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgctttttt-aagagaatnnnnnnncatgatagccac |
260 |
Q |
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| T |
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25377458 |
T |
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360 |
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| T |
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25377558 |
T |
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| Q |
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441 |
Q |
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| T |
25377559 |
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25377639 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 174 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 21246994 - 21246725
Alignment:
| Q |
174 |
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272 |
Q |
| |
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| T |
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T |
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| Q |
273 |
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372 |
Q |
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T |
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| Q |
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448 |
Q |
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| T |
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21246725 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 174 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 46294973 - 46294758
Alignment:
| Q |
174 |
cgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgctttttt-aagagaatnnnnnnncatgatagccaccatccttttaat |
272 |
Q |
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| T |
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T |
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| Q |
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372 |
Q |
| |
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| T |
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| Q |
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388 |
Q |
| |
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| T |
46294773 |
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46294758 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 368 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 1799120 - 1799040
Alignment:
| Q |
368 |
gttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
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| T |
1799120 |
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1799040 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 174 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 1799252 - 1799129
Alignment:
| Q |
174 |
cgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaat-nnnnnnncatgatagccaccatccttttaat |
272 |
Q |
| |
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| T |
1799252 |
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1799153 |
T |
|
| Q |
273 |
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296 |
Q |
| |
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|
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| T |
1799152 |
ctctaatggggttaaggacaactt |
1799129 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 378 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 23703367 - 23703297
Alignment:
| Q |
378 |
ttattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||| ||||| ||||||||| || ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23703367 |
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23703297 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 406 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 46294757 - 46294715
Alignment:
| Q |
406 |
atttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| |
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|
| T |
46294757 |
atttgttctacaatactgtcaatatatgattatatatcgtcaa |
46294715 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 170; Significance: 5e-91; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 174 - 448
Target Start/End: Original strand, 5574601 - 5574874
Alignment:
| Q |
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cgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatccttttaatc |
273 |
Q |
| |
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| T |
5574601 |
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5574700 |
T |
|
| Q |
274 |
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373 |
Q |
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| T |
5574701 |
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5574800 |
T |
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| Q |
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448 |
Q |
| |
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| T |
5574801 |
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5574874 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 174 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 17647835 - 17647561
Alignment:
| Q |
174 |
cgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatccttttaatc |
273 |
Q |
| |
|
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|
| T |
17647835 |
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17647736 |
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| Q |
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373 |
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| T |
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17647636 |
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448 |
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| T |
17647635 |
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17647561 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 184 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 26359678 - 26359414
Alignment:
| Q |
184 |
caaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatccttttaatctctaatgggg |
283 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
26359678 |
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26359579 |
T |
|
| Q |
284 |
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383 |
Q |
| |
|
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|
| T |
26359578 |
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26359479 |
T |
|
| Q |
384 |
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448 |
Q |
| |
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|
|
| T |
26359478 |
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26359414 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 174 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 6914670 - 6914398
Alignment:
| Q |
174 |
cgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccaccatccttttaatc |
273 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||| |
|
|
| T |
6914670 |
cgttaggattcaaagaaatgataataatattatattatgtatatttcattatt-ttttttaagagaataaaaaaacatgatagccaccatcgttttgatc |
6914572 |
T |
|
| Q |
274 |
tctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatattcttgagttttg |
373 |
Q |
| |
|
||||||||||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
6914571 |
tctaatggggtgaaagacaacttgaaaaagaaaaaacaacatatgatgttggaacaaagaaatgcttttatgtttgttttgtaaatattcgtgagttttg |
6914472 |
T |
|
| Q |
374 |
aacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| || |||||||| |||||| |||||||| |
|
|
| T |
6914471 |
aacattattgtaaggtttaccaaatactgccaacttgttctaccatactgccaatatatagttgta-atcgtcaa |
6914398 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 163; Significance: 7e-87; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 162 - 448
Target Start/End: Original strand, 20832337 - 20832621
Alignment:
| Q |
162 |
gtcttcttccgtcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccacc |
261 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
20832337 |
gtcttcttcccctgttaggattcaaaggaatgttaataatattatattatgtatatttcattatgtttttttaagagaataaaaaaacatgatagccacc |
20832436 |
T |
|
| Q |
262 |
atccttttaatctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatat |
361 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
20832437 |
atccttttgatctctaatgggattaaggacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaacactt--atgtttgttttgtaaatat |
20832534 |
T |
|
| Q |
362 |
tcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
20832535 |
tcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatactgccaatttgttctacaatgctgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
20832621 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 174 - 448
Target Start/End: Original strand, 26457 - 26734
Alignment:
| Q |
174 |
cgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgctttttt---aagagaatnnnnnnncatgatagccaccatcctttta |
270 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26457 |
cgttaggattcaaaggaaaaataataatattatattatgtatatttcgttatgttttttttttaagagaataaaaaaacatgatagccaccatccttttg |
26556 |
T |
|
| Q |
271 |
atctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatattcttgagtt |
370 |
Q |
| |
|
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|
| T |
26557 |
atctctaatggggttaaggacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaatattcttgagtt |
26656 |
T |
|
| Q |
371 |
ttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
26657 |
ttgaacattattgtagggtttaccaaatattgtcaatttattctacaatactgtcaatatatggttgtatatcatcaa |
26734 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 163 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 15565083 - 15564796
Alignment:
| Q |
163 |
tcttcttccgtcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccacca |
262 |
Q |
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| T |
15565083 |
tcttcttcccccattagaattcaaaggaatggtaataatattatattatgtatatttcattatgtttttttaagagaataaaaaaacatgataaccacca |
15564984 |
T |
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| Q |
263 |
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360 |
Q |
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| T |
15564983 |
tccttttgatctctaatggggttaaggacaacttgaagagaaaaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgtaaata |
15564884 |
T |
|
| Q |
361 |
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448 |
Q |
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| T |
15564883 |
ttcttgaattttgaacattattgttgggtttatcaaatactgccaatttgttctacaatactgtcaatatatggttgtatatcatcaa |
15564796 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 162 - 448
Target Start/End: Original strand, 25630795 - 25631081
Alignment:
| Q |
162 |
gtcttcttccgtcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnncatgatagccacc |
261 |
Q |
| |
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| T |
25630795 |
gtcttcttcccccattagaattccaaggaatggtaataatattatattatgtatatttcattatgttttttcaagagaataaaaaaacatgatagccaac |
25630894 |
T |
|
| Q |
262 |
atccttttaatctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatat |
361 |
Q |
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| T |
25630895 |
atccttttgatctctaatggggtgaaggagaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatgtttttatctttgttttgtaaatat |
25630994 |
T |
|
| Q |
362 |
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448 |
Q |
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| T |
25630995 |
tcttgagtttttaacattaatgtagggtttaccaaatactgccaatttattctaccatactgtcaatatatgcttgtataccgtcaa |
25631081 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 177 - 441
Target Start/End: Original strand, 12502722 - 12502992
Alignment:
| Q |
177 |
taggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgcttttttaagagaatnnnnnnn------catgatagccaccatcctttta |
270 |
Q |
| |
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|
| T |
12502722 |
taggattcaaagaaatggtaataatattatattatgtatatttcactatgttttattaagagaataaaaaaaaaaaaacatgatagccaccatccttttg |
12502821 |
T |
|
| Q |
271 |
atctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatattcttgagtt |
370 |
Q |
| |
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| T |
12502822 |
atctctaatggggtgaaggacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatgtttttatgtttgttttgtaaatattcttgagtt |
12502921 |
T |
|
| Q |
371 |
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441 |
Q |
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| T |
12502922 |
ttgaacattattgtagggtttaccaaatattgtcaatttgttttaccatactgccaatatattgttgtata |
12502992 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 358 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 25094496 - 25094406
Alignment:
| Q |
358 |
atattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
| |
|
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|
| T |
25094496 |
atattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgtgaatttgttatacaatattgtcaatatatagttgtatatcgtcaa |
25094406 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 162 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 11099493 - 11099206
Alignment:
| Q |
162 |
gtcttcttccgtcgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatgctttttt-aagagaatnnnnnnncatgatagccac |
260 |
Q |
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| T |
11099493 |
gtcttcttcccctgttaggattcaaaggaatgataataatattatattatgtatatttcattatgttttttttaagagaataaaaaaatatgatagccac |
11099394 |
T |
|
| Q |
261 |
catccttttaatctctaatggggttaaggacaacttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaata |
360 |
Q |
| |
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| T |
11099393 |
catcattttgatctctaatggggttaaggacaacttgaaaaagaaaaaacaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtttgttttgaaaata |
11099294 |
T |
|
| Q |
361 |
ttcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
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| T |
11099293 |
tttttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatactgccaatttgttcaacaataccgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
11099206 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 195 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 28538052 - 28537800
Alignment:
| Q |
195 |
taataataatatattatgtatatttcattatgctttttt-aagagaatnnnnnnn-catgatagccaccatccttttaatctctaatggggttaaggaca |
292 |
Q |
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| T |
28538052 |
taataatattatattatgtatatttcattatgttttttttaagagaataaaaaaaacatgatagccaccatccttttgatctctgatggggttaaggaca |
28537953 |
T |
|
| Q |
293 |
acttgnnnnnnnnnnnncaacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggttta |
392 |
Q |
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| T |
28537952 |
acttgaaaaagaaaa---aacatctgatgttggaacaaagaaatatttttatgtttgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtaggattta |
28537856 |
T |
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| Q |
393 |
ccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
448 |
Q |
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| T |
28537855 |
tcaaatactgctaatttattctacaatactgtcaatatatggttgtatatcgtcaa |
28537800 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 310 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 1563308 - 1563177
Alignment:
| Q |
310 |
caacatctgatgttggaacaaagaaatacttttatgtctgttttgtaaatattcttgagttttgaacattattgtagggtttaccaaatattgccaattt |
409 |
Q |
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| T |
1563308 |
caacatctgatgttggaacaaagaaatgcttttatgtttgttttgtaactattcttgagttttgaacattattgtagggtttacaaaatactgtcaattt |
1563209 |
T |
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| Q |
410 |
gttctacaatattgtcaatatatggttgtata |
441 |
Q |
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| T |
1563208 |
gttctaccatacttccaatatatggttgtata |
1563177 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 174 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 1563450 - 1563380
Alignment:
| Q |
174 |
cgttaggattcaaaagaatgataataataatatattatgtatatttcattatg---cttttttaagagaat |
241 |
Q |
| |
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| T |
1563450 |
cgttaggattgaaaggagtggtaataatattatattatttatatttcattatgttttttttttaagagaat |
1563380 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0113 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0113
Description:
Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 389 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 12809 - 12757
Alignment:
| Q |
389 |
tttaccaaatattgccaatttgttctacaatattgtcaatatatggttgtata |
441 |
Q |
| |
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| T |
12809 |
tttaccaaatactgccaatttgttctaccatactgccaatatatggttgtata |
12757 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University