View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18678_high_2 (Length: 716)

Name: NF18678_high_2
Description: NF18678
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18678_high_2
NF18678_high_2
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (18-709)||(2748931-2749622)
chr3 (20-701)||(5412830-5413511)
chr3 (18-702)||(2855321-2856005)
chr3 (18-694)||(2838111-2838787)
chr3 (18-701)||(2807211-2807894)
chr3 (30-700)||(2759159-2759829)
chr3 (32-682)||(2818520-2819170)
chr3 (18-694)||(2769020-2769696)
chr3 (18-682)||(2797324-2797988)
chr3 (18-474)||(2790491-2790947)
chr3 (521-682)||(2790330-2790491)
chr3 (500-561)||(21945673-21945734)
chr3 (107-213)||(3201376-3201482)
chr3 (519-576)||(22648533-22648590)
chr3 (500-576)||(21930455-21930531)
chr3 (500-576)||(22028034-22028110)
chr3 (500-576)||(22034551-22034627)
chr3 (500-576)||(22179451-22179527)
chr3 (444-576)||(22657366-22657498)
chr3 (500-558)||(22104775-22104833)
chr3 (500-558)||(22187040-22187098)
chr3 (444-558)||(22615559-22615673)
chr3 (500-557)||(22052786-22052843)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (18-708)||(5663-6353)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (500-558)||(27294600-27294658)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 672; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 672; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 2749622 - 2748931
Alignment:
Q  18 gtagctgcctgcacttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749622 gtagctgcctgcacttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaag 2749523  T
Q  118 ttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749522 ttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatg 2749423  T
Q  218 ataatcctactacctttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749422 ataatcctactacctttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacgtcatcaaagaatatcaaatacctcttat 2749323  T
Q  318 gttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749322 gttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccat 2749223  T
Q  418 catgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749222 catgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagc 2749123  T
Q  518 ttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749122 ttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttg 2749023  T
Q  618 gaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctatgcta 709  Q
    |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749022 ggacttcaataccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcatgccattttccattttctctctctcctatgcta 2748931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 5413511 - 5412830
Alignment:
Q  20 agctgcctgcacttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagtt 119  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||| || ||| ||| ||| || ||||||||||  |||||||| ||| ||| ||| ||  |||||||| ||||||    
T  5413511 agctgcttgcattttcgaacaatttctttcgatacatcctgaagctccgatggacaattcccaccaagttcaaatccaaacaccttcttgcagtaaagtt 5413412  T
Q  120 cccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||    
T  5413411 cccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaacatatactagaaaggattttttgaaaaaatccgcaacttgcatcattctagtggtgattat 5413312  T
Q  220 aatcctactacctttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgt 319  Q
     |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5413311 gatcctactacctttattgtttttaggcatcgcaaattcaacctggtcagagaaatcttgttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgt 5413212  T
Q  320 tgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatca 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||||    
T  5413211 tgcaggtattgcctcacttctataatcagtgaccggtcatccattttgtgtaacatctgcggaagagagtcttcagttccccgacaaaattgctccatca 5413112  T
Q  420 tgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagctt 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5413111 tgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgttacgcaagcacaacaatcaaagtgtgctgataccttttggctttcaaaaactagctt 5413012  T
Q  520 ggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttgga 619  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || || || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5413011 ggcaagagtggtttttcctaggccccccattcctaccactgatatgactgtacgttccgctgcaccatccaataaccaaccagacaattcttcttttgga 5412912  T
Q  620 ccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctc 701  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  ||| || || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||    
T  5412911 ccttcaattcctacaacttctgtttctgtaatgaatagggaagacagtcgaggatctcgccatcttccattttctgtctctc 5412830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 702
Target Start/End: Original strand, 2855321 - 2856005
Alignment:
Q  18 gtagctgcctgcacttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaag 117  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||| |||| ||||| ||    
T  2855321 gtagctgcttgcattttagaacaatttcttttgacacagcctcaagctctggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagag 2855420  T
Q  118 ttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||     
T  2855421 ttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttatgaatatgagttagaaaggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgatt 2855520  T
Q  218 ataatcctactacctttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttat 317  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2855521 atgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaataccaaatacctcttat 2855620  T
Q  318 gttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccat 417  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||| ||||| ||| | |||||| |||||||||||    
T  2855621 gttgcaggtattgccttacttgtataatcagtgactggtcatccattttgtgcaacatcagtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccat 2855720  T
Q  418 catgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagc 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| ||| ||||||| ||||    
T  2855721 catgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaattagc 2855820  T
Q  518 ttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttg 617  Q
    ||||||||||| ||||||||||  || |||||||| ||||| || |||||  ||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2855821 ttggcaagagtagtttttcctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttg 2855920  T
Q  618 gaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcc 702  Q
    | |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  2855921 ggccttcaatgcctacaacttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctgtctctcc 2856005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 694
Target Start/End: Original strand, 2838111 - 2838787
Alignment:
Q  18 gtagctgcctgcacttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaag 117  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||| |||| ||||| ||    
T  2838111 gtagctgcttgcatttttgaacaatttcttttgacacagccttaagctctggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagag 2838210  T
Q  118 ttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||     
T  2838211 ttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttatgaatatgagttagaaaggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgatt 2838310  T
Q  218 ataatcctactacctttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttat 317  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2838311 atgatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaatctggtcggaaaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaatatcaagtacctcttat 2838410  T
Q  318 gttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccat 417  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||| ||||| ||| | |||||| |||||||||||    
T  2838411 gttggaggtattgcctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccat 2838510  T
Q  418 catgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagc 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  2838511 catgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaactagc 2838610  T
Q  518 ttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||| | | ||||||| |||    
T  2838611 ttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcagctgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttg 2838710  T
Q  618 gaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttct 694  Q
    | ||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||    
T  2838711 ggccttcaaatcctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttct 2838787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 2807894 - 2807211
Alignment:
Q  18 gtagctgcctgcacttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaag 117  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||| ||| |||||| ||||||||| || | |||||| || ||| |||| ||  ||||||||||| |||||||||| ||    
T  2807894 gtagctgcttgcattttcgaacaatatctattgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcgaatctaaatactttcttgcagaagag 2807795  T
Q  118 ttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatg 217  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||     
T  2807794 ttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgatt 2807695  T
Q  218 ataatcctactacctttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttat 317  Q
    || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807694 atgatcctactacctttattgttgttaggcatagcaaattcaacctggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttat 2807595  T
Q  318 gttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccat 417  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||| |||| ||||| | |   |||||| ||||| |||   | |||| |||||||||||    
T  2807594 gttgcaggtattgcctcacttctacaatcagtgatttgtcatccaatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgctccat 2807495  T
Q  418 catgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagc 517  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||| ||||||||||||    
T  2807494 catgtttatcatcaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaactagc 2807395  T
Q  518 ttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||| |||    
T  2807394 ttggcaagagtggtttttcctagacctcccattcctaccaccgaaatcaccgtgcgctcagctacaccctccaataaccaaacagacatttcttctcttg 2807295  T
Q  618 gaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctc 701  Q
    |   ||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  2807294 ggaattcaaatcctacaatttctctttcttcaataaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctgtctctc 2807211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 2759829 - 2759159
Alignment:
Q  30 acttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgcttt 129  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || | ||||||| | || ||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  2759829 acttttgcacaatttcttttgccacagcctcaagctccggtggacaacgccctccaagatcatatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgcttt 2759730  T
Q  130 gtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctacta 229  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  2759729 gtttggagtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaatgatttcttgaaaaaatctgcaacttgcataattctagtggtgattatgatcctacta 2759630  T
Q  230 cctttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtatt 329  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  2759629 cctttgttgttattaggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttctaggtatt 2759530  T
Q  330 gcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaa 429  Q
     ||| || ||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||   |||||| ||||| |||   | |||| |||||| ||||||| |||||||     
T  2759529 tccttacctctgtaatcagtgacctgtcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgcgccatcatttttatcag 2759430  T
Q  430 caaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtg 529  Q
     || |||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||  |||||||||| |||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2759429 taatcctctcacagtgtatgattgagaaactacgatgcaagcttgacaatcaaactgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtg 2759330  T
Q  530 gtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattc 629  Q
    ||||| || || || |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||  ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||    
T  2759329 gttttgccgagaccccccattcctaccactgaaatcactgtgcgttcagctgaaccctccaataaccaaccatatagttcttcttttgggccttcaaatc 2759230  T
Q  630 caacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctct 700  Q
    | |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  2759229 ctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctttctct 2759159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 32 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 2819170 - 2818520
Alignment:
Q  32 ttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgt 131  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| | ||||||| | |||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  2819170 ttttgaacaatttcttttgccacaacctcaagttccggtggacaacgaccaccaagctcagacctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgt 2819071  T
Q  132 ttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacc 231  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| ||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| || |||||||||||    
T  2819070 ttggagtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaatgatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattcttgtggtgattatgatcctactacc 2818971  T
Q  232 tttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgc 331  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |    
T  2818970 tttgttgttattgggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatattaaatacctcttatgttctaggtatttc 2818871  T
Q  332 ctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaaca 431  Q
    || || |||||||| ||| ||  ||||||||||||| |||| ||||  |||  || ||||| ||    | || | |||||||||||||| |||||||  |    
T  2818870 cttacctctataatcagtaacctgtcatccattttgcgtaaaatctctagatcagggtcttcagcttcctgataaaattgctccatcatttttatcagta 2818771  T
Q  432 aacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggt 531  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||  || |||||| ||||||||||| |||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2818770 atcctctcacagtgtatgattgagaaactacgatgcaagctcgacaatcaaactgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggt 2818671  T
Q  532 ttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattcca 631  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||| | ||||||||| | || ||||||| |||     
T  2818670 ttttcctagaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgctcggctgcaccctccaataaccaaccatatagttcttctctcgggccttcaaatcct 2818571  T
Q  632 acaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccat 682  Q
    || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2818570 acgatttctgtttcttcaatgaaaagagaagacagtcgaggatcacgccat 2818520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 18 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 2769696 - 2769020
Alignment:
Q  18 gtagctgcctgcacttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaag 117  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||  | || ||| |||| |||||| || ||| |||| ||| |||| ||| || |||||||||| ||    
T  2769696 gtagctgcttgcattttcgaacaatttctttagacatggactgaagctctggtggacattgcccatcaagttcaaatctgaatgctttcttgcagaagag 2769597  T
Q  118 ttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatg 217  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||     
T  2769596 ttcccatgctttgttaggaggcaaaagttgcatgttaagaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacatgcatcattcttgtggttatt 2769497  T
Q  218 ataatcctactacctttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttat 317  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2769496 atgatcctactacgtttattgttatttggcatggaaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttat 2769397  T
Q  318 gttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccat 417  Q
    |||| ||||||| ||| || ||||| |  ||||||  |||||||||||||||||||||||  || ||||  |||| |||   | |||| |||||||||||    
T  2769396 gttgtaggtatttccttacctctattaccagtgacatgtcatccattttgtgtaacatctttagcagaggttcttcagtttcctgacaaaattgctccat 2769297  T
Q  418 catgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagc 517  Q
    ||| |||||||  || |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||| ||| |||||||     
T  2769296 catttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgcagttaccttttggctgtcataaactagt 2769197  T
Q  518 ttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||| | | ||||||| |||    
T  2769196 ttggcaagagtggtttttcctagaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaataaccaaccaaataattcttctcttg 2769097  T
Q  618 gaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttct 694  Q
    | ||||| | ||| |||| |||||||||||||||||| || |||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  2769096 ggccttccaatcctacaatttctgtttcttcaataaagagggaagacatccgaggatcacgccatcttccactttct 2769020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 18 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 2797988 - 2797324
Alignment:
Q  18 gtagctgcctgcacttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaag 117  Q
    |||||||| |||| ||| |||| |||||| ||||||  |  | ||| |||| ||||||||| ||||||| |||| |||| ||| || |||||||||| ||    
T  2797988 gtagctgcttgcattttcgaactatttctattgacatggagttaagctctggtggacaatgcccaccaacctcaaatctgaatgctttcttgcagaagag 2797889  T
Q  118 ttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatg 217  Q
    |||||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||  | |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  2797888 ttcccatgatttgtttggtgtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaacttgaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctcgtggtgatg 2797789  T
Q  218 ataatcctactacctttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttat 317  Q
    || |||||| |  |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  2797788 atgatcctatttgctttgttgttattaggcatggcaaattcaacctggtcagaaaagtcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatactttttat 2797689  T
Q  318 gttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccat 417  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |  || |||    | ||| |||| ||||||    
T  2797688 gttgcaggtattgcctcacttgtataatcaatgacttgtcatccattttgtgtaacatctgcaaaagagggctttcagtttcgctacaaaattcctccat 2797589  T
Q  418 catgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagc 517  Q
    |||||| ||||| |  || ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || || ||||||||  || || |||||||||    
T  2797588 catgttgatcaatatccccctcacggtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaattttgttgttaccttttgactgtcgaaaactagc 2797489  T
Q  518 ttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||   || || | |||||||||||||| ||||||  | |    
T  2797488 ttggcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctctagtaaccaaccagacaattcttccctcg 2797389  T
Q  618 gaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccat 682  Q
    | ||||||| ||| |||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  2797388 ggccttcaaatccgacaattgcagtttcttcaataaaaagggaagacagtcgaggatcacaccat 2797324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 18 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 2790947 - 2790491
Alignment:
Q  18 gtagctgcctgcacttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaag 117  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||    || ||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| || |||||||||| ||    
T  2790947 gtagctgcttgcattttcgaacaatttcttttgacatgaacttaagctctggtggacaatgcccaccaagctcaaatctgaatgctttcttgcagaagag 2790848  T
Q  118 ttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatg 217  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||     
T  2790847 ttcccatgctttgtttggtgtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaaagatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagtggtgatt 2790748  T
Q  218 ataatcctactacctttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttat 317  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||    
T  2790747 atgatcctacaacctttattgttatttggaatggcaaattcaatctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcgaagaatatcaaatactttttat 2790648  T
Q  318 gttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccat 417  Q
    ||| ||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||    | ||| |||| ||||||    
T  2790647 gtttcaggtattgcctcacttgtagaatgagtgacttgtcatccattttgtgtaacatctgcaaaagagggccttcagtttcgctacaaaattcctccat 2790548  T
Q  418 catgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacg 474  Q
    |||||| ||||| |  || ||||| ||| | ||||||||||| |||| |||||||||    
T  2790547 catgttgatcaatatccccctcacggtgaatgattgagaaacggtgatgcaagcacg 2790491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 521 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 2790491 - 2790330
Alignment:
Q  521 gcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggac 620  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||   || ||||||||||||||||||| ||||||  | || |    
T  2790491 gcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctccaataaccaaccagacaattcttccctcgggc 2790392  T
Q  621 cttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccat 682  Q
    |||||| ||| |||| | | ||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||| |||||    
T  2790391 cttcaaatccgacaattgcagtttcttcaatgaaaagggaagacaaccgaggatcatgccat 2790330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 500 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 21945734 - 21945673
Alignment:
Q  500 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacgga 561  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  21945734 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagtggtttttccttgccctcccattcctaccacgga 21945673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 107 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 3201482 - 3201376
Alignment:
Q  107 ttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattc 206  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||   ||||| ||||| || ||| | || || |||| ||||||||    
T  3201482 ttgcaaaacagttcccacgctttgtttggaggcaaaggttgtaggtggtgaatatgaacaagaaaagatttcttaaaatattcagctacatgcatcattc 3201383  T
Q  207 tagtggt 213  Q
    || ||||    
T  3201382 tactggt 3201376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 519 - 576
Target Start/End: Original strand, 22648533 - 22648590
Alignment:
Q  519 tggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 576  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || || ||||||||    
T  22648533 tggcaagagtggtttttcctagccctcccatacctaccacagagatgacagtgcgctc 22648590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 500 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 21930531 - 21930455
Alignment:
Q  500 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 576  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| || | ||| ||||||||    
T  21930531 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccacagacaccacagtgcgctc 21930455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 500 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 22028110 - 22028034
Alignment:
Q  500 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 576  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| || | ||| ||||||||    
T  22028110 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccacagacaccacagtgcgctc 22028034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 500 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 22034627 - 22034551
Alignment:
Q  500 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 576  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| || | ||| ||||||||    
T  22034627 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccacagacaccacagtgcgctc 22034551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 500 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 22179527 - 22179451
Alignment:
Q  500 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 576  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||    
T  22179527 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcccaccacgaataccacagtgcgctc 22179451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 444 - 576
Target Start/End: Original strand, 22657366 - 22657498
Alignment:
Q  444 tgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcc 543  Q
    |||||||||| || |||||||  ||| ||||||| ||||||||| |    |||| |||||| |||||||||   || |||||||| ||||||||| | ||    
T  22657366 tgtaagattgtgacactgtgatccaaacacgacattcaaagtgtccaacaacctctttgctgtcaaaaacttttttagcaagagtagtttttccttgccc 22657465  T
Q  544 tcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 576  Q
    ||||||||| || || ||||| || ||||||||    
T  22657466 tcccattcccacgacagatatgacagtgcgctc 22657498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 500 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 22104833 - 22104775
Alignment:
Q  500 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccac 558  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  22104833 ttgctgtcaaaaactctcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccac 22104775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 500 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 22187098 - 22187040
Alignment:
Q  500 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccac 558  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  22187098 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccac 22187040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 444 - 558
Target Start/End: Original strand, 22615559 - 22615673
Alignment:
Q  444 tgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcc 543  Q
    |||| |||||||| |||||||  ||  ||||||||||||||||| |  | ||||  ||||| ||||||||   |||||||||||||||||| ||  | ||    
T  22615559 tgtatgattgagacactgtgatccatacacgacaatcaaagtgtccacaaacctccttgctatcaaaaacattcttggcaagagtggttttaccctgccc 22615658  T
Q  544 tcccattcctaccac 558  Q
    ||||||||| |||||    
T  22615659 tcccattcccaccac 22615673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 500 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 22052843 - 22052786
Alignment:
Q  500 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctacca 557  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  22052843 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctacca 22052786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 708
Target Start/End: Original strand, 5663 - 6353
Alignment:
Q  18 gtagctgcctgcacttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaag 117  Q
    |||||||| |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||   ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||| | |||||||| ||    
T  5663 gtagctgcttgcattttttaacaatttcttttgatacagcctcaagctcaagtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatacttttttgcagaagag 5762  T
Q  118 ttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatg 217  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||  || ||||||||| |||||||| || ||||||  ||||||||| ||||||||     
T  5763 ttcccatactttgtttggaggcaagagttgcagtttgtgaacatgaactataaaggatttcttgaaaaattcggcaacaagcatcattcttgtggtgatt 5862  T
Q  218 ataatcctactacctttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttat 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5863 ataatcctactacctttattgttattaggcatggcaaattcaacctggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttat 5962  T
Q  318 gttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccat 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||   |||||| |||||||||||    
T  5963 gttgcaggtattgcctcacttctataattaatgacttgtcatccattttgtgtaacatttgcggaagagggtcttcagtttcccgacaaaattgctccat 6062  T
Q  418 catgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagc 517  Q
    ||||||||| |  || |||||||| ||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| || |||||||| ||| ||||||||||||    
T  6063 catgtttatgagtaaccctctcacggtgtatgtttgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaattgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagc 6162  T
Q  518 ttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttg 617  Q
    ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| || || || ||||||||||||  ||  ||||||||||||||| | | ||| ||| |||    
T  6163 ttggcaagagtggttttccctatacctcccattcctaccactgaaattacggtgcgctcagctggactctccaataaccaaccatataattcctctcttg 6262  T
Q  618 gaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctatgct 708  Q
    | ||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||    
T  6263 ggccttcgaatcctacaacttcagtttcttcaataaaaagggcagataatcgaggatcacgccatcttccattttctgcctctcctgtgct 6353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 500 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 27294658 - 27294600
Alignment:
Q  500 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccac 558  Q
    ||||| |||||||||  |||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  27294658 ttgctgtcaaaaactttcttgactagagtggtttttccttgtcctcccattcctaccac 27294600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University