View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18678_high_4 (Length: 710)

Name: NF18678_high_4
Description: NF18678
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18678_high_4
NF18678_high_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-695)||(48687241-48687951)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 529; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 48687951 - 48687241
Alignment:
Q  1 ttaaaatagaactaaccgttccatgatcttttatccaaataggcaagggcctatcagggttctcgggattgtagggttcaccattaaggaagtcgggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  48687951 ttaaaatagaactaaccgttccatgatcttttatccaaataggcaagggcctatcagggttctcgggattatagggttcaccattaaggaagtcgggaac 48687852  T
Q  101 aaccacaaaatcaccagcagctgcaactttgtctgcaagcttccttcaaagaagtgcacaaacaatattacttaccatgtgaacacattaaaatggacac 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48687851 aaccacaaaataaccagcagctgcaactttgtctgcaagcttccttcaaagcagtgaacaaacaatattacttaccatgtgaacacattaaaatggacac 48687752  T
Q  201 aaatcacaatatagagag--tagaatgaaacatgtagattgtattggtactataatcatataccagcaacatgagaagaatataagcaaaaaggcaaata 298  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  48687751 aaatcacaatatagagagagtagaatgaaacatgtagattgtattggtactataatcatataccaacaacatgagaagattataagcaaaaaggtaaata 48687652  T
Q  299 ttaccaataaaccaaataattctacgacaaatgcattgcttataaattaaaaatctagtcaaaatctaacatattatgtacagcagcatgcagcattact 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48687651 ttaccaataaaccaaataattctacgacaaatgcattgcttataaattaaaaatctagtcaaaatctaacatattatgtacagcagcatgcagcattact 48687552  T
Q  399 ttcttgaccaactttataaattacaattatatgtcccttctagnnnnnnnnaagaaaatagattagagagaacgtgg-----------nnnnnnnnnnnc 487  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||                      |    
T  48687551 ttcttgaccaactttataaattacaattatatgtcccttctagttttttttaagaaaatagattagagagaacatggaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaac 48687452  T
Q  488 agtgctcacataagcaggcactagaattcaagaaaactaacaggaaaaagt---nnnnnnnnnnctccatttatctctcgcaataataaggtacatgcaa 584  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48687451 agtgctcacataagcaggcactagaattcaagaaaactaacaggaaaaagtaaaaaaaaaaaaactccatttatctctcgcaataataaggtacatgcaa 48687352  T
Q  585 ataaaaaccaaaaatgactaaatttgatacagaaaatagacaccagaattagctataccttaaatttggcgcttcatatcctgcaagacaaattaagcat 684  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48687351 ataaaaaccaaaaatgactaaatttgatacagaaaatagacaccagaattagctataccttaaatttggcgcttcatatcctgcaagacaaattaagcat 48687252  T
Q  685 atgcagttagt 695  Q
    |||||||||||    
T  48687251 atgcagttagt 48687241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University