View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18678_high_5 (Length: 703)

Name: NF18678_high_5
Description: NF18678
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18678_high_5
NF18678_high_5
[»] chr3 (25 HSPs)
chr3 (16-696)||(2748931-2749611)
chr3 (23-688)||(5412830-5413495)
chr3 (23-689)||(2855339-2856005)
chr3 (19-681)||(2838125-2838787)
chr3 (23-688)||(2807211-2807876)
chr3 (17-687)||(2759159-2759829)
chr3 (19-669)||(2818520-2819170)
chr3 (23-681)||(2769020-2769678)
chr3 (52-669)||(2797324-2797941)
chr3 (23-461)||(2790491-2790929)
chr3 (508-669)||(2790330-2790491)
chr3 (487-548)||(21945673-21945734)
chr3 (94-200)||(3201376-3201482)
chr3 (506-563)||(22648533-22648590)
chr3 (487-563)||(21930455-21930531)
chr3 (487-563)||(22028034-22028110)
chr3 (487-563)||(22034551-22034627)
chr3 (487-563)||(22179451-22179527)
chr3 (431-563)||(22657366-22657498)
chr3 (487-545)||(22104775-22104833)
chr3 (487-545)||(22187040-22187098)
chr3 (431-545)||(22615559-22615673)
chr3 (487-544)||(22052786-22052843)
chr3 (481-545)||(22208072-22208136)
chr3 (505-545)||(22621288-22621328)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (19-695)||(5677-6353)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (487-545)||(27294600-27294658)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 661; Significance: 0; HSPs: 25)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 2749611 - 2748931
Alignment:
Q  16 cacttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749611 cacttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctt 2749512  T
Q  116 tgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctact 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749511 tgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctact 2749412  T
Q  216 acctttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtat 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749411 acctttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacgtcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtat 2749312  T
Q  316 tgcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatca 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749311 tgcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatca 2749212  T
Q  416 acaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagt 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749211 acaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagt 2749112  T
Q  516 ggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaatt 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||     
T  2749111 ggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttgggacttcaata 2749012  T
Q  616 ccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctatgcta 696  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749011 ccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcatgccattttccattttctctctctcctatgcta 2748931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 5413495 - 5412830
Alignment:
Q  23 gaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttgg 122  Q
    ||||||||||||| || ||| ||| ||| || ||||||||||  |||||||| ||| ||| ||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5413495 gaacaatttctttcgatacatcctgaagctccgatggacaattcccaccaagttcaaatccaaacaccttcttgcagtaaagttcccatgctttgtttgg 5413396  T
Q  123 aggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactaccttta 222  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  5413395 aggcaaaagttgcaggttgtgaacatatactagaaaggattttttgaaaaaatccgcaacttgcatcattctagtggtgattatgatcctactaccttta 5413296  T
Q  223 ttgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctca 322  Q
    ||||| || ||||| ||||||| ||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5413295 ttgtttttaggcatcgcaaattcaacctggtcagagaaatcttgttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctca 5413196  T
Q  323 cttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacc 422  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5413195 cttctataatcagtgaccggtcatccattttgtgtaacatctgcggaagagagtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacc 5413096  T
Q  423 tctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggttttt 522  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5413095 tctcacagtgtatgattgagaaactgttacgcaagcacaacaatcaaagtgtgctgataccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggttttt 5412996  T
Q  523 cctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaa 622  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| || || || || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5412995 cctaggccccccattcctaccactgatatgactgtacgttccgctgcaccatccaataaccaaccagacaattcttcttttggaccttcaattcctacaa 5412896  T
Q  623 cttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctc 688  Q
    |||||||||||  ||| || || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||    
T  5412895 cttctgtttctgtaatgaatagggaagacagtcgaggatctcgccatcttccattttctgtctctc 5412830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 689
Target Start/End: Original strand, 2855339 - 2856005
Alignment:
Q  23 gaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttgg 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2855339 gaacaatttcttttgacacagcctcaagctctggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttgg 2855438  T
Q  123 aggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactaccttta 222  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||    
T  2855439 aggcaaaagttgcaggttatgaatatgagttagaaaggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactaccttta 2855538  T
Q  223 ttgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctca 322  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2855539 ttgttattaggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaataccaaatacctcttatgttgcaggtattgcctta 2855638  T
Q  323 cttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacc 422  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||| ||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855639 cttgtataatcagtgactggtcatccattttgtgcaacatcagtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacc 2855738  T
Q  423 tctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggttttt 522  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  2855739 tctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagtagttttt 2855838  T
Q  523 cctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaa 622  Q
    ||||  || |||||||| ||||| || |||||  ||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || ||||    
T  2855839 cctataccccccattcccaccactgaaatcactttgcgctcagatataccttccaataaccaaccagacaattcttcttttgggccttcaatgcctacaa 2855938  T
Q  623 cttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcc 689  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  2855939 cttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctgtctctcc 2856005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 681
Target Start/End: Original strand, 2838125 - 2838787
Alignment:
Q  19 ttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  2838125 ttttgaacaatttcttttgacacagccttaagctctggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgt 2838224  T
Q  119 ttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacc 218  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  2838225 ttggaggcaaaagttgcaggttatgaatatgagttagaaaggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacc 2838324  T
Q  219 tttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgc 318  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| || |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  2838325 tttattgttattaggcatggcaaattcaatctggtcggaaaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaatatcaagtacctcttatgttggaggtattgc 2838424  T
Q  319 ctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaaca 418  Q
    |||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||| ||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2838425 ctcacttcttcaatcagtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaaca 2838524  T
Q  419 aacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggt 518  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838525 aacctctcacagtgtatgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggt 2838624  T
Q  519 ttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattcca 618  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| ||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||| | | ||||||| |||| ||||||| |||     
T  2838625 ttttcctagaccccccattcctaccactgatatgactgtgcgctcagctgcaccctccaataaccaaccatatatttcttctcttgggccttcaaatcct 2838724  T
Q  619 acaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttct 681  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||    
T  2838725 acaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgagggtcgtgccatcttccattttct 2838787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 2807876 - 2807211
Alignment:
Q  23 gaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttgg 122  Q
    ||||||| ||| |||||| ||||||||| || | |||||| || ||| |||| ||  ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2807876 gaacaatatctattgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcgaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttgg 2807777  T
Q  123 aggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactaccttta 222  Q
    || ||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||    
T  2807776 agtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactaccttta 2807677  T
Q  223 ttgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctca 322  Q
    ||||| || ||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807676 ttgttgttaggcatagcaaattcaacctggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctca 2807577  T
Q  323 cttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacc 422  Q
    |||||| ||| ||||| | |||||||| |||| ||||| | |   |||||| ||||| |||   | |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  2807576 cttctacaatcagtgatttgtcatccaatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaaccc 2807477  T
Q  423 tctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggttttt 522  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807476 tctcacagtgtatgattgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggttttt 2807377  T
Q  523 cctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaa 622  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||   ||||| ||| ||||    
T  2807376 cctagacctcccattcctaccaccgaaatcaccgtgcgctcagctacaccctccaataaccaaacagacatttcttctcttgggaattcaaatcctacaa 2807277  T
Q  623 cttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctc 688  Q
     |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  2807276 tttctctttcttcaataaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctgtctctc 2807211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 2759829 - 2759159
Alignment:
Q  17 acttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgcttt 116  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || | ||||||| | || ||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  2759829 acttttgcacaatttcttttgccacagcctcaagctccggtggacaacgccctccaagatcatatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgcttt 2759730  T
Q  117 gtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctacta 216  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  2759729 gtttggagtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaatgatttcttgaaaaaatctgcaacttgcataattctagtggtgattatgatcctacta 2759630  T
Q  217 cctttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtatt 316  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  2759629 cctttgttgttattaggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttctaggtatt 2759530  T
Q  317 gcctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaa 416  Q
     ||| || ||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||   |||||| ||||| |||   | |||| |||||| ||||||| |||||||     
T  2759529 tccttacctctgtaatcagtgacctgtcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgcgccatcatttttatcag 2759430  T
Q  417 caaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtg 516  Q
     || |||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||  |||||||||| |||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2759429 taatcctctcacagtgtatgattgagaaactacgatgcaagcttgacaatcaaactgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtg 2759330  T
Q  517 gtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattc 616  Q
    ||||| || || || |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||  ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| ||    
T  2759329 gttttgccgagaccccccattcctaccactgaaatcactgtgcgttcagctgaaccctccaataaccaaccatatagttcttcttttgggccttcaaatc 2759230  T
Q  617 caacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctct 687  Q
    | |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  2759229 ctacaatttctgtttcttcaatgaaaagggaagacagtcgaggatcacgccatcttccattttctttctct 2759159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 19 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 2819170 - 2818520
Alignment:
Q  19 ttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgt 118  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| | ||||||| | |||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  2819170 ttttgaacaatttcttttgccacaacctcaagttccggtggacaacgaccaccaagctcagacctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgt 2819071  T
Q  119 ttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacc 218  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| ||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||| || |||||||||||    
T  2819070 ttggagtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaatgatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattcttgtggtgattatgatcctactacc 2818971  T
Q  219 tttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgc 318  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |    
T  2818970 tttgttgttattgggcatggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatattaaatacctcttatgttctaggtatttc 2818871  T
Q  319 ctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaaca 418  Q
    || || |||||||| ||| ||  ||||||||||||| |||| ||||  |||  || ||||| ||    | || | |||||||||||||| |||||||  |    
T  2818870 cttacctctataatcagtaacctgtcatccattttgcgtaaaatctctagatcagggtcttcagcttcctgataaaattgctccatcatttttatcagta 2818771  T
Q  419 aacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggt 518  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||  || |||||| ||||||||||| |||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2818770 atcctctcacagtgtatgattgagaaactacgatgcaagctcgacaatcaaactgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggt 2818671  T
Q  519 ttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattcca 618  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||| | ||||||||| | || ||||||| |||     
T  2818670 ttttcctagaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgctcggctgcaccctccaataaccaaccatatagttcttctctcgggccttcaaatcct 2818571  T
Q  619 acaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccat 669  Q
    || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2818570 acgatttctgtttcttcaatgaaaagagaagacagtcgaggatcacgccat 2818520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 23 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 2769678 - 2769020
Alignment:
Q  23 gaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttgg 122  Q
    ||||||||||||| ||||  | || ||| |||| |||||| || ||| |||| ||| |||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  2769678 gaacaatttctttagacatggactgaagctctggtggacattgcccatcaagttcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgctttgttagg 2769579  T
Q  123 aggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactaccttta 222  Q
    |||||||||||||| |||  ||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || || |||||||||| ||||    
T  2769578 aggcaaaagttgcatgttaagaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacatgcatcattcttgtggttattatgatcctactacgttta 2769479  T
Q  223 ttgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctca 322  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |    
T  2769478 ttgttatttggcatggaaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgtaggtatttcctta 2769379  T
Q  323 cttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacc 422  Q
    | ||||| |  ||||||  |||||||||||||||||||||||  || ||||  |||| |||   | |||| |||||||||||||| |||||||  || ||    
T  2769378 cctctattaccagtgacatgtcatccattttgtgtaacatctttagcagaggttcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccc 2769279  T
Q  423 tctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggttttt 522  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  2769278 tctcacagtgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgcagttaccttttggctgtcataaactagtttggcaagagtggttttt 2769179  T
Q  523 cctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaa 622  Q
    ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||| | | ||||||| |||| ||||| | ||| ||||    
T  2769178 cctagaccccccattcctaccactgatatcactgtgcgcttagctgcaccctccaataaccaaccaaataattcttctcttgggccttccaatcctacaa 2769079  T
Q  623 cttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttct 681  Q
     |||||||||||||||||| || |||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  2769078 tttctgtttcttcaataaagagggaagacatccgaggatcacgccatcttccactttct 2769020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 52 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 2797941 - 2797324
Alignment:
Q  52 tctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgag 151  Q
    |||| ||||||||| ||||||| |||| |||| ||| || |||||||||| |||||||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||     
T  2797941 tctggtggacaatgcccaccaacctcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgatttgtttggtgtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaa 2797842  T
Q  152 ttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacctttattgttatttggcatggcaaattgaacctg 251  Q
     | |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| |  |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  2797841 cttgaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctcgtggtgatgatgatcctatttgctttgttgttattaggcatggcaaattcaacctg 2797742  T
Q  252 gtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataattagtgactggtcatccatt 351  Q
    ||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||    
T  2797741 gtcagaaaagtcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatactttttatgttgcaggtattgcctcacttgtataatcaatgacttgtcatccatt 2797642  T
Q  352 ttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtaagattgagaaactgtga 451  Q
    |||||||||||||||| ||||| |  || |||    | ||| |||| |||||||||||| ||||| |  || ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  2797641 ttgtgtaacatctgcaaaagagggctttcagtttcgctacaaaattcctccatcatgttgatcaatatccccctcacggtgtatgattgagaaactgtga 2797542  T
Q  452 cgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatat 551  Q
     |||||||||||||||||| | || || ||||||||  || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||    
T  2797541 tgcaagcacgacaatcaaattttgttgttaccttttgactgtcgaaaactagcttggcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaat 2797442  T
Q  552 caccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagac 651  Q
    ||| ||||||||||||   || || | |||||||||||||| ||||||  | || ||||||| ||| |||| | | ||||||||||||||||| ||||||    
T  2797441 cactgtgcgctcagctgtgccctctagtaaccaaccagacaattcttccctcgggccttcaaatccgacaattgcagtttcttcaataaaaagggaagac 2797342  T
Q  652 agtcgaggatcacgccat 669  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  2797341 agtcgaggatcacaccat 2797324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 23 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 2790929 - 2790491
Alignment:
Q  23 gaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttgg 122  Q
    ||||||||||||||||||    || ||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2790929 gaacaatttcttttgacatgaacttaagctctggtggacaatgcccaccaagctcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgctttgtttgg 2790830  T
Q  123 aggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactaccttta 222  Q
     | ||||||||||| |||||||| ||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||    
T  2790829 tgtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaaagatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagtggtgattatgatcctacaaccttta 2790730  T
Q  223 ttgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctca 322  Q
    ||||||||||| |||||||||| || |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  2790729 ttgttatttggaatggcaaattcaatctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcgaagaatatcaaatactttttatgtttcaggtattgcctca 2790630  T
Q  323 cttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacc 422  Q
    ||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||    | ||| |||| |||||||||||| ||||| |  ||    
T  2790629 cttgtagaatgagtgacttgtcatccattttgtgtaacatctgcaaaagagggccttcagtttcgctacaaaattcctccatcatgttgatcaatatccc 2790530  T
Q  423 tctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacg 461  Q
     ||||| ||| | ||||||||||| |||| |||||||||    
T  2790529 cctcacggtgaatgattgagaaacggtgatgcaagcacg 2790491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 508 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 2790491 - 2790330
Alignment:
Q  508 gcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggac 607  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||   || ||||||||||||||||||| ||||||  | || |    
T  2790491 gcaagagtggtttttcctagacctcccattccaaccactgaaatcactgtgcgctcagctgtgccctccaataaccaaccagacaattcttccctcgggc 2790392  T
Q  608 cttcaattccaacaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccat 669  Q
    |||||| ||| |||| | | ||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||| |||||    
T  2790391 cttcaaatccgacaattgcagtttcttcaatgaaaagggaagacaaccgaggatcatgccat 2790330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 487 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 21945734 - 21945673
Alignment:
Q  487 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacgga 548  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  21945734 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagtggtttttccttgccctcccattcctaccacgga 21945673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 94 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 3201482 - 3201376
Alignment:
Q  94 ttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattc 193  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||   ||||| ||||| || ||| | || || |||| ||||||||    
T  3201482 ttgcaaaacagttcccacgctttgtttggaggcaaaggttgtaggtggtgaatatgaacaagaaaagatttcttaaaatattcagctacatgcatcattc 3201383  T
Q  194 tagtggt 200  Q
    || ||||    
T  3201382 tactggt 3201376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 506 - 563
Target Start/End: Original strand, 22648533 - 22648590
Alignment:
Q  506 tggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 563  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || || ||||||||    
T  22648533 tggcaagagtggtttttcctagccctcccatacctaccacagagatgacagtgcgctc 22648590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 487 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 21930531 - 21930455
Alignment:
Q  487 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 563  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| || | ||| ||||||||    
T  21930531 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccacagacaccacagtgcgctc 21930455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 487 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 22028110 - 22028034
Alignment:
Q  487 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 563  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| || | ||| ||||||||    
T  22028110 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccacagacaccacagtgcgctc 22028034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 487 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 22034627 - 22034551
Alignment:
Q  487 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 563  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| || | ||| ||||||||    
T  22034627 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccacagacaccacagtgcgctc 22034551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 487 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 22179527 - 22179451
Alignment:
Q  487 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 563  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||    
T  22179527 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcccaccacgaataccacagtgcgctc 22179451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 431 - 563
Target Start/End: Original strand, 22657366 - 22657498
Alignment:
Q  431 tgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcc 530  Q
    |||||||||| || |||||||  ||| ||||||| ||||||||| |    |||| |||||| |||||||||   || |||||||| ||||||||| | ||    
T  22657366 tgtaagattgtgacactgtgatccaaacacgacattcaaagtgtccaacaacctctttgctgtcaaaaacttttttagcaagagtagtttttccttgccc 22657465  T
Q  531 tcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctc 563  Q
    ||||||||| || || ||||| || ||||||||    
T  22657466 tcccattcccacgacagatatgacagtgcgctc 22657498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 487 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 22104833 - 22104775
Alignment:
Q  487 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccac 545  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  22104833 ttgctgtcaaaaactctcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccac 22104775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 487 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 22187098 - 22187040
Alignment:
Q  487 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccac 545  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  22187098 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctaccac 22187040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 431 - 545
Target Start/End: Original strand, 22615559 - 22615673
Alignment:
Q  431 tgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcc 530  Q
    |||| |||||||| |||||||  ||  ||||||||||||||||| |  | ||||  ||||| ||||||||   |||||||||||||||||| ||  | ||    
T  22615559 tgtatgattgagacactgtgatccatacacgacaatcaaagtgtccacaaacctccttgctatcaaaaacattcttggcaagagtggttttaccctgccc 22615658  T
Q  531 tcccattcctaccac 545  Q
    ||||||||| |||||    
T  22615659 tcccattcccaccac 22615673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 487 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 22052843 - 22052786
Alignment:
Q  487 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctacca 544  Q
    ||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  22052843 ttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcctacca 22052786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 481 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 22208136 - 22208072
Alignment:
Q  481 acctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccac 545  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| | |||||||| || |||||    
T  22208136 acctctttgctgtcaaaaacttgcttggcaagagttgttttaccttgccctcccatcccaaccac 22208072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 505 - 545
Target Start/End: Original strand, 22621288 - 22621328
Alignment:
Q  505 ttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccac 545  Q
    ||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||    
T  22621288 ttggcaagagtggattttccttgtcctcccattcctaccac 22621328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 695
Target Start/End: Original strand, 5677 - 6353
Alignment:
Q  19 ttttgaacaatttcttttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgt 118  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||   ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||| | |||||||| ||||||||| ||||||    
T  5677 tttttaacaatttcttttgatacagcctcaagctcaagtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatacttttttgcagaagagttcccatactttgt 5776  T
Q  119 ttggaggcaaaagttgcaggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacc 218  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| ||||  || ||||||||| |||||||| || ||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  5777 ttggaggcaagagttgcagtttgtgaacatgaactataaaggatttcttgaaaaattcggcaacaagcatcattcttgtggtgattataatcctactacc 5876  T
Q  219 tttattgttatttggcatggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgc 318  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5877 tttattgttattaggcatggcaaattcaacctggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgc 5976  T
Q  319 ctcacttctataattagtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaaca 418  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||   |||||| |||||||||||||||||||| |  |    
T  5977 ctcacttctataattaatgacttgtcatccattttgtgtaacatttgcggaagagggtcttcagtttcccgacaaaattgctccatcatgtttatgagta 6076  T
Q  419 aacctctcacagtgtaagattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggt 518  Q
    | |||||||| ||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6077 accctctcacggtgtatgtttgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaattgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggt 6176  T
Q  519 ttttcctaggcctcccattcctaccacggatatcaccgtgcgctcagcttcaccatccaataaccaaccagacagttcttcttttggaccttcaattcca 618  Q
    ||| ||||  ||||||||||||||||| || || || ||||||||||||  ||  ||||||||||||||| | | ||| ||| |||| ||||| | |||     
T  6177 tttccctatacctcccattcctaccactgaaattacggtgcgctcagctggactctccaataaccaaccatataattcctctcttgggccttcgaatcct 6276  T
Q  619 acaacttctgtttcttcaataaaaagagaagacagtcgaggatcacgccattttccattttctctctctcctatgct 695  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||    
T  6277 acaacttcagtttcttcaataaaaagggcagataatcgaggatcacgccatcttccattttctgcctctcctgtgct 6353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 487 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 27294658 - 27294600
Alignment:
Q  487 ttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtttttcctaggcctcccattcctaccac 545  Q
    ||||| |||||||||  |||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  27294658 ttgctgtcaaaaactttcttgactagagtggtttttccttgtcctcccattcctaccac 27294600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University