View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18679_high_7 (Length: 476)

Name: NF18679_high_7
Description: NF18679
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18679_high_7
NF18679_high_7
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (5-459)||(20237483-20237937)
chr6 (5-459)||(22131467-22131921)
chr6 (5-459)||(20085570-20086024)
chr6 (5-459)||(22205139-22205590)
chr6 (31-454)||(24385356-24385780)
chr6 (18-137)||(18981218-18981337)
chr6 (15-456)||(20204900-20205341)
chr6 (15-456)||(22098923-22099364)
chr6 (215-457)||(21971661-21971903)
chr6 (5-186)||(18997101-18997273)
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (10-459)||(47965-48414)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (5-460)||(5491-5946)
[»] scaffold0264 (1 HSPs)
scaffold0264 (5-459)||(15523-15973)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 459
Target Start/End: Original strand, 20237483 - 20237937
Alignment:
Q  5 tgtcgaagaatatacaaggtttgtttatcattcagttttaatgaattagtcagatacatttcatcactgtcccctgtgtcattcgcaagttgatataact 104  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20237483 tgtccaagactatacaaggtttgtttatcattcagttttaatgaattagtcagatacatttcatcactgtcccctgtgtcattcgcaagttgatataact 20237582  T
Q  105 gatttgataatgtactagtgaacgagttttggtatgtgatggaatcttcggtgatatttatatctctatacataggacttgtttcgatgttagagaagaa 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20237583 gatttgataatgtactagtgaacgagttttggtatgtgatggaatcttcggtgatatttatatctctatacataggacttgtttcgatgttagagaagaa 20237682  T
Q  205 tttccgatcagaatagcgaagcaagcagtggctgtaccaaattataccctttgggcaagaaagacactttgagtatatttgttccgcagcattttttaca 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20237683 tttccgatcagaatagcgaagcaagcagtggctgtaccaaattataccctttgggcaagaaagacactttgagtatatttgttccgcagcattttttaca 20237782  T
Q  305 cattgaccacagaggtgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtgg 404  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20237783 cattgaccacagaggcgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtgg 20237882  T
Q  405 cgttggaagacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtact 459  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20237883 cgttggaagacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtact 20237937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 459
Target Start/End: Original strand, 22131467 - 22131921
Alignment:
Q  5 tgtcgaagaatatacaaggtttgtttatcattcagttttaatgaattagtcagatacatttcatcactgtcccctgtgtcattcgcaagttgatataact 104  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22131467 tgtccaagactatacaaggtttgtttatcattcagttttaatgaattagtcagatacatttcatcactgtcccctgtgtcattcgcaagttgatataact 22131566  T
Q  105 gatttgataatgtactagtgaacgagttttggtatgtgatggaatcttcggtgatatttatatctctatacataggacttgtttcgatgttagagaagaa 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22131567 gatttgataatgtactagtgaacgagttttggtatgtgatggaatcttcggtgatatttatatctctatacataggacttgtttcgatgttagagaagaa 22131666  T
Q  205 tttccgatcagaatagcgaagcaagcagtggctgtaccaaattataccctttgggcaagaaagacactttgagtatatttgttccgcagcattttttaca 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22131667 tttccgatcagaatagcgaagcaagcagtggctgtaccaaattataccctttgggcaagaaagacactttgagtatatttgttccgcagcattttttaca 22131766  T
Q  305 cattgaccacagaggtgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtgg 404  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22131767 cattgaccacagaggcgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtgg 22131866  T
Q  405 cgttggaagacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtact 459  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22131867 cgttggaagacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtact 22131921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 5 - 459
Target Start/End: Original strand, 20085570 - 20086024
Alignment:
Q  5 tgtcgaagaatatacaaggtttgtttatcattcagttttaatgaattagtcagatacatttcatcactgtcccctgtgtcattcgcaagttgatataact 104  Q
    |||| |||| ||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||  |||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  20085570 tgtccaagagtatacaaggtttgtacatcatttagttttaatgaattagtcttatatctttcaccactgtcccctgtatcattcgcaagttgagataact 20085669  T
Q  105 gatttgataatgtactagtgaacgagttttggtatgtgatggaatcttcggtgatatttatatctctatacataggacttgtttcgatgttagagaagaa 204  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20085670 gatttgataatgtactagtgaacaagttttggtttgtgatggaatctttggtgatatttatatcgctatacataggacttgtttcgacgttagagaagaa 20085769  T
Q  205 tttccgatcagaatagcgaagcaagcagtggctgtaccaaattataccctttgggcaagaaagacactttgagtatatttgttccgcagcattttttaca 304  Q
     || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||    
T  20085770 ctttcgatcagagtagtgaagcaagcagtggctgtaccaaattataccctttggagatgaaagacactttgagtatatttggtcagttgcattttttaca 20085869  T
Q  305 cattgaccacagaggtgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtgg 404  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || |||  ||| ||  |||||||||||    
T  20085870 cattgaccacagaggcgaacaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccatttcatccactttaacagtataaaatttttcgccatttgtgg 20085969  T
Q  405 cgttggaagacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtact 459  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20085970 cgttggaggacagataagagagaagtaatttgaagttattgttagtgattgtact 20086024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 5 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 22205590 - 22205139
Alignment:
Q  5 tgtcgaagaatatacaaggtttgtttatcattcagttttaatgaattagtcagatacatttcatcactgtcccctgtgtcattcgcaagttgatataact 104  Q
    |||| |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  22205590 tgtccaagactatacaaggtttgtacatcattcagttttaatgaattagtcttatatctttcatcactgtcccctgtatcattcgcaagttgagataact 22205491  T
Q  105 gatttgataatgtactagtgaacgagttttggtatgtgatggaatcttcggtgatatttatatctctatacataggacttgtttcgatgttagagaagaa 204  Q
    |||| ||||| |||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||     
T  22205490 gattcgataaggtactagtgaaccagttttggtttgtggtgtaatca---gtgatatttatatctctatacataggacttgtttcaatgttagagaggat 22205394  T
Q  205 tttccgatcagaatagcgaagcaagcagtggctgtaccaaattataccctttgggcaagaaagacactttgagtatatttgttccgcagcattttttaca 304  Q
    |||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||    
T  22205393 tttttgatctgaatagcgaaccaagcagtggctgtaccaaattatgcccttaggacatgaaagacactttgagtatatttgatccgttgcatttttaaca 22205294  T
Q  305 cattgaccacagaggtgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtgg 404  Q
    |||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  |  | |||||  ||  |||||||||||    
T  22205293 cattgaccgcagaggtgaacgggaaggtcacctcgacacatgaagaggccgtacaccatttcttccacttttactttttggaaatttccgccatttgtgg 22205194  T
Q  405 cgttggaagacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtact 459  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22205193 cgttggaggacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattttact 22205139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 31 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 24385780 - 24385356
Alignment:
Q  31 atcattcagttttaatgaattagtcagatacatttcatc--actgtcccctgtgtcattcgcaagttgatataactgatttgataatgtactagtgaacg 128  Q
    |||||| ||||||||||||||||||  |||  ||||| |  |||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||  |||||||| ||||||||     
T  24385780 atcatttagttttaatgaattagtcttatatctttcaccgtactgtctcctgtatcattggcaagttgatttaactgattccataatgtattagtgaaca 24385681  T
Q  129 agttttggtatgtgatggaatcttcggtgatatttatatctctatacataggacttgtttcgatgttagagaagaatttccgatcagaatagcgaagcaa 228  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  24385680 agttttggtttgtgatggaatctt-ggtgatatttatatcgctatacataggacttgtttcgacgttagagaagaacttccgatcagaatagtgaagcaa 24385582  T
Q  229 gcagtggctgtaccaaattataccctttgggcaagaaagacactttgagtatatttgttccgcagcattttttacacattgaccacagaggtgattagga 328  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||  ||   |||    
T  24385581 gcagtggctgtaccaaactataccctttggagatgaacgacactttgagtatatttggtcagttgcattttttacacattgaccacagagacgaacggga 24385482  T
Q  329 aggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttggaagacaaataagagagaa 428  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  || ||| |||| || ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  24385481 aggtcacctcgacacatgaagaggccgtacaccatttcttccacttttacagtatagaattttttgccatttgtggcgttggaggacagataagagagaa 24385382  T
Q  429 gtaatttgaagtttttgttagtgatt 454  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||    
T  24385381 gtaatttgaagttatcgtttgtgatt 24385356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 137
Target Start/End: Original strand, 18981218 - 18981337
Alignment:
Q  18 acaaggtttgtttatcattcagttttaatgaattagtcagatacatttcatcactgtcccctgtgtcattcgcaagttgatataactgatttgataatgt 117  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||     
T  18981218 acaaggtttgtgtatcattcatttttaatgaattagtcagatacatttcatcactgtcccctgtatcattcgcaagttgagataattgatttgataatgc 18981317  T
Q  118 actagtgaacgagttttggt 137  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  18981318 actagtgaacaagttttggt 18981337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 15 - 456
Target Start/End: Original strand, 20204900 - 20205341
Alignment:
Q  15 tatacaaggtttgtttatcattcagttttaatgaattagtcagatacatttcatcactgtcccctgtgtcattcgcaagttgatataactgatttgataa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||  | |  |||||||| ||| ||| ||  ||||  ||||||   |||| |||||||||||    
T  20204900 tatacaaggtttgtttatcattcaatatcaatgaatttgtcgtaaatttttcatcattgttccccgtaacattgacaagttcggataattgatttgataa 20204999  T
Q  115 tgtactagtgaacgagttttggtatgtgatggaatcttcggtgatatttatatctctatacataggacttgtttcgatgttagagaagaatttccgatca 214  Q
    || | | |||||| |||||||||  | ||||| ||| | ||| | ||||||||| ||| ||||||| |||||||| | || |  |||||| | | |||      
T  20205000 tgcatttgtgaacaagttttggtccgggatgggatcattggtaacatttatatcgctaaacataggtcttgtttcaaagtgattgaagaaatactgattt 20205099  T
Q  215 gaatagcgaagcaagcagtggctgtaccaaattataccctttgggcaagaaagacactttgagtatatttgttccgcagcattttttacacattgaccac 314  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |  |  ||||||||||||||| || |||||  || ||||| || |||||| |||    
T  20205100 gaatagcgaagtaagcaatggctgtaccaaattataccctgtggggagtattgacactttgagtatagttcttccgttgcgtttttgacgcattgaacac 20205199  T
Q  315 agaggtgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttggaaga 414  Q
    ||||   |  |||||| ||||||||||||| |||||| || |||||  ||||||||||||||    |||| ||| || ||||  | |||||||| ||  |    
T  20205200 agagtctagaaggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacacaatttcttccactttaaggctatgaaattttttgccgatggtggcgttcgacaa 20205299  T
Q  415 caaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgt 456  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  20205300 caaataagacagaagtaatttgatgtttttgtcagtgattgt 20205341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 15 - 456
Target Start/End: Original strand, 22098923 - 22099364
Alignment:
Q  15 tatacaaggtttgtttatcattcagttttaatgaattagtcagatacatttcatcactgtcccctgtgtcattcgcaagttgatataactgatttgataa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||  | |  |||||||| ||| ||| ||  ||||  ||||||   |||| |||||||||||    
T  22098923 tatacaaggtttgtttatcattcaatatcaatgaatttgtcgtaaatttttcatcattgttccccgtaacattgacaagttcggataattgatttgataa 22099022  T
Q  115 tgtactagtgaacgagttttggtatgtgatggaatcttcggtgatatttatatctctatacataggacttgtttcgatgttagagaagaatttccgatca 214  Q
    || | | |||||| |||||||||  | ||||| ||| | ||| | ||||||||| ||| ||||||| |||||||| | || |  |||||| | | |||      
T  22099023 tgcatttgtgaacaagttttggtccgggatgggatcattggtaacatttatatcgctaaacataggtcttgtttcaaagtgattgaagaaatactgattt 22099122  T
Q  215 gaatagcgaagcaagcagtggctgtaccaaattataccctttgggcaagaaagacactttgagtatatttgttccgcagcattttttacacattgaccac 314  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |  |  ||||||||||||||| || |||||  || ||||| || |||||| |||    
T  22099123 gaatagcgaagtaagcaatggctgtaccaaattataccctgtggggagtattgacactttgagtatagttcttccgttgcgtttttgacgcattgaacac 22099222  T
Q  315 agaggtgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttggaaga 414  Q
    ||||   |  |||||| ||||||||||||| |||||| || |||||  ||||||||||||||    |||| ||| || ||||  | |||||||| ||  |    
T  22099223 agagtctagaaggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacacaatttcttccactttaaggctatgaaattttttgccgatggtggcgttcgacaa 22099322  T
Q  415 caaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgt 456  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  22099323 caaataagacagaagtaatttgatgtttttgtcagtgattgt 22099364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 215 - 457
Target Start/End: Original strand, 21971661 - 21971903
Alignment:
Q  215 gaatagcgaagcaagcagtggctgtaccaaattataccctttgggcaagaaagacactttgagtatatttgttccgcagcattttttacacattgaccac 314  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||| || |||||| |||    
T  21971661 gaatagcgaagcaggcaatggctgtaccaaattataccctctgggaaggaatgacactttgagtatagttgttccgttgcatttttgacgcattgaacac 21971760  T
Q  315 agaggtgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccacttt-agcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttggaag 413  Q
    | ||| ||   ||||| ||||||||||||| |||||| || ||| |  ||||||||||||| ||| | ||  ||| || ||||  | |||||||| ||      
T  21971761 aaaggcgaggcggaagatcacctcgacacatgaagagaccatacgcaatttcttccactttaagcca-ataaaattttttgccgatggtggcgttcgaca 21971859  T
Q  414 acaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgta 457  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||    
T  21971860 acaaataagacagaagtagtttgatgtttttgtcagtgattgta 21971903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 5 - 186
Target Start/End: Original strand, 18997101 - 18997273
Alignment:
Q  5 tgtcgaagaatatacaaggtttgtttatcattcagttttaatgaattagtcagatacatttcatcactgtcccctgtgtcattcgcaagttgatataact 104  Q
    |||| |||| |||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||| ||| || ||||  |||||||   | ||||    
T  18997101 tgtccaagactatacaagttttgttcatcatacagttttaatgaattagtcatatatctttcaacactgtaccccgtttcatatgcaagtttggaaaact 18997200  T
Q  105 gatttgataatgtactagtgaacgagttttggtatgtgatggaatcttcggtgatatttatatctctatacataggacttgt 186  Q
    ||||  |||||||  || || || ||||||||| |||          | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18997201 gattcaataatgtcataatgtacaagttttggtctgt---------ataggtgatatttatatctctatacataggacttgt 18997273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 10 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 48414 - 47965
Alignment:
Q  10 aagaatatacaaggtttgtttatcattcagttttaatgaattagtcagatacatttcatcactgtcccctgtgtcattcgcaagttgatataactgattt 109  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||     
T  48414 aagactatacaaggtttgtttatcattcagttttaatgaattagtcttatatctatcatcactgtcccctgtatcatttgcaagttgagataactgattc 48315  T
Q  110 gataatgtactagtgaacgagttttggtatgtgatggaatcttcggtgatatttatatctctatacataggacttgtttcgatgttagagaagaatttcc 209  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||||| |  ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |      
T  48314 gataatgtactagtgaacaagtttagatatgtgctaaaatatttggtgatatttatatctctatacataggacttgtttccatgttagagaagattattt 48215  T
Q  210 gatcagaatagcgaagcaagcagtggctgtaccaaattataccctttgggcaagaaagacactttgagtatatttgttccgcagcattttttacacattg 309  Q
     ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||  || ||||| ||||||||    
T  48214 tatctgaatagcgaaccaagcagtggctgtaccaaattataccctttggagatgaaagacactttgagtatatttggtccgttgcttttttcacacattg 48115  T
Q  310 accacagaggtgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtggcgttg 409  Q
    |||||||||| ||   ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||| || ||||| || ||  ||||||||||||||||    
T  48114 accacagaggcgaacgggaaggtcacctcgacacatgaagaggccatacagcatttcttccactttaacagtatgggatttttcgccatttgtggcgttg 48015  T
Q  410 gaagacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtact 459  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48014 gaggacaaataagagagaagtaatttgaagtttttcttagtgattgtact 47965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 5 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 5946 - 5491
Alignment:
Q  5 tgtcgaagaatatacaaggtttgtttatcattcagttttaatgaattagtcagatacatttcatcactgtcccctgtgtcattcgcaagttgatataact 104  Q
    |||| |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  5946 tgtccaagactatacaaggtttgtacatcattcagttttaatgaattagtcttatatctatcatcactgtcccctgtatcattcgcaagttgagataact 5847  T
Q  105 gatttgataatgtactagtgaacgagttttggtatgtgatggaatcttcggtgatatttatatctctatacataggacttgtttcgatgttagagaagaa 204  Q
     ||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||     
T  5846 cattggataatgtactagtgaacaagttttggtttgtgctacaatttttggtgatatttatatctctatacataggacttgtttccatgttagagatgat 5747  T
Q  205 tttccgatcagaatagcgaagcaagcagtggctgtaccaaattataccctttgggcaagaaagacactttgagtatatttgttccgcagcattttttaca 304  Q
    |||   ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||    
T  5746 tttattatctgaatagcgaaccaagcagtggctgtaccaaattatacccttgggacgtgaaagacactttgagtatatttgatccgttgcatttttcaca 5647  T
Q  305 cattgaccacagaggtgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtgg 404  Q
    ||| || |||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||| || ||||| || ||  |||||||||||    
T  5646 catcgagcacagaggtgaacgggaaggtcacctcgacacatgaagaggccatacagcgtttcttccactttaacagtatgggatttttcgccatttgtgg 5547  T
Q  405 cgttggaagacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtactt 460  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5546 cgttggaggacaaataagagagaagtaatttgaagtttttcttagtgattgtactt 5491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 1)
Name: scaffold0264
Description:

Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 5 - 459
Target Start/End: Original strand, 15523 - 15973
Alignment:
Q  5 tgtcgaagaatatacaaggtttgtttatcattcagttttaatgaattagtcagatacatttcatcactgtcccctgtgtcattcgcaagttgatataact 104  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  15523 tgtccaagactatacaaggtttgtttatcattcagttttaatgaattagtcttatatctttcatcactgtcccctgtatcattcgcaagttgagataact 15622  T
Q  105 gatttgataatgtactagtgaacgagttttggtatgtgatggaatcttcggtgatatttatatctctatacataggacttgtttcgatgttagagaagaa 204  Q
    |||| ||||| |||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||     
T  15623 gattcgataaggtactagtgaaccagttttggtttgtggtgtaatca---gtgatatttatatctctatacataggacttgtttcaatgttagagaggat 15719  T
Q  205 tttccgatcagaatagcgaagcaagcagtggctgtaccaaattataccctttgggcaagaaagacactttgagtatatttgttccgcagcattttttaca 304  Q
    |||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||  |||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||    
T  15720 tttttgatctgaatagcgaaccaagcagtggctgtaccaaattatgcccttaggacatcaaagacactttgagtatatttgatccgttgcatttttaaca 15819  T
Q  305 cattgaccacagaggtgattaggaaggtcacctcgacacaagaagaggccgtacaccttttcttccactttagcaatatggaatgttgtgccatttgtgg 404  Q
    |||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  |  | |||||  || ||||| ||||||    
T  15820 cattgaccgcagaggtgaacgggaaggtcacctcgacacatgaagaggccgtacaccatttcttccacttttactttttggaaatttctgcca-ttgtgg 15918  T
Q  405 cgttggaagacaaataagagagaagtaatttgaagtttttgttagtgattgtact 459  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15919 cgttggaggacagataagagagaagtaatttgaagttattgttagtgattgtact 15973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University