View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18679_low_1 (Length: 866)

Name: NF18679_low_1
Description: NF18679
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18679_low_1
NF18679_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-859)||(37444459-37445302)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 752; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 752; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 859
Target Start/End: Complemental strand, 37445302 - 37444459
Alignment:
Q  1 cattggcaaaacatttcagccattcgagctgttcttgaggataatttacctggtattcttgaaattgaggtacttctttctttaataaatagtcnnnnnn 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  37445302 cattggcaaaacatttcagccattcgagctgttcttgaggataatttacccggtattcttgaaattgaggtacttctttctttaataaatagtctttttt 37445203  T
Q  101 nacactgtgataagctatgcagacacattcacattaagaaaactatgtatagatgttaattttcattggatttgttttttacagctagacaaagttccat 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37445202 tacactgtgataagctatgcagacacattcacatcaagaaaactatgtatagatgttaattttcattggatttgttttttacagctagacaaagttccat 37445103  T
Q  201 ccttctttcgtgagatagaaccaaagcctggaaagcatactgtgtggaccttatctcaagacttcactcatggtcaagcttctaaataccggtatgtatt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37445102 ccttctttcgtgagatagaaccaaagcctggaaagcatactgtgtggaccttatctcaagacttcactcatggtcaagcttccaaataccggtatgtatt 37445003  T
Q  301 tctttttaaccacattattacactttcatctttttacttttggatgaaaacacacaaatagattcattcaatcatattcagcttgattgtatttatagtt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  37445002 tctttttaaccacattattacactttcatctttttacttttggatgaaaacacacaaatagattcattcaatcatattcagcttgattgta--------- 37444912  T
Q  401 atagtacatacaatatatcattttgtcattgatggcaaatatttctttctactcaggaggcactatcttcaattccctccgggagctcttgaccaatact 500  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37444911 ------catacaatatatcattttgtcattgatggcaaatatttctttctactcaggaggcactatcttcaattccctccgggagctcttgaccaatact 37444818  T
Q  501 acgcaaagctcttgcaatgtgataatcgattgttggaattgagtcagagaccatttcctagttcacatgctatttattttgattcacatttagatcagag 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37444817 acgcaaagctcttgcaatgtgataatcgattgatggaattgagtcagagaccatttcctagttcacatgctatttattttgattcacatttagatcagag 37444718  T
Q  601 aacaacacaacttaattttagtcattattcagaaacttcctcggttatggaccaacaaattcaacaatttggcacattgcatctaatttcaaattataac 700  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37444717 gacaacacaacttaattttagtcattattcagaaacctccttggttatggaccaacaaattcaacaatttggcacattgcctctaatttcaaattataac 37444618  T
Q  701 aacccaacttcaggtagcaaaaatttccattagttatagtattccataataatacatgtgtgctcatcacaacaacattagcacttctaacataaaaaac 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37444617 aacccaacttcaggtagcaaaaatttccattagttatagtattccataataatacatgtgtgctcatcacaacaacattagcacttctaacataaaaaac 37444518  T
Q  801 atcatatgttatagatgagtcgatcaacaatcaaatgcttcaagatctgatgatgtcca 859  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37444517 atcatatgttatagatgagtcgatcaacaatcaaatgcttcaagatccgatgatgtcca 37444459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University