View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18683_low_63 (Length: 234)

Name: NF18683_low_63
Description: NF18683
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18683_low_63
NF18683_low_63
[»] chr3 (30 HSPs)
chr3 (1-223)||(9838309-9838531)
chr3 (1-223)||(9849187-9849409)
chr3 (1-223)||(10076714-10076936)
chr3 (1-223)||(10376244-10376466)
chr3 (1-222)||(10580049-10580270)
chr3 (1-222)||(10434444-10434665)
chr3 (1-223)||(10088238-10088460)
chr3 (1-223)||(10195121-10195343)
chr3 (1-211)||(10364209-10364419)
chr3 (1-219)||(8860734-8860952)
chr3 (54-180)||(10085609-10085735)
chr3 (54-180)||(10192529-10192655)
chr3 (1-221)||(11768682-11768902)
chr3 (1-222)||(10888754-10888975)
chr3 (1-222)||(11149254-11149475)
chr3 (1-222)||(11131426-11131647)
chr3 (1-222)||(11160417-11160638)
chr3 (72-221)||(10126435-10126584)
chr3 (72-221)||(13170550-13170699)
chr3 (72-221)||(13332423-13332572)
chr3 (162-221)||(13289274-13289333)
chr3 (72-221)||(10260205-10260354)
chr3 (1-52)||(10084168-10084219)
chr3 (162-221)||(13160589-13160648)
chr3 (1-48)||(10191091-10191138)
chr3 (123-218)||(10526929-10527024)
chr3 (162-221)||(13343698-13343757)
chr3 (123-179)||(10517058-10517114)
chr3 (123-179)||(10541544-10541600)
chr3 (123-179)||(11782422-11782478)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (1-223)||(50204-50426)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-222)||(26906345-26906566)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (67-222)||(31680139-31680294)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (67-222)||(44958109-44958264)
chr8 (88-221)||(11484552-11484685)
chr8 (1-44)||(44958256-44958299)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (72-221)||(136289-136438)
scaffold0002 (162-221)||(146340-146399)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 30)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 9838309 - 9838531
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9838309 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 9838408  T
Q  101 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9838409 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 9838508  T
Q  201 cctgcgatgcaaggtggagaatg 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  9838509 cctgcgatgcaaggtggagaatg 9838531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 9849187 - 9849409
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9849187 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 9849286  T
Q  101 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9849287 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 9849386  T
Q  201 cctgcgatgcaaggtggagaatg 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  9849387 cctgcgatgcaaggtggagaatg 9849409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 10076714 - 10076936
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 100  Q
    |||| |||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10076714 tttcttgattacatcaaaaacacaaatctgaatgtatcactcttcagacagttacaaacaaccatgctcaatcttcaggctgtactagatgatgcagagg 10076813  T
Q  101 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10076814 agaagcagatcagcaatccccatgtcagacagtggcttgataacttgaaagatgctgtctttgatgccgaggacttgctcaacgaaatcagttacgattc 10076913  T
Q  201 cctgcgatgcaaggtggagaatg 223  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  10076914 actgcgatgcaaggtggagaatg 10076936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 10376466 - 10376244
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 100  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| || ||||  |||||| |||||| | ||| || |||||||||||||    
T  10376466 tttcttgattacatcaaaaacaccaaactcaatgtctcactcttgaggcagttaaaaacaacactgctcactcttcaagttgtgctggatgatgcagagg 10376367  T
Q  101 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 200  Q
    |||||||||||| ||||||   |||||| || ||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  10376366 agaagcagatcatcaatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattc 10376267  T
Q  201 cctgcgatgcaaggtggagaatg 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  10376266 cctgcgatgcaaggtggagaatg 10376244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 10580049 - 10580270
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||  |||||| |||||| | ||| || |||||||||||||    
T  10580049 tttcttgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagcttaaaacaacactgctcactcttcaagttgtgctggatgatgcagagg 10580148  T
Q  101 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 200  Q
    ||||||||||||  |||||   ||||||||  ||||||||| |||||||||||| | || ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  10580149 agaagcagatcaataatcctgctgtcaaactatggcttgatgacttgaaagatgctatcattgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttacgattc 10580248  T
Q  201 cctgcgatgcaaggtggagaat 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  10580249 cctgcgatgcaaggtggagaat 10580270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10434665 - 10434444
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |  || ||||  | |||| |||||| | ||| || |||||||||||||    
T  10434665 tttcgtgattacatcaaaaacaccaagctcaatgactcactcttgaggcagctgaaaacaacacttctcactcttcaagttgtgctggatgatgcagagg 10434566  T
Q  101 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 200  Q
    |||||||||||| ||| ||   ||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  10434565 agaagcagatcaacaaacctgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgccgaggacttgctcaacgaaatcagttatgattc 10434466  T
Q  201 cctgcgatgcaaggtggagaat 222  Q
    ||| |||| |||||||||||||    
T  10434465 ccttcgatccaaggtggagaat 10434444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 10088238 - 10088460
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||| |  || ||||  |||||| |||||| | ||| || |||||||| ||||    
T  10088238 tttcgtgattacatcaaaaacaccaagttgaatgtctcactctcgaggcagctgaaaacaacactgctcactcttcaagttgtgctggatgatgcggagg 10088337  T
Q  101 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 200  Q
    |||||||||||| ||||||   ||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||    
T  10088338 agaagcagatcaacaatcctgctgtcaaactatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgctgaggacttgctcagcgaaatcagttatgattc 10088437  T
Q  201 cctgcgatgcaaggtggagaatg 223  Q
    ||| |||||||||||||||||||    
T  10088438 ccttcgatgcaaggtggagaatg 10088460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 10195121 - 10195343
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |  || ||||  |||||| |||||| | ||| || |||||||| ||||    
T  10195121 tttcgtgattacatcaaaaacaccaagttgaatgtctcactcttgaggcagctgaaaacaacactgctcactcttcaagttgtgctggatgatgcggagg 10195220  T
Q  101 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 200  Q
    |||||||||||| ||||||   ||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| |||||    
T  10195221 agaagcagatcaacaatcctgctgtcaaactatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgctgaggacttgttcagcgaaatcagttatgattc 10195320  T
Q  201 cctgcgatgcaaggtggagaatg 223  Q
    ||| |||||||||||||||||||    
T  10195321 ccttcgatgcaaggtggagaatg 10195343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 10364419 - 10364209
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 100  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||| | ||| || ||||| ||||| |    
T  10364419 tttcttgattacatcaaaaacaccaaactcaatgactcactcttgaggcagttacaaacaacactgctcactcttcaagttgtgctggatgacgcagaag 10364320  T
Q  101 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 200  Q
    |||||||||||| ||||||   ||||||||| |||||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  10364319 agaagcagatcaacaatcctgctgtcaaacaatggcttgatggcttgaaagatgctgtctttgatgccgaggatttgcttcacgaaatcagttatgattc 10364220  T
Q  201 cctgcgatgca 211  Q
    |||||||||||    
T  10364219 cctgcgatgca 10364209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 8860734 - 8860952
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 100  Q
    |||||||||| |||||| ||||  ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||  ||||   |||||| ||||| || |||||||||||||    
T  8860734 tttcgtgatttcatcaacaacagaaagctgaacgtctcactcttgaagcagttacaagcaacgctgctggttcttcaagctgtgctggatgatgcagagg 8860833  T
Q  101 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 200  Q
    |||||||||||| |||||    ||||||||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  8860834 agaagcagatcaacaatcgtgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctctctttgatgctgaggatttgctcaaccaaatcagttatgattc 8860933  T
Q  201 cctgcgatgcaaggtggag 219  Q
      | |||||||||||||||    
T  8860934 attacgatgcaaggtggag 8860952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 54 - 180
Target Start/End: Original strand, 10085609 - 10085735
Alignment:
Q  54 acaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagat 153  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10085609 acaaacaaccatgctcaatcttcaggctgtactagatgatgcaaaggagaagcagatcagtaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagat 10085708  T
Q  154 gttgtctttgatgctgaggatttgctc 180  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  10085709 gttttctttgatgctgaagatttgctc 10085735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 54 - 180
Target Start/End: Original strand, 10192529 - 10192655
Alignment:
Q  54 acaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagat 153  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10192529 acaaacaaccatgctcaatcttcaggctgtactagatgatgcaaaggagaagcagatcagtaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagat 10192628  T
Q  154 gttgtctttgatgctgaggatttgctc 180  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  10192629 gttttctttgatgctgaagatttgctc 10192655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 11768682 - 11768902
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 100  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||  ||||||||||| || |||||||| ||||    
T  11768682 tttcttgattacatcaaaaacaccaagctgaatgtctcactcttgaggcaattaaaaacaaccctgctcacacttcaggctgtactggatgatgcggagg 11768781  T
Q  101 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 200  Q
    |||||||||| | |||||    ||||||||| ||||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||| ||| |  |||| ||||| || ||    
T  11768782 agaagcagatgaacaatcttgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagacgctatctttgatgctgaggatttactcgatcaaataagttatgactc 11768881  T
Q  201 cctgcgatgcaaggtggagaa 221  Q
    ||| ||||||||| |||||||    
T  11768882 cctccgatgcaagatggagaa 11768902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 10888754 - 10888975
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 100  Q
    |||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||   |||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  10888754 tttcgtgatttcatcaacaacaaaaagctgaatgtctcactcttgaagcagttacaaacaacgctgctggttcttcaagctgtgctggatgatgctgagg 10888853  T
Q  101 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 200  Q
    |||||||||||| ||| |    ||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| || ||    
T  10888854 agaagcagatcaacaaccgtgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgcggaggatttgctgaaccaaattagttatgaatc 10888953  T
Q  201 cctgcgatgcaaggtggagaat 222  Q
      ||||||||||||||||||||    
T  10888954 attgcgatgcaaggtggagaat 10888975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 11149475 - 11149254
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 100  Q
    |||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||   |||||| ||||| || |||||||| || |    
T  11149475 tttcgtgatttcatcaacaacaaaaagctgaatgtctcactcttgaagcagttacaaacaacactgctggttcttcaagctgtgctggatgatgctgatg 11149376  T
Q  101 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 200  Q
    |||||||||||| ||||||   ||||||||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||  |||| ||||| || ||    
T  11149375 agaagcagatcaacaatcctgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgccgaggatttgctgaatcaaattagttatgaatc 11149276  T
Q  201 cctgcgatgcaaggtggagaat 222  Q
     |||||||||||||||||||||    
T  11149275 actgcgatgcaaggtggagaat 11149254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 11131647 - 11131426
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 100  Q
    |||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||   |||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  11131647 tttcgtgatttcatcaacaacaaaaagctgaatgtctcactcttgaagcagttacaaacaacactgctggttcttcaagctgtgctggatgatgctgagg 11131548  T
Q  101 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 200  Q
    |||||||||||| ||| |    ||||||| | ||| ||||| |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||  |||| ||||| || ||    
T  11131547 agaagcagatcaacaaccgtgctgtcaaaaaatgggttgatgacttgaaagatgctatctttgatgcggaggatttgctgaatcaaattagttatgagtc 11131448  T
Q  201 cctgcgatgcaaggtggagaat 222  Q
     |||||||||||||||||||||    
T  11131447 actgcgatgcaaggtggagaat 11131426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 11160638 - 11160417
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 100  Q
    |||||||||| |||||| || |  ||| | |||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||   ||| || ||||| || |||||||||||||    
T  11160638 tttcgtgatttcatcaacaataagaagttgaatgtctcactcttgaagcagttacaaacaacgttgctggttctacaagctgtgctggatgatgcagagg 11160539  T
Q  101 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 200  Q
    ||||| |||||| ||| |    ||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||  |||| ||||| || ||    
T  11160538 agaagtagatcaacaaccgtgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgccgaggatttgctgaatcaaattagttatgaatc 11160439  T
Q  201 cctgcgatgcaaggtggagaat 222  Q
     |||||||||||||||||||||    
T  11160438 actgcgatgcaaggtggagaat 11160417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 72 - 221
Target Start/End: Original strand, 10126435 - 10126584
Alignment:
Q  72 tcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgag 171  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| |||    ||||||| ||||| |||   || |||||||   ||| ||||||||||    
T  10126435 tcttgaggttgtactagatgatgcagaggagaagcagatcctcaaacccagaatcaaacaatggctggatcggttaaaagatgcaatctatgatgctgag 10126534  T
Q  172 gatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 221  Q
    |||||||||||  ||||||| ||| || |||| ||||||||| |||||||    
T  10126535 gatttgctcaatcaaatcagctacaatgccctacgatgcaagctggagaa 10126584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 72 - 221
Target Start/End: Original strand, 13170550 - 13170699
Alignment:
Q  72 tcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgag 171  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||| |||| |||  |   ||||||||| ||| | ||| |  |||||||||   ||| ||||||||||    
T  13170550 tcttcaggcggttcttgatgatgcagaacagaagcaaatcaccaacactgctgtcaaacaatggatggatcaactgaaagatgcaatctatgatgctgag 13170649  T
Q  172 gatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 221  Q
    |||||||| ||| |||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  13170650 gatttgcttaaccaaatcaattacgactccctccgatgtaaggtggagaa 13170699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 72 - 221
Target Start/End: Original strand, 13332423 - 13332572
Alignment:
Q  72 tcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgag 171  Q
    ||||||||| || || |||||||||||  ||||||| |||| |||  |   ||||||||| ||| | ||| |  |||||||||   ||| ||||||||||    
T  13332423 tcttcaggcggtgctggatgatgcagaacagaagcaaatcaccaacactgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgag 13332522  T
Q  172 gatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 221  Q
    |||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  13332523 gatttgcttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaa 13332572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 162 - 221
Target Start/End: Original strand, 13289274 - 13289333
Alignment:
Q  162 tgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 221  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  13289274 tgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaa 13289333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 221
Target Start/End: Original strand, 10260205 - 10260354
Alignment:
Q  72 tcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgag 171  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| |||    ||||||| ||| | |||   || |||||||   ||| ||||||||||    
T  10260205 tcttgaggttgtactagatgatgcagaggagaagcagatcctcaaacccagaatcaaacaatggttggatcggttaaaagatgcaatctatgatgctgag 10260304  T
Q  172 gatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 221  Q
    |||||||||||  ||||||| ||| || |||| ||||||||| |||||||    
T  10260305 gatttgctcaataaaatcagctacaatgccctacgatgcaagctggagaa 10260354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 52
Target Start/End: Original strand, 10084168 - 10084219
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagt 52  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||    
T  10084168 tttcttgattacatcaaaaacaccaagccaaatgtctcactcttgaggcagt 10084219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 162 - 221
Target Start/End: Original strand, 13160589 - 13160648
Alignment:
Q  162 tgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 221  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  13160589 tgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtacggtggagaa 13160648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 48
Target Start/End: Original strand, 10191091 - 10191138
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgagg 48  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||    
T  10191091 tttcttgattacatcaaaaacaccaagccaaatgtctcactcttgagg 10191138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 123 - 218
Target Start/End: Original strand, 10526929 - 10527024
Alignment:
Q  123 tgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtgga 218  Q
    ||||||||| |||||| || ||||||||||||   | ||||||||||| ||||||||  ||  |||||| |||||| | ||||| |||||||||||    
T  10526929 tgtcaaacaatggcttcatgacttgaaagatgcaatatttgatgctgaagatttgcttgacttaatcagctacgatgctctgcggtgcaaggtgga 10527024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 162 - 221
Target Start/End: Original strand, 13343698 - 13343757
Alignment:
Q  162 tgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 221  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  13343698 tgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaactacgactccctgcgatgtacggtggagaa 13343757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 123 - 179
Target Start/End: Original strand, 10517058 - 10517114
Alignment:
Q  123 tgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgct 179  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||   |||||||| |||| ||||||||    
T  10517058 tgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgcaatctttgattctgaagatttgct 10517114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 123 - 179
Target Start/End: Original strand, 10541544 - 10541600
Alignment:
Q  123 tgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgct 179  Q
    |||||| || ||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||    
T  10541544 tgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgcaatctttgatgctgaagatttgct 10541600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 123 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 11782478 - 11782422
Alignment:
Q  123 tgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgct 179  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||   | ||||||||||| ||||||||    
T  11782478 tgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgcaatatttgatgctgaagatttgct 11782422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 50426 - 50204
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||  | |||| |||||| | ||| || |||||||| ||||    
T  50426 tttcttgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagctgaaaacaacacttctcactcttcaagttgtgctggatgatgctgagg 50327  T
Q  101 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 200  Q
    |||||||||||| ||||||   ||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||    
T  50326 agaagcagatcaacaatcctgctgtcaaactatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgctgaggacttgctcagcgaaatcagttatgattc 50227  T
Q  201 cctgcgatgcaaggtggagaatg 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  50226 cctgcgatgcaaggtggagaatg 50204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 114; Significance: 6e-58; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 26906345 - 26906566
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagagg 100  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||  |||||| ||| |||| ||| || |||||||||||||    
T  26906345 tttcttgattacatcaaaaacaccaagctcaatgtctcactcttgaggcagctaaaaacaacactgctcactctgcaggttgtgctggatgatgcagagg 26906444  T
Q  101 agaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattc 200  Q
    |||| ||||||| ||||||   ||||||||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  26906445 agaaacagatcaacaatcctgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgttgaggacttgctcaacgaaattagttatgattc 26906544  T
Q  201 cctgcgatgcaaggtggagaat 222  Q
    |||||||||||| || ||||||    
T  26906545 cctgcgatgcaaagtcgagaat 26906566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 67 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 31680294 - 31680139
Alignment:
Q  67 ctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatg 166  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||||||| |||||  | ||||||||| ||||||||| | ||||||||||   | | |||||    
T  31680294 ctcactcttcatgctgttcttgatgatgctgagaagaagcagatcaacaatcttcctgtcaaacaatggcttgatgagttgaaagatgcaatatatgatg 31680195  T
Q  167 ctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaat 222  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||| |||| |||  || ||||||||||||||    
T  31680194 ctgaggatttgctcaaccagatcagttatgattgccttagaagcaaggtggagaat 31680139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 67 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 44958264 - 44958109
Alignment:
Q  67 ctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatg 166  Q
    |||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |||| ||| |    ||||||||| ||||||||| |||||||| ||    | |||||||    
T  44958264 ctcactcttcaggttgtgcttgatgatgcagaggagaagcaaatcaccaaccttactgtcaaacaatggcttgatgacttgaaaaatacaatatttgatg 44958165  T
Q  167 ctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaat 222  Q
    | ||||||||||||||| |||| || || ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  44958164 ccgaggatttgctcaaccaaattagctatgattccctgcgttgcaaagtggagaat 44958109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 88 - 221
Target Start/End: Original strand, 11484552 - 11484685
Alignment:
Q  88 gatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaa 187  Q
    ||||||||||| ||||||||||||    | ||| |  ||||||| |||||||||   ||||||||||   |||||||||||||||||||||| || ||||    
T  11484552 gatgatgcagaagagaagcagatccttcaacccaaaatcaaacaatggcttgatcggttgaaagatgcaatctttgatgctgaggatttgcttaatgaaa 11484651  T
Q  188 tcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 221  Q
    |||| || ||| || ||||||||||||| |||||    
T  11484652 tcagctatgatgccttgcgatgcaaggtagagaa 11484685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 44
Target Start/End: Complemental strand, 44958299 - 44958256
Alignment:
Q  1 tttcgtgattacatcaaaaacactaagctcaatgtctcactctt 44  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  44958299 tttcttgattacatcaaaaacaccaagatcaatgtctcactctt 44958256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000005; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 72 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 136438 - 136289
Alignment:
Q  72 tcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgag 171  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||| |||| |||  |   ||||||||| ||| | ||| |  |||||||||   ||| ||||||||||    
T  136438 tcttcaggcggttcttgatgatgcagaacagaagcaaatcaccaacactgctgtcaaacaatggatggatcaactgaaagatgcaatctatgatgctgag 136339  T
Q  172 gatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 221  Q
    |||||||| ||| |||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  136338 gatttgcttaaccaaatcaattacgactccctccgatgtaaggtggagaa 136289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 162 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 146399 - 146340
Alignment:
Q  162 tgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 221  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  146399 tgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtacggtggagaa 146340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University