View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18684_high_16 (Length: 379)

Name: NF18684_high_16
Description: NF18684
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18684_high_16
NF18684_high_16
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (19-369)||(15591573-15591923)
chr2 (19-304)||(15493315-15493601)
chr2 (20-369)||(15517077-15517426)
chr2 (24-369)||(15533588-15533935)
chr2 (19-362)||(15654050-15654393)
chr2 (19-362)||(15644999-15645341)
chr2 (21-367)||(15624369-15624714)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 15591923 - 15591573
Alignment:
Q  19 atgacttctataaatcactgccttcaaagctaatatttggattcagcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcatttagtagttccttctt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15591923 atgacttctataaatcactgccttcaaagctaatatttggattgatcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcatttagtagttccttctt 15591824  T
Q  119 cataatatactaccatgcttcggtgtgggttcctagttgcatttcaattctttccttcctcccaatacttttctacataagtttgcaattctccttgttg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15591823 cataatatactaccatgcttcggtgtgggttcctagttgcatttcaattatttccttcctcccaatacttttctacataagtttgcaattctccttgttg 15591724  T
Q  219 tcagatatcatttactcaatctactattggaggactctatctaagcctcgtaaaaatttatttatgtactagaaaagtagtggattgttaccgtaaggaa 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15591723 tcagatatcatttactcaatctactattggaggactctatctaagcctcgtaaaaatttatttatgtactagaaaagtagtggattgttaccgtaaggaa 15591624  T
Q  319 aatgtttattgttacgaagagaagtttgataataaacgcaagaatcctatg 369  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15591623 aatgtttattgttacgaagagaagtttgataataaacgcaagaatcctatg 15591573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 19 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 15493601 - 15493315
Alignment:
Q  19 atgacttctataaatcactgccttcaaagctaatatttggattcagcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcatttagtagttccttctt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  15493601 atgacttctataaatcactgcctttaaagctaatatttggattgatcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcattaagtacttccttctt 15493502  T
Q  119 cataatatactaccatgcttcggtgtgggttcctagttgcatttcaattctttccttcctcccaatacttttctacataagtttgcaattctccttgttg 218  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||    |||||     
T  15493501 cataatatactaccatggttcgatgtggattcctagttgcattacaatactttccttcctcccaatacttttgtatatacgtttgcaatttaaattgttt 15493402  T
Q  219 tcagatatcatttactcaatctactattggaggactctatctaagcctcgtaaaaat-ttatttatgtactagaaaagtagtggatt 304  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||    
T  15493401 tctgatatcatttactcaacctactattggaagactctatctaagcttggtaaaaatatgatttatgtactagagaagtagaggatt 15493315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 20 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 15517426 - 15517077
Alignment:
Q  20 tgacttctataaatcactgccttcaaagctaatatttggattcagcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcatttagtagttccttcttc 119  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  15517426 tgacttctataaatcactacctttaaagctaatatttggattgatcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcacttagcagttccttcttc 15517327  T
Q  120 ataatatactaccatgcttcggtgtgggttcctagttgcatttcaattctttccttcctcccaatacttttctacataagtttgcaattctccttgttgt 219  Q
    ||||  | |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||| |    
T  15517326 ataaccttctaccatggttcgatgtggattcctagttgcatttcaatattttctttccttccaatacttttgtacataggtttgcaattttcattgtttt 15517227  T
Q  220 cagatatcatttactcaatctactattggaggactctatctaagcctcgtaaaaat-ttatttatgtactagaaaagtagtggattgttaccgtaaggaa 318  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | || |||||  ||||  ||||| ||| | |||  ||||||||    
T  15517226 cagatatcatttactcaacctactattggagaactctatctaagcctggtaaaaatatgatctatgtgatagaggagtagaggaatattattgtaaggaa 15517127  T
Q  319 aatgtttattgttacgaagagaagtttgataataaacgcaagaatcctatg 369  Q
    |||| ||||||||| | |||||| ||||| || |||| |||||||| ||||    
T  15517126 aatgcttattgttatg-agagaaatttgacaagaaacacaagaatcttatg 15517077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 24 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 15533935 - 15533588
Alignment:
Q  24 ttctataaatcactgccttcaaagctaatatttggattcagcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcatttagtagttccttcttcataa 123  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||    
T  15533935 ttctataaatcactgcctttaaagctaatatttggattgatcacattattcatctccataacaagcatgatgatagcacttagcagttccttcttcataa 15533836  T
Q  124 tatactaccatgcttcggtgtgggttcctagttgcatttcaattctttccttcctcccaatacttttctacataagtttgcaattctccttgttgtcaga 223  Q
     ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||| |||||    
T  15533835 catactaccatggttcgatgtggattcctagttgcatttcaatattttctttcctcccaatacttttgtacataggtttgcaattttcattgttttcaga 15533736  T
Q  224 tatcatttactcaatctactattggaggactctatctaagcctcgtaaaaat-ttattta--tgtactagaaaagtagtggattgttaccgtaaggaaaa 320  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||| | |||||  |||  ||||  ||||| ||| | |||  | ||||||||    
T  15533735 tatcatttactcaacctactattggaggactctgtttaaacctggtaaaaatatgatttatgtgtgatagaggagtagaggaatattattgcaaggaaaa 15533636  T
Q  321 tgtttattgttacgaagagaagtttgataataaacgcaagaatcctatg 369  Q
    || ||||||||| | |||||||||||| || |||| |||||||| ||||    
T  15533635 tggttattgttatg-agagaagtttgacaagaaacacaagaatcttatg 15533588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 9e-86
Query Start/End: Original strand, 19 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 15654393 - 15654050
Alignment:
Q  19 atgacttctataaatcactgccttcaaagctaatatttggattcagcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcatttagtagttccttctt 118  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||   ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||    
T  15654393 atgacttctataaatcattgcctttaaagctaatatgtggattggtcacattatttatctccgtaacaagcatgatggtagcattaagtactaacttctt 15654294  T
Q  119 cataatatactaccatgcttcggtgtgggttcctagttgcatttcaattctttccttcctcccaatacttttctacataagtttgcaattctccttgttg 218  Q
    |||| |||||||||||| || | ||||||||||| ||| ||||||| |  |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||     
T  15654293 catagtatactaccatggtttgatgtgggttcctggtttcatttcagtattttctttcctcccaatacttttgtacatatgtttgcaattttcgttgttt 15654194  T
Q  219 tcagatatcatttactcaatctactattggaggactctatctaagcctcgtaaaaat-ttatttatgtactagaaaagtagtggattgttaccgtaagga 317  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||| |    
T  15654193 tcagatatcatttactcaacatactactggagtactctatctaagcctggtaaaaatatgatttatgtactagagaagtagtggattattattgtaagaa 15654094  T
Q  318 aaatgtttattgttacgaagagaagtttgataataaacgcaagaa 362  Q
    |||||| ||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||    
T  15654093 aaatgtgtattgtta-taacagaagtttgataataaactcaagaa 15654050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 19 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 15645341 - 15644999
Alignment:
Q  19 atgacttctataaatcactgccttcaaagctaatatttggattcagcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcatttagtagttccttctt 118  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||   ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||    
T  15645341 atgacttctataaatcattgcctttaaagctaatatgtggattggtcacattatttatctccgtaacaagcatgatggtagcattaagtactaacttctt 15645242  T
Q  119 cataatatactaccatgcttcggtgtgggttcctagttgcatttcaattctttccttcctcccaatacttttctacataagtttgcaattctccttgttg 218  Q
     ||| |||||||||||| ||||  |||||||||| ||| ||||||| |  |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||  ||||     
T  15645241 tatagtatactaccatggttcgacgtgggttcctggtttcatttcagtattttctttcctcccaatacttttgtacataggtttgcaattttcactgttt 15645142  T
Q  219 tcagatatcatttactcaatctactattggaggactctatctaagcctcgtaaaaat-ttatttatgtactagaaaagtagtggattgttaccgtaagga 317  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||| |||| |||  ||||| |    
T  15645141 tcagatatcattaactcaatctactattggaggactctgtctaagcctggtaaaaatatgatttatgtactagagaagtagtagattatta-tgtaagaa 15645043  T
Q  318 aaatgtttattgttacgaagagaagtttgataataaacgcaagaa 362  Q
    |||||| ||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||    
T  15645042 aaatgtgtattgtta-taacagaagtttgataataaactcaagaa 15644999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 21 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 15624714 - 15624369
Alignment:
Q  21 gacttctataaatcactgccttcaaagctaatatttggattcagcacattattcatctccataacaagcatgatggtagcatttagtagttccttcttca 120  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| |||||| | |||||||   ||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |  ||||||||    
T  15624714 gacttctataaatcactacctttaaaactaatatctggattgatcacattagctatctccgcaacaagcatgatggtagcattaagtactaacttcttca 15624615  T
Q  121 taatatactaccatgcttcggtgtgggttcctagttgcatttcaattctttccttcctcccaatacttttctacataagtttgcaattctccttgttgtc 220  Q
    ||||||||| ||||| ||||  || |||||| |||| |||||||||  |||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||| || ||||| ||    
T  15624614 taatatacttccatggttcgacgttggttcccagtttcatttcaatattttctttcctcccaatacctttgtacataggtttgcaattttcgttgttttc 15624515  T
Q  221 agatatcatttactcaatctactattggaggactctatctaagcctcgtaaaaat-ttatttatgtactagaaaagtagtggattgttaccgtaaggaaa 319  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||| | | |||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||   | |||||||    
T  15624514 agatatcattaactcaacctactattggaggactctgtctaaccatggtaaaaatatgatttatgtactagagaagtagtggattattgttg-aaggaaa 15624416  T
Q  320 atgtttattgttacgaagagaagtttgataataaacgcaagaatccta 367  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15624415 atgtttattgttatg-agagaagtttgatgataaacgcaagaatccta 15624369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University