View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18684_low_2 (Length: 758)

Name: NF18684_low_2
Description: NF18684
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18684_low_2
NF18684_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-757)||(9495735-9496493)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 665; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 665; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 757
Target Start/End: Original strand, 9495735 - 9496493
Alignment:
Q  15 agttttgactggcccccagtttttcgtgggggtgtgaccccatcaccaaattgtaattatgact--agttttatgtctaggcggcaatgtaaattttcga 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9495735 agttttgactggcccccagtttttcgtgggggtgtgaccccatcaccaaattgtaattatgactctagttttatgtctaggcggcaatgtaaattttcaa 9495834  T
Q  113 aagggctggctgttcacagcatgcaggttgatgcaacaactcatgatgatgaaaggaggtactctggggatacattagatttacctgaccaaataaatac 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9495835 aagggctggctgttcacagcatgcaggttgatgcaacaactcatgatgatgaaaggaggtactctggggatacattggatttacctgaccaaataaatac 9495934  T
Q  213 acagttcacagatgaatttgacaacctctatgtatcagaggaagagtatgactttcatgctgtttctggtatagattataatcaatactttggtggcggt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9495935 acagttcacagatgaatttgacaacctctatgtatcagaggaagagtatgactttcatgctgtttctggtatagattataatcaatactttggtggcggt 9496034  T
Q  313 gtaatgtactggaacccttctgaaaatccaggaaaaggtttttctcggcctccctctctcagctctgatgacagtttatgggctttgcgtgaagctgaca 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9496035 gtaatgtactggaacccttctgaaaatccaggaaaaggtttttctcggcctccctctctcagctctgatgacagtttatgggctttgcgtgaagctgaca 9496134  T
Q  413 tgaataggacagtggatgatatggttgctttctcttcttcatatagtacaaatggtttagcatctccaacagctgcaacattttgctctccctttgatcc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9496135 tgaataggacagtggatgatatggttgctttctcttcttcatatagtacaaatggtttagcatctccaacagctgcaacattttgctctccctttgatcc 9496234  T
Q  513 tgtagggactg--------------ggttatgtaatgtctggtaatgatgtacctgggaaagtgttgcattcttcatcagttacagatgcagcagtggat 598  Q
    |||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9496235 tgtagggactgggacccagactgttggttatgtaatgtctggtaatgatgtacctgggaaagtgttgcattcttcatcagttacagattcagcagtggat 9496334  T
Q  599 gatgatgcttctagttctttgggtaataacttacctggagaaattgaagggaaggctggtgattcacatacatatccatttctaaggccaataatttttc 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  9496335 gatgatgcttctagttctttgggtaataacttacctggagaaattgaagggaaggctggtgattcacatccatatccaattctaaggccaataattattc 9496434  T
Q  699 ctaacttgtctagggaaatgtctatatgtgttgatcataaaagcctctgtgttcctcct 757  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  9496435 ctaacttgtctagggaaaggtctatatgtgttgatcataaaagcccttgtgttcctcct 9496493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University