View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18684_low_7 (Length: 504)

Name: NF18684_low_7
Description: NF18684
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18684_low_7
NF18684_low_7
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (4-487)||(24116347-24116830)
chr3 (5-488)||(24108636-24109122)
chr3 (1-462)||(23689642-23690103)
chr3 (1-462)||(24061879-24062340)
chr3 (4-488)||(24614544-24615026)
chr3 (1-477)||(23693100-23693576)
chr3 (1-477)||(23711540-23712016)
chr3 (1-477)||(23729996-23730472)
chr3 (1-477)||(23748451-23748927)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (115-284)||(11390762-11390931)
chr6 (115-284)||(11419693-11419862)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 476; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 24116830 - 24116347
Alignment:
Q  4 gaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcgt 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24116830 gaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaaaaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcgt 24116731  T
Q  104 gtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24116730 gtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcggaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttc 24116631  T
Q  204 attgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgaggaa 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24116630 attgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgaggaa 24116531  T
Q  304 aacttgtggtcttgtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatcaat 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24116530 aacttgtggtcttgtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatcaat 24116431  T
Q  404 ctagggtttcatgtattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatgtgacatttcattgtctatcgaaaac 487  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24116430 ctagggtttcatgtattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatgtgacatttcattgtctatcgaaaac 24116347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 24109122 - 24108636
Alignment:
Q  5 aagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcgtg 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||    
T  24109122 aagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttattagaaacataaggacatg 24109023  T
Q  105 tcttttatccgatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttca 204  Q
     |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24109022 ccttttatctgatgaagataagatcatggagaagatggtgtttttcttttctgaactcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactataagccttca 24108923  T
Q  205 ttgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgaggaaa 304  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |    
T  24108922 atgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatgtgtacagggtactctgaggaca 24108823  T
Q  305 acttgtggtcttgtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttat---atca 401  Q
    | || | ||||||||| | |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||    
T  24108822 agttattgtcttgtgccagtgttatgatggattcgtgcattcaaatttgtagagatggatacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatcatca 24108723  T
Q  402 atctagggtttcatgtattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatgtgacatttcattgtctatcgaaaact 488  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24108722 atctagggtttcatgtattgctcaagaatttctcgaagtttaagaaattcgtatcaatatgtgacatttcattgtctgtcgaaaact 24108636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 462
Target Start/End: Original strand, 23689642 - 23690103
Alignment:
Q  1 ccagaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataaggg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  23689642 ccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacgtaaagg 23689741  T
Q  101 cgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagcc 200  Q
    | ||| |||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  23689742 catgtgtttcttctgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttttcggaactcagcttgacaaatcattccattgtctgcgactacaagcc 23689841  T
Q  201 ttcattgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||    
T  23689842 ttcattgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatgtgtacagggtactctgag 23689941  T
Q  301 gaaaacttgtggtcttgtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatc 400  Q
    |||||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23689942 gaaaacttgttgtcttgtgcacacgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatggaagtctttaagaaattttcaagtttatatc 23690041  T
Q  401 aatctagggtttcatgtattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatg 462  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  23690042 aatgtagggtttcatgtgttgctcaagaatttttgaaagtttaagaaatttgtgtcaatatg 23690103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 462
Target Start/End: Original strand, 24061879 - 24062340
Alignment:
Q  1 ccagaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataaggg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  24061879 ccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacgtaaagg 24061978  T
Q  101 cgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagcc 200  Q
    | ||| |||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  24061979 catgtgtttcttctgatgaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttttcggaactcagcttgacaaatcattccattgtctgcgactacaagcc 24062078  T
Q  201 ttcattgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||    
T  24062079 ttcattgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatgtgtacagggtactctgag 24062178  T
Q  301 gaaaacttgtggtcttgtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatc 400  Q
    |||||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24062179 gaaaacttgttgtcttgtgcacacgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatggaagtctttaagaaattttcaagtttatatc 24062278  T
Q  401 aatctagggtttcatgtattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatg 462  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  24062279 aatgtagggtttcatgtgttgctcaagaatttttgaaagtttaagaaatttgtgtcaatatg 24062340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 488
Target Start/End: Original strand, 24614544 - 24615026
Alignment:
Q  4 gaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataagggcgt 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  24614544 gaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctacaagaacttggttggatattaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacatgagagcgt 24614643  T
Q  104 gtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttc 203  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |  | |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  24614644 gtcttttatccgatcaagacaagatcatggagaacatggtgtttttcttctctgagctgagcttgacaaatcaatccattgtgtgcgactataagccttc 24614743  T
Q  204 attgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgaggaa 303  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||    
T  24614744 aatgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatgtgtacggggtactccgaggaa 24614843  T
Q  304 aacttgtggtcttgtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatcaat 403  Q
    || || | ||||||||| || |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24614844 aagttattgtcttgtgccaacgttatgatcaagtcgtgcagtcaaatttgtggagatggaatcatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatcaat 24614943  T
Q  404 ctagggtttcatgtattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatgtgacatttcattgtctatcgaaaact 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||||    
T  24614944 ctagggtttcatgtattgctcaagaatatctc--gatttaagaaatttgtattaatatgtaacattttattgtctgtcgaaaact 24615026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 477
Target Start/End: Original strand, 23693100 - 23693576
Alignment:
Q  1 ccagaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataaggg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23693100 ccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataaggg 23693199  T
Q  101 cgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagcc 200  Q
    | |||  |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23693200 catgtaatttatcggatgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattctattgtgtgcgactacaagcc 23693299  T
Q  201 ttcattgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgag 300  Q
    |||  |||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||    
T  23693300 ttctatgattgctgcttgtgccgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaaatgtgtacggggtactccgag 23693399  T
Q  301 gaaaacttgtggtcttgtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatc 400  Q
    || || || | |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23693400 gataagttattgtcttgtgcccatgttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatggaagtttttatgaaattttcaagtttatatc 23693499  T
Q  401 aatctagggtttcatgtattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatgtgacatttcattgtc 477  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23693500 aatgtagggtttcatgtattgctcaagaatttctggaagtttaaaaaatttgtatcaatatgttacatttcattgtc 23693576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 477
Target Start/End: Original strand, 23711540 - 23712016
Alignment:
Q  1 ccagaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataaggg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23711540 ccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataaggg 23711639  T
Q  101 cgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagcc 200  Q
    | |||  |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23711640 catgtaatttatcggatgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattctattgtgtgcgactacaagcc 23711739  T
Q  201 ttcattgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgag 300  Q
    |||  |||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||    
T  23711740 ttctatgattgctgcttgtgccgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaaatgtgtacggggtactccgag 23711839  T
Q  301 gaaaacttgtggtcttgtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatc 400  Q
    || || || | |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23711840 gataagttattgtcttgtgcccatgttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatggaagtttttatgaaattttcaagtttatatc 23711939  T
Q  401 aatctagggtttcatgtattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatgtgacatttcattgtc 477  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23711940 aatgtagggtttcatgtattgctcaagaatttctggaagtttaaaaaatttgtatcaatatgttacatttcattgtc 23712016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 477
Target Start/End: Original strand, 23729996 - 23730472
Alignment:
Q  1 ccagaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataaggg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23729996 ccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataaggg 23730095  T
Q  101 cgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagcc 200  Q
    | |||  |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23730096 catgtaatttatcggatgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattctattgtgtgcgactacaagcc 23730195  T
Q  201 ttcattgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgag 300  Q
    |||  |||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||    
T  23730196 ttctatgattgctgcttgtgccgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaaatgtgtacggggtactccgag 23730295  T
Q  301 gaaaacttgtggtcttgtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatc 400  Q
    || || || | |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23730296 gataagttattgtcttgtgcccatgttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatggaagtttttatgaaattttcaagtttatatc 23730395  T
Q  401 aatctagggtttcatgtattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatgtgacatttcattgtc 477  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23730396 aatgtagggtttcatgtattgctcaagaatttctggaagtttaaaaaatttgtatcaatatgttacatttcattgtc 23730472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 477
Target Start/End: Original strand, 23748451 - 23748927
Alignment:
Q  1 ccagaagaaatatgtcaaatggagaagctaatcctacaagaacttggttggattttaacggttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataaggg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23748451 ccagaagaaatatgtcaaatggagaagcttatcctgcaagaacttggttggattttaacagttccaacaccttatgtttttcttgttagaaacataaggg 23748550  T
Q  101 cgtgtcttttatccgatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagcc 200  Q
    | |||  |||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23748551 catgtaatttatcggatgaagacaagatcatggagcacatggtgtttttcttttctgaactcagcttaacaaatcattctattgtgtgcgactacaagcc 23748650  T
Q  201 ttcattgattgctgcttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatgcacagggtactccgag 300  Q
    |||  |||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||    
T  23748651 ttctatgattgctgcttgtgccgtgtatcttgcaaggtttattgttggaaggtatcccttttggagcaatgatttgaaaatgtgtacggggtactccgag 23748750  T
Q  301 gaaaacttgtggtcttgtgctaatgttatgatgaaatcgtgcattcaaatttgtggagatggacacatggaagtttttaagaaattttcaagtttatatc 400  Q
    || || || | |||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23748751 gataagttattgtcttgtgcccatgttatgatggaatcgtgcattcaaatttgtggagagggaatcatggaagtttttatgaaattttcaagtttatatc 23748850  T
Q  401 aatctagggtttcatgtattgctcaagaatttctcaaaatttaagaaatttgtatcaatatgtgacatttcattgtc 477  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23748851 aatgtagggtttcatgtattgctcaagaatttctggaagtttaaaaaatttgtatcaatatgttacatttcattgtc 23748927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 115 - 284
Target Start/End: Original strand, 11390762 - 11390931
Alignment:
Q  115 gatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttcattgattgctg 214  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |  | ||||||||| || |||| |||||||| ||||| || |||||  |||||||||    
T  11390762 gatgaagacaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctg 11390861  T
Q  215 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatg 284  Q
    ||| | | ||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  11390862 cttctgctgtgtattgtgcaagaattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatg 11390931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 115 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 11419862 - 11419693
Alignment:
Q  115 gatgaagacaagatcatggagaatatggtgtttttcttttcgaaagtcagcttgacaaatcattctattgtgtgcgactacaagccttcattgattgctg 214  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |  | ||||||||| || |||| |||||||| ||||| || |||||  |||||||||    
T  11419862 gatgaagacaagatgatggaaaatatggtgtttttcttttcagagctgagcttgacacattattcaattgtgtgtgactataaaccttctatgattgctg 11419763  T
Q  215 cttgttccgtgtattgtgcaaggtttgttgttgaaaggtatcccttttggagcaatgatttgaagatatg 284  Q
    ||| | | ||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  11419762 cttctgctgtgtattgtgcaagaattgttattggaaggtatcctttatggaacaatgatttgaagatatg 11419693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University