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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF18685_low_4 (Length: 371)
Name: NF18685_low_4
Description: NF18685
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18685_low_4 |
 | |
|
| [»] scaffold1029 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold1033 (1 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold0889 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0870 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold1029 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 1)
Name: scaffold1029
Description:
Target: scaffold1029; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 3045 - 3328
Alignment:
| Q |
1 |
ctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacagctgttca |
100 |
Q |
| |
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| T |
3045 |
ctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacagctgttca |
3144 |
T |
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| Q |
101 |
aatttaaaatattttaatttcaaagtactgatcaatctacacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagttta |
200 |
Q |
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| T |
3145 |
aatttaaaatatttta-tttcaaagtactgatcaatctgcacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagttta |
3243 |
T |
|
| Q |
201 |
taagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactacttt |
285 |
Q |
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|
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| T |
3244 |
taagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactacttt |
3328 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 28580463 - 28580113
Alignment:
| Q |
1 |
ctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacagctgttc- |
99 |
Q |
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| T |
28580463 |
ctataaacactgaatcaagtctgttttatt-----atcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacaattgttct |
28580369 |
T |
|
| Q |
100 |
aaatttaaaatat--tttaatttcaaagtactgatcaatctacacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagt |
197 |
Q |
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| T |
28580368 |
aaatttagaatatctttttattgcaatgttctgatcaatctacacttttacattttcaggacgttacatatgtcaaacaagctttgatattcaagcaagt |
28580269 |
T |
|
| Q |
198 |
ttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttgctgaggagatc |
297 |
Q |
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| T |
28580268 |
ttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttaccgaggagatc |
28580169 |
T |
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| Q |
298 |
aaagtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttgt |
353 |
Q |
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| T |
28580168 |
aaagtggctcttgaaaaactacatttgatattgaacaacaatcctattgattttgt |
28580113 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 28575414 - 28575060
Alignment:
| Q |
1 |
ctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacagctgttc- |
99 |
Q |
| |
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|
|
| T |
28575414 |
ctataaacaccgaatcaagtctgttttatt-----atcaaagcattaatttctagaatggtaagtattttaactgaagtacaaatatatacagttattct |
28575320 |
T |
|
| Q |
100 |
aaattta------aaatattttaatttcaaagtactgatcaatctacacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagc |
193 |
Q |
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| T |
28575319 |
aaacttagttacaacatagctttatttcaatgttctgatcaatctgcactttgactttttcaggatgttacatatgttaagcaagctttgatatttaagc |
28575220 |
T |
|
| Q |
194 |
aagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttgctgagga |
293 |
Q |
| |
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|
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| T |
28575219 |
aagtttataagaaacttgttaaaatcgaagattcgatggagagtttttatttgatcgatatcatccaaaggtttggcattgaacactattttgctgagga |
28575120 |
T |
|
| Q |
294 |
gatcaaagtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttgt |
353 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28575119 |
gatcaaagtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttgt |
28575060 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 2 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 28586606 - 28586271
Alignment:
| Q |
2 |
tataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacagctgttcaa |
101 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||| ||| |
|
|
| T |
28586606 |
tataaacactgaatcaagtctgtttta-----ctatcaaagcattaatttccagaatggtaagtaatttaattggagtacagttgtat---------caa |
28586521 |
T |
|
| Q |
102 |
atttaaaatattttaatttcaaagtactgatcaatctacacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagtttat |
201 |
Q |
| |
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| || |||||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28586520 |
aga-aatgtatttttatttcaatattctgatcaatctgcacttttacattttcaggatgttacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagtttat |
28586422 |
T |
|
| Q |
202 |
aagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttgctgaggagatcaaag |
301 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28586421 |
aagaaacttgttaaaattgaagatccgatggaaagtttttatttgatcgatattatccaaaggtttggcattgaacactattttgctgaggagatcaaag |
28586322 |
T |
|
| Q |
302 |
tggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttg |
352 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||| |
|
|
| T |
28586321 |
tggctcttgaaaagctacatttgacattgaacaccaattcaattgattttg |
28586271 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 3 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 26316465 - 26316120
Alignment:
| Q |
3 |
ataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacagctgttcaa- |
101 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| | |
|
|
| T |
26316465 |
ataaacactgaatcaagtttgtttta-----ctatcaaatcattaatttatagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatataaagttgttctag |
26316371 |
T |
|
| Q |
102 |
atttaaaatat-tttaatttcaaagtactgatcaatctacacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagttta |
200 |
Q |
| |
|
||||| ||||| ||| ||||||| || || |||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26316370 |
atttacaatatattttatttcaatgttctcatcattctgcacttttacattttcaggatgttacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagttta |
26316271 |
T |
|
| Q |
201 |
taagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttgctgaggagatcaaa |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||| |
|
|
| T |
26316270 |
taagaaacttgttaaaatcgaatatccgatggagagtttttatttgatcgatatcatccaaaggcttaacattgaacactactttgttgaagagatcaaa |
26316171 |
T |
|
| Q |
301 |
gtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgatttt |
351 |
Q |
| |
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||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
26316170 |
gtggctcttgagaagctatattcgatattgaacaccaatcctaatgatttt |
26316120 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 18 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 28568566 - 28568229
Alignment:
| Q |
18 |
agtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacagctgttc-aaattta---------- |
106 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| |
|
|
| T |
28568566 |
agtctgttttaatttactatcaaagcattaatttctagaatggtaagtattttaattgaagtacgaatatatacagctattctaaatttagttacaacat |
28568467 |
T |
|
| Q |
107 |
aaatattttaatttcaaagtactgatcaatctacacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagtttataagaa |
206 |
Q |
| |
|
| ||| || ||||||| | ||||||||||| |||| ||||| ||| |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28568466 |
atatagctttatttcaatattctgatcaatctgcactcttacaattttaggatgttgtatatgtcaaacaagctttaatatttaagcaagtttataagaa |
28568367 |
T |
|
| Q |
207 |
acttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttgctgaggagatcaaagtggct |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
28568366 |
acttgttaaaatcgaagatccgatggagagtttttatttgatggatattatccaaaggtttggtattgagcactattttgctgaggaaataaaagtggct |
28568267 |
T |
|
| Q |
307 |
cttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctat |
344 |
Q |
| |
|
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28568266 |
cttgaaaatctgcatttgatattgaacaccaatcctat |
28568229 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 146 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 20618671 - 20618463
Alignment:
| Q |
146 |
tacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttattt |
245 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||| | ||||||||||||| | |||||||| | || | |||| |||| |
|
|
| T |
20618671 |
tacattttcaggatgctatttatgtcaagcaagctttgatgtgtaagcaagttcacaagaaacttgttactagtgaagatccaactgagaattttcattt |
20618572 |
T |
|
| Q |
246 |
gattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttgctgaggagatcaaagtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctatt |
345 |
Q |
| |
|
|||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || | | ||||||||||| || |||||| ||| |
|
|
| T |
20618571 |
gattgacatcatccaaaggcttggtattgaacactactttgttgaggaaatcaaagtggctcttgagaaacaatttttgatattgagcagcaatccaatt |
20618472 |
T |
|
| Q |
346 |
gattttgtt |
354 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
20618471 |
gattttgtt |
20618463 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1033 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: scaffold1033
Description:
Target: scaffold1033; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 3045 - 3270
Alignment:
| Q |
1 |
ctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacagctgttca |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3045 |
ctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacagctgttca |
3144 |
T |
|
| Q |
101 |
aatttaaaatattttaatttcaaagtactgatcaatctacacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagttta |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3145 |
aatttaaaatatttt-atttcaaagtactgatcaatctgcacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagttta |
3243 |
T |
|
| Q |
201 |
taagaaacttgttaaaatcgaagatcc |
227 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3244 |
taagaaacttgttaaaatcgaagatcc |
3270 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 165; Significance: 4e-88; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 24072083 - 24071741
Alignment:
| Q |
1 |
ctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacagctgttca |
100 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| |
|
|
| T |
24072083 |
ctataaacattgaatcaagtctgtttta-----ctatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaataga----------tatacatatgttct |
24071999 |
T |
|
| Q |
101 |
-aatttaaaatat---ttta-atttcaaagtactgatcaatctacacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaa |
195 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| || | |||| || || ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24071998 |
gaatttacaatatatattcatattttaatgttctgatcaatatgcacttttacattttcaggatgttacttatgtcaaacaagctttgatatttaagcaa |
24071899 |
T |
|
| Q |
196 |
gtttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttgctgaggaga |
295 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |
|
|
| T |
24071898 |
gtttatgagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggagtgtttttatttgatcgatatcatccaaaagtttgacattgaacactactttgttgacgaga |
24071799 |
T |
|
| Q |
296 |
tcaaagtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttgt |
353 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24071798 |
tcaaagcggctcttgaaaacttgcatttgatattgaacaccaatcctattgattttgt |
24071741 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0889 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0889
Description:
Target: scaffold0889; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 54 - 344
Target Start/End: Original strand, 4358 - 4656
Alignment:
| Q |
54 |
agaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacagctgttc-aaattta------aaatatttt---aatttcaaagtactgatcaatctacact |
143 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||| ||||||| | ||| ||| |||||||| || ||||||||| |||| |
|
|
| T |
4358 |
agaatggtaagtattttaattgaaataccaatatatacagttattctaaatttatttacaacatagttttataatttcaatgttctgatcaatg--cact |
4455 |
T |
|
| Q |
144 |
tttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttat |
243 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
4456 |
tttacatttttaggatgttttatatgtcaaacaagctttgatatttaagaaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatcccatggagagtttttat |
4555 |
T |
|
| Q |
244 |
ttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttgctgaggagatcaaagtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatccta |
343 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4556 |
ttgatcgatattatccaaaggtttggtattgaacactattttgctgaggaaataaatgtggctcttgaaaatctgcatttgatattgaacaccaatccta |
4655 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0870 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0870
Description:
Target: scaffold0870; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 54 - 344
Target Start/End: Original strand, 4562 - 4860
Alignment:
| Q |
54 |
agaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacagctgttc-aaattta------aaatatttt---aatttcaaagtactgatcaatctacact |
143 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||| ||||||| | ||| ||| |||||||| || ||||||||| |||| |
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|
| T |
4562 |
agaatggtaagtattttaattgaaataccaatatatacagttattctaaatttatttacaacatagttttataatttcaatgttctgatcaatg--cact |
4659 |
T |
|
| Q |
144 |
tttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttat |
243 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |
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|
| T |
4660 |
tttacatttttaggatgttttatatgtcaaacaagctttgatatttaagaaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatcccatggagagtttttat |
4759 |
T |
|
| Q |
244 |
ttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttgctgaggagatcaaagtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatccta |
343 |
Q |
| |
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| T |
4760 |
ttgatcgatattatccaaaggtttggtattgaacactattttgctgaggaaataaatgtggctcttgaaaatctgcatttgatattgaacaccaatccta |
4859 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 223 - 296
Target Start/End: Original strand, 2600685 - 2600758
Alignment:
| Q |
223 |
gatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttgctgaggagat |
296 |
Q |
| |
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| T |
2600685 |
gatccgatgaaaagtttgtgcatgattgacattatccaaaggcttggcattgaacatcactttgctgaggagat |
2600758 |
T |
|
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Original strand, 34812937 - 34812997
Alignment:
| Q |
1 |
ctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagta |
66 |
Q |
| |
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|
| T |
34812937 |
ctataaacaccgaatcaagtctgttttatt-----atcaaagcattaattttcagaatggttagta |
34812997 |
T |
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