View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18688_low_6 (Length: 250)

Name: NF18688_low_6
Description: NF18688
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18688_low_6
NF18688_low_6
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (1-235)||(4630840-4631074)
chr7 (17-228)||(4863842-4864053)
chr7 (34-229)||(4672595-4672790)
chr7 (1-233)||(4636772-4637004)
chr7 (28-229)||(4643590-4643791)
chr7 (1-229)||(4783783-4784011)
chr7 (1-234)||(4662905-4663138)
chr7 (1-104)||(4816212-4816315)
chr7 (1-104)||(4712023-4712126)
chr7 (1-104)||(4845963-4846066)
chr7 (1-104)||(4653564-4653667)
chr7 (1-104)||(4666982-4667085)
chr7 (9-104)||(4697146-4697241)
chr7 (47-104)||(4647570-4647625)
chr7 (175-229)||(4816386-4816440)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-234)||(18925690-18925923)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 4631074 - 4630840
Alignment:
Q  1 agaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagt 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4631074 agaagttatggaatggatgcaacaaaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttcttttacttatatggtaagattacatttttgtgagt 4630975  T
Q  101 ttgaaatgacgataagagatcaaggtgatagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtgc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4630974 ttgaaatgacgataagagatcaaggtgatagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtgc 4630875  T
Q  201 tcgtatggttcctactcataaggattatgttgtgc 235  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4630874 tcgtatggttcctactcataaggattatgttgtgc 4630840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 4864053 - 4863842
Alignment:
Q  17 atgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgaaatgacgataag 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||  ||||     
T  4864053 atgccacagaggagtacaatgtaacttggaattttgaagttgattctaattttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatataac 4863954  T
Q  117 agatcaaggtgatagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtgctcgtatggttcctact 216  Q
    | || |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | | | ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||  |    
T  4863953 aaataaaggtgatagagcctttcagattttcatagttaatagtatggctgaggaaaacgctgatgtgatacggtggagcggttctcgtatggttcctgtt 4863854  T
Q  217 cataaggattat 228  Q
    ||||||||||||    
T  4863853 cataaggattat 4863842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 34 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 4672790 - 4672595
Alignment:
Q  34 aatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgaaatgacgataagagatcaaggtgatagag 133  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |   || |   ||  |||||||||||    
T  4672790 aatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgacaggcttatcattaatacaggtgatagag 4672691  T
Q  134 tctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtgctcgtatggttcctactcataaggattatg 229  Q
     |||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  4672690 cctttcagatttttatagctaacactctggctgaggaaagagctgatgttataagttggagtggtgctcgtatggttcctgttcataaggattatg 4672595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 4637004 - 4636772
Alignment:
Q  1 agaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagt 100  Q
    |||||||| |||||| |||  ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4637004 agaagttacggaatgtatgagacaaaggattataatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagt 4636905  T
Q  101 ttgaaatgacgataagagatcaaggtgatagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtgc 200  Q
    ||||   |   || |   || |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | | | ||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  4636904 ttgattggcatatcaactataaaggtgatagagtctttcagatattcatagataacactttggttgaagaaaaggcggatgtgatagggtggagtggtgc 4636805  T
Q  201 tcgtatggttcctactcataaggattatgttgt 233  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  4636804 tcgtatggttcctgttcataaggattatgttgt 4636772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 28 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 4643791 - 4643590
Alignment:
Q  28 gattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgaaatgacgataagagatcaaggtg 127  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |   |||| | || ||||||    
T  4643791 gatttcaatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccggatataacaaataaaggtg 4643692  T
Q  128 atagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtgctcgtatggttcctactcataaggatta 227  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||| | | | ||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||    
T  4643691 atagagtctttcagatattcatagataacactttggttgaagaaaaggcggatgtgatagggtggagtggtgctcgtttggttcctgttcataaggatta 4643592  T
Q  228 tg 229  Q
    ||    
T  4643591 tg 4643590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 4783783 - 4784011
Alignment:
Q  1 agaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagt 100  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4783783 agaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagt 4783882  T
Q  101 ttgaaatgacgataagagatcaaggtgatagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtgc 200  Q
    ||||   |   || | | |  | ||||||||| | |||||||||||||||| | | | | | |||||  |    ||||||||||||||||||||||||||    
T  4783883 ttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttcatagatgatagtttggctgaacatgctgctgatgtgataaggtggagtggtgc 4783982  T
Q  201 tcgtatggttcctactcataaggattatg 229  Q
    || | ||||||||  ||||||||||||||    
T  4783983 tcctttggttcctgttcataaggattatg 4784011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 4663138 - 4662905
Alignment:
Q  1 agaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagt 100  Q
    |||| |||||||| | |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||    
T  4663138 agaaattatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacatacatggtaaggttacatttttgtgagt 4663039  T
Q  101 ttgaaatgacgataagagatcaaggtgatagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtgc 200  Q
    ||||   ||  || | | || ||||||||||| | ||||||||||| |||| | | | | ||| ||| |||  ||| ||||||||||||||||||  ||     
T  4663038 ttgatccgaatatcataaataaaggtgatagaatgtttcagatttttatagatgataatttagttgaagaattagccgatgtgataaggtggagtaatgg 4662939  T
Q  201 tcgtatggttcctactcataaggattatgttgtg 234  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||| ||||    
T  4662938 tcgtatggttcctgttcataaggattatggtgtg 4662905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 104
Target Start/End: Original strand, 4816212 - 4816315
Alignment:
Q  1 agaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagt 100  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4816212 agaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagt 4816311  T
Q  101 ttga 104  Q
    ||||    
T  4816312 ttga 4816315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 104
Target Start/End: Original strand, 4712023 - 4712126
Alignment:
Q  1 agaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagt 100  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712023 agaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagt 4712122  T
Q  101 ttga 104  Q
    ||||    
T  4712123 ttga 4712126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 104
Target Start/End: Original strand, 4845963 - 4846066
Alignment:
Q  1 agaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagt 100  Q
    ||||||||||||| | |||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4845963 agaagttatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcgaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagt 4846062  T
Q  101 ttga 104  Q
    ||||    
T  4846063 ttga 4846066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 4653667 - 4653564
Alignment:
Q  1 agaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagt 100  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  | || ||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  4653667 agaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttatatggtcaggttacatttttgtgaat 4653568  T
Q  101 ttga 104  Q
    ||||    
T  4653567 ttga 4653564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 4667085 - 4666982
Alignment:
Q  1 agaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| || ||||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4667085 agaagttatggaatggatgccaaagagaattataatgtgacatggaattttaaagttgattctatttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagt 4666986  T
Q  101 ttga 104  Q
    ||||    
T  4666985 ttga 4666982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 9 - 104
Target Start/End: Original strand, 4697146 - 4697241
Alignment:
Q  9 tggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttga 104  Q
    |||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |  ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4697146 tggattggatgagacagaggatttcaatgtaacttggaatttcgaagttgatgttggttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttga 4697241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 47 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 4647625 - 4647570
Alignment:
Q  47 attttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttga 104  Q
    |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  4647625 attttgaagttgattctggttttacttatatggtaaggttac--ttttgtgagtttga 4647570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 229
Target Start/End: Original strand, 4816386 - 4816440
Alignment:
Q  175 gctgatgtgataaggtggagtggtgctcgtatggttcctactcataaggattatg 229  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||||  ||||||||||||||    
T  4816386 gctgatgtgatatggtggagtggtgctccttttgttcctgttcataaggattatg 4816440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 86; Significance: 3e-41; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 18925690 - 18925923
Alignment:
Q  1 agaagttatggaatggatgccacagaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagt 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||| || |||||||| ||||    
T  18925690 agaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttggaattttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgagt 18925789  T
Q  101 ttgaaatgacgataagagatcaaggtgatagagtctttcagattttcatagctaacattctagctgaggaaaaagctgatgtgataaggtggagtggtgc 200  Q
    ||||   |   ||||   |||||||||||||||| ||||||||||| |||| | | | | | |||||   ||| |||||||||||    |||||||||||    
T  18925790 ttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgataatttggctgaacgaaatgctgatgtgattcattggagtggtgc 18925889  T
Q  201 tcgtatggttcctactcataaggattatgttgtg 234  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  18925890 tcgtatggttcctgttcataaggattatgttgtg 18925923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University