View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18704_high_38 (Length: 316)

Name: NF18704_high_38
Description: NF18704
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18704_high_38
NF18704_high_38
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (5-299)||(5278371-5278665)
chr4 (5-299)||(5286352-5286646)
chr4 (5-299)||(5282431-5282725)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (5-299)||(20353823-20354117)
chr5 (5-299)||(20357738-20358032)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (11-299)||(6235324-6235612)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (79-228)||(702379-702528)
chr6 (13-200)||(710676-710860)
chr6 (94-200)||(717709-717815)
chr6 (13-200)||(712847-713031)
chr6 (212-281)||(14437443-14437512)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (29-234)||(35313548-35313753)
[»] scaffold0899 (1 HSPs)
scaffold0899 (219-299)||(3145-3225)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 5 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 5278665 - 5278371
Alignment:
Q  5 gaggagcagagatccttatagtactggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaa 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5278665 gaggaacagagatccttatagtacttgaaggcactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtgctcaacaa 5278566  T
Q  105 gggtgatgtgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagctgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaaccca 204  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5278565 gggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaatcca 5278466  T
Q  205 ggagttatcactgttgcaaatgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaggtggataagagcataat 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5278465 ggagttatcactgttgcaaatgctttgtttaaatcagatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaagtggataagagcataat 5278371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 5 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 5286646 - 5286352
Alignment:
Q  5 gaggagcagagatccttatagtactggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaa 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5286646 gaggaacagagatccttatagtacttgaaggcactctttatgttggatttgtcacttcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtgctcaacaa 5286547  T
Q  105 gggtgatgtgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagctgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaaccca 204  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5286546 gggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgccgttgctattgctggacttagcagtcaaaatcca 5286447  T
Q  205 ggagttatcactgttgcaaatgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaggtggataagagcataat 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5286446 ggagttatcactgttgcaaatgctttgtttaaatcagatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaagtggataagagcataat 5286352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 5 - 299
Target Start/End: Original strand, 5282431 - 5282725
Alignment:
Q  5 gaggagcagagatccttatagtactggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaa 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  5282431 gaggaacagagatccttatagtactcgaaggcactctttatgttggatttgtcacgtccaatcaagacaacaatcgtctcttcaccaaagtgctcaacaa 5282530  T
Q  105 gggtgatgtgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagctgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaaccca 204  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5282531 gggtgatgtgtttgtgttcccgattggtcttattcattttcagctgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaaccca 5282630  T
Q  205 ggagttatcactgttgcaaatgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaggtggataagagcataat 299  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  5282631 ggagttatcactgtagcaaatgctttgtttaaatcgaatccgcttatttccgacgaagttcttaccaaagcatttcaagtggataagagcataat 5282725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 5 - 299
Target Start/End: Original strand, 20353823 - 20354117
Alignment:
Q  5 gaggagcagagatccttatagtactggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaa 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  20353823 gaggaacagagatccttatagtactcgaaggcactctttatgttggatttgtcacgtccaatcaagacaacaatcgtctcttcaccaaagtgctcaacaa 20353922  T
Q  105 gggtgatgtgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagctgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaaccca 204  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  20353923 gggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaatcca 20354022  T
Q  205 ggagttatcactgttgcaaatgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaggtggataagagcataat 299  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20354023 ggagtaatcactgttgcaaacgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaagtggataagagcataat 20354117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 5 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 20358032 - 20357738
Alignment:
Q  5 gaggagcagagatccttatagtactggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaa 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  20358032 gaggaacagagatccttatagtacttgaaggcactctttatgttggatttgtcacttcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaagtgctcaacaa 20357933  T
Q  105 gggtgatgtgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagctgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaaccca 204  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  20357932 gggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaatgccgttgctattgctggacttagcagtcaaaatcca 20357833  T
Q  205 ggagttatcactgttgcaaatgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaggtggataagagcataat 299  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20357832 ggagttatcaccgttgcaaatgctttgtttaaatcagatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaagtggataagagcataat 20357738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 11 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 6235612 - 6235324
Alignment:
Q  11 cagagatccttatagtactggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaagggtga 110  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||    
T  6235612 cagagatccttatagtactcgaaggcactctttatgttggatttgtcacgtccaatcaagacaacaatcgtctcttcaccaaagtgctaaacaagggtga 6235513  T
Q  111 tgtgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagctgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaacccaggagtt 210  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6235512 tgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactaaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaacccaggagtt 6235413  T
Q  211 atcactgttgcaaatgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaggtggataagagcataat 299  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6235412 atcaccgttgcaaatgctttgtttaaatctaatccgcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaagtggataagagcataat 6235324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 54; Significance: 5e-22; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 79 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 702528 - 702379
Alignment:
Q  79 cgtctctttaccaaggtactcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagctgaatgtgggatatggcaacgctgttgcta 178  Q
    |||||| |||| || ||||| ||||| || |||||||||||||| || || ||||| ||||| || ||  |||||||||||||||| || || |||||||    
T  702528 cgtctcattacaaaagtactgaacaaaggagatgtgtttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgcta 702429  T
Q  179 ttgctggacttagcagtcaaaacccaggagttatcactgttgcaaatgct 228  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||  |||| ||||||    
T  702428 ttgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgct 702379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 13 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 710860 - 710676
Alignment:
Q  13 gagatccttatagtactggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaagggtgatg 112  Q
    ||||| ||||||||  |||| |||||||| ||||| || ||||| || || |||| ||| |||   |||||| | || || ||||| ||||| || ||||    
T  710860 gagattcttatagtgttggagggtactctctatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaac---cgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatg 710764  T
Q  113 tgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagctgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaa 200  Q
    |||||||||| || || ||||| ||||| || ||  |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  710763 tgtttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaa 710676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 94 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 717815 - 717709
Alignment:
Q  94 gtactcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagctgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagca 193  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||| || || ||||| ||||| || ||  |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||    
T  717815 gtactaaacaaaggagatgtgtttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagca 717716  T
Q  194 gtcaaaa 200  Q
    | |||||    
T  717715 gccaaaa 717709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 13 - 200
Target Start/End: Original strand, 712847 - 713031
Alignment:
Q  13 gagatccttatagtactggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaagggtgatg 112  Q
    ||||| ||||||||  |||| |||||||| ||||| || ||||| || || |||| ||| |||   |||||| |||| || ||||| ||||| || ||||    
T  712847 gagattcttatagtgttggagggtactctctatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaac---cgtctcattacaaaagtactgaacaaaggagatg 712943  T
Q  113 tgtttgtgttcccgatcggtcttattcattttcagctgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaa 200  Q
    |||||||||| || || || || ||||| |||||  ||||||| || ||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  712944 tgtttgtgtttccaattggcctcattcactttcaattgaatgttgggtatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaa 713031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 212 - 281
Target Start/End: Original strand, 14437443 - 14437512
Alignment:
Q  212 tcactgttgcaaatgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttca 281  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || | | |||||| ||  |||||||||| || ||||||||    
T  14437443 tcactattgcaaatgctttgtttaaatctaatacacctatttctgaaaaagttcttacgaatgcttttca 14437512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 54; Significance: 5e-22; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 29 - 234
Target Start/End: Original strand, 35313548 - 35313753
Alignment:
Q  29 tggaaggtactctttatgttggatttgtcacatcaaatcaagacaacaatcgtctctttaccaaggtactcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccgat 128  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||  | |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||| || ||    
T  35313548 tggaaggcacactttacgttggatttgtttcctcaaatcaagacaataaccgtctcttcaccaaagtattgaacaaaggtgatgtatttgtgtttccaat 35313647  T
Q  129 cggtcttattcattttcagctgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaaacccaggagttatcactgttgcaaatgct 228  Q
    |||||| ||||| || ||  |||| || || |||||  | ||| |||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||  |||||||||||    
T  35313648 cggtctcattcacttccaattgaacgttggttatggggaggctattgccattgctggtcttagtagccaaaaccctggagtgattaccattgcaaatgct 35313747  T
Q  229 ttgttt 234  Q
     |||||    
T  35313748 gtgttt 35313753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0899 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0899
Description:

Target: scaffold0899; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 219 - 299
Target Start/End: Original strand, 3145 - 3225
Alignment:
Q  219 tgcaaatgctttgtttaaatctgatcctcttatttccgacgaagttcttaccaaagcttttcaggtggataagagcataat 299  Q
    ||||||||||||  |||||||| |||| | |||||| ||  |||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||||    
T  3145 tgcaaatgcttttcttaaatctaatccgcctatttctgaaaaagttcttaccaaagcttttcgagtgcattagagcataat 3225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University