View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18708_low_1 (Length: 720)

Name: NF18708_low_1
Description: NF18708
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18708_low_1
NF18708_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (3-702)||(1249571-1250269)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (3-702)||(42016351-42017049)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 632; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 632; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 1250269 - 1249571
Alignment:
Q  3 atcaaagaagtaacagtaaaacggcatataggcatataagccaacaagagaacatttttgaaatacaaagccctgccttattaaatgaattatgagccct 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1250269 atcaaagaagtaacagtaaaacggcatataggcatataagccaacaagagaacatttttgaaatacaaagccctgccttattaaatgaattatgagccct 1250170  T
Q  103 cgaggattgagagaattttgattgtgttaaacttaaaatcaagttctgacaaaactttgaatgttgctagttaactcttctgcgttattaacctttcatc 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1250169 cgaggattgagagaattttgattgtgttaaacttaaaatcaagttctgacaaaactttgaatgttgctagttaactcttctgcgttattaacctttcatt 1250070  T
Q  203 tccttctggacttctaannnnnnnacttgaaaaagacaatcaaccatatcaatataactacaatttcacctctcttagcctactcttacaaacttatgta 302  Q
    |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1250069 tccttctggacttctaatttttttacttgaaaaagacaatcaaccatattaatataactacaatttcacc-ctcttggcctactcttacaaacttatgta 1249971  T
Q  303 aaattaacttctgatcccgcaaataagcaaaaa-tccagcggcagagagcggccaggtagtgtcatttagagggatgaaaagcatgataacataaataat 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  1249970 aaattaacttctgatcccgcaaataagcaaaaagtccagcggcagagagcggccaggtagtgtcatttagagg-atgaaaagcctgataacataaataat 1249872  T
Q  402 tgtgaaaaataatcacctccataatgagtctataatctcccctttcatgacatgttgttgaagcaataaaggtacatcctctggggcaacatatccatac 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1249871 tgtgaaaaataatcacctccataatgagtctataatctcccctttcatgacatgttgttgaagcaataaaggtacatcctctggggcaacatatccatac 1249772  T
Q  502 ctggttatatcagttgaatataatataggtcagatgaataatcaatatggtaaacaacggtaattccacatttaaacaattaaacagaaagttcttgaga 601  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1249771 ctggttatatcagttgaatataatataggtcagatgaataatcaatatggtaaacaacggtatttccacatttaaactattaaacagaaagttcttgaga 1249672  T
Q  602 taaagaattttgataaccgagcaggtcttctccttaccaatgtccagtgacttctccattcatgcttgatccaaatataatgacatttcctgcatactta 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1249671 taaagaattttgataaccgagcaggtcttctccttaccaatgtccagtgacttctccattcatgcttgatccaaatataatgacatttcctgcatactta 1249572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 631; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 631; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 42017049 - 42016351
Alignment:
Q  3 atcaaagaagtaacagtaaaacggcatataggcatataagccaacaagagaacatttttgaaatacaaagccctgccttattaaatgaattatgagccct 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42017049 atcaaagaagtaacagtaaaacggcatataggcatataagccaacaaaagaacatttttgaaatacaaagccctgccttattaaatgaattatgagccct 42016950  T
Q  103 cgaggattgagagaattttgattgtgttaaacttaaaatcaagttctgacaaaactttgaatgttgctagttaactcttctgcgttattaacctttcatc 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42016949 cgaggattgagagaattttgattgtgttaaacttaaaatcaagttctgacaaaactttgaatgttgctagttaactcttctgcgttattaacctttcatt 42016850  T
Q  203 tccttctggacttctaannnnnnnacttgaaaaagacaatcaaccatatcaatataactacaatttcacctctcttagcctactcttacaaacttatgta 302  Q
    |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  42016849 tccttctggacttctaatttttttacttgaaaaagacaatcaaccatattaatataactacaatttcacctctcttggccaactcttacaaacttatgta 42016750  T
Q  303 aaattaacttctgatcccgcaaataagcaaaaatccagcggcagagagcggccaggtagtgtcatttagagggatgaaaagcatgataacataaataatt 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  42016749 aaattaacttctgatcccgcaaataagcaaaaatccaacggcagagagcggccaggtagtgtcatttagagg-atgaaaagcctgataacataaataatt 42016651  T
Q  403 gtgaaaaataatcacctccataatgagtctataatctcccctttcatgacatgttgttgaagcaataaaggtacatcctctggggcaacatatccatacc 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42016650 gtgaaaaataatcacctccataatgagtctataatctcccctttcatgacatgttgttgaagcaataaaggtacatcctctggggcaacatatccatacc 42016551  T
Q  503 tggttatatcagttgaatataatataggtcagatgaataatcaatatggtaaacaacggtaattccacatttaaacaattaaacagaaagttcttgagat 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42016550 tggttatatcagttgaatataatataggtcagatgaataatcaatatggtaaacaacggtatttccacatttaaactattaaacagaaagttcttgagat 42016451  T
Q  603 aaagaattttgataaccgagcaggtcttctccttaccaatgtccagtgacttctccattcatgcttgatccaaatataatgacatttcctgcatacttat 702  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42016450 aaagagttttgataaccgagcaggtcttctccttaccaatgtccagtgacttctccattcatgcttgatccaaatataatgacatttcctgcatacttat 42016351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University