View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18712_low_2 (Length: 819)

Name: NF18712_low_2
Description: NF18712
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18712_low_2
NF18712_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-808)||(930619-931425)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 718; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 718; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 808
Target Start/End: Original strand, 930619 - 931425
Alignment:
Q  1 aggaaactgaatctttgatgatgtttgcaatgtttttcgtgtgtattgatgcacctgatttgaggatattgaactatatgaaaagaagaagaaaaagcga 100  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  930619 aggaaactgaatctgcgatgatgtttgcaatgttttttgtgtgtattgatgcacctgatttgaggatattgaactatatgaaaagaagaaaaaaaag-ga 930717  T
Q  101 taattttgagaggaggaaggttcgtcagttttggaattgttgattacataactccactgaataccatgatcatacatcaatgaaaactgtttcttatgtc 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  930718 taattttgagtggaggaaggttcgtcagttttggaattgttgattacataactccactgaataccatgatcatacatcaatgaaaactgtttcttatgtc 930817  T
Q  201 ataattgagcggtaattcaagaactttaaatgagatgttttacgtatctcatgatgtatcaaaaattgtgttatgccaatggttatcgtgttcgataaat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  930818 ataattgagcggtaattcaagaactttaaatgagatgttttacgtatctcatgatgtatcaaaaattgtgttatgccagtggttatcgtgttcgataaat 930917  T
Q  301 tggtaggtcatgactcatgagtgaccagacagcccttcaagatatgaatgtgtttaccattattatgaagaatgtagtagttttagttatgtattttcct 400  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  930918 tgttaggtcatgactcatgagtgaccagacagcccttcaagatatgaatgtgtttaccattattatgaagaatgtagtagttttagttatgtattttcct 931017  T
Q  401 ttataatagtnnnnnnnttggatcaaggtgacgttttgcaatttgttctgtagtcttggtttattatgcatctannnnnnnctttcgtcaacctgtgact 500  Q
    ||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| ||||||||||||||    
T  931018 ttataatagtaaaaagattggatcaaggtgacgttttgcaatttgttctgtagtcttggtttattatgcatctatttttttctttggtcaacctgtgact 931117  T
Q  501 catgtttttcatgatgatattgtggtttttgcatgatttctgagcagtgaaggtttgcatgatttgtgaaaatgtcccctgacttggagataaagagcca 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  931118 catgtttttcatgatgatattgtggtttttgcatgatttctgagcagtgaaggtttgcatgatttgtgaaaatgtcccctgacttggagataaagagcca 931217  T
Q  601 attggagaatataaacgcccctgcattttcggaactaaatgttcttgagcctatggaaaacggtgaggctgatgattgtgtccgggaaatgatgtcaatt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  931218 attggagaatataaacgcccctgcattttcggaactaaatgttcttgagcctagggaaaacggtgaggctgatgattgtgcccgggaaatgatgtcaatt 931317  T
Q  701 gaacaaactcctctgtgtaagggagataaggatgtagaagttaatatcactgagtgcaaaaattctggcaaagctttgatggtgttagatttcggtgagg 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  931318 gaacaaactcctctgtgtaagggagataaggatgtagaagttaatatcactgagtgcaaaaattctggcaaagctttgatggtgttagatttcggtgagg 931417  T
Q  801 atgatgtc 808  Q
    ||||||||    
T  931418 atgatgtc 931425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University