View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18714_low_20 (Length: 252)

Name: NF18714_low_20
Description: NF18714
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18714_low_20
NF18714_low_20
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (13-252)||(7056617-7056856)
chr4 (14-252)||(7047746-7047983)
chr4 (13-252)||(7004829-7005067)
chr4 (12-249)||(7028173-7028410)
chr4 (13-244)||(7021466-7021696)
chr4 (60-251)||(6995095-6995285)
chr4 (106-250)||(7014548-7014692)
chr4 (13-252)||(7040617-7040858)
chr4 (13-61)||(7014740-7014788)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 211; Significance: 1e-116; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 13 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 7056856 - 7056617
Alignment:
Q  13 ataattctacaacaataatgaaaatgaataacatgaaatttgaaacattatggacaaaaattgtgtcagaatctagataagctatgnnnnnnnttactcg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||    
T  7056856 ataattctacaacaataatgaaaatgaataacatcaaatttgaaacattatggacaaaaattgtgtcagaatctagataagctatgaaaaaaattactcg 7056757  T
Q  113 gcatcttaattcgggaactgtgagacgagaattaagagacgcattcagctcctgagtcaaagatctcctccacatatgcaaatcatcttcacaaaagcta 212  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7056756 gcatcttaattcggggactgtgagacgagaattaagagacgcattcagctcctgagtcaaagatctcctccacatatgcaaatcatcttcacaaaagcta 7056657  T
Q  213 cccacaatgttgaacaaattaattcctgagagacactgaa 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7056656 cccacaatgttgaacaaattaattcctgagagacactgaa 7056617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 14 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 7047983 - 7047746
Alignment:
Q  14 taattctacaacaataatgaaaatgaataacatgaaatttgaaacattatggacaaaaattgtgtcagaatctagataagctatgnnnnnnnttactcgg 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||       ||||||||    
T  7047983 taatcctacaacaataatgaaaatgaataacatgaaatttgatacattatggacaaaaattgtgtccgaaaatagataagctatgaaaaaa-ttactcgg 7047885  T
Q  114 catcttaattcgggaactgtgagacgagaattaagagacgcattcagctcctgagtcaaagatctcctccacatatgcaaatcatcttcacaaaagctac 213  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||     
T  7047884 cagcttaattcggggactgtgagacgagaactaagagacgcattcagctcctgagtcaaagatcttctccacatacgcaaatcatctttacaaatgctag 7047785  T
Q  214 ccacaatgttgaacaaattaattcctgagagacactgaa 252  Q
    ||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  7047784 ccaaaatgttgaacttgttaattcctgagagacactgaa 7047746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 13 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 7005067 - 7004829
Alignment:
Q  13 ataattctacaacaataatgaaaatgaataacatgaaatttgaaacattatggacaaaaattgtgtcagaatctagataagctatgnnnnnnnttactcg 112  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||  ||       |||||      
T  7005067 ataaatctacaacaataatgaaaatgaataacatcaaatttgaaacattatggacaaaaattctgtccgaatctagataagcgttgaaacaa-ttacttt 7004969  T
Q  113 gcatcttaattcgggaactgtgagacgagaattaagagacgcattcagctcctgagtcaaagatctcctccacatatgcaaatcatcttcacaaaagcta 212  Q
    ||| |||||||| || ||||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||  ||||    
T  7004968 gcaacttaattcagggactgtgagacgagaactaagagattcgttcagctcctgagtcaaagatctcctccacagatgctcgtcatcttcacaattgcta 7004869  T
Q  213 cccacaatgttgaacaaattaattcctgagagacactgaa 252  Q
     ||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||    
T  7004868 tccaaaatgttgaactcattaattgctgagagacactgaa 7004829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 7028410 - 7028173
Alignment:
Q  12 gataattctacaacaataatgaaaatgaataacatgaaatttgaaacattatggacaaaaattgtgtcagaatctagataagctatgnnnnnnnttactc 111  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||       ||||      
T  7028410 gataaatctacaacattaatgaaaatgaataacatcaaatttaaaacattatggacaaaaattgtgtccgagtcaagataagctatgaagaaaattacat 7028311  T
Q  112 ggcatcttaattcgggaactgtgagacgagaattaagagacgcattcagctcctgagtcaaagatctcctccacatatgcaaatcatcttcacaaaagct 211  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||  ||   |||||||||  |||| ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||     
T  7028310 ggcagcttaatttgggaactgtgagaggagaactaagaggtgcgcccagctcctgtttcaacgatctcctccacagacgcgaatcatcttcacaaaagcc 7028211  T
Q  212 acccacaatgttgaacaaattaattcctgagagacact 249  Q
    | ||| ||||||   |  ||||||||||||||||||||    
T  7028210 atccaaaatgttttccttattaattcctgagagacact 7028173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 13 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 7021696 - 7021466
Alignment:
Q  13 ataattctacaacaataatgaaaatgaataacatgaaatttgaaacattatggacaaaaattgtgtcagaatctagataagctatgnnnnnnnttactcg 112  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||       ||||       
T  7021696 ataaatctacaacaataatgaaaatgaataacatcaaatttgaaacattatggataaacattgtgtccgaatctagataagctatg-aaaaaattacata 7021598  T
Q  113 gcatcttaattcgggaactgtgagacgagaattaagagacgcattcagctcctgagtcaaagatctcctccacatatgcaaatcatcttcacaaaagcta 212  Q
    ||| ||||  || |||||||||||| ||||| |||| || |   |||||||| | ||||||| |||||||| |  | ||| |||||||||||| ||||||    
T  7021597 gcagcttatctcaggaactgtgagatgagaactaagggatgggatcagctcccgtgtcaaaggtctcctccgccgacgcatatcatcttcacataagcta 7021498  T
Q  213 cccacaatgttgaacaaattaattcctgagag 244  Q
     |||  ||||||  || |||||||||||||||    
T  7021497 tccaatatgttgtccatattaattcctgagag 7021466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 60 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 6995285 - 6995095
Alignment:
Q  60 ttatggacaaaaattgtgtcagaatctagataagctatgnnnnnnnttactcggcatcttaattcgggaactgtgagacgagaattaagagacgcattca 159  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||       ||||| ||||  ||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||||    
T  6995285 ttatggacaaaaattgtgtgtgaatctagataagttatgaaaaac-ttacttggcagtttagttcgggcactgtgagacgagaaataagagactccttca 6995187  T
Q  160 gctcctgagtcaaagatctcctccacatatgcaaatcatcttcacaaaagctacccacaatgttgaacaaattaattcctgagagacactga 251  Q
     |||| ||||||||||||| ||||||| | ||  |||||| |||||||||| | ||| ||||| ||||| || || |||||| || ||||||    
T  6995186 actcccgagtcaaagatcttctccacaaacgcggatcatcgtcacaaaagcgatccaaaatgtggaacatatcaagtcctgaaaggcactga 6995095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 106 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 7014692 - 7014548
Alignment:
Q  106 ttactcggcatcttaattcgggaactgtgagacgagaattaagagacgcattcagctcctgagtcaaagatctcctccacatatgcaaatcatcttcaca 205  Q
    ||||| |||| ||||||||||| ||| ||||| ||||| || ||||    |||| ||||||| |||| ||||| ||||| | ||||  ||||||||||||    
T  7014692 ttacttggcagcttaattcgggcactttgagatgagaactaggagaactcttcaactcctgaatcaatgatcttctccagagatgcggatcatcttcaca 7014593  T
Q  206 aaagctacccacaatgttgaacaaattaattcctgagagacactg 250  Q
    | ||||| ||| |||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  7014592 atagctatccaaaatgttgaatgtattaattcctgagagacactg 7014548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 13 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 7040858 - 7040617
Alignment:
Q  13 ataattctacaacaataatgaaaatgaataacatgaaatttgaaacatt--atggacaaaaattgtgtcagaatctagataagctatgnnnnnnnttact 110  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  | ||| | ||||||||||||  ||| | ||| |||||||  |||||| || ||| ||||       |||||    
T  7040858 ataaatctacaacaataatgaaaatgaggagcatcagatttgaaacattttatgaataaacattgtgtgcgaatcttgacaagttatgtaaaaaattact 7040759  T
Q  111 cggcatcttaattcgggaactgtgagacgagaattaagagacgcattcagctcctgagtcaaagatctcctccacatatgcaaatcatcttcacaaaagc 210  Q
     |||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||  |||    |||| | | |  ||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||    
T  7040758 tggcagcttaattcgggcactgtgagatgagaactagaagatttcttcaacacttcggtcaatgatctcctccagagatgcgaatcatcttcacaatagc 7040659  T
Q  211 tacccacaatgttgaacaaattaattcctgagagacactgaa 252  Q
    || ||| |||||||||   |||||||||||| || |||||||    
T  7040658 tatccaaaatgttgaatgtattaattcctgaaaggcactgaa 7040617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 7014788 - 7014740
Alignment:
Q  13 ataattctacaacaataatgaaaatgaataacatgaaatttgaaacatt 61  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  7014788 ataaatctacaaaaataatgaaaatgaggaacatcaaatttgaaacatt 7014740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University