View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18719_low_3 (Length: 494)

Name: NF18719_low_3
Description: NF18719
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18719_low_3
NF18719_low_3
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (1-487)||(74540-75026)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-487)||(618252-618747)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (2-487)||(29471354-29471839)
chr6 (18-487)||(29662976-29663453)
chr6 (1-487)||(29767410-29767892)
chr6 (1-485)||(28487723-28488201)
chr6 (1-485)||(29800135-29800613)
chr6 (11-487)||(29718614-29719090)
chr6 (8-487)||(29689431-29689903)
chr6 (16-377)||(29756007-29756367)
chr6 (143-487)||(29671542-29671884)
chr6 (140-377)||(29712088-29712319)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (5-487)||(12591791-12592274)
[»] scaffold0012 (2 HSPs)
scaffold0012 (8-338)||(209615-209943)
scaffold0012 (335-487)||(208908-209060)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (125-274)||(5918746-5918895)


Alignment Details
Target: scaffold0007 (Bit Score: 479; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 479; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 487
Target Start/End: Original strand, 74540 - 75026
Alignment:
Q  1 caggaactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74540 caggaactgcaaactttcagatgaatatttttcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttctt 74639  T
Q  101 cctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactt 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74640 cctaaatctattgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactt 74739  T
Q  201 tatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74740 tatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgat 74839  T
Q  301 attcttcttgatatatttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagtaaagactc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74840 attcttcttgatatatttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagtaaagactc 74939  T
Q  401 cagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttagaaataaatttcctgccatagttctctgtgttg 487  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74940 cagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttagaaataaatttcctgccatagttctctgtgttg 75026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 487
Target Start/End: Original strand, 618252 - 618747
Alignment:
Q  1 caggaactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  618252 caggaactgcaaactttcagatgaatatctgtcaaaaagtcttatgttgtttgctaatgtgaaagaattacacctaactaaaaatcaattcacagttctt 618351  T
Q  101 cctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactt 200  Q
    |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  618352 cctaaatctatcgaaaaatgtcatcttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaacttttggaaattgaagggattcctccatgcttaaaatctt 618451  T
Q  201 tatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatt-tattt-----tgtaatgtatttgatatgata 294  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||     ||| ||| |||||||||||||    
T  618452 tatctgcaataaactgcaaatcgttgacttcgtcgtgcaaaagcaaattactaaatcaggttatgattatatttttttgtgttatgcatttgatatgata 618551  T
Q  295 attgatattcttcttgatatatttaaa---cttacattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgag 391  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||    ||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| || ||||| ||||||||||   |||||| ||    
T  618552 attgatattattcttgatatagttaaaaattttacattaattatttatgactaataggaattacatgaggctggaaatacttggttccatttgccacaag 618651  T
Q  392 taaagactccagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttagaaataaatttcctgccatagttctctgtgttg 487  Q
      || | ||||||||||||| | |||||||| | || ||||||||||||||||||||| ||| | || || |||||||||||   |||||||||||    
T  618652 cgaaaattccagagtggttcaatcaccaatgtttggcaggattgtcaatttctttctggtttcgtaacaagtttcctgccattactctctgtgttg 618747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 2 - 487
Target Start/End: Original strand, 29471354 - 29471839
Alignment:
Q  2 aggaactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttcttc 101  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||   || ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||| | ||||||    
T  29471354 aggaactgcaaattttcagatgaatatttgtcaacgggtctcatgttgtttactaatgtgaaagaattacacctaagtgataaccaattcaaaattcttc 29471453  T
Q  102 ctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaacttt 201  Q
    | ||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||||| ||||| | ||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  29471454 caaaatctatcgaaaaatgtcattttttacagaggcttgtcctggataactgtgaggaacttcaggaaattgaagggattccaccatgcttaaaaacatt 29471553  T
Q  202 atctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgata 301  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |  ||||   ||| || ||||||    
T  29471554 atctgcattaaactgcaaatcattgacctcaccgtgcaaaagcaaattactaaatcaggttatgatatattttgtatttaatttttaatg-tatttgata 29471652  T
Q  302 ttcttcttgatata-tttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagtaaagactc 400  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||  || || ||    
T  29471653 ttcttcttgatataggttaaacttacattaataatttatgactaccaggaattacatgaggcaggaaacacttggttccgtttgccacgaacaaggattc 29471752  T
Q  401 cagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttagaaataaatttcctgccatagttctctgtgttg 487  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||| || || || || ||||||| ||||| |||||||||||    
T  29471753 cagagtggttcgaccatcaatgcttggcaggattgtctatttctttctggttcaggaacaagtttcctgtcatagctctctgtgttg 29471839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 18 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 29663453 - 29662976
Alignment:
Q  18 cagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaatctatcgagaa 117  Q
    ||||||| || ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||| |||| ||    
T  29663453 cagatgagtacttgtcaataggtctcatgttgtttgctaatgtgaaagaattacacctaaatgaaagtcaattcacgtttcttcctaaatctttcgaaaa 29663354  T
Q  118 atgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgc 217  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||| | ||||||||  | ||||||    
T  29663353 atgtcattttttatggaggcctgtcttggataattgtaaggaacttcaggaaattaaagggattccaccatgcttaaaatcattatctgcttttaactgc 29663254  T
Q  218 aaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttattttg----------taatgtatttgatatgataattgatattcttc 307  Q
    |||||  || ||||||| |||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||||          ||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  29663253 aaatcgctgtcttcgtcatgcaaaagcaaattactaagtcaggtaatgatttattttgtttttattgttaatgtatttgatatgataatcgttattcttc 29663154  T
Q  308 ttgatatatttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagtaaagactccagagtg 407  Q
    |||||||  ||||||  || |||||| ||  ||| ||| ||||||  ||||| |||||||||||| |||||||  ||||| ||| ||||| |||||||||    
T  29663153 ttgatatggttaaacaaacgttaattgtt--tgagtaataggaattgcatgaggcaggaaacactcggttccgtttgccatgagcaaagattccagagtg 29663056  T
Q  408 gttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttagaaataaatttcctgccatagttctctgtgttg 487  Q
     |||||||||||| ||| || ||||||||||||||| ||||| ||  | || || ||||||||||||||||| |||||||    
T  29663055 attcgaccaccaaggcttggcaggattgtcaatttcattctggttccgtaacaagtttcctgccatagttctttgtgttg 29662976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 29767892 - 29767410
Alignment:
Q  1 caggaactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |   ||||||||||||| ||    
T  29767892 caggaactgcaaactttcagatgaatatctgtcaataagtctcatgttgtttgctaatgtgaaagaactacacataactaactgtcaattcacagttatt 29767793  T
Q  101 cctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactt 200  Q
    ||||||||||| || |||||| | ||||||||||   | ||||||||||||||| ||||| ||  ||||||  ||||||||||||||||||||| |   |    
T  29767792 cctaaatctattgaaaaatgtcaatttttatggaaaatcgtcttggatgattgtaaggaacttatggaaatgaaagggattcctccatgcttaagagagt 29767693  T
Q  201 tatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgat 300  Q
    |||||||| |||||||||    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||  ||| || || ||    
T  29767692 tatctgcactaaactgca---tattgacttcgtcgtgcaaaagcaaattactaaatcaggttatgatttattttgt-ttttatttgtaatg-tattttat 29767598  T
Q  301 attcttcttgatatatttaaactt-acattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagtaaagact 399  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||| |||||| || ||||| ||| |||| ||  ||||||| | ||||| |    
T  29767597 atttttcttgatatagttaaacttaacattaattatttatgactaatagaaattacatgaggctggaaatactcggtttcgtttgccacgtgcaaagatt 29767498  T
Q  400 ccagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttagaaataaatttcctgccatagttctctgtgttg 487  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || ||||  ||||||||||||||| ||| |    || ||||||||||||| |||||||||||    
T  29767497 ccagagtggttcgaccaccaatgcgaggcaggaaagtcaatttctttctggttttgtggcaagtttcctgccatagctctctgtgttg 29767410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 28488201 - 28487723
Alignment:
Q  1 caggaactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttctt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||    
T  28488201 cagggactgcaaactttcagatgaatatctgtcactaaatctcatgttgtttgctaatgtgaaagaattacacctaactaacattcaattcacagttctt 28488102  T
Q  101 cctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactt 200  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||  || || |||||||||||  ||||  ||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||||  |    
T  28488101 cctaaatctattgaaaaatgtcattttttgtggaaactcgttttggatgattgcaaggatcttcaggaaattaaagggaatcctccaagcttaaaaatgt 28488002  T
Q  201 tatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgat 300  Q
    |||||||| |||| |||| ||| |||||||| || |||||||| | |||| |||| |||||| ||||||||||||  || ||||||  ||| || |||||    
T  28488001 tatctgcactaaattgcatatcgttgacttcttcatgcaaaagcatattagtaaagcaggttatgatttattttgctat-tatttgtaatg-tatttgat 28487904  T
Q  301 attcttcttgatatatttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagtaaagactc 400  Q
    |||||| ||||||    || ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||  ||||||    ||||| ||    
T  28487903 attcttattgata----tagacttaaattaattatttatgactaacaggaattacatgaggatggaaacacttggttccgtttgccacagacaaagattc 28487808  T
Q  401 cagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttagaaataaatttcctgccatagttctctgtgt 485  Q
    |||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||| |||   || || ||||||||||||| |||||||||    
T  28487807 cagagtggttcgaccaccaaagcgaggcaggattgtcaatttctttctggtttcttaacaagtttcctgccatagctctctgtgt 28487723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 29800613 - 29800135
Alignment:
Q  1 caggaactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttctt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||    
T  29800613 cagggactgcaaactttcagatgaatatctgtcactaaatctcatgttgtttgctaatgtgaaagaattacacctaactaacattcaattcacagttctt 29800514  T
Q  101 cctaaatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactt 200  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||  || || |||||||||||  ||||  ||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||||  |    
T  29800513 cctaaatctattgaaaaatgtcattttttgtggaaactcgttttggatgattgcaaggatcttcaggaaattaaagggaatcctccaagcttaaaaatgt 29800414  T
Q  201 tatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgat 300  Q
    |||||||| |||| |||| ||| |||||||| || |||||||| | |||| |||| |||||| ||||||||||||  || ||||||  ||| || |||||    
T  29800413 tatctgcactaaattgcatatcgttgacttcttcatgcaaaagcatattagtaaagcaggttatgatttattttgctat-tatttgtaatg-tatttgat 29800316  T
Q  301 attcttcttgatatatttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagtaaagactc 400  Q
    |||||| ||||||    || ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||  ||||||    ||||| ||    
T  29800315 attcttattgata----tagacttaaattaattatttatgactaacaggaattacatgaggatggaaacacttggttccgtttgccacagacaaagattc 29800220  T
Q  401 cagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttagaaataaatttcctgccatagttctctgtgt 485  Q
    |||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||| |||   || || ||||||||||||| |||||||||    
T  29800219 cagagtggttcgaccaccaaagcgaggcaggattgtcaatttctttctggtttcttaacaagtttcctgccatagctctctgtgt 29800135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 11 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 29719090 - 29718614
Alignment:
Q  11 aaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaatcta 110  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| || | | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  | |||||| ||||| || ||||||||||||    
T  29719090 aaactttcagatgaattattgtcaaaaactcttatgttgtttgccaatgtgaaagaattacacctaacaaacaatcaactcacaattattcctaaatcta 29718991  T
Q  111 tcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaat 210  Q
    | || |||||| | ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||  |||||| |||||||||||||| |||||| |   ||||||||| |    
T  29718990 ttgaaaaatgtcaatttttatggaaacttgtcttggatgattgtaaggaacttcacgaaattaaagggattcctccacgcttaagagtgttatctgcagt 29718891  T
Q  211 aaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttg 310  Q
    | |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||| |  | | ||||  ||| || || |||||||| |||    
T  29718890 acactgcatatcgttgacttcgtcgtgcaaaagcaaattactaaatcaggttatgattcttttttt--tttgtttgtaatg-tattttatattctttttg 29718794  T
Q  311 atatatttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagt---aaagactccagagtg 407  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| | | |||||||||| |||||| ||  ||||||| || || ||  ||||||| ||   ||||| |||| ||||    
T  29718793 atatagttaaacttacattaattattttttactaacaggaattacatgaggctagaaacacctgctttcgtttgccacgggttccaaagattccaaagtg 29718694  T
Q  408 gttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttagaaataaatttcctgccatagttctctgtgttg 487  Q
    |||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||| ||| | || |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  29718693 gttcgaccacaaatgcgaggcaggattgtcaatttctttctggtttcgtaacaaatttcctgccatagctctttgtgttg 29718614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 8 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 29689903 - 29689431
Alignment:
Q  8 tgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaat 107  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | | ||||||||||| |||||||||    
T  29689903 tgcaaactttcagatgaatatctgtcaaaaactctcatgttgtttgctaatgtgaaagaattacacctaactaacagtaaattcacagttattcctaaat 29689804  T
Q  108 ctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgc 207  Q
    |||| || |||||||||||| ||||||  || ||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |   ||||||||    
T  29689803 ctattgaaaaatgtaattttctatggaaactggtcttggatgattgtaaggaacttgaggaaattaaagggattcctccatgcttaagagagttatctgc 29689704  T
Q  208 aataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttc 307  Q
    | ||||||||||   |||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||  |  |  ||||| ||   || ||  ||||||||    
T  29689703 agtaaactgcaa---attgacttcgtcatgcaaaagcaatttactaaatcaggttat-atttatttatttttaaatttg-tactgtattttctattcttc 29689609  T
Q  308 ttgatatatttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagtaaagactccagagtg 407  Q
    |||||||  |||||||||||||  | |||||||| |||||| ||| |||||| || ||||||||| ||||  |  ||||||| | ||||| |||||||||    
T  29689608 ttgatatcgttaaacttacatt--taatttatgaataacagaaattacatgaggctggaaacactcggttttgtttgccacgggcaaagattccagagtg 29689511  T
Q  408 gttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttagaaataaatttcctgccatagttctctgtgttg 487  Q
    ||| ||||||||||||  || |||| ||||| |||||||||| ||| | || || |||||| |||||| |||| ||||||    
T  29689510 gtttgaccaccaatgcgaggcaggaatgtcagtttctttctggttttgtaacaagtttccttccatagctctcggtgttg 29689431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 29756367 - 29756007
Alignment:
Q  16 ttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaatctatcgag 115  Q
    |||||| |||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||   ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||     
T  29756367 ttcagaggaatatctgtcaaaaagtcttatgttgtttgctaatgtgaaagaattacacttaactagtaatcatttcacagttattcctaaatctattgaa 29756268  T
Q  116 aaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaact 215  Q
    || ||| | ||||| ||||  ||  ||||||||||||||  || | ||   |||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||    
T  29756267 aattgtcaatttttgtggaaactcatcttggatgattgtacggcacttaaagaaattaaagggattcctccatgcttaagaatgttatctgcactaaact 29756168  T
Q  216 gcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatata 315  Q
    |||| || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||| |  | ||||||  ||| || || |||||||||||||||||    
T  29756167 gcaagtcgttgacttcgtcgtgcaagagcaaattgctaaatcaggttatgatttattttcttttttatttgtaatg-tattttatattcttcttgatata 29756069  T
Q  316 tttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggtt 377  Q
     ||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||||| || ||||| || |||||    
T  29756068 gttaaacttatattaattgtttatgactaacaggaattacatgaggctggaaaaacatggtt 29756007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 143 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 29671884 - 29671542
Alignment:
Q  143 ttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaa 242  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||  |||||||||  || |||||||| ||||||| ||    
T  29671884 ttggatgattgtaaggaacttcaggaaattaaagtgattcctccatgcttaagaatgttatctgctgtaaactgcacgtcgttgacttcttcgtgcacaa 29671785  T
Q  243 gaaaattactaaatcagg-ttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatatatttaaacttacattaattatttatga 341  Q
    | |||||||||||||||| || |||||||||||||  | |||||| ||   || || |||||||| |||||||| |||||||    | |||||||||| |    
T  29671784 gcaaattactaaatcaggtttatgatttattttgt-ttttatttg-taatttattttatattctttttgatatagttaaact----tgaattatttataa 29671691  T
Q  342 ttaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagt---aaagactccagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtca 438  Q
     |||||||||| |||| | || ||||||||||||||  |  ||||||| ||   ||| | |||||||||||| |||||| ||| |  ||  |||||||||    
T  29671690 ctaacaggaattacataaggctggaaacacttggttttgtttgccacgggtgccaaaaattccagagtggtttgaccacaaatacgaggccggattgtca 29671591  T
Q  439 atttctttctgctttagaaataaatttcctgccatagttctctgtgttg 487  Q
    ||||||||||| ||| | || || ||||||||||||| |||||||||||    
T  29671590 atttctttctggtttcgtaacaagtttcctgccatagctctctgtgttg 29671542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 140 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 29712319 - 29712088
Alignment:
Q  140 gtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgca 239  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||      ||||||||| |||||||||  || ||||||||||||||||    
T  29712319 gtcttggatgattgtaaggaacttcaggaaattcaagtgattcctccatgcttatg----ttatctgcagtaaactgcatgtcgttgacttcgtcgtgca 29712224  T
Q  240 aaagaaaattactaaatcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttcttgatatatttaaacttacattaattatttat 339  Q
    |||| | |||||||||||||||| |||||| |||| |  | ||||||  ||| || || |||||| | |||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  29712223 aaagcagattactaaatcaggttatgattttttttatttt-tatttgtaatg-tattttatattccttttgatatagttaaacttaaattaattatttat 29712126  T
Q  340 gattaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggtt 377  Q
     ||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||    
T  29712125 tattgacaggaattacataaggcaggaaacacttggtt 29712088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 5 - 487
Target Start/End: Original strand, 12591791 - 12592274
Alignment:
Q  5 aactgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttcttccta 104  Q
    ||||||||||||||| ||||| || |||||| || | |||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||||||||    
T  12591791 aactgcaaactttcatatgaaaatctgtcaaaaattctcatcttgttttctaatgtgcaagaattacacctaactaactatcaattcaaagttcttccta 12591890  T
Q  105 aatctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatc 204  Q
    | | ||||||  ||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||| ||  |||||    
T  12591891 attgtatcgaagaatgtcattttttatggaaactcgtcttggatgattgtaaggaacttcaggaaattaaagggattcctccacgcttaagaatgttatc 12591990  T
Q  205 tgcaataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgatattc 304  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||  | | ||||  ||| || ||  |||||    
T  12591991 tgcactaaactgcaagtcattgacttcgtcgtgcaaaagcaaattactaaatcaggttatgattcattttgt-ttttgtttgtaatg-tattttgtattc 12592088  T
Q  305 ttcttgatatatttaaacttacattaattatttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagt---aaagactcc 401  Q
    || |||||||| |||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||  || || ||  ||||||||||||| ||  ||||||| ||   ||||| |||    
T  12592089 tttttgatatagttaaacttactttaattatttttgactaacaggaattgcacgaggctagaaacacttggtttcgtttgccacgggtgccaaagattcc 12592188  T
Q  402 agagtggttcgaccaccaatgctcgggaggattgtcaatttctttctgctttagaaataaatttcctgccatagttctctgtgttg 487  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| || ||| | || || |||||  |||||||||| |||||||    
T  12592189 agagtggttcgaccacaaatgctcggcaggattgtcaatttctttttggtttcgtaacaagtttccctccatagttctttgtgttg 12592274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 131; Significance: 9e-68; HSPs: 2)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 8 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 209943 - 209615
Alignment:
Q  8 tgcaaactttcagatgaatatttgtcaataagtttcatgttgtttgctaatgtaaaagaattacacctaactgaaaatcaattcacagttcttcctaaat 107  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||| |||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||| ||||||||  |||||||||    
T  209943 tgcaatctttcagatgaatatctgtcaaaaagtcttatgttatttgctaatgtgaaagaattacacctaactagtaatcacttcacagtaattcctaaat 209844  T
Q  108 ctatcgagaaatgtaattttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgc 207  Q
    |||||||  | ||||| | ||| ||||  || ||||||||||||||| ||| | |||  |||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  209843 ctatcgaatattgtaaatctttgtggaaactcgtcttggatgattgtaaggcacttcaagaaattaaagggattcctccatgcttaagaatgttatctgc 209744  T
Q  208 aataaactgcaaatcattgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttattttgtaatgtatttgatatgataattgatattcttc 307  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    | |||||| ||  ||| || |||||||||    
T  209743 actaaactgcatatcattgacttcgtcgtgcaaaagcaaattactaaatcaggttatgatttatttt-ccttttatttg-tactatattttatattcttc 209646  T
Q  308 ttgatatatttaaacttacattaattattta 338  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  209645 ttgatatagttaaacttacattgattgttta 209615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 335 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 209060 - 208908
Alignment:
Q  335 tttatgattaacaggaatcacatgaagcaggaaacacttggttccggatgccacgagtaaagactccagagtggttcgaccaccaatgctcgggaggatt 434  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| || |||||||||||||| ||  |||||||||  |    ||||||||||||||||||||| || | || | ||||    
T  209060 tttatgactaacaggaattacatgaggctggaaacacttggtttcgtttgccacgagcgacatttccagagtggttcgaccaccactgtttggcaagatt 208961  T
Q  435 gtcaatttctttctgctttagaaataaatttcctgccatagttctctgtgttg 487  Q
    |||| |||||||||| ||| | || || ||||||||||||| |||||||||||    
T  208960 gtcattttctttctggtttcgtaacaagtttcctgccatagctctctgtgttg 208908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 125 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 5918895 - 5918746
Alignment:
Q  125 tttttatggaggcttgtcttggatgattgtgaggaaattcgggaaattgaagggattcctccatgcttaaaaactttatctgcaataaactgcaaatcat 224  Q
    ||||||| || |||| |||||||| | |||||| |  ||| ||||||  |||||||||| |||  |||||||||||| || || || ||||||| ||| |    
T  5918895 tttttatagaagcttttcttggataactgtgagaatcttcaggaaatcaaagggattccgccaaacttaaaaactttttcggccattaactgcatatctt 5918796  T
Q  225 tgacttcgtcgtgcaaaagaaaattactaaatcaggttgtgatttatttt 274  Q
    |||||| |||||| | ||| || ||  | ||||||||  |||||||||||    
T  5918795 tgactttgtcgtgtacaagcaagtttatgaatcaggtcttgatttatttt 5918746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University