View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18721_low_3 (Length: 677)

Name: NF18721_low_3
Description: NF18721
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18721_low_3
NF18721_low_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (15-664)||(9794643-9795292)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-664)||(45145743-45146392)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 606; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 606; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 664
Target Start/End: Original strand, 9794643 - 9795292
Alignment:
Q  15 ctttcaaccccatagagaataccaatcaaactgtaataaaacttatggtttggtaccaaacctttttcaatcatttgatccactatctctttccctttac 114  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9794643 ctttcaaccccacagagaataccaatcaaactgtaataaaacttatggtttggtaccaaacctttttcaatcatttgatccactatctctttccctttac 9794742  T
Q  115 caaatctaccactcagaaacaaaacccttgctaccagataatagctaacccaatctggagcaacaccagatttgttcattgcttcaagtatttgacaaga 214  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9794743 caaatctaccactcaaaaacaaaacccttgacaccagataatagctaacccaatctggagcaacaccagatttgttcattgcttcaagtatttgacaaga 9794842  T
Q  215 ttccttaactcttctagtcttccccaaacaagaaagcaaaatgttgtaactgattgaagttggaaaaaccttataagacctcatctccatcatcacattc 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9794843 ttccttaactcttctagtcttccccaaacaagaaagcaaaatgttgtaactgattgaagttggaaaaaccttataagacctcatctccatcatcacattc 9794942  T
Q  315 aaagcttccggcataagtccggaaggattatttctgagatttctttcacaaaggcacctaaggaatgtattatagcaaactaaatctggggttaccccat 414  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9794943 aaagcttccagcacaagtccggaaggattatttctgagatttctttcacaaaggcacctaaggaatgtattatagcaaactaaatctggggttaccccat 9795042  T
Q  415 ttgtcttcatctcttgaataattctcctagattcctttacattcctctccagagaccaaccataaagaagacttctataaacacaaggtagcgctccttt 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9795043 ttgtcttcatctcttgaataattctccaagattccttcacattcctctccaaagaccaaccataaagaagacttctataaacacaaggtagcactccttt 9795142  T
Q  515 aatcttgtctttgtgatgccaagctacaccttcagctctcttagcatgccctttagagcaaagagcattaataatagcagtaaccgtgaattcatcaata 614  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9795143 aatcttgtctttgtgatgccaaactacaccttcagctctcttagcatgccctttagagcaaagagcattaataatagcagtaaccgtgaattcatcaata 9795242  T
Q  615 agacatttatacttatccaaattcttgaaaatacccaatgcttcgtcttc 664  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9795243 agacatttatacttatccaaattcttgaaaatacccaatgcttcgtcttc 9795292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 606; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 606; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 45146392 - 45145743
Alignment:
Q  15 ctttcaaccccatagagaataccaatcaaactgtaataaaacttatggtttggtaccaaacctttttcaatcatttgatccactatctctttccctttac 114  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45146392 ctttcaaccccacagagaataccaatcaaactgtaataaaacttatggtttggtaccaaacctttttcaatcatttgatccactatctctttccctttac 45146293  T
Q  115 caaatctaccactcagaaacaaaacccttgctaccagataatagctaacccaatctggagcaacaccagatttgttcattgcttcaagtatttgacaaga 214  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45146292 caaatctaccactcataaacaaaacccttgtcaccagataatagctaacccaatctggagcaacaccagatttgttcattgcttcaagtatttgacaaga 45146193  T
Q  215 ttccttaactcttctagtcttccccaaacaagaaagcaaaatgttgtaactgattgaagttggaaaaaccttataagacctcatctccatcatcacattc 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45146192 ttccttaactcttctagtcttccccaaacaagaaagcaaaatgttgtaactgattgaagttggaaaaaccttataagacctcatctccatcatcacattc 45146093  T
Q  315 aaagcttccggcataagtccggaaggattatttctgagatttctttcacaaaggcacctaaggaatgtattatagcaaactaaatctggggttaccccat 414  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  45146092 aaagcttcctgcacaagtccggaaggattatttctgagatttctttcacaaaggcacctaaggaatgtattatagcaaactatatctggggttaccccat 45145993  T
Q  415 ttgtcttcatctcttgaataattctcctagattcctttacattcctctccagagaccaaccataaagaagacttctataaacacaaggtagcgctccttt 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  45145992 ttgtcttcatctcttgaataattctcctagattccttcacattcctctccatagaccaaccataaagaagacttctataaacacaaggtagctctccttt 45145893  T
Q  515 aatcttgtctttgtgatgccaagctacaccttcagctctcttagcatgccctttagagcaaagagcattaataatagcagtaaccgtgaattcatcaata 614  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45145892 aatcttgtctttgtgatgccaatctacaccttcagctctcttagcatgccctttagagcaaagagcattaataatagcagtaaccgtgaattcatcaata 45145793  T
Q  615 agacatttatacttatccaaattcttgaaaatacccaatgcttcgtcttc 664  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45145792 agacatttatacttatccaaattcttgaaaatacccaatgcttcgtcttc 45145743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University