View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18737_low_1 (Length: 1050)

Name: NF18737_low_1
Description: NF18737
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18737_low_1
NF18737_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-1031)||(35409716-35410731)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 956; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 956; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 1031
Target Start/End: Original strand, 35409716 - 35410731
Alignment:
Q  15 tcattaggaattaattttcgcattaattgtggccggattggaacatatccaccataggggtattgactgaagttcaagacagcatgttgcgctgatacag 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35409716 tcattaggaattaattttcgcattaattgtggccggattggaacatatccaccataggggtattgactgaagttcaagacagcatgttgcgctgatacag 35409815  T
Q  115 tccagataatggtggtaagcaaggagatgagatcctcaggggtgtttagtttaggccaccaggtagcatttttatgatcagggtgccccatgttgatgaa 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35409816 tccagataatggtggtaagcaaggagatgagatcctcaggggtgtttagtttaggccaccaggtagcatttttatgatcagggtgccccatgttgatgaa 35409915  T
Q  215 ttctttgtaccaggactggagttcattgtcagaagaaacggcattcaaatctttgtagtaatggttcacataggtcctgaccaacttctctatactagtc 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  35409916 ttctttgtaccaggactggagttcattgtcagaagaaatggcattcaaatctttgtagtaatggttcacataggtcctgaccaacttctctatactagac 35410015  T
Q  315 catatgaggagtccatcagccgcataaggataatcttcaataagtagtctaatgccatgtggctgagtggcatctggaaccgccaaacctctgnnnnnnn 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||           
T  35410016 catatgaggagtccatcagccgcataaggataatcttcaataagtagtctaatgccatgtggccgagtggcatctggaaccgccaaacctctgaaaaaaa 35410115  T
Q  415 ngaaagaataaatagttagatcttatcttcttcacttagtgaaagaacaaatgaaagaacaagtaaaaccaagctcattgcacagaaaactttgatgaag 514  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  35410116 -gaaagaataaatagttagatcttatcttcttcacttagtgaaagaacaaatgaaagaacaagtaaaaccaagctcattgagcagaaaactttgatgaag 35410214  T
Q  515 gaaactatcttctttaccttcttttaagatcggcaggaagaccttccatgtcaaatcgccaccaatctttataggcagcacacgtaatttgcatacagta 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410215 gaaactatcttctttaccttcttttaagatcggcaggaagaccttccatgtcaaaccgccaccaatctttataggcagcacacgtaatttgcatacagta 35410314  T
Q  615 tctcccgggagtgtagtttttctctatggaaccgtctgcattaacgagtacctcgcgggctgttgcatttgtcttgagtgtgtatcgcatatggggatgc 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410315 tctcccgggagtgtagtttttctctatggaaccgtctgcattaacgagtacctcgcgggctgttgcatttgtcttgagtgtgtatcgcatatggggatgc 35410414  T
Q  715 agaagcttgaatacaggatgcatcacgcttaattgccgatgagctgcaattattaatggttccatgcatgcgtgtattcttaacctgttcggttatcata 814  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410415 agaagcttgaatacaggatgcatcacgcttaattgccgatgagctgcaattattaatggttccatgcatgcgtgtattcttaacctgttcggttatcata 35410514  T
Q  815 ggtcaaatgtcattactaaatttctaaaacaaaagttttggtcaagtttttctcaaatacatatatttgcatggaaatagtaattcataccaatggtgca 914  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35410515 ggtcaaatgtcattactaaatttctaaaacaaaagttttgggcaagtttttctcaaatacatatatttgcatggaaataataattcataccaatggtgca 35410614  T
Q  915 caagtgtatgaacgccagcatcattagcgcaaacgtgagctttgcctaattgccagagccatttagaggtttcatctacagcaggggttagaacctgctt 1014  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410615 caagtgtatgaacgccagcatcattagcgcaaacgtgagctttgcctaattgccagagccatttagaggtttcatctacagcaggggttagaacctgctt 35410714  T
Q  1015 gtctgttgggagagcaa 1031  Q
    |||||||||||||||||    
T  35410715 gtctgttgggagagcaa 35410731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University