View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18737_low_3 (Length: 822)

Name: NF18737_low_3
Description: NF18737
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18737_low_3
NF18737_low_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (21-800)||(32725798-32726586)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 741; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 741; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 800
Target Start/End: Original strand, 32725798 - 32726586
Alignment:
Q  21 tccggtgcacggtaactaaggtgaggtaaattcagcatgcagttgaaaaccaaagcctctccacgtacaagctttaatgcagaaggacggaaagcttcat 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32725798 tccggtgcacggtaactaaggtgaggtaaattcagcatgcagttgaaaaccaaagcctctccacgtacaagctttaatgcagaaggacggaaagtttcat 32725897  T
Q  121 cggagtctaatctgcagtgatgaaaagaaaatggttgtccgagggaagcggcaaaggaggttaatcgcctgccggtttcttgtacggtggcgattgacct 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725898 cggagtctaatctgcagtgatgaaaagaaaatggttgtccgagggaagcggcaaaggaggttaatcgcctgccggtttcttgtacggtggcgattgacct 32725997  T
Q  221 ccggccggttcctgtccgcgataatgcggttatccgaagatgtggaccgttgttgttggaagcaagtgattggattaatgaggcccattggaccccttcc 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725998 ccggccggttcctgtccgcgataatgcggttatccgaagatgtggaccgttgttgttggaagcaagtgattggattaatgaggcccattggaccccttcc 32726097  T
Q  321 atgatatcgtagtcgatgacatggacgcggcgttcgtgggccacggcttcgatgatggcttgattggctgtgaagtggccgaatttgacgtaaggtgaca 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726098 atgatatcgtagtcgatgacatggacgcggcgttcgtgggccacggcttcgatgatggcttgattggctgtgaagtggccgaatttgacgtaaggtgaca 32726197  T
Q  421 tgtcttgaagtagttggaaagcagcaagtgtgtcgttttggttgtcgcggggaccatttgtggtgaggtaatgtttgttgttgttgtggtgatggtggtt 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726198 tgtcttgaagtagttggaaagcagcaagtgtgtcgttttggttgtcgtggggaccatttgtggtgaggtaatgtttgttgttgttgtggtgatggtggtt 32726297  T
Q  521 attatgcgcacccccagcaccttctagtagtccatgaagggcttcggtgaaatgagcggcaagtctctccatgttggagccgttagcatgttgtgagact 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726298 attatgcgcacccccagcaccttctagtagtccatgaagggcttcggtgaaatgagcggcaagtctctccatgttggagccgttagcatgttgtgagact 32726397  T
Q  621 aattccttgagccggatcaatatcactcgagctaagtcacggtttttggttgaaccggttaaggcttccgcgccagccatcaataggtgcactagtttta 720  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726398 aattccttgagccggatcaatatcactcgagctaagtcacggtttttggttgaaccggttaaggcttccgcgccagccatcaataggtgcactagtttta 32726497  T
Q  721 gcccttttgaatcatcaccaacttcttgcgtttttattgtcgttgtt---------gttgttgtttccatttcttcttcttcctcatcc 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726498 gcccttttgaatcatcaccaacttcatgcgtttttattgccgttgttgttgttgtggttgttgtttccatttcttcttcttcctcatcc 32726586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University