View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18743_high_6 (Length: 593)
Name: NF18743_high_6
Description: NF18743
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18743_high_6 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 554; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 554; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 50121341 - 50120772
Alignment:
| Q |
10 |
aagaatatatatagattagactgttctcctgtacaaattctattaatttactcttaactaacaactttgttgaaacctgttgcatcatgaccaatatgct |
109 |
Q |
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| T |
50121341 |
aagactatatatagattagactgttctcctatacaaattctattaagttactcttaactaacaactttgctgaaacctgttgcatcatgaccaatatgct |
50121242 |
T |
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| Q |
110 |
cacttatttaatttttggtttggtgtatttataggattccaccaatgcagatggggttatcacaacctatctgttattgaagatgttgttgagaattaca |
209 |
Q |
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| T |
50121241 |
cacttatttaatttttggtttggtgtatttataggattccaccaatgcagatggggttatcacaacctatctgttattgaagatgttgttgagaattaca |
50121142 |
T |
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| Q |
210 |
agaaagctaaaattccacttgatgtgatatggaatgatgatgatcacatggatggacacaaggactttacagtcaatccagttaactacccacttccaaa |
309 |
Q |
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| T |
50121141 |
agaaagctaaaattccacttgatgtgatatggaatgatgatgatcacatggatggacacaaggactttacagtcaatccagttaactacccacttccaaa |
50121042 |
T |
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| Q |
310 |
gcttttaaactttttggacagaatacacagcattggcatgaaatacattgtgattaatgatcctggaattgctgttaacaccaaatatggtgtataccaa |
409 |
Q |
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| T |
50121041 |
gcttttaaactttttggacagaatacacagcattggcatgaaatacattgtgattaatgatcctggaattgctgttaacaccaaatatggtgtataccaa |
50120942 |
T |
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| Q |
410 |
aggggtatggctaatgatgtttttatcaagtatgaaggtgaaccattcatggctatggtttggccaggggctgtttactttcctgattttctcaatccta |
509 |
Q |
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| T |
50120941 |
aggggtatggctaatgatgtttttatcaagtatgaaggtgaaccattcatggctatggtttggccaggggctgtttactttcctgattttctcaatccta |
50120842 |
T |
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| Q |
510 |
aaacagtttcttggtgggccgatgaaattcgccgcttccatgaacttgttcctattgatggattatggat |
579 |
Q |
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| T |
50120841 |
aaacagtttcttggtgggccgatgaaattcgccgcttccatgaacttgttcctattgatggattatggat |
50120772 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 140 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 50111188 - 50110749
Alignment:
| Q |
140 |
ataggattccaccaatgcagatggggttatcacaacctatctgttattgaagatgttgttgagaattacaagaaagctaaaattccacttgatgtgatat |
239 |
Q |
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| T |
50111188 |
ataggattccaccaatgcagatggggttatcacaacctatctgttgtagaagatgttgttgaaaattacaataaagccaaaattccactcgatgttatat |
50111089 |
T |
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| Q |
240 |
ggaatgatgatgatcacatggatggacacaaggactttacagtcaatccagttaactacccacttccaaagcttttaaactttttggacagaatacacag |
339 |
Q |
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| T |
50111088 |
ggaatgatgatgatcacatggatggacacaaggacttcaccctcaatccagttaactatccacgtccaaagcttttaaactttctggaaagaatacacaa |
50110989 |
T |
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| Q |
340 |
cattggcatgaaatacattgtgattaatgatcctggaattgctgttaacaccaaatatggtgtataccaaaggggtatggctaatgatgtttttatcaag |
439 |
Q |
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| T |
50110988 |
cattggcatgaaatacattgtgataattgatcctggtattgctgttaactccagttatggtgtgtaccaaaggggtatggctaatgatgtttttatcaag |
50110889 |
T |
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| Q |
440 |
tatgaaggtgaaccattcatggctatggtttggccaggggctgtttactttcctgattttctcaatcctaaaacagtttcttggtgggccgatgaaattc |
539 |
Q |
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| T |
50110888 |
catgagggtgaaccattcttggcacaagtttggccaggagcagtgtactttcctgattttctcaatcctaaaacagtttcttggtggggtgatgagattc |
50110789 |
T |
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| Q |
540 |
gccgcttccatgaacttgttcctattgatggattatggat |
579 |
Q |
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| T |
50110788 |
gccgcttccatgaacttgtcccagttgatggcttatggat |
50110749 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 158; Significance: 9e-84; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 9e-84
Query Start/End: Original strand, 142 - 555
Target Start/End: Original strand, 23933616 - 23934029
Alignment:
| Q |
142 |
aggattccaccaatgcagatggggttatcacaacctatctgttattgaagatgttgttgagaattacaagaaagctaaaattccacttgatgtgatatgg |
241 |
Q |
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| T |
23933616 |
aggattccaccaatgcagatggggatatcacaatctatcagttgttgaagatgttgtggatagttacaagaaggctcaaatcccacttgatgtgatctgg |
23933715 |
T |
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| Q |
242 |
aatgatgatgatcacatggatggacacaaggactttacagtcaatccagttaactacccacttccaaagcttttaaactttttggacagaatacacagca |
341 |
Q |
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| T |
23933716 |
aacgacgatgatcatatggacggacacaaagacttcacactcaatccaaagaactaccctcgtccgaagcttctaaacttcttgaacaagatacacagca |
23933815 |
T |
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| Q |
342 |
ttggcatgaaatacattgtgattaatgatcctggaattgctgttaacaccaaatatggtgtataccaaaggggtatggctaatgatgtttttatcaagta |
441 |
Q |
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| T |
23933816 |
ttggcatgaaatacattgtcattattgaccctggaattggggttaactccagttacggtgtataccaaaggggtttagccaacgatgttttcatcaagta |
23933915 |
T |
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| Q |
442 |
tgaaggtgaaccattcatggctatggtttggccaggggctgtttactttcctgattttctcaatcctaaaacagtttcttggtgggccgatgaaattcgc |
541 |
Q |
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| T |
23933916 |
cgaaggcgaacctttcttggctcaagtgtggccaggggcggtaaactttcctgattttctcaatccaaagactgtaaattggtgggtcgacgagatccgc |
23934015 |
T |
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| Q |
542 |
cgcttccatgaact |
555 |
Q |
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| T |
23934016 |
cgcttccatgaact |
23934029 |
T |
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