View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18743_low_33 (Length: 300)
Name: NF18743_low_33
Description: NF18743
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18743_low_33 |
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| [»] scaffold0046 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 28468990 - 28468707
Alignment:
| Q |
1 |
gttataacaataaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatagtaagattttgtgtgcatcccaaacacaggtggaattcacgttatgtt |
100 |
Q |
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| T |
28468990 |
gttataacaataaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatagtaagcttttgtgtgcatcccaaacacaggtggaattcatgttatgtt |
28468891 |
T |
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| Q |
101 |
tctgatattaattcaggctatttataccgacaatatttcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggccatacatttcaatga |
200 |
Q |
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| T |
28468890 |
tctgatattaattcaggctatttataccgacaatattgcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggctgtacatttcaatga |
28468791 |
T |
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| Q |
201 |
attatgctgcacaaagaattacaaccaaagnnnnnnncagcaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatg |
284 |
Q |
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| T |
28468790 |
atcatgctgcacaaagaattacaaccaaagaaaaaaacagcaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatg |
28468707 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 34734744 - 34735027
Alignment:
| Q |
1 |
gttataacaataaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatagtaagattttgtgtgcatcccaaacacaggtggaattcacgttatgtt |
100 |
Q |
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| T |
34734744 |
gttataacaataaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatagtaagcttttgtgtgcatcccaaacacaggtggaattcatgttatgtt |
34734843 |
T |
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| Q |
101 |
tctgatattaattcaggctatttataccgacaatatttcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggccatacatttcaatga |
200 |
Q |
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| T |
34734844 |
tctgatattaattcaggctatttataccgacaatattgcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggctgtacatttcaatga |
34734943 |
T |
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| Q |
201 |
attatgctgcacaaagaattacaaccaaagnnnnnnncagcaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatg |
284 |
Q |
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| T |
34734944 |
atcatgctgcacaaagaattacaaccaaagaaaaaaacagcaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatg |
34735027 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0046 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: scaffold0046
Description:
Target: scaffold0046; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 76049 - 76333
Alignment:
| Q |
1 |
gttataacaataaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatagtaagattttgtgtgcatcccaaacacaggtggaattcacgttatgtt |
100 |
Q |
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| T |
76049 |
gttataacaataaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatggtaagcttttgtgtgcatcccaaacacaggtggaattcacgttatgtt |
76148 |
T |
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| Q |
101 |
tctgatattaattcaggctatttataccgacaatatttcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggccatacatttcaatga |
200 |
Q |
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| T |
76149 |
tctgatattaattcaggctatttataccgacaatattgcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggccgtacatttcaatga |
76248 |
T |
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| Q |
201 |
attatgctgcacaaagaattacaaccaaag-nnnnnnncagcaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatg |
284 |
Q |
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| T |
76249 |
atcatgctgcacaaagaattacaaccaaagaaaaaaaacagcaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatg |
76333 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 24966728 - 24967012
Alignment:
| Q |
1 |
gttataacaataaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatagtaagattttgtgtgcatcccaaacacaggtggaattcacgttatgtt |
100 |
Q |
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| T |
24966728 |
gttataacaataaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatggtaagcttttgtgtgcatcccaaacacaggtggaattcacgttatgtt |
24966827 |
T |
|
| Q |
101 |
tctgatattaattcaggctatttataccgacaatatttcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggccatacatttcaatga |
200 |
Q |
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| T |
24966828 |
tctgatattaattcaggctatttataccgacaatattgcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggccgtacatttcaatga |
24966927 |
T |
|
| Q |
201 |
attatgctgcacaaagaattacaaccaaag-nnnnnnncagcaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatg |
284 |
Q |
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| T |
24966928 |
atcatgctgcacaaagaattacaaccaaagaaaaaaaacagcaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatg |
24967012 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 29318633 - 29318916
Alignment:
| Q |
1 |
gttataacaataaagaaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatagtaagattttgtgtgcatcccaaacacaggtggaattcacgttatgtt |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
29318633 |
gttataacaataaataaaacactaacaacaaacatgtatttgtatcataatagtatgcttttgtttgcatcccaaacacaggtggaattcacgttatgtt |
29318732 |
T |
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| Q |
101 |
tctgatattaattcaggctatttataccgacaatatttcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaatttcaaatggccatacatttcaatga |
200 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |
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| T |
29318733 |
tctgatattaattcaggctatttataccgacaatattgcttgaatccacttcatacaatgaaagataaactgaattttaaatggctgtacatttcaatga |
29318832 |
T |
|
| Q |
201 |
attatgctgcacaaagaattacaaccaaagnnnnnnncagcaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatg |
284 |
Q |
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| T |
29318833 |
atcatgttgcacaaagaattacaaccaaagaaaaaaacaacaacaattgagctgagtaaagattgtgatcatgactctcaaatg |
29318916 |
T |
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