View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18746_low_1 (Length: 811)

Name: NF18746_low_1
Description: NF18746
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18746_low_1
NF18746_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-795)||(50338796-50339572)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 765; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 765; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 50339572 - 50338796
Alignment:
Q  19 gatccatgaattctgtcgtaactcagaaccggatgcaagaattgcatcagcagttccaatgtcatcagttacttctattaaatcttcaaaccccatcact 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50339572 gatccatgaattctgtcgtaactcagaaccggatgcaagaattgcatcagcagttccaatgtcatcagttacttctattaaatcttcaaaccccatcact 50339473  T
Q  119 tttgctacttgtactagatcagcttcaagaatctaaattcatccaacaagaaaacagtgcccgttattaagaaataaaataagattagttttaagaaatt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  50339472 tttgctacttgtactagatcagcttcaagaatctaaattcatccaacaagaaaacagtgcccgttattaagaaaaaaaataagatgagttttaagaaatt 50339373  T
Q  219 tgttccttcaatggaacatgaaaatgagacagttatcgaagctcctgaatcctgataatattctctaccagcacatgcaaaccctaaaataatttacctt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50339372 tgttccttcaatggaacatgaaaatgagacagttatcgaagctcctgaatcctgataatattctctaccagcacatgcaaaccctaaaataatttacctt 50339273  T
Q  319 gcaggtgtacacttgcattggtgaactcctcttgatcacagatccactattatcactccatttcatggatcgagtgggatagtagtatgtatcatcctcg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50339272 gcaggtgtacacttgcattggtgaactcctcttgatcacagatccactattatcactccatttcatggatcgagtgggatagtagtatgtatcatcctcg 50339173  T
Q  419 tcatactctctgtcagaacttgtgatattagtgttagttaaatttaaatccgatgtttcttcatggcttatctcaggtattggagcatgcttcaccaaat 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50339172 tcatactctctgtcagaacttgtgatattagtgttagttaaatttaaatccgatgtttcttcatggcttatctcaggtattggagcatgcttcaccaaat 50339073  T
Q  519 cattggaaaaatcatcccaatgacggacttcaaatactggaggttttcctgtatcaaagaagattttctagttagttactgcatcagtcagttagatgtg 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50339072 cattggaaaaatcatcccaatgacggacttcaaatactggaggttttcctgtatcaaagaagattttctagttagttactgcatcagtcagttagatgtg 50338973  T
Q  619 aaataagatattccattatagaagatgaggaatacctgccaaaagagcatccacagttgcatctaacctatgatgaacacgacattcagttttggatatc 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50338972 aaataagatattccattatagaagatgaggaatacctgccaaaagagcatccacagttgcatctaacctatgatgaacacgacattcagttttggatatc 50338873  T
Q  719 atctcaacagcacacgtaaatgtaggtggtcctttcctttctagaattgtcttttgcactttccttttcctggcttc 795  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50338872 atctcaacagcacatgtaaatgtaggtggtcctttcctttctagaattgtcttttgcactttccttttcctggcttc 50338796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University