View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18747_high_2 (Length: 724)

Name: NF18747_high_2
Description: NF18747
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18747_high_2
NF18747_high_2
[»] chr6 (19 HSPs)
chr6 (11-709)||(6471960-6472658)
chr6 (82-692)||(6506063-6506673)
chr6 (425-700)||(13035068-13035343)
chr6 (82-252)||(6529216-6529386)
chr6 (64-309)||(6466293-6466538)
chr6 (94-245)||(6519573-6519724)
chr6 (82-253)||(6460812-6460983)
chr6 (335-692)||(6461053-6461410)
chr6 (97-253)||(6497689-6497845)
chr6 (335-692)||(6497262-6497619)
chr6 (94-253)||(6515092-6515251)
chr6 (361-482)||(6528992-6529113)
chr6 (127-236)||(7204144-7204254)
chr6 (127-236)||(7238895-7239005)
chr6 (139-221)||(6458424-6458506)
chr6 (359-476)||(6466132-6466249)
chr6 (335-455)||(6519802-6519922)
chr6 (412-656)||(6515419-6515663)
chr6 (610-692)||(6528782-6528864)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (103-253)||(9664312-9664462)
chr7 (109-221)||(3752846-3752958)
chr7 (109-221)||(4047280-4047392)
chr7 (421-697)||(9664627-9664903)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (103-253)||(13535336-13535486)
chr4 (421-697)||(13535651-13535927)
chr4 (427-558)||(49570023-49570153)
chr4 (606-707)||(49569871-49569972)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 563; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 563; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 709
Target Start/End: Original strand, 6471960 - 6472658
Alignment:
Q  11 tcatcattatcctatcagctgcaatgcctaacaacaaagagaatagttcctttctattcccacagatacaatccactgttcttcctgacccctccaaatt 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6471960 tcatcattatcctatcagctgcaatgcctaacaacaaagagaatagttcctttctattcccacagatacaatccactgttctccctgacccctccaaatt 6472059  T
Q  111 cttctcaccaaatttgctatccacacccctccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaaaaatggtgaccaacctgaatacattcatccttac 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6472060 cttctcaccaaatttgctatccacacccctccctacaaactctttcttccaaaacattgtcctaaaaaatggtgaccaacctgaatacattcatccttac 6472159  T
Q  211 ctcatcaaatcttcgcactcatcactttcagtttcatatccattccaccactttaattcagctttcatatatcaagttttcaatgctgatctcaccataa 310  Q
    ||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6472160 ctcatcaaatcatcaaactcatcactttctgtttcttacccttttcaccacttcaattcagctttcatataccaagttttcaatgctgatctcaccataa 6472259  T
Q  311 tttctatagaacagaaaaccaatcaaacttccaatgaaaaacacatagtctcttcctatagtgatctcagtgtcaccttggatatgccttcttccaatat 410  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||    
T  6472260 cttctatagaacagaaaaccaatcaaacttccaatgaaaaacacatagtctcttcctatagtgatctcagtgtcaccttggacatgccttctacaaatat 6472359  T
Q  411 gagtttcttccttgttagaggaagtccctttctgactgtttctgtaacaaaaccaacaccactttccatttccaccattcatgccattctttcattctct 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6472360 gagtttcttccttgttagaggaagtccctttctgactgtttctgtaacaaaaccaacacctctttccatttccaccattcatgccattctttccttctct 6472459  T
Q  511 tcgaatgataaccttaacaaattcacctttcatcttaacaatgatcaaatatggatcctatatgcttcctcaccgatcaagttaagtcatgaactttctg 610  Q
    || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6472460 tcaaatgaaaaccttaccaaattcacctttcatcttaacaatgatcaaacatggatcctatacgcttcctcgccgatcaagctaagtcatgaactttctg 6472559  T
Q  611 agatcacttctgaggccttttccggaataattcggataactttgttaccggattccaattcaaaaaatgaggatgttcttgataagtacagttcttgtt 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6472560 agatcacttctgaggccttttccggcatgattcggatagctttgttgccggattccaattcaaaaaacgaagatgtccttgataagtacagttcttgtt 6472658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 82 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 6506673 - 6506063
Alignment:
Q  82 tccactgttcttcctgacccctccaaattcttctcaccaaatttgctatccacacccctccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaaaaatg 181  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6506673 tccactgtcctccctgacccctccaaattcttctctccaaatctgctatccacacccctgcctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaacaatg 6506574  T
Q  182 gtgaccaacctgaatacattcatccttacctcatcaaatcttcgcactcatcactttcagtttcatatccattccaccactt-taattcagctttcatat 280  Q
    ||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| || ||||| || | |   | |||  ||||| ||| ||||||    
T  6506573 gtgatgcacctgaatactttcatccttacctcatcaaatcatcaaactcatcactttctgtctcata-ccctactcgctcttcgaattctgctgtcatat 6506475  T
Q  281 atcaagttttcaatgctgatctcaccataatttctatagaacagaaaaccaatcaaacttccaatgaaaaacacatagtctcttcctatagtgatctcag 380  Q
      ||||||||| |   |||||||||||||| |||||   ||||||| ||||| |||| ||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| |    
T  6506474 cccaagttttccacaatgatctcaccataacttctaatcaacagaataccaaacaaagttctaatggaaaacacataatctcttcttatagtgatctcgg 6506375  T
Q  381 tgtcaccttggatatgccttcttccaatatgagtttcttccttgttagaggaagtccctttctgactgtttctgtaacaaaaccaacaccactttccatt 480  Q
    ||| ||||| ||||| |||||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  6506374 tgttaccttagatatcccttcttcaaatctcagtttctttcttgttagaggaagtccttatttgactttttctgtaacaaaaccaacccctctttccatt 6506275  T
Q  481 tccaccattcatgccattctttcattctcttcgaatgataaccttaacaaattcacctttcatcttaacaatgatcaaatatggatcctatatgcttcct 580  Q
    ||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||     ||||| ||   |||  ||||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||    
T  6506274 tccaccattcatgccattacttctttctcttcaaatagcgcccttaccaggatcaagtttcaacttaacaatggtcaaacatggatactatatgcttcct 6506175  T
Q  581 caccgatcaagttaagtcatgaactttctgagatcacttctgaggccttttccggaataattcggataactttgttaccggattccaattcaaaaaatga 680  Q
    | || |||||||| ||||||     |||| |||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||  ||||| |||||| |||  |||| ||||| ||    
T  6506174 cgccaatcaagttgagtcattttacttctcagataacttctgacaccttttccggtataattcggattgctttgctaccgggttctgattcgaaaaacga 6506075  T
Q  681 ggatgttcttga 692  Q
     | |||||||||    
T  6506074 agctgttcttga 6506063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 425 - 700
Target Start/End: Original strand, 13035068 - 13035343
Alignment:
Q  425 ttagaggaagtccctttctgactgtttctgtaacaaaaccaacaccactttccatttccaccattcatgccattctttcattctcttcgaatgataacct 524  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  13035068 ttagaggaagtccctttttgactgtttctgtaacaaaaccaacacctctttccatttccaccattcatgccattctttccttttcttcaaatgataacct 13035167  T
Q  525 taacaaattcacctttcatcttaacaatgatcaaatatggatcctatatgcttcctcaccgatcaagttaagtcatgaactttctgagatcacttctgag 624  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13035168 taccaaattcacctttcatcttaacaatgatcaagcatggatcctatacgcttccttgccaatcaagttaagtcatgaactttctgagatcacttctgag 13035267  T
Q  625 gccttttccggaataattcggataactttgttaccggattccaattcaaaaaatgaggatgttcttgataagtaca 700  Q
    ||||||||| | |||||||||||  |||| || ||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  13035268 gccttttccagcataattcggattgctttatttccggatttcaattcaaaaaacgaggatattcttgacaagtaca 13035343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 82 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 6529386 - 6529216
Alignment:
Q  82 tccactgttcttcctgacccctccaaattcttctcaccaaatttgctatccacacccctccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaaaaatg 181  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6529386 tccactgtccttcctgacccctccaaattcttctctccaaatctgctatccacacccctccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaacaatg 6529287  T
Q  182 gtgaccaacctgaatacattcatccttacctcatcaaatcttcgcactcatcactttcagtttcatatcca 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||  |||| ||||||    
T  6529286 gtgaccaacctgaatacattcatccatatctcatcaaatcttcagactcatcactttctatttcctatcca 6529216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 64 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 6466538 - 6466293
Alignment:
Q  64 ctattcccacagatacaatccactgttcttcctgacccctccaaattcttctcaccaaatttgctatccacacccctccctacaaactctttcttccaaa 163  Q
    |||||||||||||  || ||||| || || ||||||||| | || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6466538 ctattcccacagactcattccacggtcctccctgaccccacaaacttcttctctccaaatctgctatccacacccctccccacaaactctttcttccaaa 6466439  T
Q  164 actttgttctcaaaaatggtgaccaacctgaatacattcatccttacctcatcaaatcttcgcactcatcactttcagtttcatatccattccaccactt 263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||  |||| || ||||  |    |||    
T  6466438 actttgttctcaaaaatggtgaccaacctgaatacattcatccatatctcatcaaatcttcaaactcatcactttctctttcttacccatctcgtttctt 6466339  T
Q  264 taattcagctttcatatatcaagttttcaatgctgatctcaccata 309  Q
     || ||  |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||    
T  6466338 caactcttctttcatataccaagttttcaaccctgatctcaccata 6466293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 94 - 245
Target Start/End: Original strand, 6519573 - 6519724
Alignment:
Q  94 cctgacccctccaaattcttctcaccaaatttgctatccacacccctccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaaaaatggtgaccaacctg 193  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6519573 cctgacccctccaaattcttctctccaaatttactatccaaacccctccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaaaaacggtgaccaacctg 6519672  T
Q  194 aatacattcatccttacctcatcaaatcttcgcactcatcactttcagtttc 245  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||| ||  ||||||||||||| |||||    
T  6519673 aatatattcatccatacctcattaaatcatcaaactcatcactttctgtttc 6519724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 82 - 253
Target Start/End: Original strand, 6460812 - 6460983
Alignment:
Q  82 tccactgttcttcctgacccctccaaattcttctcaccaaatttgctatccacacccctccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaaaaatg 181  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||    
T  6460812 tccactgtcctccctgacccctccaaattcttctcttcaaatctgctatccaaaccactccctacaaactccttcttccaaaactttgttctcgacaatg 6460911  T
Q  182 gtgaccaacctgaatacattcatccttacctcatcaaatcttcgcactcatcactttcagtttcatatccat 253  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||| || ||||||||||    
T  6460912 gtgaccaaccggaatactttcatccttacctcatcagatcttccaactcatctctttctgtctcatatccat 6460983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 335 - 692
Target Start/End: Original strand, 6461053 - 6461410
Alignment:
Q  335 aaacttccaatgaaaaacacatagtctcttcctatagtgatctcagtgtcaccttggatatgccttcttccaatatgagtttcttccttgttagaggaag 434  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||  | |  ||||||||||| ||||||||    
T  6461053 aaacttccaatgaaaaacatgtagtctcttcctttagtgatctcagtgtcaccttagatatcccttctgccaacctcaccttcttccttgtaagaggaag 6461152  T
Q  435 tccctttctgactgtttctgtaacaaaaccaacaccactttccatttccaccattcatgccattctttcattctcttcgaatgataaccttaac-aaatt 533  Q
    ||| ||| | ||| | ||||| ||| || ||||||| ||||| ||  | || |||||| |||||| ||| || ||||| |||||| |||||||| || |     
T  6461153 tccttttttaactttctctgtgacagaatcaacacctctttctatcactactattcattccattcattccttttcttcaaatgat-accttaactaagta 6461251  T
Q  534 cacctttcatcttaacaatgatcaaatatggatcctatatgcttcctcaccgatcaagttaagtcatgaactttctgagatcacttctgaggccttttcc 633  Q
    ||| ||| |  || |||||||||||| ||||||  ||||  ||||||  || ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||     
T  6461252 cacatttaagtttgacaatgatcaaacatggattttatactcttccttgccaatcaagttaagtcatggcctttctgagatcacatctgaggccttttct 6461351  T
Q  634 ggaataattcggataactttgttaccggattccaattcaaaaaatgaggatgttcttga 692  Q
    ||  ||||||| ||  |||||||  || ||||||||||| ||||||| || ||||||||    
T  6461352 ggtgtaattcgaattgctttgttgacgaattccaattcacaaaatgaagaagttcttga 6461410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 97 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 6497845 - 6497689
Alignment:
Q  97 gacccctccaaattcttctcaccaaatttgctatccacacccctccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaaaaatggtgaccaacctgaat 196  Q
    ||||||||||||||||||||   |||| ||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  6497845 gacccctccaaattcttctctaaaaatctgctatctaaacccctccccacaaactctttcttccaaaactttgttctcaacaacggtgaccaacctgaat 6497746  T
Q  197 acattcatccttacctcatcaaatcttcgcactcatcactttcagtttcatatccat 253  Q
    |  |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  6497745 attttcatccttacctcatcaaatcatcagactcatcactttctgtttcatatccat 6497689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 335 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 6497619 - 6497262
Alignment:
Q  335 aaacttccaatgaaaaacacatagtctcttcctatagtgatctcagtgtcaccttggatatgccttcttccaatatgagtttcttccttgttagaggaag 434  Q
    |||||||||||||||||||  |||| ||||| | |||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||| | |  ||||||||||| ||||||||    
T  6497619 aaacttccaatgaaaaacatgtagtatcttcttttagtgatctcggtgtcaccttagatatcccttcttcaaatctcaccttcttccttgtaagaggaag 6497520  T
Q  435 tccctttctgactgtttctgtaacaaaaccaacaccactttccatttccaccattcatgccattctttcattctcttcgaatgataaccttaacaaattc 534  Q
    ||||||| | ||| | | |||| || |  ||||||| ||||||||  | || |||||| |||||| ||| || || || ||||||  | |||  || | |    
T  6497519 tccctttttaactttctttgtagcagattcaacacctctttccataactactattcattccattcgttctttttcgtcaaatgattcctttactaagtac 6497420  T
Q  535 acctttcatcttaacaatgatcaaatatggatcctatatgcttcctcaccgatcaagttaagtcatgaactttctgagatcacttctgaggccttttccg 634  Q
    || ||| |  |  |||||||||||| ||||||  ||||  ||||||  || ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  6497419 acatttaagttagacaatgatcaaacatggattttatactcttccttgccaatcaagttaagtcatggcctttctaagatcacttctgaggccttttctg 6497320  T
Q  635 gaataattcggataactttgttaccggattccaattcaaaaaatgaggatgttcttga 692  Q
    |  ||||||| ||  |||||||  || ||||||||||| ||||||| || ||||||||    
T  6497319 gtgtaattcgaattgctttgttgacgaattccaattcacaaaatgaagaagttcttga 6497262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 94 - 253
Target Start/End: Original strand, 6515092 - 6515251
Alignment:
Q  94 cctgacccctccaaattcttctcaccaaatttgctatccacacccctccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaaaaatggtgaccaacctg 193  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| | | |||||   |||||    
T  6515092 cctgatccctccaagttcttctccccaaatcttctatctacacccctccccacaaactctttcttccaaaacttttctctcagagagggtgaaacacctg 6515191  T
Q  194 aatacattcatccttacctcatcaaatcttcgcactcatcactttcagtttcatatccat 253  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||  |  |||||||||||||  ||||||| ||||    
T  6515192 aatacatccatccttacctcatcagatcaacaaactcatcactttctttttcatacccat 6515251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 361 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 6529113 - 6528992
Alignment:
Q  361 tcttcctatagtgatctcagtgtcaccttggatatgccttcttccaatatgagtttcttccttgttagaggaagtccctttctgactgtttctgtaacaa 460  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || || |||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||    
T  6529113 tcttcctatagtgatctcagtgtcacgttagacattccttcaaccaacatgagtttctttcttgttagaggaagtccttatttgactctttctgtaacaa 6529014  T
Q  461 aaccaacaccactttccatttc 482  Q
    ||||| | || |||||||||||    
T  6529013 aaccagcccctctttccatttc 6528992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 127 - 236
Target Start/End: Original strand, 7204144 - 7204254
Alignment:
Q  127 ctatccacacccc-tccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaaaaatggtgaccaacctgaatacattcatccttacctcatcaaatcttcg 225  Q
    ||||||||||||| |||| || |  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  7204144 ctatccacaccccctccccactatttctttcttccaaaactttgttctcatcaatggtgaccaacctgaatacattcatccctacctcattaaatcatcg 7204243  T
Q  226 cactcatcact 236  Q
     ||||| ||||    
T  7204244 aactcaccact 7204254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 127 - 236
Target Start/End: Original strand, 7238895 - 7239005
Alignment:
Q  127 ctatccacacccc-tccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaaaaatggtgaccaacctgaatacattcatccttacctcatcaaatcttcg 225  Q
    ||||||||||||| |||| || |  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  7238895 ctatccacaccccctccccactatttctttcttccaaaactttgttctcatcaatggtgaccaacctgaatacattcatccctacctcattaaatcatcg 7238994  T
Q  226 cactcatcact 236  Q
     ||||| ||||    
T  7238995 aactcaccact 7239005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 139 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6458506 - 6458424
Alignment:
Q  139 ctccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaaaaatggtgaccaacctgaatacattcatccttacctcatcaaatc 221  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||  |||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  6458506 ctcccaacaaactctttcttccaaaattttgttctacaaaatggtgacacacctgagtacattcacccttacctcatcaaatc 6458424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 359 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 6466249 - 6466132
Alignment:
Q  359 tctcttcctatagtgatctcagtgtcaccttggatatgccttcttccaatatgagtttcttccttgttagaggaagtccctttctgactgtttctgtaac 458  Q
    ||||||| || | |||||||||||| || |||||||| ||||| || ||| || | || || ||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||    
T  6466249 tctcttcttacaatgatctcagtgttacattggatataccttcatcaaatctgcggttttttcttgttagaggaagtccctttttgacattctctgtaac 6466150  T
Q  459 aaaaccaacaccactttc 476  Q
    | |||||||||| |||||    
T  6466149 acaaccaacacctctttc 6466132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 335 - 455
Target Start/End: Original strand, 6519802 - 6519922
Alignment:
Q  335 aaacttccaatgaaaaacacatagtctcttcctatagtgatctcagtgtcaccttggatatgccttcttccaatatgagtttcttccttgttagaggaag 434  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||| || | ||| |||||||| |||||||| || |||||||| ||| |  |||| || |||||||| |||||    
T  6519802 aaacttccaacgaaaaacacataatctcttcttacaatgacctcagtgttaccttggaaatcccttcttcaaatttacgtttttttcttgttaggggaag 6519901  T
Q  435 tccctttctgactgtttctgt 455  Q
    ||| ||| ||||  |||||||    
T  6519902 tccttttttgacattttctgt 6519922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 412 - 656
Target Start/End: Original strand, 6515419 - 6515663
Alignment:
Q  412 agtttcttccttgttagaggaagtccctttctgactgtttctgtaacaaaaccaacaccactttccatttccaccattcatgccattctttcattctctt 511  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| | | ||||| | ||||||||||||||||  |  |||  ||||||||||| | ||| ||||| |||| |  |||    
T  6515419 agtttctttcttgttagaggaagtccatatttgactttctctgtaacaaaaccaagtcaccttctcatttccaccagttatgacattcgttcagttactt 6515518  T
Q  512 cgaatgataaccttaacaaattcacctttcatcttaacaatgatcaaatatggatcctatatgcttcctcaccgatcaagttaagtcatgaactttctga 611  Q
    | |||     || ||  || |||||| |||| | || |||| |||||| |||| |  ||||  |||||||||| |||||||| |||||||||  || | |    
T  6515519 caaattggtcccgtacaaagttcaccattcagcatagcaataatcaaacatgggttttatacacttcctcaccaatcaagttgagtcatgaaacttttaa 6515618  T
Q  612 gatcacttctgaggccttttccggaataattcggataactttgtt 656  Q
    ||| |||||| |||||||||| || |||||||||||  |||||||    
T  6515619 gattacttctaaggccttttctggtataattcggatcgctttgtt 6515663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 610 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 6528864 - 6528782
Alignment:
Q  610 gagatcacttctgaggccttttccggaataattcggataactttgttaccggattccaattcaaaaaatgaggatgttcttga 692  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| || | |||||| ||| |||| || ||||||||  |||||||| |||||| |||||||||    
T  6528864 gagataacttccgaggccttttctggcacaattcgaatagctttattgccggattctgattcaaaacatgaggctgttcttga 6528782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 91; Significance: 1e-43; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 103 - 253
Target Start/End: Original strand, 9664312 - 9664462
Alignment:
Q  103 tccaaattcttctcaccaaatttgctatccacacccctccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaaaaatggtgaccaacctgaatacattc 202  Q
    ||||| |||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  9664312 tccaatttcttctctccaaatcttctatctacacccctccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaaaaatggtgaccaatatgaatacattc 9664411  T
Q  203 atccttacctcatcaaatcttcgcactcatcactttcagtttcatatccat 253  Q
    | ||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||  |||| |||||||    
T  9664412 acccttatctcgtcaaatcgtcgaactcatcactttctctttcgtatccat 9664462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 109 - 221
Target Start/End: Original strand, 3752846 - 3752958
Alignment:
Q  109 ttcttctcaccaaatttgctatccacacccctccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaaaaatggtgaccaacctgaatacattcatcctt 208  Q
    |||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  3752846 ttcttctcacaaaacctactatccacacccctccctacaaactctttcttccaaaactttgttctccacaatggtgacacacctgaatacattcaccctt 3752945  T
Q  209 acctcatcaaatc 221  Q
    |||||||||||||    
T  3752946 acctcatcaaatc 3752958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 109 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 4047392 - 4047280
Alignment:
Q  109 ttcttctcaccaaatttgctatccacacccctccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaaaaatggtgaccaacctgaatacattcatcctt 208  Q
    |||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  4047392 ttcttctcacaaaacttactatccacacctctccctacaaactcattcttccaaaattttgttctacaaaatggtgatcaacatgaatacattcaccctt 4047293  T
Q  209 acctcatcaaatc 221  Q
    ||||  |||||||    
T  4047292 accttgtcaaatc 4047280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 421 - 697
Target Start/End: Original strand, 9664627 - 9664903
Alignment:
Q  421 cttgttagaggaagtccctttctgactgtttctgtaacaaaaccaacaccactttccatttccaccattcatgccattctttcattctcttcgaatgata 520  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||| ||  | || || ||||| ||||| || |  || |  |||| |     
T  9664627 cttgttaggggaagtccatttctgactttatccgtaacaaaaccaacacctctttcaataacaacaatccatgcaattctctcttcatcattcaatggtt 9664726  T
Q  521 accttaacaaattcacctttcatcttaacaatgatcaaatatggatcctatatgcttcctcaccgatcaagttaagtcatgaactttctgagatcacttc 620  Q
     ||| |  |||  ||| ||||| |||||||||| ||||| ||||||  | |||||||| || || |||| ||| | |||||   ||||||||||||||||    
T  9664727 ccctaagaaaacacacttttcagcttaacaatggtcaaacatggattttctatgcttcttctcctatcatgttgaatcatggtgtttctgagatcacttc 9664826  T
Q  621 tgaggccttttccggaataattcggataactttgttaccggattccaattcaaaaaatgaggatgttcttgataagt 697  Q
    ||| || ||||  ||  ||||| ||||  ||||||| ||||||||  ||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  9664827 tgaagcattttgtggtgtaattaggattgctttgttgccggattctgattcaaaaaatgaagctgttcttgacaagt 9664903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 91; Significance: 1e-43; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 103 - 253
Target Start/End: Original strand, 13535336 - 13535486
Alignment:
Q  103 tccaaattcttctcaccaaatttgctatccacacccctccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaaaaatggtgaccaacctgaatacattc 202  Q
    ||||| |||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  13535336 tccaatttcttctctccaaatcttctatctacacccctccctacaaactctttcttccaaaactttgttctcaaaaatggtgaccaatatgaatacattc 13535435  T
Q  203 atccttacctcatcaaatcttcgcactcatcactttcagtttcatatccat 253  Q
    | ||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||  |||| |||||||    
T  13535436 acccttatctcgtcaaatcgtcgaactcatcactttctctttcgtatccat 13535486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 421 - 697
Target Start/End: Original strand, 13535651 - 13535927
Alignment:
Q  421 cttgttagaggaagtccctttctgactgtttctgtaacaaaaccaacaccactttccatttccaccattcatgccattctttcattctcttcgaatgata 520  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||| ||  | || || ||||| ||||| || |  || |  |||| |     
T  13535651 cttgttaggggaagtccatttctgactttatccgtaacaaaaccaacacctctttcaataacaacaatccatgcaattctctcttcatcattcaatggtt 13535750  T
Q  521 accttaacaaattcacctttcatcttaacaatgatcaaatatggatcctatatgcttcctcaccgatcaagttaagtcatgaactttctgagatcacttc 620  Q
     ||| |  |||  ||| ||||| |||||||||| ||||| ||||||  | |||||||| || || |||| ||| | |||||   ||||||||||||||||    
T  13535751 ccctaagaaaacacacttttcagcttaacaatggtcaaacatggattttctatgcttcttctcctatcatgttgaatcatggtgtttctgagatcacttc 13535850  T
Q  621 tgaggccttttccggaataattcggataactttgttaccggattccaattcaaaaaatgaggatgttcttgataagt 697  Q
    ||| || ||||  ||  ||||| ||||  ||||||| ||||||||  ||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  13535851 tgaagcattttgtggtgtaattaggattgctttgttgccggattctgattcaaaaaatgaagctgttcttgacaagt 13535927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 427 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 49570153 - 49570023
Alignment:
Q  427 agaggaagtccctttctgactgtttctgtaacaaaaccaacaccactttccatttccaccattcatgccattctttcattctcttcgaatgataacctta 526  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||| | ||| |||||||||| ||||| || ||||||||||||||  || |||| |||||||| |||  |||| |||    
T  49570153 agaggaagtcccaatttgactgtttctatgacagaaccaacacctctttcaatctccaccattcatgctgttgtttccttctcttcaaattttaacttta 49570054  T
Q  527 acaaattcacctttcatcttaacaatgatcaa 558  Q
      || || |||||||| | |||||||||||||    
T  49570053 ctaagtttacctttca-cctaacaatgatcaa 49570023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 606 - 707
Target Start/End: Complemental strand, 49569972 - 49569871
Alignment:
Q  606 ttctgagatcacttctgaggccttttccggaataattcggataactttgttaccggattccaattcaaaaaatgaggatgttcttgataagtacagttct 705  Q
    ||||||||||||||||||  | |||||| | ||||||| |||| ||||| | ||| ||||| |||  ||||||||||||| |||||| | || |||||||    
T  49569972 ttctgagatcacttctgaaccattttcctgcataattcagatagctttgctgccgaattccgattagaaaaatgaggatgatcttgacaggttcagttct 49569873  T
Q  706 tg 707  Q
    ||    
T  49569872 tg 49569871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University