View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18747_high_4 (Length: 674)

Name: NF18747_high_4
Description: NF18747
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18747_high_4
NF18747_high_4
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (20-668)||(38608835-38609483)
chr8 (20-668)||(38793618-38794266)
chr8 (20-586)||(38120719-38121288)
chr8 (431-541)||(34592844-34592957)
chr8 (609-668)||(34592970-34593029)
chr8 (527-575)||(38287450-38287498)
chr8 (610-646)||(38609502-38609538)
chr8 (610-646)||(38794285-38794321)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (20-586)||(28730296-28730862)
chr4 (473-669)||(33078483-33078658)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (202-265)||(18224363-18224426)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 533; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 668
Target Start/End: Original strand, 38608835 - 38609483
Alignment:
Q  20 agcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608835 agcaatgtgcgattccatatcataccgaattattacttgtcgatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtc 38608934  T
Q  120 agccgcttctgatcactacttccggtggaggagtggcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38608935 agccgcttctgatcactacttccggcggaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaa 38609034  T
Q  220 gatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcattggaaggagcg 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||     
T  38609035 gatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaaggagcgtcggaaggagca 38609134  T
Q  320 ggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattctgctggtcaggcgacggaagaatcctgctctgctcttgatggacgtggtgattgtgctgctgatg 419  Q
    ||||| |||||| ||||  | ||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  38609135 ggtgttggagccggagcatcaactttattagattctccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggtggttgtgctgctggtg 38609234  T
Q  420 tcactgctgcagcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatga 519  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609235 tcactactacagcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatga 38609334  T
Q  520 agattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctattaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcatatactaaagtgaaact 619  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38609335 agattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctatgaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcatgtactaaagtgaaact 38609434  T
Q  620 ctgaatttgtagttaactcacattgttgtttagtttgtggctctgtgct 668  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38609435 ctgaatttgtagttaactcgcattgttgtttagtttgtggctttgtgct 38609483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 668
Target Start/End: Original strand, 38793618 - 38794266
Alignment:
Q  20 agcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793618 agcaatgtgcgattccatatcataccgaattattacttgtcgatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtc 38793717  T
Q  120 agccgcttctgatcactacttccggtggaggagtggcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793718 agccgcttctgatcactacttccggcggaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaa 38793817  T
Q  220 gatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcattggaaggagcg 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||     
T  38793818 gatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatattaggaggtgaaggagcgtcggaaggagca 38793917  T
Q  320 ggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattctgctggtcaggcgacggaagaatcctgctctgctcttgatggacgtggtgattgtgctgctgatg 419  Q
    ||||| |||||| ||||  | ||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  38793918 ggtgttggagccggagcatcaactttattagattctccaggtcaggcgacggaagaaacctgctctgctcttgatggacgtggtggttgtgctgctggtg 38794017  T
Q  420 tcactgctgcagcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatga 519  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794018 tcactactacagcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatga 38794117  T
Q  520 agattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctattaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcatatactaaagtgaaact 619  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38794118 agattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctatgaaatttgtagttaataagtttacagttacactgttgttcatgtactaaagtgaaact 38794217  T
Q  620 ctgaatttgtagttaactcacattgttgtttagtttgtggctctgtgct 668  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38794218 ctgaatttgtagttaactcgcattgttgtttagtttgtggctttgtgct 38794266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 38121288 - 38120719
Alignment:
Q  20 agcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121288 agcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccggttggaactgctctgcctacattggagcgaggtc 38121189  T
Q  120 agccgcttctgatcactacttccggtggaggagtggcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38121188 agccgcttctgatcactacttccggcggaggagtgacatcagcgccgatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaa 38121089  T
Q  220 gatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcattggaaggagcg 319  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38121088 gattgttgtgcacagcgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcatcggaaggagcg 38120989  T
Q  320 ggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattctgctggtcaggcgacggaagaatcctgctctgctcttgatggacgtggtgattgtgctgctgatg 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38120988 ggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattctgctggtcaggccacggaagaaacctgctctgctcctgatggacgtggtggttgtgctgctgatg 38120889  T
Q  420 tcactgctgcagcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatg---a 516  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  38120888 tcactactgcagcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatga 38120789  T
Q  517 tgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctattaaatttgtagttaataagtttaca 586  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38120788 tgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctatgaaatttgtagttaataagtttaca 38120719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 431 - 541
Target Start/End: Original strand, 34592844 - 34592957
Alignment:
Q  431 gcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttc---gatgatgatgaagattgcg 527  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||    
T  34592844 gcaggtgtgtctcccgtgcctcgggtcaggccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgtgatgcttcaatgatgatgatgaagattgcg 34592943  T
Q  528 gtttagttctttct 541  Q
    ||||| ||||||||    
T  34592944 gtttacttctttct 34592957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 609 - 668
Target Start/End: Original strand, 34592970 - 34593029
Alignment:
Q  609 aaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgttgtttagtttgtggctctgtgct 668  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34592970 aaagtgaaactctgaatttgtagttaacttgcattgttgtttagtttgtggctttgtgct 34593029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 527 - 575
Target Start/End: Original strand, 38287450 - 38287498
Alignment:
Q  527 ggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctattaaatttgtagtta 575  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||||||||    
T  38287450 ggtttacttctttttctgctgaagtgaaactctatgaaacttgtagtta 38287498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 610 - 646
Target Start/End: Original strand, 38609502 - 38609538
Alignment:
Q  610 aagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgtt 646  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  38609502 aagtgaaactttgaatttgtagttaattcacattgtt 38609538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 610 - 646
Target Start/End: Original strand, 38794285 - 38794321
Alignment:
Q  610 aagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgtt 646  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  38794285 aagtgaaactttgaatttgtagttaattcacattgtt 38794321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 427; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 28730862 - 28730296
Alignment:
Q  20 agcaatgtgcgattccatatcataccgaatcattacttgtctatcgctgatcttgaaaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28730862 agcaatgtgcgattccatatcataccgaatcgttacttgtcaatcgccgatcttgagaagcttccagttggaactgctctgcctacattggagcgaggtc 28730763  T
Q  120 agccgcttctgatcactacttccggtggaggagtggcatcagcgccaatgaggattaactatgtgagagttaaggttgctgacgtcatccgcaatgtgaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28730762 agccgcttctgatcactacttccggtggaggagtgacattagcaccgatgaggattaactatgttagggtgaaggttgctgacgtcatccgtaatgtgaa 28730663  T
Q  220 gatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggctgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcattggaaggagcg 319  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  28730662 gatagttgtgcatagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcctattgcggatgcttatgatactatcttaggaggtgaaggagcatcggaaggagca 28730563  T
Q  320 ggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattctgctggtcaggcgacggaagaatcctgctctgctcttgatggacgtggtgattgtgctgctgatg 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||    
T  28730562 ggtgtcggagccagagctgctactgtatcagattctgctggtcaggcgactgaagaaacctgctctgctcttgatgggcgtggtggctgtgctgctgatg 28730463  T
Q  420 tcactgctgcagcaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaagccaatggttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttcgatgatgatga 519  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |||| ||    
T  28730462 tcactgctgcaacaggtgtgtctcccatgcctcaggtcaggccaatgtttgagattgaagatcaccatggcctgtgagtgtgatggtttgatcatgacga 28730363  T
Q  520 agattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctattaaatttgtagttaataagtttaca 586  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28730362 agattgcgatttacttctttctctgctgaagtaaaactatatgaaatttgtagttaataagtttaca 28730296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 473 - 669
Target Start/End: Original strand, 33078483 - 33078658
Alignment:
Q  473 attgaagatcaccatggcctgtgagtgcgatgcttc---gatgatgatgaagattgcggtttagttctttctctgctgaagtgaatctctattaaatttg 569  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||   ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||                  |||||||    
T  33078483 attgaagatcaccatgggctgtgactgcgatgcttcaatgatgatgatgaagatcgcggtttacttctttctctg------------------aaatttg 33078564  T
Q  570 tagttaataagtttacagttacactgttgttcatatactaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcacattgttgtttagtttgtggctctgtgctc 669  Q
    ||||||||||||||||      |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33078565 tagttaataagtttac------actgttgttcatgtacaaaagtgaaactctgaatttgtagttaactcgcattgttgtttagtttgtggctttgtgctc 33078658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 202 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 18224426 - 18224363
Alignment:
Q  202 cgtcatccgcaatgtgaagatagttgtgcacagtgtgtatttgccttttccgcatatcaatcct 265  Q
    |||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||    
T  18224426 cgtcatccgcaacgtcaagatcgtcgtgcacagtgtgtacttgccatttccacatattaatcct 18224363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University