View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18748_low_1 (Length: 869)

Name: NF18748_low_1
Description: NF18748
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18748_low_1
NF18748_low_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (16-859)||(1319488-1320326)
chr5 (16-64)||(1281182-1281230)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 745; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 745; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 859
Target Start/End: Original strand, 1319488 - 1320326
Alignment:
Q  16 cttcaaaccactttcatcattgcttggtgttctcatcatcactgcacttacaaaactaattagtttgatttagttagtattagattgcatgcatgaccaa 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1319488 cttcaaaccactttcatcattgcttggtgttctcatcatcactgcacttacaaaactaattagtttgatttagttagtattagattgcatgcatgaccaa 1319587  T
Q  116 aatagaaagattaattagtatcgtagaagaatccaaacctatactatgaagtggattgaggatgtttagaactaattaatatttaacgtacaacttgtta 215  Q
    ||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1319588 aatagaaagattaattagta-----gaagaatccaaacctatactatgaagtggattgaggatgtttagaactaattaatatttaacgtacaacttgtta 1319682  T
Q  216 tttataaggtggtgatgtctggttttaatttgttacttatatttatacatgtaaaatgttgtgatgggaaattccaagtttgtcctgtatgtatatttta 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1319683 tttataaggtggtgatgtctggttttaatttgttacttatatttatacatgtaa--tgttgtgatgggaaattccaagtttgtcctgtatgtatatttta 1319780  T
Q  316 tattcaagtcatatagctagttctgacaagttgttaacgacctaaaaggacatcgagacactaaaattatgtgtgtaaagtaaaccaattagtccatgat 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1319781 tattcaagtcatatagctagttctgacaagttgttaacgacctaaaaggatatcgagacactaaaattatgtgtgtaaagtaaaccaattagtccatgat 1319880  T
Q  416 tttgcgttctcaaaataggtttata-gattatgaattttttaaaacgatcatttgattctatctattagattgttaatctttcaaaaacaaaat--ctat 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||    
T  1319881 tttgcgttctcaaaataggtttataagattatgaattttttaaaacgatcatttgattctatctattagattgttaatctttcaaaaaaaaaaaaactat 1319980  T
Q  513 tagattgttaagttgctctttgtatttaaccatttactattaactatcatcaggtaattatatttaaaaaattaactagggcttagttatcaatttagtc 612  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  1319981 tagattgttaagttgctatttgtatttaaccatttactattaattatcatcaggtcattatatttaaaaaattaactaggt-ttagttatcaatttagtc 1320079  T
Q  613 tctaacatttatcataaagattatataagtaaattttgtcaagagtcatgaccatatttaaaatattaacgttataattctatttgagaacaatctacaa 712  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1320080 tctaacatttatcataaagattatataagtaaatttcgtcaagagtcatgaccatttttaaaatattaacgttataattctatttgagaacaatctaaaa 1320179  T
Q  713 agtcagaaaaaatatactcacaatgtctaattttaaaatattgtttccatttgtagcctatctgcattgatcttttgtcaaaagatttttggcagtggtt 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1320180 agtcagaaaaaatatactcacaatgtctaattttaaaatattgtttccatttgtagcctatctgcattgatcttttgtcaaaagatttttggcagtggtt 1320279  T
Q  813 tgattctctcgttattatcatttttctaccaactccattgatgatgt 859  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1320280 tgattctctcgttattatcatttttctaccaactccattgttgatgt 1320326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 1281230 - 1281182
Alignment:
Q  16 cttcaaaccactttcatcattgcttggtgttctcatcatcactgcactt 64  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1281230 cttcagaccacttttaccattgcttggtgttgtcatcatcactgcactt 1281182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University