View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1874_low_3 (Length: 318)

Name: NF1874_low_3
Description: NF1874
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1874_low_3
NF1874_low_3
[»] chr3 (26 HSPs)
chr3 (6-303)||(22458632-22458929)
chr3 (6-303)||(22481613-22481910)
chr3 (6-285)||(22468091-22468370)
chr3 (6-290)||(22630581-22630866)
chr3 (6-289)||(22358145-22358428)
chr3 (6-289)||(22635646-22635929)
chr3 (6-211)||(22442882-22443087)
chr3 (35-271)||(22179475-22179711)
chr3 (125-206)||(22615521-22615602)
chr3 (6-266)||(30989448-30989708)
chr3 (111-277)||(22436882-22437048)
chr3 (51-271)||(22028058-22028278)
chr3 (138-290)||(22368187-22368339)
chr3 (109-271)||(21937211-21937373)
chr3 (6-271)||(21945682-21945947)
chr3 (51-271)||(22187046-22187266)
chr3 (28-271)||(22052791-22053034)
chr3 (6-97)||(22368070-22368161)
chr3 (125-272)||(22431414-22431561)
chr3 (6-271)||(22115143-22115408)
chr3 (6-271)||(18967130-18967393)
chr3 (133-271)||(22034575-22034713)
chr3 (6-290)||(22353954-22354240)
chr3 (154-271)||(22657357-22657474)
chr3 (133-271)||(21930479-21930617)
chr3 (109-206)||(22648404-22648501)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (6-256)||(29610710-29610961)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (109-206)||(34980285-34980382)
chr1 (154-206)||(2305776-2305828)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 26)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 6 - 303
Target Start/End: Original strand, 22458632 - 22458929
Alignment:
Q  6 acatcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagat 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22458632 acatcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagat 22458731  T
Q  106 ttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtg 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22458732 ttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcagcatgtccctcagcaagccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtg 22458831  T
Q  206 tttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtgtgcacttctctct 303  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22458832 tttaacgatcttgttgtcgtcaaaaaccttctttgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtgtgcacttctctct 22458929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 6 - 303
Target Start/End: Original strand, 22481613 - 22481910
Alignment:
Q  6 acatcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagat 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22481613 acatcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagat 22481712  T
Q  106 ttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtg 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22481713 ttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcagcatgtccctcagcaagccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtg 22481812  T
Q  206 tttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtgtgcacttctctct 303  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22481813 tttaacgatcttgttgtcgtcaaaaaccttctttgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtgtgcacttctctct 22481910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 6 - 285
Target Start/End: Original strand, 22468091 - 22468370
Alignment:
Q  6 acatcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagat 105  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||| ||| ||||| | ||| || ||  |||    
T  22468091 acatcatcaaacactataacatacctttttccttgcaagtagtttctcacttcatcaactaatggctttcgatccatctgatggagactctgaggaggat 22468190  T
Q  106 ttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtg 205  Q
     | | |||||||||| |||||  | | |||| || ||||||| ||||  |||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||||||||||| ||    
T  22468191 cttccccttgttgtttgtaaatatcgagcaaaatttccctcaacaatttttctatattgtatggtcgagacaccgtgatccatacatgacaatcaaaatg 22468290  T
Q  206 tttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaa 285  Q
    |||||||| ||| |  | ||||||||| ||||| || | ||| ||||||||  |||||||| ||||||| |||| |||||    
T  22468291 tttaacgaccttttggttgtcaaaaactttcttggctatagtggtttttcccagtcctcccattccaactatggagacaa 22468370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 6 - 290
Target Start/End: Original strand, 22630581 - 22630866
Alignment:
Q  6 acatcatcaaaaactataa-cataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggaga 104  Q
    ||||||||||| |||| || | ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| | |||||| ||  ||    
T  22630581 acatcatcaaacactacaaacgtacctttttccttgcaagtagtttctcacttcatcaactaatggctttcgatccatttgatggagactttgaggagga 22630680  T
Q  105 tttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagt 204  Q
    | |   |||||||||| ||||| || | |||| |||||||||| ||||  |||||||||||||| | |||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  22630681 tctttcccttgttgtttgtaaatctcgagcaaaatgtccctcaacaatgtttctatattgtatggtcgagacaccgtgatccattcatgacaatcaaagt 22630780  T
Q  205 gtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtg 290  Q
    ||||||||| |||    | ||||||||  ||||| |||||||| ||||| ||  |||||||| |||||||||| | ||||| ||||    
T  22630781 gtttaacgacctttcggttgtcaaaaattttcttggcaagagtggttttccccagtcctcccattccaacaatagagacaactgtg 22630866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 6 - 289
Target Start/End: Original strand, 22358145 - 22358428
Alignment:
Q  6 acatcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagat 105  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| | | ||| || ||  ||     
T  22358145 acatcatcaaacactacaacataccttttttcttgcaagtagtttctcacttcatcaactaatgactgtcgatccatttgacggagactctgaggaggaa 22358244  T
Q  106 ttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtg 205  Q
     |   | |||||||| |||||||| | |||  |||||||||| || |  |||| ||||||||| | |||||||  | ||||||||| ||| |||||||||    
T  22358245 ctttcctttgttgtttgtaaaactcgagcataatgtccctcaacactttttctgtattgtatggtcgagacaccgtaatccatacacgacgatcaaagtg 22358344  T
Q  206 tttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgt 289  Q
    ||| |||| |||    | ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  22358345 ttttacgacctttgggttgtcaaaaactttcttcgctagagtggtttttcccagtcctcccattccaacaatggagacaattgt 22358428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 6 - 289
Target Start/End: Original strand, 22635646 - 22635929
Alignment:
Q  6 acatcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagat 105  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||| | || |||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| | ||| |  ||  ||     
T  22635646 acatcatcaaacactaaaacatacctttttccttgaaagtggtttctcacttcatcaactaatgactttcgatccatttgatggagactctcaggaggaa 22635745  T
Q  106 ttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtg 205  Q
     | | |||||||||| |||||||| | |||  ||||| | || || |  |||| ||||||||| | |||||||  | ||||||||| ||||||||||||     
T  22635746 cttccccttgttgtttgtaaaactcgagcataatgtctcgcaacactttttctgtattgtatggtcgagacaccgtaatccatacacgacaatcaaagta 22635845  T
Q  206 tttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgt 289  Q
    ||| |||| |||    | ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||    
T  22635846 ttttacgacctttgggttgtcaaaaactttcttcgctagagtggtttttccttgtcctcccattccaaagatggagacaattgt 22635929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 6 - 211
Target Start/End: Original strand, 22442882 - 22443087
Alignment:
Q  6 acatcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagat 105  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| | ||| || ||  ||     
T  22442882 acatcatcaaacactacaacataccttttttcttgcaagtagtttctcacttcatcaactaatgactgtcgatccatttgatggagactctgaggaggaa 22442981  T
Q  106 ttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtg 205  Q
     |   | |||||||| |||||||| | |||  |||||||||| || |  ||| |||||| |||||||||||||  ||||||||| | |||| ||||||||    
T  22442982 ctttcctttgttgtttgtaaaactcgagcataatgtccctcaacactttttcaatattgaatgattgagacaccatgatccataaaagacagtcaaagtg 22443081  T
Q  206 tttaac 211  Q
     |||||    
T  22443082 cttaac 22443087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 35 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 22179711 - 22179475
Alignment:
Q  35 ttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttg-ctccttgttgttcgtaaaacttgtg 133  Q
    |||||||||||| || |||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||  |||||  | ||| ||||||  |||||| ||||| | ||| |||  |    
T  22179711 ttcctgcaagtaatttctcacttcattagtcaatgactcccgattcatttgagaaataccctcggg-agatttcactcctttttgtttgcaaatctttag 22179613  T
Q  134 caacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaacc 233  Q
    ||||||||| |||| |||||||||   ||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||  || ||| |  ||   |||||||||     
T  22179612 caacatgtctctcaacaatccttcagcattatatgattgagacactgtaatccatacacgacaatcaaagtgtccaatgatatccttgctgtcaaaaact 22179513  T
Q  234 ttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 271  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22179512 ttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcc 22179475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 125 - 206
Target Start/End: Original strand, 22615521 - 22615602
Alignment:
Q  125 aaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgt 206  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  22615521 aaacttgcgcaacatgtccctcaacaacccttctatactgtatgattgagacactgtgatccatacacgacaatcaaagtgt 22615602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 6 - 266
Target Start/End: Original strand, 30989448 - 30989708
Alignment:
Q  6 acatcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaata-ctttgggggaga 104  Q
    ||||||||||| || |  ||||||||||||  | |||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||  |||| | || || | ||    
T  30989448 acatcatcaaacacaacgacatacctttttaaccgcaagtagtttctcacttcatcagtcaatgaccctcgatccatttgaaaaatatccttaggag-ga 30989546  T
Q  105 tttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagt 204  Q
    | | || | | ||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||| ||||| | | | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  30989547 tcttcttcgttttgtttgtaaaactttagcaacatgtccctcaacaacccttcaacagtatatgattgagacactatgatccatacacgacaatcaaagt 30989646  T
Q  205 gtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccc 266  Q
    ||  || ||  ||  | | ||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||    
T  30989647 gtccaatgacattcctgttgtcaaaaactttcttcgtaagagtggttttaccttgccctccc 30989708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 111 - 277
Target Start/End: Original strand, 22436882 - 22437048
Alignment:
Q  111 ccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaa 210  Q
    |||||||||| ||||| || | |||| |||||||||| ||||  |||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  22436882 ccttgttgtttgtaaatctcgagcaaaatgtccctcaacaatttttctttactgtatgattgagacactgtgatccatacatgacagtcaaattgtttta 22436981  T
Q  211 cgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaat 277  Q
     ||  ||| | |  |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||| |||| |||||    
T  22436982 agactttgatgttctcaaaaactttcttggccagagtagtttttccttgccctcccattcctacaat 22437048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 51 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 22028278 - 22028058
Alignment:
Q  51 ctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagca 150  Q
    ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||  |||||  | ||| ||  |  |||||| ||||| | ||| |||  |||||||||| |||| ||    
T  22028278 ctcacttcatcagtcaatgactcccgattcatttgagaaataccctcgggaagtgtcactcctttttgtttgcaaacctttagcaacatgtctctcaaca 22028179  T
Q  151 atccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgt 250  Q
    |||||||   ||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||   | ||| |  ||   ||||||||| ||||| || ||||||||    
T  22028178 atccttcagaattatatgattgagacactgtaatccatacacgacaatcaaagtgtcccatgatatccttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgt 22028079  T
Q  251 ttttccttgtcctccctttcc 271  Q
    ||||||||| |||||| ||||    
T  22028078 ttttccttgccctcccattcc 22028058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 138 - 290
Target Start/End: Original strand, 22368187 - 22368339
Alignment:
Q  138 atgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttct 237  Q
    |||||| ||||||||  |||| |||| |||| | |||| ||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |  | ||||||||| ||||    
T  22368187 atgtccttcagcaatttttctttattatatggtcgagaaaccgtgatccataaacgacaatcaaagtgtttaacgaccttttggttgtcaaaaactttct 22368286  T
Q  238 tcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtg 290  Q
    | || ||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  22368287 tggctagagtggtttttcccagtcctcccattccaacaatggagacaactgtg 22368339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 109 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 21937373 - 21937211
Alignment:
Q  109 ctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgttt 208  Q
    |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||| | ||  |||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||      
T  21937373 ctcctttttgtttgtaaaacttgagcaacatgtccttcaacaacccttcaacatcatatgcttgagacactgtgatccatacacgacaatcaaagtgtcc 21937274  T
Q  209 aacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 271  Q
    |||||  |  ||   ||||||| | ||||| || ||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  21937273 aacgacatccttgctgtcaaaagctttcttagctagagtggtttttccttgccctcccattcc 21937211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 6 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 21945947 - 21945682
Alignment:
Q  6 acatcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagat 105  Q
    ||||||||||| || | ||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||    |||| |||||||||||||||||  | ||   | ||| || |    
T  21945947 acatcatcaaagacgacaacatacctcttttgctgcaagtaatttctcacttcatttgtcaataactctcgattcatttgagaagtatcctcggg-aggt 21945849  T
Q  106 ttg-ctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagt 204  Q
    ||| |||||| ||||| || ||  ||  ||||||||||||||| ||||||||| | ||  ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||    
T  21945848 ttgtctcctttttgtttgtgaagttttagcaacatgtccctcaacaatccttcaacatcatatgattgagacacagtgatccatacaagacaatcaaagt 21945749  T
Q  205 gtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 271  Q
    ||  || ||  |  ||   ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  21945748 gtcaaatgacatccttgctgtcaaaaactttcttggctagagtggtttttccttgccctcccattcc 21945682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 51 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 22187266 - 22187046
Alignment:
Q  51 ctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagca 150  Q
    ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||  |||||  | |||  |  |  |||||| ||||| | ||| |||  |||||||||| |||| ||    
T  22187266 ctcacttcatcagtcaatgactcccgattcatttgagaaataccctcgggaggtgtctctcctttttgtttgcaaacctttagcaacatgtctctcaaca 22187167  T
Q  151 atccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgt 250  Q
    |||||||   ||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||   | ||| |  ||   ||||||||| ||||| || ||||||||    
T  22187166 atccttcagaattatatgattgagacactgtaatccatacacgacaatcaaagtgtcccatgatatccttgctgtcaaaaactttcttggctagagttgt 22187067  T
Q  251 ttttccttgtcctccctttcc 271  Q
    ||||||||| |||||| ||||    
T  22187066 ttttccttgccctcccattcc 22187046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 28 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 22053034 - 22052791
Alignment:
Q  28 accttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagatttgctccttgttgttcgtaaaa 127  Q
    |||| |||| ||||| ||| || ||||||||||||  |||||   |||||| |||||||| |||||| ||  || ||||  |||||| ||||| |||||     
T  22053034 acctctttttctgcaggtaatttctcacttcatcagtcaatgttcctcgatccatttgataaatactctgatggggattgtctcctttttgtttgtaaag 22052935  T
Q  128 cttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtca 227  Q
     ||  ||||||| ||||||| ||| ||||| | ||  ||||||||||||||| | ||||||||  |||||||||| |||  || ||| |  ||   ||||    
T  22052934 ttttagcaacatttccctcaacaacccttcaacatcatatgattgagacactgtaatccatacccgacaatcaaaatgtccaatgatatccttgctgtca 22052835  T
Q  228 aaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 271  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22052834 aaaactttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcc 22052791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 6 - 97
Target Start/End: Original strand, 22368070 - 22368161
Alignment:
Q  6 acatcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttg 97  Q
    ||||||||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| || || ||||||||||| ||||||    
T  22368070 acatcatcaaacactacaacgtacctttttccttgcaagtagtttctcacttcatcaactaataactttccatccatttgatgaagactttg 22368161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 125 - 272
Target Start/End: Original strand, 22431414 - 22431561
Alignment:
Q  125 aaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcg 224  Q
    ||||||||||||||| | |  || ||||  ||||||||  |||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| || | |||| | |    
T  22431414 aaacttgtgcaacattttctgcaacaatttttctatatcatatggttgagacactgtgatccataaacgacaatcaaagtgtttaaggaccctgttgttg 22431513  T
Q  225 tcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcca 272  Q
    |||||||| ||||| |  ||||| ||||||||  |||||||| |||||    
T  22431514 tcaaaaactttcttggttagagtggtttttcccagtcctcccattcca 22431561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 6 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 22115408 - 22115143
Alignment:
Q  6 acatcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagat 105  Q
    ||||||||||| || | ||| ||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||   ||| |  |||||| |||||||| ||||||    ||  |||    
T  22115408 acatcatcaaacacgacaacgtacctctttttctgcaagtattttctcacttcatcagttaataatcctcgatccatttgataaatactcgaaggtggat 22115309  T
Q  106 ttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtg 205  Q
    |  |||||| ||||| |||||  ||  ||||||| ||||||| ||| ||||| |  |  ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  22115308 tgtctccttcttgtttgtaaatttttggcaacatatccctcaacaacccttcaacttcatatgattgagacactgtgatccatacacgacaatcaaagtg 22115209  T
Q  206 tttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 271  Q
    |  || ||| |  ||   ||||||||| ||||| |  ||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  22115208 tccaatgatatccttgctgtcaaaaactttctttgatagagtggtttttccttgccctcccattcc 22115143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 6 - 271
Target Start/End: Original strand, 18967130 - 18967393
Alignment:
Q  6 acatcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagat 105  Q
    ||||||||||| || | ||||||||| || ||| | |||||||| || ||||||||   |||||||||||||| |||||||| |||||| || ||| |||    
T  18967130 acatcatcaaacacaacaacatacctcttatcccgtaagtagtttcttacttcatctgtcaatgactctcgatccatttgataaatactctgagggggat 18967229  T
Q  106 ttgctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtg 205  Q
        ||||| ||||| |||  ||||   ||||||||| || | ||| ||||||| ||  |||||||||||||  |||||||||| | |||||| ||||||    
T  18967230 cctttcctttttgtttgtatcactttatcaacatgtcgcttaacaacccttctacatcatatgattgagaca--ctgatccatataagacaattaaagtg 18967327  T
Q  206 tttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 271  Q
    |  || ||  |  || | |||| ||||  |||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  18967328 tccaatgacatccttgttgtcagaaactctctttgctagagttgtttttccttgccctcccattcc 18967393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 133 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 22034713 - 22034575
Alignment:
Q  133 gcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaac 232  Q
    |||||||||| |||| |||||||||   ||| ||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||||||   | ||| |  ||   |||||||||    
T  22034713 gcaacatgtctctcaacaatccttcagaattatatgattgagacactgtaatccatacacgataatcaaagtgtcccatgatatccttgctgtcaaaaac 22034614  T
Q  233 cttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 271  Q
     ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22034613 tttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcc 22034575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 6 - 290
Target Start/End: Original strand, 22353954 - 22354240
Alignment:
Q  6 acatcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgactctcgattcatttgatgaatactttgggggagat 105  Q
    |||| |||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| | ||| || ||  |||    
T  22353954 acattatcaaacactacaacgtacctttttccttgcaagttgtttctcacttcatcaactaatggctttcgatccatttgatggagactctgaggaggat 22354053  T
Q  106 ttgctcctt-gttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatcc--atacatgacaatcaaa 202  Q
     |  ||||| |||||| ||||| ||   |||| |||||||||| || |  |||||| ||||||| | |||| ||  ||||||  |||||| |||||||||    
T  22354054 ct-ttccttcgttgtttgtaaatctccagcaaaatgtccctcaacactttttctatgttgtatggtcgagataccgtgatccatatacataacaatcaaa 22354152  T
Q  203 gtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttccaacaatggtgacaattgtg 290  Q
    ||  ||||| | ||| |  | ||||||||| ||  | || ||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  22354153 gttcttaactaccttttggttgtcaaaaacttttctggctagagtggtttttcccagtcctcccattccaacaatggagacaactgtg 22354240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 154 - 271
Target Start/End: Original strand, 22657357 - 22657474
Alignment:
Q  154 cttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttt 253  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||| |||| |||||||||  ||| | ||  ||   ||||||||| || || |||||||| |||||    
T  22657357 cttctatattgtaagattgtgacactgtgatccaaacacgacattcaaagtgtccaacaacctctttgctgtcaaaaacttttttagcaagagtagtttt 22657456  T
Q  254 tccttgtcctccctttcc 271  Q
    |||||| |||||| ||||    
T  22657457 tccttgccctcccattcc 22657474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 133 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 21930617 - 21930479
Alignment:
Q  133 gcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaac 232  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| | ||  ||||||||||||||| ||||||||||  |  ||| ||| |||  || ||| |  ||   |||||||||    
T  21930617 gcaacatgtccctcaacaacccttcaacatcatatgattgagacactgtgatccatactcggaaatgaaaatgtccaatgatatccttgctgtcaaaaac 21930518  T
Q  233 cttcttcgcaagagttgtttttccttgtcctccctttcc 271  Q
     ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  21930517 tttcttggctagagttgtttttccttgccctcccattcc 21930479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 206
Target Start/End: Original strand, 22648404 - 22648501
Alignment:
Q  109 ctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgt 206  Q
    |||||| ||||| ||||| ||  | ||||||| | |||||||| |||||| ||| |||||||||  ||||| ||||||||||| || | |||||||||    
T  22648404 ctcctttttgtttgtaaagctcattcaacatgcctctcagcaacccttctgtatagtatgattgcaacactttgatccatacacgaaattcaaagtgt 22648501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 6 - 256
Target Start/End: Original strand, 29610710 - 29610961
Alignment:
Q  6 acatcatcaaaaactataacataccttttttcctgcaagtagttcctcacttcatcaaccaatgac---tctcgattcatttgatgaatactttggggga 102  Q
    ||||| ||||| |||| ||  |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || |||   ||||| | |||||||  ||||||||| ||      
T  29610710 acatcgtcaaacactacaaggtaccttttctcctgcaagtaatttctcacttcatcgactaacgacgactctcgctccatttgagaaatactttgaggag 29610809  T
Q  103 gatttgctccttgttgttcgtaaaa-cttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaa 201  Q
    |||   |||| | ||||| |||||| ||| | ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| ||   ||||    
T  29610810 gatcatctcccttttgtttgtaaaaacttctccaacatgccccttagcaatccttctatattgtatgattgtgatactgtgatccatacacgattgtcaa 29610909  T
Q  202 agtgtttaacgatcttgttatcgtcaaaaaccttcttcgcaagagttgtttttcc 256  Q
    |||||| ||||| ||||||   ||||||||| ||||| |  ||||| ||||||||    
T  29610910 agtgttcaacgaccttgtt---gtcaaaaactttcttagttagagtagtttttcc 29610961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 109 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 34980382 - 34980285
Alignment:
Q  109 ctccttgttgttcgtaaaacttgtgcaacatgtccctcagcaatccttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgt 206  Q
    |||||| ||||||||||| ||| | |||||||   ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  34980382 ctcctttttgttcgtaaagcttcttcaacatgcgtctcagcaatacttcaatattgtatgattgtgacactgtgatccatacacgacattcaaagtgt 34980285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 154 - 206
Target Start/End: Original strand, 2305776 - 2305828
Alignment:
Q  154 cttctatattgtatgattgagacactctgatccatacatgacaatcaaagtgt 206  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| |||| |||||||||    
T  2305776 cttctatattgtatgattgtgacattgtgatccatacacgacattcaaagtgt 2305828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University