View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18751_low_1 (Length: 780)

Name: NF18751_low_1
Description: NF18751
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18751_low_1
NF18751_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-764)||(38513963-38514716)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 730; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 730; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 764
Target Start/End: Original strand, 38513963 - 38514716
Alignment:
Q  11 cgaagaatatcatactctcccttcaaaaggaaagcgactccagatggaataaaatcacgaataaagacttggtcataattcaaaacattggtactgtttg 110  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38513963 cgaacaatatcatactctcccttcaataggaaagcgactccagatggaataaaatcacgaataaagacctggtcataattcaaaacattggtactgtttg 38514062  T
Q  111 gatcctttgcagcaatagttccaataggattcccacaataattaactacagactccctcagtagatcccacgcttcttcctcaatagagttgaggctaat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38514063 gatcctttgcagcaatagttccaataggattcccacaataattaactacagactccctcagtagatcccatgcttcttcctcaatagagttgaggctaat 38514162  T
Q  211 tgtaccaagatttttcgtgacagtcccatttgtaacattagatgacaaaacctctttttcctgttccaacagttgaacatcttcaaactctaaagaagac 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38514163 tgtaccaagatttttcgtgacagtcccatttgtaacattagatgacaaaacctctttttcctgttccaacagttgaacatcttcaaactctaaagaagac 38514262  T
Q  311 tttgcactcatcacattgctaaccagactagatttttcaacatcactcgcaaacctagatccattaccgtctcctgaagttatgccactcacattttcag 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38514263 tttgcactcatcacattgctaaccagactagatttttcaacatcactcgcaaacctagatccattaccgtctcctgaagttatgccactcacattttcag 38514362  T
Q  411 ccttttggcatttacatgtctgcaaccatggatgactataggtcttatagtcacagaaactgacactggtcaatggaaatcgatgaggccttaactggct 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38514363 ccttttggcatttacatgtctgcaaccatggatgactataggtcttatagtcacagaaactgacactggtcaatggaaatcgatgaggccttaactggct 38514462  T
Q  511 ttgaagcatgccagagctctcaattaaaaacctatgccttgaggattttttcttcatatattttgttcgcaactgggaagtgttgacaaaaggctcatta 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38514463 ttgaagcatgccagagctctcaattaaaaacctatgccttgaggattttttcttcatatattttgttagcaactgggaagtgttgacaaaaggctcatta 38514562  T
Q  611 taccctccggattgaggaacaacactggacagaacctgaaaaacggctttggaagcaccgaaagacatgctggttttaaaataaggaaccctaccaccta 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38514563 taccctccggattgaggaacaacactggacagaacctgaaaaacggctttggaagcaccgaaagacatgctggttttaaaataaggaaccctaccaccta 38514662  T
Q  711 aaatgttacctcctgtagagtaaaaattgagattacaaccaatgagtgagaact 764  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38514663 aaattttacctcctgtagagtaaaaattgagattacaaccaatgagtgagaact 38514716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University